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リンネ式分類法は、以下の2つの関連する概念のいずれかを意味する可能性がある。
階層分類はリンネに帰せられることが多いが、リンネはこの概念を発明したわけでも（その起源はプラトンやアリストテレスに遡る）、現在の形を与えたわけでもない。実際、階層分類には明確な形式はなく、「リンネ分類法」というものは存在しない。むしろ、それは類似したアプローチを用いる複数の分野を包括的に（抽象的に）表す用語なのである。
リンネ名には、文脈によって2つの意味があります。1つは、リンネ自身が付けた正式な名前（例えば、Giraffa camelopardalis Linnaeus, 1758）を指す場合、もう1つは、一般的に認められている命名法における正式な名前を指す場合です。
リンネは著書『自然の帝国』の中で、動物界、植物界、石器界の3つの王国を確立しました。この動物界、植物界、鉱物界という考え方は現在でも広く知られており、特に「これは動物ですか、植物ですか、鉱物ですか？」というサロンゲームの質問や、ギルバート＆サリバンの「少将の歌」などに見られます。リンネの業績は科学に大きな影響を与え、現在では命名規約によって規定されている生物命名法の基礎として不可欠なものでした。彼の著作のうち、植物に関する『植物種誌』の初版（1753年）と『自然の体系』の第10版（1758年）は、命名法の出発点として認められており、彼の二名法（種名）と属名は、他の命名法よりも優先されます。 [ 1 ]しかし、彼が科学に与えた影響は、彼の分類法の価値によるものではありませんでした。
リンネの王国はさらに綱に分けられ、綱はさらに目、属（単数形：属）、種（単数形：種）に分けられ、種のさらに下の階級も存在したが、これらは現代の分類学におけるこれらの用語の使用法と正確には対応していない。[ 2 ]
『Systema Naturae』 （1735年）では、彼の『Systema Sexuale』に基づく植物の分類と目は、 （ 『Philosophia Botanica』の『ordines naturales』とは異なり）自然なグループを表すことを意図したものではなく、識別のためだけに用いられた。しかし、1737年に彼は『Genera Plantarum』を出版し、その中で属の分類は自然なシステムであると主張した。[ 3 ]彼の植物分類と性別システムは19世紀に広く用いられた。[ 4 ]各分類にはいくつかの目があった。このシステムは雄（雄しべ）と雌（雌しべ）の数と配置に基づいている。[ 5 ]
リンネの植物分類体系（性別分類）における植物の分類群は以下のとおりです（ページ番号は『植物種』を参照）。
雄しべの数に基づく分類は、雌しべの数によってさらに細分化され、例えば、雄しべが6本で雌しべが1本であるHexandria monogyniaなどがある。[ 29 ]属の索引 p. 1201 [ 30 ]
対照的に、彼の修道士の数はピペリタエからヴァガエまで 69 でした。
リンネの高等分類体系が多かれ少なかれ今でも通用するのは動物界だけであり、これらの名称の一部は現在でも使用されているが、通常は全く同じグループに対して使われているわけではない。リンネは動物界を6つの綱に分類した。1758年の第10版では、それらは以下の通りであった。
リンネの鉱物分類法は、とっくの昔に使われなくなっている。1758年に出版された『自然の体系』第10版では、リンネの分類は以下の通りであった。
この生物の分類の階級に基づく方法は、もともとリンネによって普及され（そしてずっと後にリンネの名が付けられた）、彼の時代から大きく変化してきた。リンネの最大の革新であり、この体系の最も重要な側面は、属名と第二の項を組み合わせた二名法の一般的な使用であり、これによって各生物種が界内で一意に識別される。たとえば、ヒト種は動物界でHomo sapiensという名前で一意に識別される。他の動物種はこの二名法（動物の場合の二名法の専門用語）を持つことはできない。リンネ分類学以前は、動物は移動様式に基づいて分類されていた。
リンネによる二名法の使用は、スコラ哲学で用いられた定義理論によって先取りされていた。スコラ哲学の論理学者や自然哲学者は、例えば、人間という種をAnimal rationalisと定義した。ここで、 animal は属、rationalis（ラテン語で「合理的」）は人間を他のすべての動物から区別する特徴と考えられていた。しかし、 animal を人間、馬などの種の直接の属として扱うことは、生物分類学者にとって実際的な有用性はほとんどない。したがって、リンネの分類では、動物は多くの属を含むクラス（目などの中間クラスを介して動物界に従属）として扱われ、ホモ属はホモ・サピエンスという種の属として扱われ、サピエンス（ラテン語で「知る」または「理解する」）は、スコラ学派の体系におけるラティオリス（ラテン語で「人間」を意味するホモという言葉は、スコラ学派では属ではなく種を表すために使われた）と同様の差別化の役割を果たしている。
リンネ式分類法の強みは、様々な生物をシンプルかつ実用的に分類できる点にある。あらゆる生物種に固有の（そして理想的には安定した）名前を与えることができる。これは、地域や言語によって一貫性がなく、必ずしも一意ではない一般名とは対照的である。この固有性と安定性は、もちろん、分類学と進化を専門とする生物学者（系統分類学者）が、二名法名そのものだけでなく、正式な命名規約に定められたこれらの名前の使用に関する規則も受け入れていることによるものである。
種は、ドメインまたは界のいずれかから始まる階層構造に位置づけることができます。ドメインは界に分けられます。界は門（単数形：門）に分けられます。動物の場合。植物や菌類に使用される「区分」という用語は、門のランクに相当します（国際植物命名規約ではどちらの用語も使用できます）。門（または区分）は綱に分けられ、綱はさらに目、科、属（単数形：属）、種（単数形：種）に分けられます。種の下位には、動物学では亜種（ただし、形態または形態を参照）、植物学では亜種、変種（ラテン語：varietas）、形態（ラテン語：forma）のランクがあります。
これらの階級のいずれかに属する生物のグループは、分類群（単数形：分類群）または分類学的グループと呼ばれます。
リンネ式分類体系は堅牢であることが証明されている。しかし、階級の数は無制限であるものの、実際には階級が増えるほど分類は複雑になる。後から生まれた細分類には、門、科、族といった分類単位のほか、接頭辞の付いた階級（上科、亜科など）も存在する。分岐分類学や系統分類学といった新しい分類ツールの使用により、進化の見方が変わり（多くの入れ子状の系統群で表現される）、これが時にさらなる階級を求める動機となる。こうした複雑さの一例として、マッケナとベルが提唱した哺乳類の分類体系が挙げられる。
時が経つにつれ、生物間の関係についての理解は変化してきた。リンネは、異なる生物の構造的類似性に基づいてのみ、自身の分類体系を構築することができた。最大の変化は、1859年にチャールズ・ダーウィンの『種の起源』が出版された後、生物の多様性と種の形成のメカニズムとして進化が広く受け入れられたことである。その後、分類は生物の系統発生、つまり進化による系統を反映すべきであるという認識が一般的になった。これが進化分類学につながり、様々な現存種と絶滅種が結び付けられて系統樹が構築されるようになった。現代の文脈でリンネ分類学という用語が意味するところは、おおむねこれである。ウィリ・ヘニッヒの研究に端を発する1950年以降の分岐分類学では、各分類群は、そのグループのメンバーの共通祖先を含むようにグループ化される。このような分類群は、ホモ属のように単系統群（すべての子孫を含む）である場合もあれば、アウストラロピテクス属のように側系統群（一部の子孫を除外する）である場合もある。
リンネは当初、植物、動物、そして鉱物という3つの界を生物の分類体系に設けたが、鉱物の分類体系はその後ずっと廃止された。それ以来、様々な生物が新たに3つの界、すなわち原核生物（細菌）のモネラ界、原生動物とほとんどの藻類の原生生物界、そして菌界に移された。この5界の分類体系は依然として系統発生の理想とは程遠く、現代の分類学では、原核生物を含む細菌と古細菌、そして残りの生物を含む真核生物という3つのドメインへの区分にほぼ取って代わられている。これらの分類は決定的なものと考えるべきではない。これらは生物のゲノムに基づいており、ゲノムに関する知識が増えるにつれて分類は変化するだろう。 [ 31 ]
リンネ分類法の枠組み内で推定される進化関係を表現することは、特に分岐分類法が広く受け入れられ、長年受け入れられてきた分類に異議を唱えてきた多数の分子系統学があることを考えると、問題があると見なされることがあります。そのため、一部の系統学者は、リンネ分類法に代わるものとしてPhyloCode を提案しています。同様に、一部の研究者は、現在の AI モデルはリンネ分類法を使用して構築されており、これはデータ、メタデータ、および注釈パイプラインを体系的に整理するための標準となっていると主張しています。しかし、このアプローチは、何千年にもわたって自然を関係性の生きた網として理解してきた先住民の知識体系を疎外してきました。そのため、固定されたスキーマではなく、多様性、関係性、および文化的文脈に基づく新しい分類が提案されています[ 32 ]。