メタン生成菌

メタンバクテリア（旧称「ユーリ古細菌」、古代ギリシャ語のεὐρύς eurús、「広い、広い」に由来）は、古細菌の王国である。^{[ 4 ]}メタンバクテリアは非常に多様で、メタンを生成し、しばしば腸内に見られるメタン生成菌、極めて高濃度の塩分に耐える好塩菌、そして一般的に41～122 ℃の温度で生息する超好熱性好気菌および嫌気菌が含まれる。これらは主にrRNA配列と独自のDNAポリメラーゼに基づいて他の古細菌と区別される。^{[ 5 ]}原核生物コードの下でこのグループに有効に発表されている唯一の名称はメタンバクテリアである。^{[ 6 ]} 

メタンバクテリアは、外見や代謝特性が多様である。この界には、桿菌と球菌の両方を含む、さまざまな形状の生物が含まれる。メタンバクテリアは、細胞壁にシュードムレインが存在するかどうかに応じて、グラム陽性またはグラム陰性のいずれかに見える。 ^{[ 7 ]}メタンバクテリアはまた、メタン生成菌、好塩菌、硫酸還元菌、超好熱菌など、多様な生活様式を示す。^{[ 7 ]}他のものは、プランクトンや細菌とともに海に浮遊して生息している。これらの海洋性メタンバクテリアは、実験室で培養して研究することは難しいが、ゲノム配列解析によると、運動性のある従属栄養生物であると考えられる。^{[ 8 ]}

以前は、メタンバクテリアは極端な環境（温度、塩分濃度、pH の点で）にのみ生息すると考えられていましたが、2019 年 1 月に発表された Korzhenkov らの論​​文では、メタンバクテリアは低温の酸性環境などの中程度の環境にも生息することが示されました。場合によっては、メタンバクテリアが他の細菌より多く存在していました。^{[ 9 ]}メタンバクテリアは、湧水、湿地、土壌、根圏などの他の中程度の環境でも発見されています。^{[ 10 ]}メタンバクテリアの中には適応力の高いものもあり、ハロバクテリア目と呼ばれるものは通常、非常に塩分濃度が高く硫黄分が多い環境で見られますが、海水 2.5% という低い塩分濃度でも生育することができます。^{[ 10 ]}根圏では、メタンバクテリアの存在は菌根菌の存在に依存しているようです。真菌の個体数が多いほど、メタンバクテリアの頻度と多様性が高いことが相関しており、菌根菌が存在しないことはメタンバクテリアが存在しないことが相関していた。^{[ 10 ]}

原核生物の国際命名規約の下では、このグループは門のレベルを超えているため、有効な名前は存在せず（存在し得ない）、2024 年に規約が改正され、界とドメインのレベルが含まれるようになりました。同年、このグループに対してMethanobacteriatiという名前が有効に発表され、規約の下での最初で唯一の「有効な名前」となりました。^{[ 6 ]}規約に準拠しているLPSNはこの見解を採用し、^{[ 11 ]}以前の Methanobacteriati を無効に発表された門としてリストしています。^{[ 12 ]}

未培養分類群の競合するSeqCodeにも門より上のレベルがないため、「Methanobacteriati」もそこに位置づけられません。Methanobacteriatiという名前にも位置づけはありません。SeqCodeは、2023年より前に作成された名前のみを原核生物コードの下で自動的に受け入れます。^{[ 13 ]}

Methanobacteriati は、2024 年 9 月まで、 National Center for Biotechnology Information (NCBI) の分類ブラウザ^{[ 14 ]}に門 (Methanobacteriati Garrity and Holt 2002 )の現在の名称として記載されており、Methanobacteriota は異型同義語とみなされていました。^{[ 15 ]} 2024 年 10 月以降は、界として Methanobacteriati、含まれる門として Halobacteriota、Methanobacteriota、Thermoplasmatota の名称が記載されています。^{[ 16 ]}

メタンバクテリア類は、バーギー古細菌分類マニュアルにも記載されていますが、これはその章の最新版が2017年に出版されたためです。^{[ 17 ]}

メタン細菌/「ユーリ古細菌」は、ゲノム分類データベース（GTDB）の分類群として記載されていません。これは、アルゴリズムが界を生成しないためです。

他の系統解析では、 Nanobdellati界の古細菌がMethanobacteriati にも属する可能性があり、 Methanobacteriati 内で異なる系統的位置を占める多系統群である可能性さえあることが示唆されている。また、 Altiarchaeota門をNanobdellati または Methanobacteriati に分類すべきかどうかも議論されている。^{[ 21 ]}この提案をまとめた系統樹を以下に示す。^{[ 22 ] [ 23 ]}引用符で囲まれたグループは Nanobdellati に割り当てられているが、系統的には他のグループとは分離している系統である。

• リッチモンド鉱山由来の好酸性ナノ生物（ARMAN）
• 古細菌の属一覧
• モネラ

• メタン生成菌ゲノムの比較解析（DOEのIMGシステム）1