カリフォルニア・インディアン戦争は、アメリカ合衆国陸軍(特に1850年代初頭はカリフォルニア州民兵隊が主力)とカリフォルニアの先住民との間で繰り広げられた一連の戦争、戦闘、虐殺のことである。この戦争は、米墨戦争で獲得したアルタ・カリフォルニアがカリフォルニア州となった直後の1846年から、コロラド川での最後の小規模な軍事作戦によって1880年のキャロウェイ事件が終結した1880年まで続いた。カリフォルニアにおけるジェノサイドは、これらの戦争中に発生した。
米墨戦争を終結させたグアダルーペ・イダルゴ条約でメキシコ割譲地を獲得した後、ロッキー山脈以西の小規模な連邦軍駐屯部隊は広大な領土に分散配置された。その後まもなく、カリフォルニア・ゴールドラッシュの経済的影響により脱走兵が増加、カリフォルニア領内の駐屯部隊はさらに弱体化した。州昇格後、カリフォルニア州民兵隊は南北戦争以前に州境内でインディアンとの初期の紛争のほとんどに関与した。州は作戦費用とインディアンの「略奪」に対する賠償を米国連邦政府に求めたが、その請求は数十年にわたって解決されなかった。民兵隊の組織化に伴う官僚的な遅延や政治的反対に苛立った鉱夫やその他の入植者の多くは、自主的に組織して地元のインディアン部族と暴力的に交戦し、時には部族員を無差別に殺害することもあった。
南北戦争後期、カリフォルニア州とオレゴン州の義勇兵はロッキー山脈以西の連邦軍に代わって、カリフォルニア、ネバダ、ユタ、ニューメキシコ、アリゾナ準州を含むその地域のインディアンとの多くの紛争に関与した。カリフォルニア州内では、1858年から1864年にかけて続いたボールドヒルズ戦争と、1862年から1863年にかけてのオーウェンズバレーインディアン戦争で戦った。1870年代まで、カリフォルニア州北東部では、地元の民兵や義勇兵とヤヒ族、ヤナ族、パイユート族との間で小規模な衝突が起こった。南北戦争後、オーウェンズバレーとモハベ砂漠でティンビシャ族とチェメフエビ族との間で小規模な衝突がいくつかあった以外は、カリフォルニア州での敵対行為はほとんど終結した。 1865年末から1866年初頭にかけて、連邦軍が志願兵と交代し、その後20年間にわたり、モハベ砂漠、オーウェンズ渓谷、州北東部の辺境地域で、スネークス族、そして後にモドック族に対する軍事行動を再び展開した。