GPATCH11

GPATCH11
識別子
エイリアス	GPATCH11、CCDC75、CENP-Y、CENPY、11を含むGパッチドメイン
外部ID	MGI : 1858435; HomoloGene : 44687; GeneCards : GPATCH11; OMA :GPATCH11 - オルソログ
遺伝子の位置（ヒト） クロ。 染色体2（ヒト）[1] バンド 2p22.2 始める 37,084,451 bp [1] 終わり 37,099,244 bp [1]
遺伝子の位置（マウス） クロ。 17番染色体（マウス）[2] バンド 17|17 E3 始める 79,142,996 bp [2] 終わり 79,155,737 bp [2]
RNA発現パターン ブギー 人間 マウス（相同遺伝子） トップの表現 アキレス腱 中側頭回 膵管細胞 睾丸 内皮細胞 右心房の心筋組織 脂肪組織 腕の皮膚 中心後回 ブロードマン領域23 トップの表現 心室中隔 受精卵 性器結節 網膜の神経層 卵黄嚢 顆粒球 上頸部神経節 桑実胚 太ももの筋肉 胎児の尾 参照表現データの詳細 バイオGPS 該当なし
オルソログ 種 人間 ねずみ エントレズ 253635 53951 アンサンブル ENSG00000152133 ENSMUSG00000050668 ユニプロット Q8N954 Q3UFS4 RefSeq (mRNA) NM_174931 NM_001278505 NM_001322249 NM_181649 RefSeq (タンパク質) NP_001265434 NP_001309178 NP_777591 NP_001358785 NP_001358787 NP_001358788 NP_001358789 NP_001358790 NP_001358791 NP_857632 NP_001390142 場所 (UCSC) 2 章: 37.08 – 37.1 Mb 17章: 79.14 – 79.16 Mb PubMed検索 [3] [4]
ウィキデータ
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GPATCH11は、ヒトでは G パッチ ドメインを含むタンパク質 11 遺伝子によってコード化されるタンパク質です。この遺伝子には、2 つの機能的タンパク質アイソフォームをコード化する 4 つの転写バリアントがあり、ほとんどのヒト組織で発現しています。このタンパク質は、スプライシング経路からの 2 つを含む、他のいくつかのタンパク質と相互作用することがわかっています。さらに、GPATCH11 には、真核生物ドメインのすべての分類群に相同遺伝子があります。

Gパッチドメイン含有タンパク質11は、ヒトでは遺伝子GPATCH11によってコードされ、染色体2の2p22.2に位置するタンパク質です。^[5]また、CCDC75やCENPYなど、いくつかの別名も含まれています。^[6]この遺伝子は14,484 bpの長さで、9つのエクソンが含まれています。このタンパク質の機能はまだわかっていませんが、核酸結合とタンパク質結合に役立つと予測されています。^{[6] [7]}

GPATCH11 には 4 つの予測転写バリアントがありますが、機能的なタンパク質をコードすることがわかっているのは 2 つだけです。最も長い形式はスプライスされておらず、9 つのエクソンを含みますが、2 番目の機能バリアントはエクソン 3 と 4 が削除された 7 つのエクソンを含みます。

GPATCH11 の分子量は約 33.3 kdal で、長さは 285 アミノ酸です。^{[6] [9]}また、長さ 156 アミノ酸の 2 番目のアイソフォームもあります。この遺伝子には、G パッチ ドメインと DUF 4138 ドメインが含まれています。G パッチ ドメイン自体は、真核生物にのみ見られる新しいドメインです。細菌、古細菌、ウイルスに対するヒト遺伝子の BLAST 検索は、この発見を裏付けています。^[6]

以下は、GPATCH11 の長い形式の 一次配列です。

このタンパク質はグルタミン酸が豊富で、非常に高電荷を帯びています。また、バリン、スレオニン、フェニルアラニン、プロリンなどのアミノ酸は少ないです。可溶性タンパク質であり、核輸出シグナルと二分核輸入シグナルを持ち、核内に局在していることを示しています。

タンパク質の保存領域は、アルファヘリックスおよびコイルドコイル領域のみで構成された 二次構造を持っています。

右の画像は、I-tasser から得られた結果に基づいて予測されたGPATCH11 の三次構造です。ただし、信頼度スコアが非常に低いため、信頼性は不確かです。ただし、タンパク質が主にアルファヘリックスとコイルドコイルで構成されているという二次構造予測と一致しています。

タンパク質の発現は、内分泌系と神経系のほか、眼、乳房、結腸、肝臓、卵巣、その他 55 の組織で確認されています。遺伝子発現は平均の約 1.1 倍であることがわかっています。最も高い発現は脳と脊髄で確認され、脾臓がそれに続きます。脳には、嗅覚領域、海馬、中脳、橋、延髄、小脳など、GPATCH11 が平均以上に発現する 6 つの領域があります。^[10]さらに、癌組織では正常組織と比較して発現レベルが増加します。

ExPASy ^{[11]のさまざまなツールを使用すると、GPATCH11の}翻訳後修飾として次のようなことが考えられます。

• CK2のリン酸化部位は3つ考えられる
• PKCリン酸化部位の候補6つ
• 2つのN-ミリストイル化部位の可能性
• 糖化が起こる可能性のある6つの部位

GPATCH11とBAI3の相互作用は、PSICQUIC、^[13]、 mentha、^[13]、およびSTRING ^[12]を介して発見されました。menthaによって与えられた信頼スコアはわずか.454ですが、STRINGによると、2つのタンパク質間の相互作用は、検証された2ハイブリッドアプローチによって実験的に決定されています。2つのタンパク質は直接的な物理的相互作用を持つと考えられています。BAI3は膜貫通タンパク質であり、p53標的遺伝子です。BAI3は、海馬ニューロン上に形成される興奮性シナプスの数を調節し、血管新生阻害および神経膠芽腫の抑制に関与している可能性があります。GPATCH11は海馬と脊髄で平均遺伝子よりも高い発現を示しているため、これは実際の相互作用である可能性があります。

JUN は核内に局在し、がんと関連しているため、GPATCH11 と JUN の相互作用は実際に存在する可能性があります。GPATCH11 は正常組織と比較してがん組織で高い発現を示す傾向があるため、がんにおいて高発現する他のタンパク質との相互作用は妥当であると考えられます。

最後に、GPATCH11 と ZRSR2 および GPATCH11 と U2AF1 の相互作用は、ZRSR2 と U2AF1 が相互作用することが知られており、3 つのタンパク質すべてが核内に局在しているという事実により、実際に存在すると思われます。

このタンパク質は、単細胞生物を含む真核生物ドメインのすべての分類群に存在します。ヒト遺伝子をさまざまなタクシドとアラインメントすると、Gパッチドメイン領域とDUF 4187領域で高い保存性が明らかになりました。^[6]鳥類や爬虫類などの近縁のタクシドとのアラインメントでは、配列の大部分で保存性が明らかになりました。しかし、菌類や植物などの遠縁のタクシドとのアラインメントでは、同一性が40%未満と保存性が低くなりましたが、GパッチドメインとDUFドメインは依然として高い保存性を示しました。^[14]全体として、タンパク質は主に酸性と塩基性の荷電アミノ酸で構成されています。持続的な非極性領域はありませんでした。これは、長い非極性領域を必要とする膜貫通タンパク質ではないことを意味します。

GPATCH11 の進化速度をフィブリノーゲンやシトクロム c などの既知のタンパク質と比較すると、GPATCH11 はフィブリノーゲンタンパク質の速度と同様に非常に急速に進化しています。右には、無脊椎動物から哺乳類までの種の代表を含む、根のない進化樹^[14]が示されています。これは、異なる分類群間の GPATCH11 配列の仮説的な関係を示しており、分類群とヒトの分岐時間、および配列の同一性/類似性によって裏付けられています。

このタンパク質は、真核生物ドメイン内で高度に保存されています。以下の表には、GPATCH11 配列がヒトの GPATCH11 配列と比較された、さまざまなタクシ科の種がいくつかリストされています。数百万年単位の差異を含め、タンパク質配列の長さ、類似点、同一性が示されています。

臨床的意義はまだわかっていませんが、GPATCH11 は正常組織よりも癌組織にかなり多く存在し、癌遺伝子とのタンパク質相互作用の可能性が示されているため、何らかの形で癌に関与している可能性があります。