歴史 チラコイド可溶性リン酸化タンパク質TSP9のNMR構造の集合体。これは、非常に柔軟なタンパク質鎖を示している。 [ 12 ] 1930年代から1950年代にかけて、最初のタンパク質構造は タンパク質結晶学 によって解明されました。これらの初期の構造は、タンパク質の生物学的機能を媒介するには、一般的に固定された三次元構造が 必要であることを示唆しました。これらの論文は、タンパク質のアミノ酸配列がその構造を決定し、それがひいてはその機能を決定するという分子生物学の中心教義を確固たるものにしました。1950年、 ニューヨーク神経研究所 のフレッド・カルシュは、この仮説に反する血清アルブミン に見られる「構成的適応性」について記述しました。 [ 13 ] レヴィンタルのパラドックス は、長いポリペプチドの系統的な構造探索では、生物学的に関連する時間スケール（つまり、マイクロ秒から分）で単一の折り畳まれたタンパク質構造が得られる可能性は低いことを示唆しました。興味深いことに、多くの（小さな）タンパク質またはタンパク質ドメインでは、試験管内で比較的迅速かつ効率的な再折り畳みが観察されます。 1973年のアンフィンセンのドグマ に述べられているように、これらのタンパク質の固定された3D構造は、その一次構造（アミノ酸配列）に独自にコード化されており、（ほぼ）生理的条件下で動的にアクセス可能かつ安定しており、したがって、そのような「秩序だった」タンパク質の天然状態とみなすことができる。[ 14 ]
しかし、その後数十年の間に、多くの大きなタンパク質領域はX線データセットで位置を特定できず、複数の位置を占めていることが示唆された。これらの位置は電子密度 マップ上で平均化される。結晶格子に対して固定された固有の位置がないことから、これらの領域は「無秩序」であることが示唆された。タンパク質の核磁気共鳴分光法 によっても、多くの構造解析されたアンサンブルにおいて、大きな柔軟なリンカーと末端が存在することが明らかになった。
2001年、ダンカーは、2000年代に定量分析がより利用可能になったことで、50年間情報が無視されていたのではないかと疑問を呈した[ 15 ] [ 16 ] 。2010年代には、IDPがα-シヌクレイン やタウ などの疾患関連タンパク質に共通していることが明らかになった[ 17 ]
豊富 タンパク質は、類似した構造の集合体として存在し、一部の領域は他の領域よりも制約が強い。IDPは、この柔軟性のスペクトルの極端な端に位置し、かなりの局所構造傾向を持つタンパク質や、柔軟な多ドメイン集合体を含む。[ 18 ] [ 19 ]
内在性無秩序は、クロマチンと転写を制御するタンパク質の間で特に高く、[ 20 ] インフォマティクス予測では、 タンパク質データベース の既知の構造よりもゲノム やプロテオーム でより一般的であることが示されています。DISOPRED2予測に基づくと、長い（>30残基）無秩序セグメントは、古細菌のタンパク質の2.0%、真正細菌の4.2%、真核生物のタンパク質の33.0%に存在し、[ 16 ] [ 17 ]
生物学的役割 タンパク質の非常に動的な無秩序領域は、アロステリック調節 や酵素触媒作用 などの機能的に重要な現象と関連付けられています。[ 18 ] [ 19 ] 翻訳後修飾 によって調節されているため、無秩序タンパク質の柔軟性が、修飾酵素とその受容体の結合に必要なさまざまな立体構造要件を促進すると提案されています。[ 21 ] [ 20 ] クロマチン リモデリング機能に関与するタンパク質に特に豊富に存在します。[ 22 ] [ 23 ] 最近新たに 生まれた遺伝子は、より高い無秩序性を持つ傾向があります。[ 24 ] [ 25 ] [ 26 ]
線状モチーフ 線状モチーフは、他のタンパク質や他の生体分子（RNA、DNA、糖など）との機能的相互作用を媒介する、タンパク質の短い無秩序なセグメントです。[ 20 ]
あらかじめ構造化されたモチーフ 球状タンパク質とは異なり、IDPには空間的に配置された活性ポケットはありません。NMRによる詳細な構造解析を受けた標的非結合IDPの80%（約40種類）は、標的認識のために準備された一時的な二次構造要素であるPresMos（事前構造化モチーフ）[ 28 ]
結合折り畳みと綴じ 多くの構造を持たないタンパク質は、標的（例えば、分子認識機能（MoRF） [ 29 ] [ 30 ] [ 31 ]
無秩序タンパク質が結合し、機能を発揮できることは、安定性が必須条件ではないことを示している。例えば、短い線状モチーフ など、多くの短い機能部位が無秩序タンパク質に過剰に存在する。無秩序タンパク質と短い線状モチーフは、ヘンドラウイルス 、HCV 、HIV-1 、ヒトパピローマウイルス などの多くのRNAウイルス に特に豊富に存在する。これにより、これらのウイルスは、多数の宿主細胞 タンパク質との結合と操作を容易にすることで、情報的に制限されたゲノムを克服することができる。[ 32 ] [ 33 ]
構造的側面 本質的に無秩序なタンパク質は、細胞の条件に応じて生体内で 急速に変化するコンフォメーションの動的な範囲に適応し、構造的またはコンフォメーションのアンサンブルを形成します。 [ 8 ] [ 38 ]
それらの構造は機能と密接に関連している。天然状態で完全に無秩序なタンパク質はほとんどない。無秩序は、それ以外はきちんと構造化されたタンパク質内の本質的に無秩序な領域（IDR）に主に見られる。[ 2 ]
タンパク質の無秩序性の存在と種類は、そのアミノ酸配列にコード化されている。[ 2 ] 疎水性 アミノ酸の含有量が少なく、極性アミノ酸と荷電アミノ酸の割合が高いという特徴があり、通常は疎水性が低いと表現される。[ 8 ] [ 38 ] 生物学的役割 を参照）。多くの無秩序タンパク質は、規則的な二次構造を持たない領域を示す。これらの領域は、構造化されたループと比較して柔軟であると言える。後者は剛直で、ラマチャンドラン角のセットが1つしかないのに対し、IDPは複数のセットの角度を含む。[ 38 ] [ 38 ] 低複雑性配列、つまり少数の 残基 が過剰に存在する配列も示します。低複雑性配列は無秩序の強い兆候ですが、その逆は必ずしも真ではありません。つまり、すべての無秩序なタンパク質が低複雑性配列を持つわけではありません。無秩序なタンパク質は、予測される二次構造 の含有量が少ないです。
トポロジー的アプローチは、それらのダイナミクスにおける構造パターンを探索するために開発されてきた。例えば、回路トポロジーは 、無秩序なタンパク質ドメインのダイナミクスを追跡するために適用されてきた。[ 39 ] [ 40 ]
IDP構造アンサンブルの共通点は、細胞内の結合パートナーとの相互作用によって折り畳まれる能力または傾向である。結合コンテキストにおけるIDPの折り畳みの例としては、結合共役折り畳み[ 41 ] [ 42 ] [ 43 ]。
実験的検証 IDPは様々な状況で検証できます。IDPの実験的検証のためのほとんどのアプローチは、抽出または精製されたタンパク質に限定されています。いくつかの新しい実験戦略は、生きた細胞内でのIDPの生体 内コンフォメーションと構造的変化を探索し、生体内 と試験管内で のダイナミクスを体系的に比較することを目的としています。（IDPの研究において、「生体内」という用語は、通常の 生体内
生体内 アプローチ内在性無秩序の生体内 持続性の最初の直接的な証拠は、精製されたIDPの電気穿孔 と細胞の無傷状態への回復後の細胞内NMRによって達成された。これは2016年に達成された。[ 53 ]
生体内 ビオチン化は、 もともとどのタンパク質が互いに近接しているかを調べるために使用されていました（近接タグ付け）。2018年に、ビオチン化はアクセスしやすいため、本質的に無秩序な領域を好むという仮説が立てられ、証明されました。ビオチン化と無秩序の関連性は絶対的なものではありませんが、その傾向は生体内での 無秩序状態を強く示唆しています。ビオチン化の状態は多数の残基について同時にチェックできるため、大規模なビオチン「ペインティング」によって、多くの可能性のある無秩序領域を同時に特定できます。[ 54 ]
コンピュータシミュレーション トリパノソーマ・ブルセイ由来 のグルタレドキシン1のMDシミュレーション。球状のチオレドキシンフォールドは青色で、無秩序なN末端は緑色で示されている。MDの結果によると、無秩序な末端は結合ポケットのダイナミクスを調節する可能性がある。[ 55 ] 構造的不均一性が高いため、得られるNMR/SAXS実験パラメータは、非常に多様で無秩序な多数の状態（無秩序状態のアンサンブル）の平均値となります。したがって、これらの実験パラメータの構造的意味を理解するには、コンピュータシミュレーションによってこれらのアンサンブルを正確に表現する必要があります。全原子分子動力学シミュレーションはこの目的に使用できますが、無秩序タンパク質を表現する現在の力場の精度によってその使用は制限されます。しかしながら、無秩序タンパク質の利用可能なNMRデータを使用して力場パラメータを最適化することにより、無秩序タンパク質の研究のために明示的に開発された力場もいくつかあります（例としてCHARMM 22*、CHARMM 32、[ 56 ]
実験パラメータによって拘束された MD シミュレーション (拘束 MD) も、無秩序なタンパク質の特性評価に使用されています。[ 57 ] [ 58 ] [ 59 ] [ 60 ] 、レプリカ交換 シミュレーション[ 61 ] [ 62 ] 、メタダイナミクス [ 63 ] [ 64マルチカノニカル MD シミュレーション[ 65 ] 、または暗黙的および明示的な溶媒を使用した粗視化 表現を使用する方法[ 66 ] [ 67 ] [ 68 ]などの他の計算手法 が
さらに、遺伝子とその染色体バンドのGC含有量の定量的分析に基づく研究など、IDPを分析するためのさまざまなプロトコルと方法が、機能的なIDPセグメントを理解するために使用されてきました。[ 69 ] [ 70 ]
障害注釈 REMARK465 - タンパク質の構造異常を表すX線構造における電子密度の欠落（PDB ：1a22 、受容体に結合したヒト成長ホルモン）。PDBデータベースからのスクリーンショットとVMD による 分子表現のコンパイル。青と赤の矢印は、それぞれ受容体と成長ホルモン上の欠落した残基を示しています。 内在性無秩序は、実験情報から注釈付けすることも、専用ソフトウェアで予測することもできます。無秩序予測アルゴリズムは 、一次配列組成、タンパク質X線データセットにおける未割り当てセグメントとの類似性、NMR研究における柔軟性領域、およびアミノ酸の物理化学的特性に基づいて、内在性無秩序（ID）の発生傾向を高い精度（約80%）で予測できます。
疾患データベース タンパク質 配列に固有の構造的無秩序情報を注釈付けするためのデータベースが構築されている。DisProtデータベースには、実験的に無秩序であることが確認された、手作業でキュレーションされたタンパク質セグメントのコレクションが含まれている。MobiDBは 、実験的にキュレーションされた無秩序注釈（例えばDisProtからのもの）と、X線結晶構造における欠落残基やNMR構造における柔軟領域から得られたデータを組み合わせたデータベースである。
配列によるIDPの予測 無秩序タンパク質と秩序タンパク質を区別することは、無秩序予測において不可欠です。IDPと非IDPを区別する因子を見つけるための最初のステップの1つは、アミノ酸組成内の偏りを特定することです。親水性で荷電したアミノ酸A、R、G、Q、S、P、E、Kは無秩序促進アミノ酸として特徴づけられており、一方、秩序促進アミノ酸W、C、F、I、Y、V、L、Nは疎水性で非荷電です。残りのアミノ酸H、M、T、Dは曖昧で、秩序領域と非構造領域の両方に見られます。[ 2 ] [ 71 ]
この情報は、ほとんどの配列ベースの予測ツールの基礎となっています。二次構造がほとんどない、またはまったくない領域（NORS（規則的な二次構造がない）領域とも呼ばれる）[ 72 ]
予測方法 生化学的方法による無秩序領域の決定は、非常にコストがかかり、時間もかかります。IDP の性質が多様であるため、その構造の特定の側面しか検出できず、完全な特性評価には多数の異なる方法と実験が必要です。これにより、IDP 決定のコストがさらに増加します。この障害を克服するために、タンパク質の構造と機能を予測するためのコンピュータベースの方法が開発されています。予測によって知識を得ることは、バイオインフォマティクスの主な目標の 1 つです。IDP 機能の予測も開発されていますが、主に線形モチーフ サイトなどの構造情報を使用します。[ 4 ] [ 73 ] ニューラルネットワーク や行列計算などがあります。
多くの計算手法は、タンパク質が無秩序かどうかを予測するために配列情報を利用する。[ 74 ]
構造が不規則なタンパク質を予測する手法は多岐にわたるため、それらの相対的な精度を推定することは非常に困難です。例えば、ニューラルネットワークは しばしば異なるデータセットで学習されます。構造不規則性予測カテゴリーは、3D構造が欠落している領域（ PDBファイル ではREMARK465とマークされ、X線構造では電子密度が欠落している領域）を見つける精度に基づいて手法をテストするために設計された、隔年開催のCASP実験の一部です。
新規に出現したタンパク質やオーファンタンパク質の場合、構造の無秩序性の予測はより複雑になる可能性がある。これらのタンパク質は検出可能な相同タンパク質を欠いていることが多く、一般的に「古典的な」タンパク質よりも短いため、保存された球状タンパク質を主に用いて訓練された予測器の信頼性が低下する。[ 75 ] [ 76 ]
障害と病気 本質的に構造を持たないタンパク質は、多くの疾患に関与している。[ 17 ] ミスフォールドしたタンパク質 の凝集は、多くのシヌクレイン病 や毒性の原因であり、これらのタンパク質はランダムに互いに結合し始め、癌や心血管疾患につながる可能性がある。そのため、ミスフォールディングは、生物の生涯で何百万ものタンパク質のコピーが作られるため、自然に起こり得る。本質的に構造を持たないタンパク質であるα-シヌクレイン の凝集が原因と考えられている。このタンパク質の構造的柔軟性と細胞内での修飾に対する感受性が、ミスフォールディングと凝集につながる。遺伝、酸化ストレス、ニトロ化ストレス、ミトコンドリア障害は、構造を持たないα-シヌクレインタンパク質の構造的柔軟性と関連する疾患メカニズムに影響を与える。[ 77 ] 腫瘍抑制因子は 、例えばp53やBRCA1のように、大きな本質的に構造を持たない領域を持っている。これらのタンパク質の領域は、それらの相互作用の多くを媒介する役割を担っています。細胞の本来の防御機構をモデルとして、有害な基質の作用を阻害し、それによって病気に対抗する薬剤を開発することができます。[ 78 ]
参考文献 1 2 Majorek K、Kozlowski L、Jakalski M、Bujnicki JM (2008年12月18日)。「タンパク質構造予測の第一歩」 ( PDF) 。Bujnicki J (編)『タンパク質の構造、 機能、相互作用の予測 』John Wiley & Sons, Ltd. pp. 39–62。doi : 10.1002 / 9780470741894.ch2。ISBN 978-0-470-51767-3 。 1 2 3 4 5 ダンカー AK、ローソン JD、ブラウン CJ、ウィリアムズ RM、ロメロ P、オー JS、オールドフィールド CJ、カンペン AM、ラトリフ CM、ヒップス KW、オーシオ J、ニッセン MS、リーブス R、カン C、キッシンジャー CR、ベイリー RW、グリスウォルド MD、チウ W、ガーナー EC、オブラドビッチ Z (2001)。 「本質的に乱れたタンパク質」。 分子グラフィックスとモデリングのジャーナル 。 19 (1): 26–59 。 Bibcode : 2001JMGM...19...26D 。 CiteSeerX 10.1.1.113.556 。 土井 : 10.1016/s1093-3263(00)00138-8 。 PMID 11381529 。 ↑ Dyson HJ 、 Wright PE（2005年3月）。「本質的に構造を持たないタンパク質とその機能」。Nature Reviews Molecular Cell Biology。6 （ 3 ） ： 197–208。doi ： 10.1038/ nrm1589。PMID 15738986。S2CID 18068406 。 1 2 Dunker AK、Silman I、Uversky VN、Sussman JL (2008 年 12 月)。「本質 的 に 無秩序なタンパク質 の機能と構造 」 。Current Opinion in Structural Biology。18 ( 6): 756–64。doi : 10.1016/j.sbi.2008.10.002。PMID 18952168 。 ↑ Andreeva A、 Howorth D、Chothia C、Kulesha E、Murzin AG (2014 年 1 月)。 「 SCOP2 プロトタイプ: タンパク質構造 マイニングへの新しいアプローチ」 。Nucleic Acids Research。42 ( データベース特集号): D310–4。doi : 10.1093 /nar/ gkt1242。PMC 3964979。PMID 24293656 。 ↑ Holehouse, Alex S.; Das, Rahul K.; Ahad, James N.; Richardson, Mary OG; Pappu, Rohit V. (2017 年 1 月). "CIDER: 内在的に無秩序なタンパク質の配列-アンサンブル関係を分析するためのリソース" . Biophysical Journal . 112 (1): 16– 21. doi : 10.1016/j.bpj.2016.11.3200 . ISSN 0006-3495 . PMC 5232785 . PMID 28076807 . ↑ Cohan, Megan C.; Pappu, Rohit V. (2020年8月) 「細菌における無秩序タンパク質と生体分子凝縮体の存在を論じる」 . Trends in Biochemical Sciences . 45 (8): 668–680 . doi : 10.1016/j.tibs.2020.04.011 . ISSN 0968-0004 . PMID 32456986 . 1 2 3 Uversky VN (2011 年 8 月) 「A から Z までの内在性無秩序タンパク質」 . The International Journal of Biochemistry & Cell Biology . 43 (8): 1090– 1103. doi : 10.1016/j.biocel.2011.04.001 . PMID 21501695 . ↑ Mir M、Stadler MR、Ortiz SA、Hannon CE、Harrison MM、Darzacq X、Eisen MB (2018 年 12 月)。Singer RH、Struhl K、Crocker J (編)。 「 動的 な多 因子ハブは 、 ショウジョウバエ 胚の活性転写部位と一時的に相互作用 する 」 。eLife。7 e40497。doi : 10.7554 / eLife.40497。PMC 6307861。PMID 30589412 。 ↑ Wright PE、Dyson HJ (2015 年 1 月)。 「細胞シグナル伝達と制御における本質的に無秩序なタンパク質」 。Nature Reviews. Molecular Cell Biology . 16 ( 1): 18– 29. Bibcode : 2015NRMCB..16...18W . doi : 10.1038/nrm3920 . PMC 4405151. PMID 25531225 . ↑ van der Lee R、Buljan M、Lang B、Weatheritt RJ、Daughdrill GW、Dunker AK、et al . ( 2014 年 7 月) 。 「内在的に無秩序 な 領域 とタンパク質の分類」 。Chemical Reviews。114 ( 13): 6589–6631。Bibcode : 2014ChRv..114.6589V。doi : 10.1021 / cr400525m。PMC 4095912。PMID 24773235 。 ↑ Song J, Lee MS, Carlberg I, Vener AV, Markley JL (2006 年 12 月). "ミセル誘導による 9 kDa のホウレンソウ チラコイド可溶性リン酸化タンパク質の折り畳みとその機能的意義" . Biochemistry . 45 (51): 15633– 43. doi : 10.1021/bi062148m . PMC 2533273 . PMID 17176085 . ↑ Karush, Fred (1950-06-01). "ウシ血清アルブミンの結合部位の不均一性1" . Journal of the American Chemical Society . 72 (6): 2705– 2713. doi : 10.1021/ja01162a099 . ISSN 0002-7863 . ↑ Anfinsen CB (1973年7月)「タンパク質鎖の折り畳みを支配する原理」 Science . 181 (4096): 223–230 . Bibcode : 1973Sci...181..223A . doi : 10.1126/science.181.4096.223 . PMID 4124164 . ↑ ダンカー AK、ローソン JD、ブラウン CJ、ウィリアムズ RM、ロメロ P、オー JS、オールドフィールド CJ、カンペン AM、ラトリフ CM、ヒップス KW、オーシオ J、ニッセン MS、リーブス R、カン C、キッシンジャー CR、ベイリー RW、グリスウォルド MD、チウ W、ガーナー EC、オブラドビッチ Z (2001-01-01)。 「本質的に乱れたタンパク質」。 分子グラフィックスとモデリングのジャーナル 。 19 (1): 26–59 。 Bibcode : 2001JMGM...19...26D 。 CiteSeerX 10.1.1.113.556 。 土井 : 10.1016/s1093-3263(00)00138-8 。 PMID 11381529 。 1 2 Ward JJ、Sodhi JS、McGuffin LJ、Buxton BF、Jones DT (2004 年 3 月)。「生命の 3 つの王国のタンパク質におけるネイティブ 無秩序の予測と機能 分析 」 。Journal of Molecular Biology。337 ( 3 ) : 635–45。Bibcode : 2004JMBio.337..635W。CiteSeerX 10.1.1.120.5605。doi : 10.1016 / j.jmb.2004.02.002。PMID 15019783 。 1 2 3 Uversky VN、 Oldfield CJ、Dunker AK ( 2008)。 「 ヒト疾患における内在性無秩序タンパク質：D2概念の導入」。Annual Review of Biophysics。37 ： 215–46。doi ： 10.1146 /annurev.biophys.37.032807.125924。PMID 18573080 。 1 2 3 Bu Z、Callaway DJ (2011)。「タンパク質は動く！細胞シグナル伝達におけるタンパク質のダイナミクスと長距離アロステリー」。タンパク質 構造 と疾患 。タンパク質化学と構造生物学の進歩。第83 巻、 163～ 221 ページ。doi : 10.1016 /B978-0-12-381262-9.00005-7。ISBN 978-0-12-381262-9 PMID 21570668 1 2 Kamerlin SC 、 Warshel A (2010 年 5 月)。 「21 世紀の幕開けに: ダイナミクスは酵素触媒作用を理解するための欠落したリンクなのか? 」 。 Proteins。78 ( 6 ) : 1339–75。doi : 10.1002 / prot.22654。PMC 2841229。PMID 20099310 。 1 2 3 Cermakova K、Hodges HC (2023 年 5 月 )。 「無秩序タンパク質 に特異性 を 与える相互作用モジュール」 。Trends in Biochemical Sciences。48 ( 5): 477–490。doi : 10.1016/ j.tibs.2023.01.004。PMC 10106370。PMID 36754681 。 ↑ Collins MO、Yu L、Campuzano I、Grant SG、Choudhary JS (2008年7月)。 「マウス脳細胞質のリン酸化プロテオミクス解析により、内在性配列無秩序領域におけるタンパク質リン酸化の優位性が明らかになった」 ( PDF ) 。Molecular & Cellular Proteomics。7 ( 7 ) : 1331–48。doi : 10.1074/mcp.M700564- MCP200。PMID 18388127。S2CID 22193414 。 ↑ Iakoucheva LM、Brown CJ、Lawson JD、Obradović Z、Dunker AK (2002 年 10 月)。「細胞シグナル伝達および癌関連タンパク質における内在性無秩序」。Journal of Molecular Biology。323 ( 3 ) : 573–84。CiteSeerX 10.1.1.132.682。doi : 10.1016 / S0022-2836( 02 ) 00969-5。PMID 12381310 。 ↑ Sandhu KS (2009). "内在性無秩序がクロマチンリモデリングタンパク質の多様な核内役割を説明する". Journal of Molecular Recognition . 22 (1): 1– 8. doi : 10.1002/jmr.915 . PMID 18802931 . S2CID 33010897 . ↑ Wilson BA、Foy SG、Neme R、Masel J (2017 年 6 月)。 「 新規 遺伝子誕生の事前適応仮説によって予測されるように、若い遺伝子は高度に無秩序である」 。Nature Ecology & Evolution。1 ( 6 ) 0146 : 0146– 146。Bibcode : 2017NatEE... 1..146W。doi : 10.1038 / s41559-017-0146。PMC 5476217。PMID 28642936 。 ↑ Willis S 、 Masel J (2018 年 9 月)。 「重複遺伝子によってコード 化された構造 的 障害に遺伝子誕生が寄与する」 。Genetics。210 ( 1 ): 303–313。doi : 10.1534 /genetics.118.301249。PMC 6116962。PMID 30026186 。 ↑ James, Jennifer E; Nelson, Paul G; Masel, Joanna (2023年4月4日). "Pfamドメインの異なる保持が長期的な進化傾向に寄与する" . Molecular Biology and Evolution . 40 (4) msad073. doi : 10.1093/molbev/msad073 . PMC 10089649 . PMID 36947137 . ↑ Prakash A 、 Shin J、Rajan S、Yoon HS (2016 年 4 月)。 「核内免疫抑制剤 で ある FK506 結合タンパク質 25 (FKBP25) による核酸認識の構造的基盤」 。Nucleic Acids Research。44 ( 6): 2909–2925。doi : 10.1093 / nar / gkw001。PMC 4824100。PMID 26762975 。 ↑ Lee SH, Kim DH, Han JJ, Cha EJ, Lim JE, Cho YJ, Lee C, Han KH (2012年2月). "Understanding pre-structured motifs (PresMos) in intrinsically unfolded proteins". Current Protein & Peptide Science . 13 (1): 34– 54. doi : 10.2174/138920312799277974 . PMID 22044148 . ↑ Mohan A、Oldfield CJ、Radivojac P、Vacic V、Cortese MS、Dunker AK、Uversky VN (2006 年 10 月)。「分子認識機能 (MoRF) の解析」。Journal of Molecular Biology。362 ( 5 ) : 1043–59。doi : 10.1016 / j.jmb.2006.07.087。PMID 16935303 。 ↑ Gunasekaran K、 Tsai CJ、Kumar S、Zanuy D、Nussinov R (2003年2月)。「拡張された無秩序タンパク質：より少ない足場による機能の標的化」。Trends in Biochemical Sciences。28 ( 2 ): 81–5。doi : 10.1016 /S0968-0004(03)00003-3。PMID 12575995 。 ↑ Sandhu KS 、Dash D (2007 年7 月 ) 。 「動的なαヘリックス：適合しないコンフォメーション」。Proteins。68 ( 1 ): 109–22。doi : 10.1002 / prot.21328。PMID 17407165。S2CID 96719019 。 ↑ Tarakhovsky A、Prinjha RK (2018 年 7月)。 「無秩序 を利用する：ウイルス はいかにしてヒストン模倣 を 有利に利用するか」 。 実験医学ジャーナル 。215 (7): 1777– 1787。doi : 10.1084 / jem.20180099。PMC 6028506。PMID 29934321 。 ↑ Atkinson SC、Audsley MD、Lieu KG、Marsh GA、Thomas DR、Heaton SM、Paxman JJ、Wagstaff KM、Buckle AM、Moseley GW、Jans DA、Borg NA (2018 年 1 月)。 「宿主核輸送タンパク質による認識 がヘンドラウイルス V の 無秩序から 秩序への遷移を促進する」 。Scientific Reports。8 ( 1 ) 358。Bibcode : 2018NatSR... 8..358A。doi : 10.1038 / s41598-017-18742-8。PMC 5762688。PMID 29321677 。 ↑ Fuxreiter M (2012年1月). "Fuzziness: linking regulation to protein dynamics". Molecular BioSystems . 8 (1): 168–77 . doi : 10.1039/c1mb05234a . hdl : 2437/124519 . PMID 21927770 . ↑ Fuxreiter M、Simon I、Bondos S (2011 年8月)。「動的なタンパク質-DNA認識：目 に 見えるものを超えて」。Trends in Biochemical Sciences。36 ( 8 ): 415–23。doi : 10.1016/j.tibs.2011.04.006。hdl : 2437 / 124518。PMID 21620710 。 ↑ Borgia A、Borgia MB、Bugge K、Kissling VM、Heidarsson PO、Fernandes CB、Sottini A、Soranno A、Buholzer KJ、Nettels D、Kragelund BB、Best RB、Schuler B (2018 年 3 月)。 「 超 高 親和 性 タンパク質複合体における極端な無秩序」 。Nature。555 ( 7694 ): 61–66。Bibcode : 2018Natur.555 ... 61B。doi : 10.1038 / nature25762。PMC 6264893。PMID 29466338 。 ↑ Feng H 、 Zhou BR、Bai Y（2018年11月）。 「ヒトリンカーヒストンH1.0とそのシャペロンProTαを含む極めて無秩序なタンパク質複合体の結合親和性と機能 」 。 生化学 。57 （ 48 ） ： 6645–6648。doi ： 10.1021 / acs.biochem.8b01075。PMC 7984725。PMID 30430826 。 1 2 3 4 Oldfield CJ、Dunker AK (2014)。「内在的に無秩序なタンパク質と内在的に無秩序なタンパク質領域」。Annual Review of Biochemistry。83 ( 1 ) : 553–584。Bibcode: 2014ARBio..83..553O。doi : 10.1146 / annurev - biochem- 072711-164947。PMID 24606139 。 ↑ Scalvini B. et al.、「本質的に無秩序なタンパク質の比較分析のための回路トポロジーアプローチ」、J. Chem. Inf. Model. 63, 8, 2586–2602 (2023) ↑ アクロフ、ヴァシリー。ヒメネス・パニソ、アルバ。エステバネス・ペルピニャ、エヴァ。ジョン・ヴァン・ノールト。アリレザ、マシャギ（2025年7月17日）。 「リン酸化により調節される構造の多様性と、本質的に無秩序な核受容体のトポロジカルダイナミクス」 。 物理化学ジャーナル B 。 129 (30): 7719 – 7730。 Bibcode : 2025JPCB..129.7719A 。 土井 ： 10.1021/acs.jpcb.5c03257 。 PMC 12319912 。 PMID 40673718 。 ↑ Robustelli, Paul; Piana, Stefano; Shaw, David E. (2020-04-23). "内在的に無秩序なタンパク質の結合時の共役折りたたみ機構". Journal of the American Chemical Society . 142 (25): 11092– 11101. Bibcode : 2020JAChS.14211092R . doi : 10.1021/jacs.0c03217 . ISSN 0002-7863 . PMID 32323533 . ↑ Tompa, Peter; Fuxreiter, Monika (2008 年 1 月). "ファジー複合体: タンパク質間相互作用における多形性と構造的無秩序". Trends in Biochemical Sciences . 33 (1): 2– 8. doi : 10.1016/j.tibs.2007.10.003 . ISSN 0968-0004 . PMID 18054235 . ↑ アクロフ、ヴァシリー。ヒメネス・パニソ、アルバ。エステバネス・ペルピニャ、エヴァ。ジョン・ヴァン・ノールト。アリレザ、マシャギ（2025年7月17日）。 「リン酸化により調節される構造の多様性と、本質的に無秩序な核受容体のトポロジカルダイナミクス」 。 物理化学ジャーナル B 。 129 (30): 7719 – 7730。 Bibcode : 2025JPCB..129.7719A 。 土井 ： 10.1021/acs.jpcb.5c03257 。 PMC 12319912 。 PMID 40673718 。 ↑ Minde DP、Maurice MM、Rüdiger SG (2012)。Uversky VN (編)。 「高速プロテオリシスアッセイFASTppによるライセート中の生物物理学的タンパク質安定性の 決定 」 。PLOS ONE。7 ( 10 ) e46147。Bibcode : 2012PLoSO ... 746147M。doi : 10.1371 / journal.pone.0046147。PMC 3463568。PMID 23056252 。 ↑ Park C、Marqusee S (2005 年 3 月)。「パルスプロテオリシス：タンパク質 の安定性とリガンド結合 を 定量 的に決定するため の 簡便な方法」。Nature Methods。2 ( 3): 207–12。doi : 10.1038 / nmeth740。PMID 15782190。S2CID 21364478 。 ↑ Robaszkiewicz K、Ostrowska Z、Cyranka-Czaja A、Moraczewska J (2015 年 5 月)。「トロポミオシンとトロポニンの相互作用の障害はアクチン細線維の活性化を低下させる」。Biochimica et Biophysica Acta ( BBA) - Proteins and Proteomics。1854 ( 5 ) : 381–90。doi : 10.1016/j.bbapap.2015.01.004。PMID 25603119 。 ↑ Minde DP、Radli M、Forneris F、Maurice MM、Rüdiger SG (2013)。Buckle AM (編)。 「 腺腫 性ポリポーシス大腸菌における広範な無秩序は、Wntシグナル伝達を点突然変異から守る戦略を提供する」 。PLOS ONE。8 ( 10 ) e77257。Bibcode : 2013PLoSO ... 877257M。doi : 10.1371 / journal.pone.0077257。PMC 3793970。PMID 24130866 。 ↑ Brucale M、Schuler B、Samorì B (2014 年 3 月)。 「内在的 に 無秩序なタンパク質の 単一分子研究」。Chemical Reviews。114 ( 6 ): 3281–317。doi : 10.1021/ cr400297g。PMID 24432838 。 ↑ Neupane K、Solanki A 、Sosova I、Belov M、Woodside MT (2014)。 「力分光法 によって調べ られ たα-シヌクレインの小さなオリゴマーによって形成される多様な準安定構造」 。PLOS ONE。9 ( 1 ) e86495。Bibcode : 2014PLoSO ...986495N。doi : 10.1371 / journal.pone.0086495。PMC 3901707。PMID 24475132 。 ↑ Japrung D、Dogan J、Freedman KJ、Nadzeyka A、Bauerdick S、Albrecht T、Kim MJ、Jemth P、Edel JB (2013 年 2 月)。「固体ナノポアを用いた内在性無秩序タンパク質の単一分子 研究 」 。Analytical Chemistry。85 ( 4 ) : 2449–56。Bibcode : 2013AnaCh..85.2449J。doi : 10.1021 / ac3035025。PMID 23327569 。 ↑ Min D, Kim K, Hyeon C, Cho YH, Shin YK, Yoon TY (2013). "単一のSNARE複合体の機械的解離と再解離により、力発生機構としてのヒステリシスが明らかになる" . Nature Communications . 4 (4) 1705. Bibcode : 2013NatCo...4.1705M . doi : 10.1038/ncomms2692 . PMC 3644077. PMID 23591872 . ↑ Miyagi A, Tsunaka Y, Uchihashi T, Mayanagi K, Hirose S, Morikawa K, Ando T (2008年9月). "高速原子間力顕微鏡によるタンパク質の内在性無秩序領域の可視化". ChemPhysChem . 9 (13): 1859–66 . doi : 10.1002/cphc.200800210 . PMID 18698566 . ↑ Theillet FX、Binolfi A、Bekei B、Martorana A、Rose HM、Stuiver M、Verzini S、Lorenz D、van Rossum M、Goldfarb D、Selenko P (2016)。 「 単量体 α- シヌクレインの構造的異常は哺乳類細胞で持続する 」 。Nature。530 ( 7588 ) : 45–50。Bibcode : 2016Natur.530 ... 45T。doi : 10.1038 / nature16531。hdl : 11336 / 53199。PMID 26808899。S2CID 4461465 。 ↑ Minde DP、Ramakrishna M、Lilley KS (2020)。 「ビオチン近接タグは折り畳まれていないタンパク質 を優先し、本質的に無秩序 な領域 の 研究を可能にする」 。Communications Biology。3 ( 1 ) 38。bioRxiv 10.1101 / 274761。doi : 10.1038/s42003-020-0758 - y。PMC 6976632。PMID 31969649 。 ↑ Balatti GE、Barletta GP、Parisi G、Tosatto SC、Bellanda M、Fernandez-Alberti S (2021 年 12 月)。「トリパノソーマ ブルセイのグルタレドキシン 1 における本質的に無秩序な領域がリガンド結合を調節 する 」 。The Journal of Physical Chemistry B。125 ( 49 ) : 13366–13375。Bibcode : 2021JPCB..12513366B。doi : 10.1021 / acs.jpcb.1c07035。PMID 34870419。S2CID 244942842 。 ↑ Best RB、Zhu X、Shim J、Lopes PE、Mittal J、Feig M、Mackerell AD (2012 年 9 月)。 「 主 鎖 φ、ψ および側鎖 χ(1) および χ(2) 二面角のサンプリングの改善を目的とした加算型 CHARMM 全原子タンパク質力場の最適化」 。Journal of Chemical Theory and Computation。8 ( 9): 3257–3273。Bibcode : 2012JCTC .... 8.3257B。doi : 10.1021 / ct300400x。PMC 3549273。PMID 23341755 。 ↑ Best RB (2017年2月)「内在的に無秩序なタンパク質の研究における計算論的および理論的進歩」 Current Opinion in Structural Biology . 42 : 147–154 . doi : 10.1016/j.sbi.2017.01.006 . PMID 28259050 . ↑ Chong SH、Chatterjee P、Ham S ( 2017 年5 月 )。「内在的に無秩序なタンパク質のコンピュータ シミュレーション」。Annual Review of Physical Chemistry。68: 117–134。Bibcode : 2017ARPC ... 68..117C。doi : 10.1146 / annurev - physchem-052516-050843。PMID 28226222 。 ↑ Fox SJ、Kannan S (2017 年 9月 )。「無秩序のダイナミクスの探究」。Progress in Biophysics and Molecular Biology。128 : 57–62。doi : 10.1016 / j.pbiomolbio.2017.05.008。PMID 28554553 。 ↑ 寺川 哲也、高田 聡（2011 年 9 月）。 「内在 的に無秩序なタンパク質 の マルチスケールアンサンブルモデリング：p53 N 末端ドメイン」 。 バイ オ フィジカル ジャーナル 。101 (6): 1450–1458。Bibcode : 2011BpJ... 101.1450T。doi : 10.1016 / j.bpj.2011.08.003。PMC 3177054。PMID 21943426 。 ↑ Fisher CK、Stultz CM (2011 年 6 月)。 「本質的 に無秩序 な タンパク質の アンサンブルの構築」 。Current Opinion in Structural Biology。21 ( 3): 426–431。doi : 10.1016 / j.sbi.2011.04.001。PMC 3112268。PMID 21530234 。 ↑ アピチェッラ A、マラッシオ M、コランジェロ V、ソンチーニ M、ゴーティエリ A、プラマー CJ (2017 年 6 月)。 「本質的に無秩序なタンパク質アメロゲニンの分子動力学シミュレーション」。 生体分子の構造とダイナミクスのジャーナル 。 35 (8): 1813 ～ 1823 年。 土井 : 10.1080/07391102.2016.1196151 。 hdl : 11311/1004711 。 PMID 27366858 。 S2CID 205576649 。 ↑ Zerze GH、Miller CM、Granata D、Mittal J (2015 年 6 月)。「本質的に無秩序なタンパク質の自由エネルギー表面：温度レプリカ交換分子動力学とバイアス交換メタダイナミクスの比較」。Journal of Chemical Theory and Computation。11 (6): 2776–2782。Bibcode : 2015JCTC ... 11.2776Z。doi : 10.1021 / acs.jctc.5b00047。PMID 26575570 。 ↑ Granata D、Baftizadeh F、Habchi J、Galvagnion C、De Simone A、Camilloni C、et al . (2015 年 10 月)。 「 シミュレーション と 実験 による本質的に無秩序なペプチドの反転した自由エネルギーランドスケープ」 。Scientific Reports。5 15449。Bibcode : 2015NatSR ... 515449G。doi : 10.1038 / srep15449。PMC 4620491。PMID 26498066 。 ↑ 飯田 聡、川端 徹、笠原 健、中村 浩、肥後 淳 (2019 年 4 月) 「一般化アンサンブル法による S100B への結合時の p53 C 末端ドメインの多峰性構造分布: 無秩序から超無秩序へ」 Journal of Chemical Theory and Computation . 15 (4): 2597– 2607. Bibcode : 2019JCTC...15.2597I . doi : 10.1021/acs.jctc.8b01042 . PMID 30855964 . S2CID 75138292 . ↑ Kurcinski M、Kolinski A、Kmiecik S (2014年6月)「ab initioシミュレーションによって明らかになった、本質的に無秩序なタンパク質の折り畳みと結合のメカニズム」 Journal of Chemical Theory and Computation . 10 (6): 2224– 2231. Bibcode : 2014JCTC...10.2224K . doi : 10.1021/ct500287c . PMID 26580746 . ↑ Ciemny MP、Badaczewska-David AE、Pikuzinska M、Kolinski A、Kmiecik S (2019 年 1 月)。 「モンテカルロシミュレーションと知識ベースの統計力場を使用した無秩序なタンパク質構造のモデリング」 。 国際分子科学ジャーナル 。 20 (3): 606. 土井 : 10.3390/ijms20030606 。 PMC 6386871 。 PMID 30708941 。 ↑ Garaizar A、Espinosa JR (2021 年 9 月 )。 「明示的な水とイオンを含む粗視化モデルによる、本質的に無秩序なタンパク質の塩濃度依存相挙動」 。The Journal of Chemical Physics。155 ( 12 ) : 125103。Bibcode : 2021JChPh.155l5103G。doi : 10.1063 / 5.0062687。PMID 34598583。S2CID 238249229 。 ↑ Uversky VN (2013). "Digested disorder: Quarterly intrinsic disorder digest (January/February/March, 2013)" . Intrinsically Disordered Proteins . 1 (1) e25496. doi : 10.4161/idp.25496 . PMC 5424799 . PMID 28516015 . ↑ Costantini S、Sharma A、Raucci R、Costantini M、Autiero I、Colonna G (2013 年 3 月)。 「 古代 タンパク質 ファミリーの系譜: サーチュイン、無秩序なメンバーのファミリー」 。BMC Evolutionary Biology。13 ( 1 ): 60。Bibcode : 2013BMCEE..13... 60C。doi : 10.1186 / 1471-2148-13-60。PMC 3599600。PMID 23497088 。 ↑ Campen A、Williams RM、Brown CJ、Meng J、Uversky VN、Dunker AK (2008)。 「 TOP - IDPスケール：内在 性 無秩序の傾向を 測定 する新しいアミノ酸スケール」 。Protein and Peptide Letters。15 ( 9 ): 956–963。doi : 10.2174 / 092986608785849164。PMC 2676888。PMID 18991772 。 ↑ Schlessinger A、Schaefer C、Vicedo E、Schmidberger M、Punta M、Rost B (2011年6月)。「タンパク質の無秩序性 ― 進化の画期的な発明か？」。 Current Opinion in Structural Biology。21 ( 3): 412–8。doi : 10.1016 / j.sbi.2011.03.014。PMID 21514145 。 ↑ Tompa P (2011年6月)「非構造生物学の成熟」 Current Opinion in Structural Biology . 21 (3): 419–425 . doi : 10.1016/j.sbi.2011.03.012 . PMID 21514142 . ↑ Ferron F、Longhi S 、 Canard B、Karlin D (2006 年 10 月)。「タンパク質 の 構造 的 無秩序予測方法の実践的 な 概要」。Proteins。65 ( 1): 1– 14。doi : 10.1002/ prot.21075。PMID 16856179。S2CID 30231497 。 ↑ Aubel, Margaux; Eicholt, Lars; Bornberg-Bauer, Erich (2023-03-29). "機械学習時代のde novo出現タンパク質の構造および無秩序予測ツールの評価" . F1000Res . 12 : 347. doi : 10.12688/f1000research.130443.1 . PMC 10126731 . PMID 37113259 . ↑ Middendorf, Lasse; Eicholt, Lars A. (2024年6月). "ランダム、de novo、および保存タンパク質：構造と無秩序予測器の性能の違い" . Proteins . 92 (6): 757– 767. doi : 10.1002/prot.26652 . PMID 38226524 . ↑ Wise-Scira O、Dunn A、Aloglu AK、Sakallioglu IT、Coskuner O (2013年3月)。 「 E46K 変異型α-シヌクレインタンパク質の構造とE46K変異が野生型α-シヌクレインタンパク質の構造に及ぼす影響」 。ACS Chemical Neuroscience。4 ( 3 ): 498– 508。doi : 10.1021 / cn3002027。PMC 3605821。PMID 23374074 。 ↑ Dobson CM (2003 年 12 月). 「タンパク質の折り畳みとミスフォールディング」. Nature . 426 ( 6968): 884–90 . Bibcode : 2003Natur.426..884D . doi : 10.1038/nature02261 . PMID 14685248. S2CID 1036192 .
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