タンパク質構造データベース

生物学において、タンパク質構造データベースは、実験的に決定されたさまざまなタンパク質構造に基づいてモデル化されたデータベースです。ほとんどのタンパク質構造データベースの目的は、タンパク質構造を整理して注釈を付け、生物学コミュニティが実験データに便利な方法でアクセスできるようにすることです。タンパク質構造データベースに含まれるデータには、多くの場合、3次元座標に加えて、X線結晶構造解析で決定された構造の単位格子寸法や角度などの実験情報が含まれています。ほとんどの場合、この場合はタンパク質またはタンパク質の特定の構造決定には配列情報も含まれており、一部のデータベースでは配列ベースのクエリを実行する手段も提供されていますが、構造データベースの主な属性は構造情報であるのに対し、配列データベースは配列情報に重点を置いており、大部分のエントリには構造情報が含まれていません。タンパク質構造データベースは、構造ベースの薬物設計などの計算生物学の多くの取り組みにとって、使用される計算方法の開発と、タンパク質の機能に関する洞察を提供するために一部の方法で使用される大規模な実験データセットの提供の両方において重要です。^[1]

タンパク質データバンク（PDB）は、実験的に決定されたすべてのタンパク質構造データの中央アーカイブとして1971年に設立されました。現在、PDBは、ワールドワイドタンパク質データバンク（wwPDB）として総称される国際コンソーシアムによって管理されています。wwPDBの使命は、世界中のコミュニティが無料で公開できる高分子構造データの単一のアーカイブを維持することです。^{[2] [3]}

PDB はデータをパブリックドメインで公開しているため、そのデータは他のさまざまなタンパク質構造データベースで使用されています。

タンパク質構造データベースの例には以下のものがあります（アルファベット順）。

高分子運動のデータベース

タンパク質やその他の高分子で起こる動きを、特に映画を使って説明します。

ダイナミクス

既知のすべてのタンパク質フォールドファミリーを表すタンパク質の分子動力学シミュレーションと分析のデータウェアハウス

イエナリブ

イエナ生体高分子ライブラリは、視覚化と分析に重点を置き、3次元生体高分子構造に関する情報をより効果的に普及させることを目的としています。

モッドベース

比較モデリングによって計算された3次元タンパク質モデルのデータベース

オーケー

タンパク質構造/機能のブラウザデータベース - OCA は、KEGG、OMIM、PDBselect、Pfam、PubMed、SCOP、SwissProtなどの情報を統合します。

オプティマム

脂質二重層に対するタンパク質の三次元構造の空間位置を示します。

PDB ライト

OCAから派生したPDB Liteは、PDB内の高分子をできるだけ簡単に検索して表示できるようにするために提供されました。

PDBサム

PDBの高分子構造の概要を提供し、各構造内の分子とそれらの相互作用の模式図を示します。

PDBTM

膜貫通タンパク質のタンパク質データバンク— PDB の一部。

PDBウィキ

生物学的分子構造のコミュニティ注釈付き知識ベース [1]

プロトCID

タンパク質共通インターフェース データベース (ProtCID) は、相同タンパク質の結晶構造における類似したタンパク質間インターフェースのデータベースです。

タンパク質

NIHタンパク質データベースは、 GenBank、RefSeq 、およびThird Party Annotationの注釈付きコード領域からの翻訳、およびSwissProt、PIR、PRF、およびPDBからのレコードを含む、複数のソースからの配列のコレクションです。

プロテオペディア

タンパク質やその他の分子の共同 3D 百科事典。PDB のすべてのエントリ (100,000 ページ以上) のページを含む wiki で、機能部位とリガンドを強調表示するJmolビューがあります。使いやすいシーン作成ツールが用意されているため、カスタマイズされた分子シーンを作成するために Jmol スクリプト言語を学ぶ必要はありません。カスタム シーンは、Jmol でそれらのシーンを表示する説明テキスト内の「緑のリンク」に簡単に添付できます。

プロテインラウンジ

タンパク質構造のビジュアルを含むタンパク質データベース。また、他のツールを含むタンパク質経路と遺伝子配列も含まれています。

スコープ

タンパク質の構造分類[2]は、構造が知られているすべてのタンパク質間の構造的および進化的関係を詳細かつ包括的に説明したものです。

SWISS-MODEL リポジトリ

相同性モデリングによって計算された注釈付きタンパク質モデルのデータベース

トップサン

オープン タンパク質構造注釈ネットワーク — タンパク質の 3 次元構造に関する情報を収集、共有、配布するために設計された wiki。