短い線状のモチーフ

分子生物学では、短線状モチーフ（SLiM）、線状モチーフ、またはミニモチーフは、タンパク質間相互作用を媒介するタンパク質配列の短い部分です。^[1]^[2]

最初の定義はティム・ハントによって与えられた：^[3]

「多くのタンパク質の配列には、認識や標的化活動に関与する短い保存されたモチーフが含まれており、多くの場合、それらが存在する分子の他の機能特性とは別になっています。これらのモチーフは線形であり、分子の離れたセグメントをまとめて認識可能なユニットにするために 3 次元構造を必要としません。これらのモチーフの保存性はさまざまです。高度に保存されているものもあれば、たとえば、モチーフ全体で特定の電荷パターンのみを保持する置換が可能なものもあります。」

属性

SLiM は一般に本質的に無秩序な領域に位置している^[4] (既知の SLiM の 80% 以上) が、構造化されたパートナーと相互作用すると、二次構造が誘導されることが多い。注釈の付いた SLiM の大部分は、3 ～ 11 個の連続したアミノ酸で構成され、平均残基数は 6 個強である。しかし、ほんの数個のホットスポット残基 (平均してモチーフ内の 3 残基ごとに 1 つのホットスポット) が結合の自由エネルギーの大部分に寄与し、相互作用の親和性と特異性のほとんどを決定する。ほとんどのモチーフには位置の好みはないが、機能するためには、いくつかのモチーフがタンパク質末端に局在する必要がある。^[5]^[6] SLiM の主な定義属性は、結合パートナーと直接接触する残基の数が限られていることであるが、これには 2 つの大きな結果がある。第 1 に、ほんの数個または 1 個の変異でさえも機能的なモチーフを生成でき、隣接する残基をさらに変異させることで親和性と特異性を調整できる。^{[7]この結果、SLiMは}収束的に進化する傾向が高まり、高等真核生物での保存と発生率の増加によって証明されているように、その増殖を促進します。^{[8]これにより、}インタラクトームの接続性が高まり、再構築される可能性があるという仮説が立てられています。第二に、SLiMは相互作用パートナーに対する親和性が比較的低いため（通常1〜150 μM）、これらの相互作用は一時的かつ可逆的であり、したがって細胞シグナリングなどの動的プロセスを媒介するのに理想的です。さらに、これは、これらの相互作用が、モチーフの構造的および物理化学的特性を変更する翻訳後修飾によって容易に調整できることを意味しています。また、機能密度の高い領域は、重複するモチーフ（例：インテグリンβサブユニットのC末端テール）によって分子スイッチングを媒介したり、複数の低親和性モチーフ（例：Eps15の複数のAP2結合モチーフ）によって高親和性相互作用を可能にしたりすることができます。^[6]^[9]^[10]

関数

SLiM は、調節機能、タンパク質間相互作用、シグナル伝達における重要な役割のため、ほぼすべての経路で機能します。SLiM は、追加の生体分子によって認識される相互作用モジュールとして機能します。SLiM の既知の相互作用パートナーの大部分は球状タンパク質ドメインですが、他の本質的に無秩序な領域、RNA、脂質を認識する SLiM も特徴付けられています。SLiM は、修飾部位とリガンド結合部位という 2 つの高レベルのクラスに大まかに分けることができます。

修飾部位
修飾部位 SLiM には、酵素の触媒ドメインの活性部位によって認識され、修飾される固有の特異性決定因子を持つ部位が含まれます。これらの SLiM には、多くの古典的な翻訳後修飾部位(PTM)、プロテアーゼによって認識されるタンパク質分解切断部位、およびイソメラーゼによって認識される結合が含まれます。

部分付加– SLiM は、多くの場合、小さな化学基 (例:リン酸化)、タンパク質 (例: SUMO 化)、またはその他の部分 (例:翻訳後部分付加) の付加を対象とします。
タンパク質分解切断- SLiM はエンドペプチダーゼの認識部位として機能し、SLiM でのペプチドの不可逆的な切断を引き起こします。
構造変更– SLiM は異性化酵素によって認識され、ペプチド骨格のシス-トランス異性化を引き起こします。

リガンド結合部位
リガンド結合部位SLiMは、SLiMを含むタンパク質に結合パートナーをリクルートし、一時的な相互作用を媒介したり、より安定した複合体を生成するために協力的に作用したりすることが多い。リガンドSLiMは、動的な多タンパク質複合体の形成に中心的な役割を果たすことが多いが、より一般的には、タンパク質の安定性、局在性、または修飾状態を制御する調節相互作用を媒介する。^[11]

複合体の形成– リガンド SLiM は、多くの場合、タンパク質を多タンパク質複合体にリクルートする単純なインターフェースとして機能するか (例: 網膜芽細胞腫結合 LxCxE モチーフ)、または足場タンパク質内の凝集体として機能します (例: SH3 ドメイン結合プロリンリッチ配列)。
局在化– 多数の SLiM は、細胞輸送機構によって認識される郵便番号として機能し、含まれるタンパク質を正しい細胞内区画に再局在化します (例:核局在化シグナル(NLS) および核輸出シグナル(NES))
修飾状態– 多くのクラスのリガンド SLiM は、酵素の活性部位とは異なる部位に結合することで、酵素を基質にリクルートします。ドッキングモチーフと呼ばれるこれらの部位は、これらの酵素の追加の特異性決定因子として機能し、オフターゲット修飾イベントの可能性を減らします。
安定性– ドッキングモチーフのサブセットは、E3 ユビキチンリガーゼを基質にリクルートします。結果として生じるポリユビキチン化により、基質がプロテオソーム破壊の標的となります。

病気における役割

SLiMのような不規則なタンパク質要素は、遺伝子発現を制御する因子によく見られます。^[11]その結果、いくつかの疾患は、主要なSLiM媒介機能を変化させる変異に関連付けられています。たとえば、ヌーナン症候群の原因の1つは、タンパク質Raf-1の変異であり、対応する短い線状モチーフを介して14-3-3タンパク質との相互作用を阻害し、それによってRaf-1 キナーゼ活性を調節解除します。^[12] アッシャー症候群は、ヒトの遺伝性聴覚障害の最も一般的な原因であり^{[13] 、ハーモニンの}PDZドメインまたはSANSタンパク質の対応するPDZ相互作用モチーフのいずれかの変異によって引き起こされる可能性があります。^[14]最後に、リドル症候群は、上皮性ナトリウムチャネルENaCのβ-(SCNNB_HUMA)およびγ-(SCNNG_HUMA)サブユニットのWW相互作用モチーフにおける常染色体優性活性化変異に関連していることが示唆されている。^[15]これらの変異はユビキチンリガーゼNEDD4への結合を阻害し、それによってチャネルの分解を阻害し、 ENaCの半減期を延長し、最終的にNa ⁺再吸収の増加、血漿量の増加、および高血圧を引き起こす。^[16]

ウイルスはしばしばヒトのSLiMを模倣して宿主の細胞機構を乗っ取って混乱させ、^[17]^[18]^[11]それによって、新しいウイルスコード化タンパク質を必要とせずにコンパクトなゲノムに機能性を追加します。実際、網膜芽細胞腫結合LxCxEモチーフやUEVドメイン結合PTAP後期ドメインなど、多くのモチーフはもともとウイルスで発見されました。ウイルスの短い世代時間と高い変異率は、自然選択と関連して、ウイルスライフサイクルのあらゆる段階で宿主のSLiMの模倣の例を多数生み出しました（NefのSrc結合モチーフPxxPは複製を調節し、WWドメイン結合PPxYはエボラウイルスの出芽を媒介し、狂犬病ウイルスのダイニン軽鎖結合モチーフは宿主感染に不可欠です）。多くのウイルスタンパク質が複数の機能的SLiM（例えば、アデノウイルスタンパク質E1A）を含むことから、ヒトSLiMの模倣の範囲は驚くべきものです。

病原性細菌も宿主モチーフを模倣するが（独自のモチーフも持つ）、絶対寄生ウイルスほどではない。大腸菌は、N-WASPの自己阻害要素を模倣したタンパク質EspF(U)を宿主細胞に注入し、アクチン核形成因子WASPを活性化する。^[19]細菌がコードするコレラ毒素のKDELモチーフは、コレラ毒素の細胞侵入を媒介する。^[20]

医薬品設計のリードとしての可能性

線状モチーフを介したタンパク質間相互作用は、近年、新規薬物標的として有望視されている。^[21]成功例には、MDM2モチーフ類似体Nutlin-3とインテグリンを標的とするRGD模倣体Cilengitideがある。Nutlin -3は、 MDM2のSWIBドメインとp53の相互作用に拮抗し、p53を安定化させて癌細胞の老化を誘導する。^[22] Cilengitideはインテグリン依存性シグナル伝達を阻害し、細胞骨格の分解、細胞剥離、および内皮細胞と神経膠腫細胞のアポトーシス誘導を引き起こす。^[23]^[24]さらに、Grb2およびCrk SH2 / SH3アダプタードメインを標的とするペプチドも研究されている。^[25]^[26]

現時点ではリン酸化部位を特に標的とする医薬品は市場に出回っていないが、キナーゼドメインを標的とする医薬品は数多くある。この戦略は様々ながんの治療に有望であることが分かっている。^[18]例えば、Stutnet®は消化器がんの治療に用いられる受容体チロシンキナーゼ（RTK）阻害剤であり、 Gleevec®は特にbcr-ablを標的とし、Sprycel®はBcr-AblやSrcを標的とする広範囲チロシンキナーゼ阻害剤である。切断はモチーフ認識によって誘導される別のプロセスであり、切断を担うプロテアーゼは優れた医薬品ターゲットである。例えば、Tritace®、Vasotec®、Accupril®、Lotensin®は基質模倣アンジオテンシン変換酵素阻害剤である。翻訳後修飾を標的とする他の薬剤には、抗ウイルスミリストイル化阻害剤であるZovirax ®や、 CAAX ボックスモチーフへの脂質化修飾を阻害するファルニシルトランスフェラーゼ阻害剤などがあります。

推奨される参考文献: ^[18]^[27]

計算モチーフリソース

データベース

SLiMは通常、モチーフ文献の中で正規表現で記述され、重要な残基は実験的、構造的、進化的証拠の組み合わせに基づいて定義される。しかし、ファージディスプレイなどのハイスループットスクリーニングにより、多くのモチーフクラスで利用可能な情報が大幅に増加し、それらをシーケンスロゴで記述できるようになった。^[28]現在、いくつかの多様なリポジトリが利用可能なモチーフデータをキュレーションしている。範囲の点では、Eukaryotic Linear Motif resource (ELM) ^[29]とMiniMotif Miner (MnM) ^[30]は、利用可能な文献からすべてのモチーフをキャプチャしようとする2つの最大のモチーフデータベースである。より具体的で専門的なデータベースもいくつか存在し、PepCyber^[31]とScanSite ^[32]はそれぞれ、モチーフのより小さなサブセット、リン酸化ペプチド結合、および重要なシグナル伝達ドメインに焦点を当てている。PDZBase ^[33]はPDZドメインリガンドのみに焦点を当てている。MEROPS ^[34]と CutDB ^[35]は、プロテアーゼ特異性や切断部位を含む利用可能なタンパク質分解イベントデータをキュレーションしています。過去10年間でモチーフを介した相互作用を記述する出版物の数は大幅に増加しており、その結果、利用可能な文献の大部分がキュレーションされていないままになっています。最近の研究では、アノテーションプロセスを迅速化し、意味的に堅牢なモチーフ記述を促進するツール MiMosa ^[36]が作成されました。^[37]

発見ツール

SLiM は短く、縮退しており、その結果、プロテオームには機能モチーフに似た確率的に発生するペプチドが散在しています。生物学的に関連する細胞パートナーは機能モチーフを簡単に区別できますが、計算ツールは、モチーフの発見を高い成功率で達成できるほどの高度なレベルにはまだ達していません。

モチーフ検出ツールは、既知の機能モチーフクラスの新規インスタンスの検出と機能モチーフクラスの検出という 2 つの主要なカテゴリに分けられますが、いずれも限定された重複する属性セットを使用して真陽性と偽陽性を区別します。モチーフ検出で使用される主な識別属性は次のとおりです。

アクセス可能性 – モチーフは結合パートナーにとってアクセス可能でなければなりません。固有不規則性予測ツール (IUPred や GlobPlot など)、ドメインデータベース ( PfamやSMARTなど)、実験的に得られた構造データ ( PDBなどのソースから) を使用して、予測されたモチーフインスタンスのアクセス可能性を確認できます。
保存 – モチーフの保存は機能性と強く相関しており、多くの実験モチーフは保存が弱い領域内の強い制約の島として見られます。相同タンパク質のアラインメントを使用して、モチーフの保存メトリックを計算できます。
物理化学的特性 – アミノ酸残基またはアミノ酸配列の特定の固有特性は、機能性の強力な判別因子となります。たとえば、無秩序な領域が無秩序から秩序への遷移を起こす傾向などです。
類似タンパク質のグループ化の強化 – モチーフは、特定のパートナーへの結合の仲介や、特定の細胞内局在へのタンパク質の標的化など、さまざまなタンパク質で同様のタスクを実行するために収束的に進化することがよくあります。このような場合、モチーフのグループ化は偶然に予想されるよりも頻繁に発生することが多く、強化されたモチーフを検索することで検出できます。

新しい機能モチーフの例

真核生物線形モチーフリソース（ELM）^[29]とMiniMotif Miner（MnM）^[30]はどちらも、タンパク質配列中の既知の機能モチーフの新しいインスタンスを検索するためのサーバーを提供しています。SLiMSearchはプロテオーム全体のスケールで同様の検索を可能にします。^[38]

新規機能モチーフクラス

最近では、新しい短鎖モチーフを新たに同定できる計算方法が開発されている。^[39]インタラクトームベースのツールは、同じタンパク質に結合したり、同じペプチダーゼによって切断されるなど、共通の機能を共有する可能性が高いタンパク質セットを同定することに依存している。そのようなソフトウェアの2つの例は、DILIMOTとSLiMFinderである。^[40]^[41] Anchorとα-MoRF-Predは、物理化学的特性を利用して、無秩序領域（とりわけMoRFと呼ばれる）内のモチーフのようなペプチドを検索する。ANCHOR ^[42]は、球状相互作用パートナーによって提供される追加の安定化エネルギーなしでは折り畳まれるのに好ましい鎖内相互作用を形成できない、本質的に無秩序な領域のストレッチを同定する。α-MoRF-Pred ^[43]は、多くのSLiMが結合時に無秩序から秩序への遷移を起こすという固有の傾向を利用して、無秩序領域内のαヘリックス形成ストレッチを発見する。 MoRFPred ^[44]と MoRFchibi SYSTEM ^[45]^[46]^[47]は SVM ベースの予測子であり、予測において、局所的な配列の物理化学的特性、長く続く無秩序領域、保存性などの複数の特徴を活用します。SLiMPred ^[48]は、タンパク質配列から SLiM を de novo 発見するためのニューラルネットワークベースの方法です。モチーフの構造的コンテキストに関する情報 (予測される二次構造、構造モチーフ、溶媒アクセシビリティ、無秩序性) が予測プロセス中使用されます。重要なことは、タンパク質に関する事前の知識 (つまり、進化情報や実験情報) は必要ないことです。

参考文献

^ Diella F, Haslam N, Chica C, Budd A, Michael S, Brown NP, et al. (2008年5月). 「真核生物の線状モチーフと細胞シグナル伝達および調節におけるその役割の理解」. Frontiers in Bioscience . 13 (13): 6580–603. doi : 10.2741/3175 . PMID 18508681.
^ Neduva V、Russell RB (2006 年 10 月)。「相互作用ネットワークを媒介するペプチド: ついに新たな手がかり」。Current Opinion in Biotechnology。17 ( 5): 465–71。doi :10.1016/j.copbio.2006.08.002。PMID 16962311 。
^ Dice JF (1990年8月). 「リソソームタンパク質分解のための細胞質タンパク質を標的とするペプチド配列」. Trends in Biochemical Sciences . 15 (8): 305–9. doi :10.1016/0968-0004(90)90019-8. PMID 2204156.
^ Ren S、Uversky VN、Chen Z 、Dunker AK、Obradovic Z (2008 年 9 月)。「SH2、SH3、および Ser/Thr キナーゼドメインによって認識される短い線状モチーフは、無秩序なタンパク質領域で保存されています」。BMC Genomics。9 ( Suppl 2 ): S26。doi : 10.1186/ 1471-2164-9 -S2- S26。PMC 2559891。PMID 18831792。
^ London N、Movshovitz-Attias D、Schueler-Furman O (2010年2月)。「ペプチド-タンパク質結合戦略の構造的基礎」。構造。18 ( 2): 188–99。doi : 10.1016 / j.str.2009.11.012。PMID 20159464 。
^ ab Davey NE、Van Roey K、Weatheritt RJ、Toedt G、Uyar B、Altenberg B 、 et al. (2012年1月)。「短い線状モチーフの属性」。Molecular BioSystems。8 ( 1 ): 268–81。doi :10.1039/c1mb05231d。PMID 21909575 。
^ Davey NE、Cyert MS、Moses AM（2015年11月）。「短い線状モチーフ - タンパク質調節の無からの進化」。細胞コミュニケーションとシグナリング。13 （1）：43。doi ：10.1186 / s12964-015-0120- z。PMC 4654906。PMID 26589632。
^ Ren S、Yang G、He Y、Wang Y、Li Y、Chen Z (2008 年 10 月)。「短い線状モチーフの保存パターンは、相互作用するタンパク質ドメインの機能と高い相関関係にある」。BMC Genomics。9 : 452。doi : 10.1186 / 1471-2164-9-452。PMC 2576256。PMID 18828911。
^ Neduva V 、Russell RB (2005年6 月)。「線形モチーフ: 進化的相互作用スイッチ」。FEBS Letters。579 ( 15): 3342–5。Bibcode : 2005FEBSL.579.3342N。doi : 10.1016 /j.febslet.2005.04.005。PMID 15943979。S2CID 41014984 。
^ Gibson TJ (2009年10月). 「細胞制御：個別の協力をシグナルする決定」.生化学科学の動向. 34 (10): 471–82. doi :10.1016/j.tibs.2009.06.007. PMID 19744855.
^ abc Cermakova, Katerina; Hodges, H. Courtney (2023-02-06). 「無秩序なタンパク質に特異性を付与する相互作用モジュール」。Trends in Biochemical Sciences . 48 (5): S0968–0004(23)00008–7. doi : 10.1016/j.tibs.2023.01.004 . ISSN 0968-0004. PMC 10106370 . PMID 36754681.
^ Pandit B、Sarkozy A、 Pennacchio LA、Carta C、Oishi K、Martinelli S、他 (2007 年 8 月)。「機能獲得型 RAF1 変異が肥大型心筋症を伴う Noonan 症候群および LEOPARD 症候群を引き起こす」。Nature Genetics。39 ( 8 ) : 1007–12。doi :10.1038/ng2073。PMID 17603483。S2CID 19335210 。
^ Eudy JD、 Sumegi J (1999年10月)。 「アッシャー症候群の分子遺伝学」。細胞および分子生命科学。56 ( 3–4 ): 258–67。doi :10.1007/s000180050427。PMC 11146852。PMID 11212353。S2CID 2028106。
^ Kalay E、de Brouwer AP、Caylan R、Nabuurs SB、Wollnik B、Karaguzel A、他 (2005 年 12 月)。「SANS PDZ 結合モチーフの新規 D458V 変異が非典型的アッシャー症候群を引き起こす」。Journal of Molecular Medicine。83 ( 12): 1025–32。doi : 10.1007 /s00109-005-0719-4。PMID 16283141。S2CID 41415771 。
^ Warnock DG (1998年1月). 「リドル症候群：ヒト高血圧の常染色体優性型」. Kidney International . 53 (1): 18–24. doi : 10.1046/j.1523-1755.1998.00728.x . PMID 9452995.
^ 古橋正之、北村健、安達正之、三好孝、脇田暢、浦暢、他 (2005 年 1 月)。「上皮ナトリウムチャネル β サブユニットのプロリンに富む PY モチーフの新規変異により引き起こされるリドル症候群」。臨床内分泌代謝学ジャーナル。90 (1 ) : 340–4。doi : 10.1210/jc.2004-1027。PMID 15483078。
^ Davey NE、 Travé G、Gibson TJ (2011年3 月)。「ウイルスが細胞制御をハイジャックする方法」。生化学科学の動向。36 (3): 159–69。doi :10.1016/j.tibs.2010.10.002。PMID 21146412 。
^ abc Kadaveru K、Vyas J 、Schiller MR（2008年5月）。「ウイルス感染とヒト疾患 - ミニモチーフからの洞察」。Frontiers in Bioscience。13（13）：6455–71。doi ：10.2741/3166。PMC 2628544。PMID 18508672。
^ Sallee NA、Rivera GM、Dueber JE、Vasilescu D、Mullins RD、Mayer BJ、Lim WA (2008 年 8 月)。「病原体タンパク質 EspF(U) は擬態と多価性を利用してアクチンの重合をハイジャックする」。Nature . 454 ( 7207 ) : 1005–8。Bibcode : 2008Natur.454.1005S。doi :10.1038/nature07170。PMC 2749708。PMID 18650806。
^ Lencer WI、Constable C、Moe S、Jobling MG、Webb HM、Ruston S、他 (1995 年 11 月)。「極性上皮におけるコレラ毒素および大腸菌熱不安定毒素の標的化: COOH 末端 KDEL の役割」。The Journal of Cell Biology。131 ( 4 ): 951–62。doi :10.1083/jcb.131.4.951。PMC 2200010。PMID 7490296 。
^ Wells JA 、McClendon CL（2007年12月）。「タンパク質-タンパク質界面における創薬における大きな目標達成」。Nature 450 （ 7172）：1001–9。Bibcode ：2007Natur.450.1001W。doi ： 10.1038 / nature06526。PMID 18075579。S2CID 205211934 。
^ Vassilev LT、Vu BT、Graves B、 Carvajal D、Podlaski F、Filipovic Z、他 (2004 年 2 月)。「MDM2 の小分子拮抗薬による p53 経路の生体内活性化」。Science。303 ( 5659 ) : 844–8。Bibcode : 2004Sci ...303..844V。doi :10.1126/science.1092472。PMID 14704432。S2CID 16132757 。
^ Goodman SL、Hölzemann G、Sulyok GA、Kessler H (2002 年 2 月)。「αv(beta)6、αv(beta)5、αv(beta)3 インテグリンに対するナノモル低分子阻害剤」。Journal of Medicinal Chemistry。45 ( 5): 1045–51。doi :10.1021/ jm0102598。PMID 11855984 。
^ Oliveira-Ferrer L、Hauschild J、Fiedler W、Bokemeyer C、Nippgen J、Celik I、Schuch G (2008 年 12 月)。「Cilengitide は、FAK/src/AKT 経路の阻害を介して内皮細胞および神経膠腫細胞における細胞剥離およびアポトーシスを誘導する」。Journal of Experimental & Clinical Cancer Research。27 ( 1): 86。doi : 10.1186 / 1756-9966-27-86。PMC 2648308。PMID 19114005。
^ Gril B、Vidal M、Assayag F、Poupon MF、Liu WQ、Garbay C (2007 年 7 月)。「Grb2-SH3 リガンドは HER2+ 癌細胞の増殖を阻害し、ヒト癌異種移植片単独およびドセタキセルとの併用で抗腫瘍効果を発揮する」。International Journal of Cancer。121 ( 2 ) : 407–15。doi :10.1002/ijc.22674。PMC 2755772。PMID 17372910。
^ Feller SM、Lewitzky M (2006)。「Grb2 および Crk ファミリーアダプターのタンパク質間相互作用を破壊する薬剤の潜在的な疾患ターゲット」。Current Pharmaceutical Design。12 ( 5): 529–48。doi : 10.2174 /138161206775474369。PMID 16472145 。
^ Metallo SJ (2010年8月). 「本質的に無秩序なタンパク質は潜在的な薬物ターゲットです」. Current Opinion in Chemical Biology . 14 (4): 481–8. doi :10.1016/j.cbpa.2010.06.169. PMC 2918680. PMID 20598937 .
^ Haslam NJ、 Shields DC (2012 年 5 月) 。「プロファイルベースの短い線状タンパク質モチーフの発見」。BMC Bioinformatics。13 : 104。doi : 10.1186 / 1471-2105-13-104。PMC 3534220。PMID 22607209。
^ ab Gould CM、Diella F、Via A、Puntervoll P、Gemünd C、Chabanis-Davidson S、et al. (2010 年 1 月)。「ELM: 2010 年真核生物線状モチーフリソースの現状」。核酸研究。38 (データベース号): D167-80。doi : 10.1093/ nar /gkp1016。PMC 2808914。PMID 19920119。
^ ab Rajasekaran S、Balla S、Gradie P、 Gryk MR、Kadaveru K、Kundeti V、他 (2009 年 1 月)。「Minimotif Miner 2nd release: モチーフ検索用のデータベースおよび Web システム」。Nucleic Acids Research。37 (データベース号): D185-90。doi :10.1093/ nar /gkn865。PMC 2686579。PMID 18978024。
^ Gong W、Zhou D、Ren Y、Wang Y、Zuo Z、Shen Y、他 (2008 年 1 月)。「PepCyber:P~PEP: リン酸化タンパク質結合ドメインを介したヒトタンパク質相互作用のデータベース」。Nucleic Acids Research。36 (データベース号) : D679-83。doi :10.1093/nar/gkm854。PMC 2238930。PMID 18160410。
^ Obenauer JC、Cantley LC、Yaffe MB (2003 年 7 月)。「Scansite 2.0: 短い配列モチーフを使用した細胞シグナル伝達相互作用のプロテオーム全体の予測」。核酸研究。31 ( 13 ) : 3635–41。doi :10.1093/nar/gkg584。PMC 168990。PMID 12824383 。
^ Beuming T、Skrabanek L、Niv MY、Mukherjee P、 Weinstein H (2005年3 月)。「PDZBase: PDZ ドメインのタンパク質間相互作用データベース」。バイオインフォマティクス。21 (6): 827–8。doi : 10.1093/bioinformatics/ bti098。PMID 15513994。
^ Rawlings ND、Barrett AJ、Bateman A (2010 年 1 月)。「MEROPS: ペプチダーゼデータベース」。核酸研究。38 (データベース号): D227-33。doi : 10.1093/ nar /gkp971。PMC 2808883。PMID 19892822。
^ Igarashi Y, Eroshkin A, Gramatikova S, Gramatikoff K, Zhang Y, Smith JW, et al. (2007 年 1 月). 「CutDB: タンパク質分解イベントデータベース」. Nucleic Acids Research . 35 (データベース号): D546-9. doi :10.1093/nar/gkl813. PMC 1669773. PMID 17142225.
^ Vyas J、Nowling RJ、Meusburger T、Sargeant D、Kadaveru K、Gryk MR、他 (2010 年 6 月)。「MimoSA: ミニモチーフ注釈システム」。BMC Bioinformatics . 11 : 328. doi : 10.1186/1471-2105-11-328 . PMC 2905367 . PMID 20565705。
^ Praefcke GJ、Ford MG、Schmid EM、Olesen LE、Gallop JL、Peak-Chew SY、他 (2004 年 11 月)。「クラスリン被覆小胞エンドサイトーシス中の AP2 アルファ付属器ハブの進化的性質」。EMBOジャーナル。23 ( 22 ) : 4371–83。doi :10.1038/ sj.emboj.7600445。PMC 526462。PMID 15496985。
^ Davey NE、Haslam NJ、 Shields DC、Edwards RJ (2011 年 7 月)。「SLiMSearch 2.0: タンパク質内の短い線状モチーフの生物学的コンテキスト」。核酸研究。39 (Web サーバー版) : W56-60。doi :10.1093/ nar /gkr402。PMC 3125787。PMID 21622654。
^ Hugo W、Song F、Aung Z、Ng SK 、 Sung WK (2010 年 4 月) 。「SLiM on Diet: タンパク質データバンクのドメイン相互作用インターフェース上の短い線形モチーフの検出」。バイオインフォマティクス。26 (8): 1036–42。CiteSeerX 10.1.1.720.9626。doi : 10.1093 /bioinformatics/btq065。PMID 20167627 。
^ Neduva V、Russell RB (2006 年7 月)。「DILIMOT: タンパク質の線状モチーフの発見」。核酸研究。34 (Web サーバー版): W350-5。doi : 10.1093/ nar /gkl159。PMC 1538856。PMID 16845024。
^ Davey NE、Haslam NJ、Shields DC、Edwards RJ (2010 年 7 月)。「SLiMFinder: 新規で著しく過剰表現された短いタンパク質モチーフを見つけるための Web サーバー」。Nucleic Acids Research。38 ( Web サーバー号): W534-9。doi : 10.1093/nar/gkq440。PMC 2896084。PMID 20497999。
^ Mészáros B、Simon I、Dosztányi Z (2009 年 5 月)。Casadio R (編)。「無秩序タンパク質におけるタンパク質結合領域の予測」。PLOS Computational Biology。5 ( 5 ) : e1000376。Bibcode : 2009PLSCB ...5E0376M。doi : 10.1371 /journal.pcbi.1000376。PMC 2671142。PMID 19412530。
^ Cheng Y、Oldfield CJ、Meng J、Romero P、Uversky VN、Dunker AK (2007 年 11 月)。「種間配列アラインメントによるアルファヘリックス形成分子認識特性のマイニング」。生化学。46 ( 47 ) : 13468–77。doi :10.1021/bi7012273。PMC 2570644。PMID 17973494。
^ Disfani FM、Hsu WL、Mizianty MJ、Oldfield CJ、Xue B、Dunker AK、他 (2012 年 6 月)。「MoRFpred は、タンパク質内の短い無秩序から秩序への遷移結合領域の配列ベースの予測と特性評価のための計算ツールです」。バイオインフォマティクス。28 ( 12 ): i75-83。doi :10.1093/ bioinformatics /bts209。PMC 3371841。PMID 22689782。
^ Malhis N, Gsponer J (2015年6月). 「タンパク質配列におけるMoRFの計算による識別」.バイオインフォマティクス. 31 ( 11): 1738–44. doi :10.1093/bioinformatics/btv060. PMC 4443681. PMID 25637562.
^ Malhis N、Wong ET、Nassar R 、 Gsponer J (2015年10月30日)。「ベイズ則の階層的適用を用いたタンパク質配列中のMoRFの計算による同定」。PLOS ONE。10 ( 10 ) : e0141603。Bibcode : 2015PLoSO..1041603M。doi : 10.1371/ journal.pone.0141603。PMC 4627796。PMID 26517836。
^ Malhis N、Jacobson M 、Gsponer J (2016 年 7 月)。「MoRFchibi SYSTEM: タンパク質配列内の MoRF を識別するためのソフトウェアツール」。Nucleic Acids Research。44 ( W1 ): W488-93。doi :10.1093/nar/gkw409。PMC 4987941。PMID 27174932 。
^ Mooney C, Pollastri G, Shields DC, Haslam NJ (2012年1月). 「短い線状タンパク質結合領域の予測」. Journal of Molecular Biology . 415 (1): 193–204. doi :10.1016/j.jmb.2011.10.025. hdl : 10197/3395 . PMID 22079048.

外部リンク

モチーフ結合ドメインに関するPawsons Labリソース

SLiM データベース

真核生物線形モチーフデータベース
ミニモチーフマイナー
ペップサイバー
スキャンサイト

SLiM 検出ツール

ANCHOR 2009-10-23 にWayback Machineでアーカイブ
ディリモット
真核生物線形モチーフデータベース
ミニモチーフマイナー
SLiMSuite:
- スリム
- スリムフィンダー
- SLiMサーチ
- 比較モチーフ
スキャンサイト

[1] Diella F, Haslam N, Chica C, Budd A, Michael S, Brown NP, et al. (2008年5月). 「真核生物の線状モチーフと細胞シグナル伝達および調節におけるその役割の理解」. Frontiers in Bioscience . 13 (13): 6580–603. doi : 10.2741/3175 . PMID 18508681.

[2] Neduva V、Russell RB (2006 年 10 月)。「相互作用ネットワークを媒介するペプチド: ついに新たな手がかり」。Current Opinion in Biotechnology。17 ( 5): 465–71。doi :10.1016/j.copbio.2006.08.002。PMID 16962311 。

[3] Dice JF (1990年8月). 「リソソームタンパク質分解のための細胞質タンパク質を標的とするペプチド配列」. Trends in Biochemical Sciences . 15 (8): 305–9. doi :10.1016/0968-0004(90)90019-8. PMID 2204156.

[PMID18831792-4] ^ Ren S、Uversky VN、Chen Z 、Dunker AK、Obradovic Z (2008 年 9 月)。「SH2、SH3、および Ser/Thr キナーゼドメインによって認識される短い線状モチーフは、無秩序なタンパク質領域で保存されています」。BMC Genomics。9 ( Suppl 2 ): S26。doi : 10.1186/ 1471-2164-9 -S2- S26。PMC 2559891。PMID 18831792。

[PMID20159464-5] London N、Movshovitz-Attias D、Schueler-Furman O (2010年2月)。「ペプチド-タンパク質結合戦略の構造的基礎」。構造。18 ( 2): 188–99。doi : 10.1016 / j.str.2009.11.012。PMID 20159464 。

[PMID21909575-6] Davey NE、Van Roey K、Weatheritt RJ、Toedt G、Uyar B、Altenberg B 、 et al. (2012年1月)。「短い線状モチーフの属性」。Molecular BioSystems。8 ( 1 ): 268–81。doi :10.1039/c1mb05231d。PMID 21909575 。

[PMID26589632-7] Davey NE、Cyert MS、Moses AM（2015年11月）。「短い線状モチーフ - タンパク質調節の無からの進化」。細胞コミュニケーションとシグナリング。13 （1）：43。doi ：10.1186 / s12964-015-0120- z。PMC 4654906。PMID 26589632。

[PMID18828911-8] Ren S、Yang G、He Y、Wang Y、Li Y、Chen Z (2008 年 10 月)。「短い線状モチーフの保存パターンは、相互作用するタンパク質ドメインの機能と高い相関関係にある」。BMC Genomics。9 : 452。doi : 10.1186 / 1471-2164-9-452。PMC 2576256。PMID 18828911。

[PMID15943979-9] ^ Neduva V 、Russell RB (2005年6 月)。「線形モチーフ: 進化的相互作用スイッチ」。FEBS Letters。579 ( 15): 3342–5。Bibcode : 2005FEBSL.579.3342N。doi : 10.1016 /j.febslet.2005.04.005。PMID 15943979。S2CID 41014984 。

[PMID19744855-10] Gibson TJ (2009年10月). 「細胞制御：個別の協力をシグナルする決定」.生化学科学の動向. 34 (10): 471–82. doi :10.1016/j.tibs.2009.06.007. PMID 19744855.

[:0-11] Cermakova, Katerina; Hodges, H. Courtney (2023-02-06). 「無秩序なタンパク質に特異性を付与する相互作用モジュール」。Trends in Biochemical Sciences . 48 (5): S0968–0004(23)00008–7. doi : 10.1016/j.tibs.2023.01.004 . ISSN 0968-0004. PMC 10106370 . PMID 36754681.

[PMID17603483-12] ^ Pandit B、Sarkozy A、 Pennacchio LA、Carta C、Oishi K、Martinelli S、他 (2007 年 8 月)。「機能獲得型 RAF1 変異が肥大型心筋症を伴う Noonan 症候群および LEOPARD 症候群を引き起こす」。Nature Genetics。39 ( 8 ) : 1007–12。doi :10.1038/ng2073。PMID 17603483。S2CID 19335210 。

[PMID111212353-13] ^ Eudy JD、 Sumegi J (1999年10月)。 「アッシャー症候群の分子遺伝学」。細胞および分子生命科学。56 ( 3–4 ): 258–67。doi :10.1007/s000180050427。PMC 11146852。PMID 11212353。S2CID 2028106。

[PMID16283141-14] Kalay E、de Brouwer AP、Caylan R、Nabuurs SB、Wollnik B、Karaguzel A、他 (2005 年 12 月)。「SANS PDZ 結合モチーフの新規 D458V 変異が非典型的アッシャー症候群を引き起こす」。Journal of Molecular Medicine。83 ( 12): 1025–32。doi : 10.1007 /s00109-005-0719-4。PMID 16283141。S2CID 41415771 。

[PMID9452995-15] Warnock DG (1998年1月). 「リドル症候群：ヒト高血圧の常染色体優性型」. Kidney International . 53 (1): 18–24. doi : 10.1046/j.1523-1755.1998.00728.x . PMID 9452995.

[PMID15483078-16] 古橋正之、北村健、安達正之、三好孝、脇田暢、浦暢、他 (2005 年 1 月)。「上皮ナトリウムチャネル β サブユニットのプロリンに富む PY モチーフの新規変異により引き起こされるリドル症候群」。臨床内分泌代謝学ジャーナル。90 (1 ) : 340–4。doi : 10.1210/jc.2004-1027。PMID 15483078。

[pmid21146412-17] ^ Davey NE、 Travé G、Gibson TJ (2011年3 月)。「ウイルスが細胞制御をハイジャックする方法」。生化学科学の動向。36 (3): 159–69。doi :10.1016/j.tibs.2010.10.002。PMID 21146412 。

[PMID18508672-18] Kadaveru K、Vyas J 、Schiller MR（2008年5月）。「ウイルス感染とヒト疾患 - ミニモチーフからの洞察」。Frontiers in Bioscience。13（13）：6455–71。doi ：10.2741/3166。PMC 2628544。PMID 18508672。

[PMID18650806-19] Sallee NA、Rivera GM、Dueber JE、Vasilescu D、Mullins RD、Mayer BJ、Lim WA (2008 年 8 月)。「病原体タンパク質 EspF(U) は擬態と多価性を利用してアクチンの重合をハイジャックする」。Nature . 454 ( 7207 ) : 1005–8。Bibcode : 2008Natur.454.1005S。doi :10.1038/nature07170。PMC 2749708。PMID 18650806。

[PMID7490296-20] Lencer WI、Constable C、Moe S、Jobling MG、Webb HM、Ruston S、他 (1995 年 11 月)。「極性上皮におけるコレラ毒素および大腸菌熱不安定毒素の標的化: COOH 末端 KDEL の役割」。The Journal of Cell Biology。131 ( 4 ): 951–62。doi :10.1083/jcb.131.4.951。PMC 2200010。PMID 7490296 。

[PMID18075579-21] ^ Wells JA 、McClendon CL（2007年12月）。「タンパク質-タンパク質界面における創薬における大きな目標達成」。Nature 450 （ 7172）：1001–9。Bibcode ：2007Natur.450.1001W。doi ： 10.1038 / nature06526。PMID 18075579。S2CID 205211934 。

[PMID14704432-22] ^ Vassilev LT、Vu BT、Graves B、 Carvajal D、Podlaski F、Filipovic Z、他 (2004 年 2 月)。「MDM2 の小分子拮抗薬による p53 経路の生体内活性化」。Science。303 ( 5659 ) : 844–8。Bibcode : 2004Sci ...303..844V。doi :10.1126/science.1092472。PMID 14704432。S2CID 16132757 。

[PMID11855984-23] Goodman SL、Hölzemann G、Sulyok GA、Kessler H (2002 年 2 月)。「αv(beta)6、αv(beta)5、αv(beta)3 インテグリンに対するナノモル低分子阻害剤」。Journal of Medicinal Chemistry。45 ( 5): 1045–51。doi :10.1021/ jm0102598。PMID 11855984 。

[PMID19114005-24] Oliveira-Ferrer L、Hauschild J、Fiedler W、Bokemeyer C、Nippgen J、Celik I、Schuch G (2008 年 12 月)。「Cilengitide は、FAK/src/AKT 経路の阻害を介して内皮細胞および神経膠腫細胞における細胞剥離およびアポトーシスを誘導する」。Journal of Experimental & Clinical Cancer Research。27 ( 1): 86。doi : 10.1186 / 1756-9966-27-86。PMC 2648308。PMID 19114005。

[PMID17372910-25] Gril B、Vidal M、Assayag F、Poupon MF、Liu WQ、Garbay C (2007 年 7 月)。「Grb2-SH3 リガンドは HER2+ 癌細胞の増殖を阻害し、ヒト癌異種移植片単独およびドセタキセルとの併用で抗腫瘍効果を発揮する」。International Journal of Cancer。121 ( 2 ) : 407–15。doi :10.1002/ijc.22674。PMC 2755772。PMID 17372910。

[PMID16472145-26] Feller SM、Lewitzky M (2006)。「Grb2 および Crk ファミリーアダプターのタンパク質間相互作用を破壊する薬剤の潜在的な疾患ターゲット」。Current Pharmaceutical Design。12 ( 5): 529–48。doi : 10.2174 /138161206775474369。PMID 16472145 。

[PMID20598937-27] Metallo SJ (2010年8月). 「本質的に無秩序なタンパク質は潜在的な薬物ターゲットです」. Current Opinion in Chemical Biology . 14 (4): 481–8. doi :10.1016/j.cbpa.2010.06.169. PMC 2918680. PMID 20598937 .

[PMID22607209-28] ^ Haslam NJ、 Shields DC (2012 年 5 月) 。「プロファイルベースの短い線状タンパク質モチーフの発見」。BMC Bioinformatics。13 : 104。doi : 10.1186 / 1471-2105-13-104。PMC 3534220。PMID 22607209。

[pmid19920119-29] Gould CM、Diella F、Via A、Puntervoll P、Gemünd C、Chabanis-Davidson S、et al. (2010 年 1 月)。「ELM: 2010 年真核生物線状モチーフリソースの現状」。核酸研究。38 (データベース号): D167-80。doi : 10.1093/ nar /gkp1016。PMC 2808914。PMID 19920119。

[pmid18978024-30] Rajasekaran S、Balla S、Gradie P、 Gryk MR、Kadaveru K、Kundeti V、他 (2009 年 1 月)。「Minimotif Miner 2nd release: モチーフ検索用のデータベースおよび Web システム」。Nucleic Acids Research。37 (データベース号): D185-90。doi :10.1093/ nar /gkn865。PMC 2686579。PMID 18978024。

[PMID18160410-31] Gong W、Zhou D、Ren Y、Wang Y、Zuo Z、Shen Y、他 (2008 年 1 月)。「PepCyber:P~PEP: リン酸化タンパク質結合ドメインを介したヒトタンパク質相互作用のデータベース」。Nucleic Acids Research。36 (データベース号) : D679-83。doi :10.1093/nar/gkm854。PMC 2238930。PMID 18160410。

[PMID12824383-32] Obenauer JC、Cantley LC、Yaffe MB (2003 年 7 月)。「Scansite 2.0: 短い配列モチーフを使用した細胞シグナル伝達相互作用のプロテオーム全体の予測」。核酸研究。31 ( 13 ) : 3635–41。doi :10.1093/nar/gkg584。PMC 168990。PMID 12824383 。

[PMID15513994-33] ^ Beuming T、Skrabanek L、Niv MY、Mukherjee P、 Weinstein H (2005年3 月)。「PDZBase: PDZ ドメインのタンパク質間相互作用データベース」。バイオインフォマティクス。21 (6): 827–8。doi : 10.1093/bioinformatics/ bti098。PMID 15513994。

[PMID19892822-34] ^ Rawlings ND、Barrett AJ、Bateman A (2010 年 1 月)。「MEROPS: ペプチダーゼデータベース」。核酸研究。38 (データベース号): D227-33。doi : 10.1093/ nar /gkp971。PMC 2808883。PMID 19892822。

[PMID17142225-35] Igarashi Y, Eroshkin A, Gramatikova S, Gramatikoff K, Zhang Y, Smith JW, et al. (2007 年 1 月). 「CutDB: タンパク質分解イベントデータベース」. Nucleic Acids Research . 35 (データベース号): D546-9. doi :10.1093/nar/gkl813. PMC 1669773. PMID 17142225.

[PMID20565705-36] Vyas J、Nowling RJ、Meusburger T、Sargeant D、Kadaveru K、Gryk MR、他 (2010 年 6 月)。「MimoSA: ミニモチーフ注釈システム」。BMC Bioinformatics . 11 : 328. doi : 10.1186/1471-2105-11-328 . PMC 2905367 . PMID 20565705。

[pmid15496985-37] Praefcke GJ、Ford MG、Schmid EM、Olesen LE、Gallop JL、Peak-Chew SY、他 (2004 年 11 月)。「クラスリン被覆小胞エンドサイトーシス中の AP2 アルファ付属器ハブの進化的性質」。EMBOジャーナル。23 ( 22 ) : 4371–83。doi :10.1038/ sj.emboj.7600445。PMC 526462。PMID 15496985。

[SLiMSearch-38] ^ Davey NE、Haslam NJ、 Shields DC、Edwards RJ (2011 年 7 月)。「SLiMSearch 2.0: タンパク質内の短い線状モチーフの生物学的コンテキスト」。核酸研究。39 (Web サーバー版) : W56-60。doi :10.1093/ nar /gkr402。PMC 3125787。PMID 21622654。

[pmid20167627-39] ^ Hugo W、Song F、Aung Z、Ng SK 、 Sung WK (2010 年 4 月) 。「SLiM on Diet: タンパク質データバンクのドメイン相互作用インターフェース上の短い線形モチーフの検出」。バイオインフォマティクス。26 (8): 1036–42。CiteSeerX 10.1.1.720.9626。doi : 10.1093 /bioinformatics/btq065。PMID 20167627 。

[pmid16845024-40] ^ Neduva V、Russell RB (2006 年7 月)。「DILIMOT: タンパク質の線状モチーフの発見」。核酸研究。34 (Web サーバー版): W350-5。doi : 10.1093/ nar /gkl159。PMC 1538856。PMID 16845024。

[pmid20497999-41] Davey NE、Haslam NJ、Shields DC、Edwards RJ (2010 年 7 月)。「SLiMFinder: 新規で著しく過剰表現された短いタンパク質モチーフを見つけるための Web サーバー」。Nucleic Acids Research。38 ( Web サーバー号): W534-9。doi : 10.1093/nar/gkq440。PMC 2896084。PMID 20497999。

[PMID19412530-42] Mészáros B、Simon I、Dosztányi Z (2009 年 5 月)。Casadio R (編)。「無秩序タンパク質におけるタンパク質結合領域の予測」。PLOS Computational Biology。5 ( 5 ) : e1000376。Bibcode : 2009PLSCB ...5E0376M。doi : 10.1371 /journal.pcbi.1000376。PMC 2671142。PMID 19412530。

[PMID17973494-43] Cheng Y、Oldfield CJ、Meng J、Romero P、Uversky VN、Dunker AK (2007 年 11 月)。「種間配列アラインメントによるアルファヘリックス形成分子認識特性のマイニング」。生化学。46 ( 47 ) : 13468–77。doi :10.1021/bi7012273。PMC 2570644。PMID 17973494。

[44] Disfani FM、Hsu WL、Mizianty MJ、Oldfield CJ、Xue B、Dunker AK、他 (2012 年 6 月)。「MoRFpred は、タンパク質内の短い無秩序から秩序への遷移結合領域の配列ベースの予測と特性評価のための計算ツールです」。バイオインフォマティクス。28 ( 12 ): i75-83。doi :10.1093/ bioinformatics /bts209。PMC 3371841。PMID 22689782。

[45] Malhis N, Gsponer J (2015年6月). 「タンパク質配列におけるMoRFの計算による識別」.バイオインフォマティクス. 31 ( 11): 1738–44. doi :10.1093/bioinformatics/btv060. PMC 4443681. PMID 25637562.

[46] ^ Malhis N、Wong ET、Nassar R 、 Gsponer J (2015年10月30日)。「ベイズ則の階層的適用を用いたタンパク質配列中のMoRFの計算による同定」。PLOS ONE。10 ( 10 ) : e0141603。Bibcode : 2015PLoSO..1041603M。doi : 10.1371/ journal.pone.0141603。PMC 4627796。PMID 26517836。

[MCS2016-47] ^ Malhis N、Jacobson M 、Gsponer J (2016 年 7 月)。「MoRFchibi SYSTEM: タンパク質配列内の MoRF を識別するためのソフトウェアツール」。Nucleic Acids Research。44 ( W1 ): W488-93。doi :10.1093/nar/gkw409。PMC 4987941。PMID 27174932 。

[PMID22079048-48] Mooney C, Pollastri G, Shields DC, Haslam NJ (2012年1月). 「短い線状タンパク質結合領域の予測」. Journal of Molecular Biology . 415 (1): 193–204. doi :10.1016/j.jmb.2011.10.025. hdl : 10197/3395 . PMID 22079048.

属性

関数