疾患予測ソフトウェア一覧

計算手法は、アミノ酸配列に基づいてタンパク質が無秩序構造であるかどうかを予測するために、無秩序構造の配列特徴を利用します。以下の表は、^[¹^]から引用し、最近更新されたもので、無秩序構造予測ソフトウェアの主な特徴を示しています。なお、ソフトウェアによって無秩序構造の定義が異なることに注意してください。

利用できなくなったメソッド：

参考文献

↑ Ferron F、Longhi S 、 Canard B、Karlin D (2006 年 10 月)。「タンパク質の構造的無秩序予測方法の実践的な概要」。Proteins。65 ( 1): 1– 14。doi : 10.1002/ prot.21075。PMID 16856179。S2CID 30231497。
↑ Nambiar, Ananthan; Forsyth, John Malcolm; Liu, Simon; Maslov, Sergei (2024年8月). "DR-BERT: 無秩序領域を注釈するためのタンパク質言語モデル" . Structure . 32 (8): 1260–1268.e3. doi : 10.1016/j.str.2024.04.010 . ISSN 0969-2126 .
↑ Yang, J; Cheng, WX; Zhao, XF; Wu, G; Sheng, ST; Hu, Q; Ge, H; Qin, Q; Jin, X; Zhang, L; Zhang, P (2020年11月). "タンパク質フォールディングの包括的なフォールディングバリエーション" . Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics . 90 (11): 1851– 1872. doi : 10.1002/prot.26381 . PMID 35514069 .
↑ Hanson, Jack; Paliwal, Kuldip K.; Litfin, Thomas; Zhou, Yaoqi (2020-03-13). "SPOT-Disorder2: アンサンブル深層学習によるタンパク質内在性無秩序予測の改善" . Genomics, Proteomics & Bioinformatics . 17 (6): 645– 656. doi : 10.1016/j.gpb.2019.01.004 . ISSN 1672-0229 . PMC 7212484 . PMID 32173600 .
↑Hatos, András; Hajdu-Soltész, Borbála; Monzon, Alexander M.; Palopoli, Nicolas; Álvarez, Lucía; Aykac-Fas, Burcu; Bassot, Claudio; Benítez, Guillermo I.; Bevilacqua, Martina; Chasapi, Anastasia; Chemes, Lucia (8 January 2020). "DisProt: intrinsic protein disorder annotation in 2020". Nucleic Acids Research. 48 (D1): D269–D276. doi:10.1093/nar/gkz975. ISSN 1362-4962. PMC 7145575. PMID 31713636.
↑Klausen MS, Jespersen MC, Nielsen H, Jensen KK, Jurtz VI, Soenderby CK, Sommer M, Otto A, Winther O, Nielsen M, Petersen B, Marcatili P (2019). "NetSurfP-2.0: Improved prediction of protein structural features by integrated deep learning". Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics. 87 (6): 520–527. doi:10.1002/prot.25674. PMID 30785653. S2CID 216629401.
↑Hanson J, Paliwal K, Zhou Y (2018). "Accurate Single-Sequence Prediction of Protein Intrinsic Disorder by an Ensemble of Deep Recurrent and Convolutional Architectures". Journal of Chemical Information and Modeling. 58 (11): 2369–2376. doi:10.1021/acs.jcim.8b00636. hdl:10072/382201. PMID 30395465. S2CID 53235372.
↑Necci, Marco; Piovesan, Damiano; Dosztányi, Zsuzsanna; Tosatto, Silvio C.E. (2017-01-18). "MobiDB-lite: Fast and highly specific consensus prediction of intrinsic disorder in proteins"(PDF). Bioinformatics. 33 (9): 1402–1404. doi:10.1093/bioinformatics/btx015. ISSN 1367-4803. PMID 28453683.
↑Hanson J, Yang Y, Paliwal K, Zhou Y (2016). "Improving protein disorder prediction by deep bidirectional long short-term memory recurrent neural networks". Bioinformatics. 33 (5): 685–692. doi:10.1093/bioinformatics/btw678. PMID 28011771.
↑ Ward JJ、Sodhi JS、McGuffin LJ、Buxton BF、Jones DT (2004 年 3 月)。「生命の 3 つの王国のタンパク質におけるネイティブ無秩序の予測と機能分析」。J . Mol . Biol . 337 ( 3): 635–45。CiteSeerX 10.1.1.120.5605。doi : 10.1016 / j.jmb.2004.02.002。PMID 15019783。
↑ Sormanni P、Camilloni C、Fariselli P、Vendruscolo M (2015年2月)。「s2D法：タンパク質の秩序領域と無秩序領域の統計的集団の同時配列ベース予測」。J . Mol. Biol . 427 (4): 982–996 . doi : 10.1016/j.jmb.2014.12.007 . PMID 25534081 .
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↑ Peng Z 、Mizianty MJ、Kurgan L (2014 年 1 月)。「長鎖の本質的に無秩序な領域を持つタンパク質のゲノム規模予測」。Proteins。82 ( 1 ) : 145–58。doi : 10.1002/ prot.24348。PMID 23798504。S2CID 21229963。
↑ Marcin J. Miziantya、 Zhenling Penga、Lukasz Kurgan (2013 年 4 月)。「無秩序確率、含有量、プロファイルの融合によるタンパク質の無秩序の正確な予測」。Intrinsically Disordered Proteins。1 ( 1 ) e24428。doi : 10.4161 / idp.24428。PMC 5424793。PMID 28516009。
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↑ Zhang T、Faraggi E、Xue B、Dunker K、Uversky VN、Zhou Y (2012年2月)。「SPINE-D：単一のニューラルネットワークベースの手法による短鎖および長鎖の無秩序領域の正確な予測」( PDF ) 。Journal of Biomolecular Structure and Dynamics。29 (4): 799– 813。doi : 10.1080/073911012010525022。hdl : 10072/57573。PMC 3297974。PMID 22208280。2013年11月3日にオリジナルからアーカイブ済み。
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↑ Prilusky J、Felder CE、Zeev-Ben-Mordehai T、et al . (2005 年 8 月)。「FoldIndex: 特定のタンパク質配列が本質的に折り畳まれていないかどうかを予測するシンプルなツール」(PDF)。Bioinformatics。21 (16): 3435–8。doi : 10.1093 /bioinformatics/ bti537。PMID 1595578 3。
↑ Wang L 、Sauer UH (2008年6月)。「OnD-CRF: 条件付きランダムフィールドを使用してタンパク質の秩序と無秩序を予測する」。Bioinformatics。24 ( 11 ) : 1401–2。doi : 10.1093 / bioinformatics/ btn132。PMC 2387219。PMID 18430742。
↑ Schlessinger A 、Punta M、Yachdav G、Kajan L、Rost B (2009)。Orgel JP (編)。「直交アプローチの組み合わせによる障害予測の改善」。PLOS ONE。4 ( 2 ) e4433。Bibcode : 2009PLoSO...4.4433S。doi : 10.1371 / journal.pone.0004433。PMC 2635965。PMID 19209228。
↑ Lieutaud P、Canard B、Longhi S (2008年9月)。「MeDor: タンパク質構造異常を予測するためのメタサーバー」。BMC Genomics。16 (Suppl 2) : S25。doi : 10.1186/1471-2164-9-S2 - S25。PMC 2559890。PMID 18831791。

外部リンク

厳選された約40種類の疾患予測プログラムのリスト

[1] Ferron F、Longhi S 、 Canard B、Karlin D (2006 年 10 月)。「タンパク質の構造的無秩序予測方法の実践的な概要」。Proteins。65 ( 1): 1– 14。doi : 10.1002/ prot.21075。PMID 16856179。S2CID 30231497。

[2] Nambiar, Ananthan; Forsyth, John Malcolm; Liu, Simon; Maslov, Sergei (2024年8月). "DR-BERT: 無秩序領域を注釈するためのタンパク質言語モデル" . Structure . 32 (8): 1260–1268.e3. doi : 10.1016/j.str.2024.04.010 . ISSN 0969-2126 .

[3] Yang, J; Cheng, WX; Zhao, XF; Wu, G; Sheng, ST; Hu, Q; Ge, H; Qin, Q; Jin, X; Zhang, L; Zhang, P (2020年11月). "タンパク質フォールディングの包括的なフォールディングバリエーション" . Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics . 90 (11): 1851– 1872. doi : 10.1002/prot.26381 . PMID 35514069 .

[4] Hanson, Jack; Paliwal, Kuldip K.; Litfin, Thomas; Zhou, Yaoqi (2020-03-13). "SPOT-Disorder2: アンサンブル深層学習によるタンパク質内在性無秩序予測の改善" . Genomics, Proteomics & Bioinformatics . 17 (6): 645– 656. doi : 10.1016/j.gpb.2019.01.004 . ISSN 1672-0229 . PMC 7212484 . PMID 32173600 .

[5] Hatos, András; Hajdu-Soltész, Borbála; Monzon, Alexander M.; Palopoli, Nicolas; Álvarez, Lucía; Aykac-Fas, Burcu; Bassot, Claudio; Benítez, Guillermo I.; Bevilacqua, Martina; Chasapi, Anastasia; Chemes, Lucia (8 January 2020). "DisProt: intrinsic protein disorder annotation in 2020". Nucleic Acids Research. 48 (D1): D269–D276. doi:10.1093/nar/gkz975. ISSN 1362-4962. PMC 7145575. PMID 31713636.

[6] Klausen MS, Jespersen MC, Nielsen H, Jensen KK, Jurtz VI, Soenderby CK, Sommer M, Otto A, Winther O, Nielsen M, Petersen B, Marcatili P (2019). "NetSurfP-2.0: Improved prediction of protein structural features by integrated deep learning". Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics. 87 (6): 520–527. doi:10.1002/prot.25674. PMID 30785653. S2CID 216629401.

[7] Hanson J, Paliwal K, Zhou Y (2018). "Accurate Single-Sequence Prediction of Protein Intrinsic Disorder by an Ensemble of Deep Recurrent and Convolutional Architectures". Journal of Chemical Information and Modeling. 58 (11): 2369–2376. doi:10.1021/acs.jcim.8b00636. hdl:10072/382201. PMID 30395465. S2CID 53235372.

[8] Necci, Marco; Piovesan, Damiano; Dosztányi, Zsuzsanna; Tosatto, Silvio C.E. (2017-01-18). "MobiDB-lite: Fast and highly specific consensus prediction of intrinsic disorder in proteins"(PDF). Bioinformatics. 33 (9): 1402–1404. doi:10.1093/bioinformatics/btx015. ISSN 1367-4803. PMID 28453683.

[9] Hanson J, Yang Y, Paliwal K, Zhou Y (2016). "Improving protein disorder prediction by deep bidirectional long short-term memory recurrent neural networks". Bioinformatics. 33 (5): 685–692. doi:10.1093/bioinformatics/btw678. PMID 28011771.

[10] Ward JJ、Sodhi JS、McGuffin LJ、Buxton BF、Jones DT (2004 年 3 月)。「生命の 3 つの王国のタンパク質におけるネイティブ無秩序の予測と機能分析」。J . Mol . Biol . 337 ( 3): 635–45。CiteSeerX 10.1.1.120.5605。doi : 10.1016 / j.jmb.2004.02.002。PMID 15019783。

[11] Sormanni P、Camilloni C、Fariselli P、Vendruscolo M (2015年2月)。「s2D法：タンパク質の秩序領域と無秩序領域の統計的集団の同時配列ベース予測」。J . Mol. Biol . 427 (4): 982–996 . doi : 10.1016/j.jmb.2014.12.007 . PMID 25534081 .

[12] Sumaiya Iqbal; Md Tamjidul Hoque (2015 年 10 月). "DisPredict: 最適化された RBF カーネル、含有量、プロファイルを使用した無秩序タンパク質の予測ツール" . PLOS ONE . 10 (10) e0141551. doi : 10.1371/journal.pone.0141551 . PMC 4627842 . PMID 26517719 .

[13] Peng Z 、Mizianty MJ、Kurgan L (2014 年 1 月)。「長鎖の本質的に無秩序な領域を持つタンパク質のゲノム規模予測」。Proteins。82 ( 1 ) : 145–58。doi : 10.1002/ prot.24348。PMID 23798504。S2CID 21229963。

[14] Marcin J. Miziantya、 Zhenling Penga、Lukasz Kurgan (2013 年 4 月)。「無秩序確率、含有量、プロファイルの融合によるタンパク質の無秩序の正確な予測」。Intrinsically Disordered Proteins。1 ( 1 ) e24428。doi : 10.4161 / idp.24428。PMC 5424793。PMID 28516009。

[Metadisorder-15] Kozlowski, LP; Bujnicki, JM (2012). "MetaDisorder: タンパク質の固有無秩序を予測するためのメタサーバー" . BMC Bioinformatics . 13 : 111. doi : 10.1186/1471-2105-13-111 . PMC 3465245 . PMID 22624656 .

[16] Zhang T、Faraggi E、Xue B、Dunker K、Uversky VN、Zhou Y (2012年2月)。「SPINE-D：単一のニューラルネットワークベースの手法による短鎖および長鎖の無秩序領域の正確な予測」( PDF ) 。Journal of Biomolecular Structure and Dynamics。29 (4): 799– 813。doi : 10.1080/073911012010525022。hdl : 10072/57573。PMC 3297974。PMID 22208280。2013年11月3日にオリジナルからアーカイブ済み。

[17] Mizianty MJ、Stach W 、 Chen K 、 Kedarisetti KD、Disfani FM、Kurgan L (2010年9月)。「複数の情報源の多層融合による配列ベースの無秩序領域の予測の改善」。Bioinformatics。26 ( 18 ) : i489–96。doi : 10.1093/bioinformatics/ btq373。PMC 2935446。PMID 20823312。

[18] Prilusky J、Felder CE、Zeev-Ben-Mordehai T、et al . (2005 年 8 月)。「FoldIndex: 特定のタンパク質配列が本質的に折り畳まれていないかどうかを予測するシンプルなツール」(PDF)。Bioinformatics。21 (16): 3435–8。doi : 10.1093 /bioinformatics/ bti537。PMID 1595578 3。

[19] Wang L 、Sauer UH (2008年6月)。「OnD-CRF: 条件付きランダムフィールドを使用してタンパク質の秩序と無秩序を予測する」。Bioinformatics。24 ( 11 ) : 1401–2。doi : 10.1093 / bioinformatics/ btn132。PMC 2387219。PMID 18430742。

[20] Schlessinger A 、Punta M、Yachdav G、Kajan L、Rost B (2009)。Orgel JP (編)。「直交アプローチの組み合わせによる障害予測の改善」。PLOS ONE。4 ( 2 ) e4433。Bibcode : 2009PLoSO...4.4433S。doi : 10.1371 / journal.pone.0004433。PMC 2635965。PMID 19209228。

[21] Lieutaud P、Canard B、Longhi S (2008年9月)。「MeDor: タンパク質構造異常を予測するためのメタサーバー」。BMC Genomics。16 (Suppl 2) : S25。doi : 10.1186/1471-2164-9-S2 - S25。PMC 2559890。PMID 18831791。

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