モビDB

モビDB

コンテンツ
説明	タンパク質の不規則性と可動性に関する注釈の MobiDB データベース
キャプチャされたデータの種類	タンパク質の可動性と無秩序性の注釈
生物	全て
接触
研究センター	パドヴァ大学生物医学科学科
研究室	バイオコンピューティングUP
主な引用	29136219 のID
発売日	2017年12月
アクセス
データ形式	翻訳
Webサイト	翻訳元
ウェブサービスURL	REST API詳細はこちら
その他
ライセンス	CC BY 4.0
バージョン	3.0.0
キュレーションポリシー	はい - 手動および自動

分子生物学において、MobiDB ^{[1] [2] [3]}は、内因性タンパク質障害の注釈のための集中リソースを提供するように設計された、キュレーションされた生物学的データベースです。タンパク質障害は、本質的に非構造化 (または無秩序) なタンパク質として知られる主要なメンバーを含む多数のタンパク質を特徴付ける構造的特徴です。データベースには、手動キュレーション、間接、予測の 3 つのレベルの注釈があります。タンパク質障害のさまざまなデータ ソースをコンセンサス注釈に組み合わせることで、MobiDB は、特定の対象タンパク質の「障害ランドスケープ」の可能な限り最良の図を提供することを目指しています。

MobiDBのキュレーションデータは、文献から手動で抽出された情報と疾患の注釈を提供するDisProt ^[4]データベースから取得されます。疾患の注釈を補完するために、MobiDBは外部ソースからの追加注釈を備えています。

• UniProt : UniProt データベースからの注釈には、生物、細胞内位置、組織特異性、機能、関連部位、関連領域、翻訳後修飾、および線状モチーフが含まれます。
• Pfam : タンパク質ドメインの注釈はグラフィック形式で表示され、リンクが有効になっているため、ユーザーは詳細な情報を得るために対応する Pfam ページにアクセスすることができます。
• PDB : 二次構造は利用可能な場合は常に PDB から抽出され、グラフィック形式と 3D 形式で表示されます。
• STRING : 「データベース」および「実験」に証拠がある既知の相互作用因子が、並べ替え可能なテーブルに表示されます。

• PDB X 線: タンパク質の構造を解明するために結晶構造実験を行うと、特定の残基の位置を正確に決定できない場合があります。その原因の 1 つは、残基が柔軟な領域または無秩序な領域の一部であることです。このため、PDB 実験で残基が欠落している場合は、本質的な無秩序の兆候であると考えられます。
• PDB NMR : タンパク質構造解析のための NMR 実験の保存ファイルには、同じタンパク質の異なる構造を表す複数のモデルが含まれていることがよくあります。各モデルの残基の位置の差を計算することで、この位置の変化の度合いを測定できます。この変化は、タンパク質の柔軟性や無秩序性の尺度として解釈できます。MOBI Web サーバー (このデータベースの名前の由来) は、PDB 形式のファイルを入力としてこの計算を自動化します。

過去 10 年間で、多種多様な内因性タンパク質障害予測子がトレーニングされてきました。その大部分は、前述の注釈の性質を模倣するようにトレーニングされています。MobiDB は現在 UniProt 配列の完全なセットをカバーしているため、含まれる予測子は非常に高速である必要があります。現在含まれている 10 個の予測子 (3 種類の ESpritz、2 種類の IUPred、2 種類の DisEMBL、GlobPlot、VSL2b、JRONN) により、キュレーションされたデータや間接的なデータが利用できない場合でも、MobiDB はすべてのタンパク質の障害注釈を提供できます。

特定のタンパク質に対して可能な限り最適な注釈を提供するために、MobiDB はすべてのデータ ソースをコンセンサス注釈に統合します。この注釈は、ソース自体に属する注釈とは異なり、「構造化」と「無秩序」に加えて 3 番目の状態を備えています。2 つの信頼できるソースが一致しない場合、その領域は「あいまい」として表示されます。現在利用可能な注釈では、手動でキュレートされたソースが特定の領域を無秩序として注釈付けし、同じ領域に対して利用可能な PDB 構造がある場合に、この競合が発生します。

MobiDB ウェブサイトは、UniProt ID、タンパク質名、またはフリーテキストで検索するためのインターフェースをユーザーに提供します。提出後、コンセンサス障害予測を含むさまざまなソースから統合された障害情報で注釈が付けられたタンパク質のリストがユーザーに提示されます。

MobiDB Web サーバーは、MobiDB へのプログラムによるアクセスとさまざまなデータ タイプの取得を可能にするいくつかのRESTfulエンドポイントを公開します。使用可能な GET ルートは、 JSON形式 の UniProt、STRING、Pfam、および障害データへのアクセスを提供します。

• MobiDB ホームページ