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| ファイル名拡張子 |
.pdb、.ent、.brk |
|---|---|
| インターネットメディアの種類 |
化学物質/x-pdb |
| 開発者 | タンパク質データバンク |
| フォーマットの種類 | 化学ファイル形式 |
| コンテナ用 | 分子の3D構造、タンパク質の三次構造 |
| 延長 | ミリCIF |
タンパク質データバンク（PDB）ファイル形式は、タンパク質データバンクに保存されている分子の3次元構造を記述するテキストファイル形式であり、現在はmmCIF形式に引き継がれています。PDB形式では、原子座標、二次構造の割り当て、原子の接続性など、タンパク質と核酸の構造の説明と注釈が提供されます。さらに、実験メタデータも保存されます。PDB形式は、2014年以来、新しいPDBx / mmCIFファイル形式で生物学的高分子に関するデータを保存しているタンパク質データバンクのレガシーファイル形式です。[1]
歴史
PDBファイル形式は、研究者がデータベースシステムを通じて特定のタンパク質の原子座標を交換できるようにする、人間が読めるファイルとして1972年に発明されました[2] [3] 。固定列幅形式は80列または140列に制限されています[4]。これは、座標を交換するために以前に使用されていたコンピュータパンチカードの幅に基づいています。[5]長年にわたり、ファイル形式は多くの変更と改訂を経てきました。PDBファイル形式の最終更新は、2012年11月にバージョン3.30で行われました。[6]
例
タンパク質を記述する典型的な PDB ファイルは、次のような数百から数千の行で構成されます (合成コラーゲン様ペプチドの構造を記述するファイルから抜粋)。
ヘッダー細胞外マトリックス 1998年1月22日 1A3I タイトル コラーゲン様物質のX線結晶構造解析 タイトル 2 繰り返し配列を持つペプチド (PRO-PRO-GLY) ... EXPDTA X線回折 著者 RZKRAMER、L.VITAGLIANO、J.BELLA、R.BERISIO、L.MAZZARELLA、 著者 2 B.BRODSKY、A.ZAGARI、HMBERMAN ... 備考 350 生体分子: 1 備考 350 次のものをチェーンに適用します: A、B、C 備考 350 BIOMT1 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.00000 備考 350 BIOMT2 1 0.000000 1.000000 0.000000 0.00000 ... SEQRES 1 A 9 プロ プログリ プロ プログリ プロ プログリ シークレス 1 B 6 プロ プログリ プロ プログリ シークレス 1 C 6 プロ プログリ プロ プログリ ... アトム 1 N プロ A 1 8.316 21.206 21.530 1.00 17.44 N アトム 2 CA プロ A 1 7.608 20.729 20.336 1.00 17.44 C アトム 3 C プロ A 1 8.487 20.707 19.092 1.00 17.44 C アトム 4 O プロ A 1 9.466 21.457 19.005 1.00 17.44 O アトム5CBプロA1 6.460 21.723 20.211 1.00 22.26 C ... HETATM 130 ℃ ACY 401 3.682 22.541 11.236 1.00 21.19 ℃ HETATM 131 O ACY 401 2.807 23.097 10.553 1.00 21.19 O HETATM 132 OXT ACY 401 4.306 23.101 12.291 1.00 21.19 O ...
- HEADER、TITLE、AUTHORレコード
- 構造を定義した研究者に関する情報を提供します。他の種類の情報を提供するために、他の種類の記録も多数利用可能です。
- REMARKレコード
- 自由形式の注釈を含めることができますが、標準化された情報も収容できます。たとえば、
REMARK 350 BIOMTレコードには、実験的に観察された多量体の座標を、単一の繰り返し単位の明示的に指定された座標から計算する方法が記述されています。 - SEQRESレコード
- 3 つのペプチド鎖 (A、B、C という名前) の配列を示します。この例では非常に短いですが、通常は複数の行にまたがります。
- ATOMレコード
- タンパク質を構成する原子の座標を記述します。たとえば、上記の最初のATOM行は、プロリン残基であるペプチド鎖Aの最初の残基のα-N原子を記述します。最初の3つの浮動小数点数は、そのx、y、z座標であり、単位はオングストロームです。[7]次の3つの列は、それぞれ占有率、温度係数、元素名です。
- HETATM レコード
- ヘテロ原子、つまりタンパク質分子の一部ではない原子の座標を記述します。
PDBファイルを表示できる分子可視化ソフトウェア
PDB ファイルを表示できる 3D アニメーション ソフトウェア
- Blender（適切な拡張機能がインストールされている）
- フーディーニ
- 3.js の
参照
- 化学ファイル形式
- ScientificPython — Python用のインターフェースを提供します
- 分子力学モデリング用ソフトウェア
参考文献
- ^ Berman, Helen M.; Kleywegt, Gerard J.; Nakamura, Haruki; Markley, John L. (2014-10-01). 「オープンデータリソースとしてのタンパク質データバンクアーカイブ」Journal of Computer-Aided Molecular Design . 28 (10): 1009–1014. doi :10.1007/s10822-014-9770-y. ISSN 1573-4951. PMC 4196035 . PMID 25062767.
- ^ 「wwPDB: ファイル形式」www.wwpdb.org。
- ^ 「タンパク質データベースファイルレコードフォーマット」(PDF) 。 2024年6月9日閲覧。
- ^ 「タンパク質データベースファイルレコードフォーマット」(PDF) 。 2024年6月9日閲覧。
- ^ Berman, Helen M (2008). 「タンパク質データバンク：歴史的視点」Acta Crystallographica . 64 (Pt 1): 88–95. doi : 10.1107/S0108767307035623 . ISSN 2053-2733. PMID 18156675.
- ^ 「wwPDB: ファイル形式とPDB」。タンパク質データバンク。2024年1月15日閲覧。
- ^ 「wwPDB フォーマット バージョン 3.3: 座標セクション」。2012 年 2 月 28 日時点のオリジナルよりアーカイブ。2012 年 3 月 23 日閲覧。
外部リンク
- PDB フォーマット ガイド これは、PDB フォーマット仕様の現在のバージョン (3.3) です。
- PDBML 分子座標用の、より新しい代替 XML ベースのファイル形式。
- RCSBタンパク質データバンク
- ヨーロッパのタンパク質データバンク
- NCBIの分子モデリング データベース (MMDB)
- wwPDB からの wwPDB 修復プロジェクト
- MakeMultimer PDBファイル内のBIOMTレコードを拡張するためのオンラインツール
- PDBファイルを表示するMolecules iPad/iPhoneアプリ
- Python マクロ分子ライブラリ (mmLib) — PDB ファイル形式の読み取りと書き込みが可能なPythonライブラリ