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| コンテンツ | |
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| 説明 | 本質的に無秩序なタンパク質 (IDP) と領域 (IDR) の手動でキュレーションされたデータベース |
キャプチャされたデータの種類 | 本質的に無秩序なタンパク質 |
| 生物 | 全て |
| 接触 | |
| 研究室 | バイオコンピューティング UP 研究室 (パドヴァ大学生物医学科学部) |
| 主な引用 | 34850135 のID |
| アクセス | |
| Webサイト | https://disprot.org/ |
| ダウンロードURL | https://disprot.org/download |
| その他 | |
| ライセンス | クリエイティブ・コモンズ 表示 4.0 国際 (CC BY 4.0) ライセンス |
| キュレーションポリシー | 専門家とコミュニティのバイオキュレーターによる手動キュレーション |
DisProt は、本質的に無秩序なタンパク質(IDP) と領域 (IDR)の手動でキュレーションされた生物学的データベースです。 [1] [2] [3] DisProt 注釈は、タンパク質の状態情報だけでなく、利用可能な場合は、特定の実験方法によって検出された無秩序の状態遷移、相互作用、および機能的側面もカバーします。DisProt は、BioComputing UP 研究所 (パドヴァ大学、生物医学科学部) でホストおよび管理されています。
Webサイト
最新のDisProtバージョンであるDisProt 9 [3]には、 2,300を超えるタンパク質エントリと、構造状態、状態遷移、相互作用、機能に関する4,500を超える証拠、および注釈が付けられた2,500を超える科学出版物が含まれています。
DisProt におけるバイオキュレーション
DisProt エントリは、科学文献に掲載された実験データから専門家およびコミュニティのバイオキュレーターによって注釈が付けられています。DisProt ホームページには、DisProt エントリの例 ( p53やCatenin beta-1など) と、 SARS-CoV-2ウイルスに属するタンパク質のエントリ( Nucleoproteinなど) が掲載されています。
テーマ別データセット
2020年から、DisProtは国内避難民が関与し、重要な役割を果たしている生物学的領域を説明する「テーマ別データセット」を公開しています。 [3] これらのデータセットに属するすべてのエントリには、テーマの名前がタグ付けされています。
- 単細胞毒素と抗毒素（DisProtリリース2020_12）
- 細胞外マトリックスタンパク質（DisProtリリース2021_06）
- ウイルスタンパク質（DisProtリリース2021_12）
モデル生物のエントリー
DisProt ホームページでは、モデル生物はアイコン、種の名前、および各生物に属する DisProt エントリの数で表されます。次の生物のエントリは、DisProt ホームページの「生物」セクションからアクセスでき、単一ファイルとしてダウンロードできます: Homo sapiens、Mus musculus、Rattus norvegicus、Saccharomices cerevisiae、Escherichia coli、Arabidopsis thaliana、Drosophila melanogaster、Caenorhabditis elegans。
DisProt のバージョンとリリース
DisProt のバージョンとリリースには、Web サイトとデータベースの手動でキュレーションされたコンテンツへの変更が含まれます。
- DisProt 7 [4] (2016): 800以上のタンパク質エントリと1000件以上の出版物が注釈付けされています。DisProtの各タンパク質エントリは、プレフィックスDPの後に5桁のタンパク質識別子が続く形式をとるDisProt識別子によって特徴付けられます。たとえば、DP00016はサイクリン依存性キナーゼ阻害剤1タンパク質に対応します。Angular.JSに基づく新しいWebインターフェイスが特徴でした。
- DisProt 8 [5] (2019): 1400以上のタンパク質エントリと3000以上の無秩序なタンパク質領域。DisProt 8では、安定したDisProt領域識別子の概念も導入されました。DisProtは、タンパク質の無秩序な領域を予測するための機械学習(ML)手法のトレーニングに広く使用されています。さらに、DisProtは、本質的に構造化されていないタンパク質の特性を理解するために使用されています。[6] DisProt 8には、新しいWebインターフェイスと拡張されたAPI、およびテキストマイニング技術を統合した新しい注釈インターフェイスが搭載されていました。
- DisProt 9 [3] (2021): 2,500以上の科学論文から注釈が付けられた、2,300以上のタンパク質エントリと4,500以上の証拠。DisProt 9は、再設計されたWebインターフェースとリファクタリングされた本質的に無秩序なタンパク質オントロジー（IDPO）を特徴としています。遺伝子オントロジー（IDPとIDRの相互作用と機能の注釈）と証拠と結論オントロジー（実験方法の注釈）の採用により、相互運用性が向上しています。
DisProtオントロジー
DisProt は、無秩序領域に注釈を付ける 3 つの異なるオントロジー、本質的に無秩序なタンパク質オントロジー (IDPO)、証拠と結論オントロジー (ECO)、および遺伝子オントロジー (GO)を使用します。DisProt には、各 IDPO 用語の専用ページがあり、用語の識別子、名前、定義、および遺伝子オントロジーなどの外部オントロジーへの相互参照が含まれています。各 IDPO 用語ページには、その特定の用語で注釈が付けられたすべての DisProt エントリがリストされます。
- 本質的に無秩序なタンパク質オントロジー: 次の種類の証拠に注釈を付けるために使用されます。1. 構造状態 (無秩序、プレモルテングロビュール、モルテングロビュール、秩序)、2. 構造遷移 (構造状態間の遷移)、および 3. 自己機能 (例:自己阻害) およびタンパク質の非構造化状態に関連する機能 (例:柔軟なリンカー/スペーサー)
- 証拠と結論のオントロジー: 内因性障害の存在またはその側面の 1 つを評価するために使用される実験方法 (例:円二色性の証拠)に注釈を付けるために使用されます。
- 遺伝子オントロジー: 結合パートナー (例:タンパク質結合) やその他の機能 (例: RNA フォールディング シャペロン)に注釈を付けるために使用されます。
外部リンク
- DisProt ホームページ
- DisProt ブログ
参考文献
- ^ Vucetic, Slobodan; Obradovic, Zoran; Vacic, Vladimir; Radivojac, Predrag; Peng, Kang; Iakoucheva, Lilia M.; Cortese, Marc S.; Lawson, J. David; Brown, Celeste J. (2005-01-01). 「DisProt: タンパク質障害のデータベース」.バイオインフォマティクス. 21 (1): 137–140. doi : 10.1093/bioinformatics/bth476 . ISSN 1367-4803. PMID 15310560.
- ^ Sickmeier, Megan; Hamilton, Justin A.; LeGall, Tanguy; Vacic, Vladimir; Cortese, Marc S.; Tantos, Agnes; Szabo, Beata; Tompa, Peter; Chen, Jake (2007-01-01). 「DisProt: 不規則タンパク質のデータベース」. Nucleic Acids Research . 35 (データベース号): D786–793. doi :10.1093/nar/gkl893. ISSN 1362-4962. PMC 1751543. PMID 17145717 .
- ^ abcd クアリア、フェデリカ;メサロス、バリント。サラディーニ、エドアルド。ハトス、アンドラス。パンサ、リタ。ケメス、ルシア B.パジコス、マーティアシュ。ラザール、タマス。ペーニャ・ディアス、サミュエル。サントス、ハイメ。アクス、ベロニカ (2021-11-25)。 「2022 年の DisProt: タンパク質固有疾患のアノテーションの品質とアクセシビリティの向上」。核酸研究。50 (D1): D480 ～ D487。土井：10.1093/nar/gkab1082。ISSN 1362-4962。PMC 8728214。PMID 34850135。
- ^ Piovesan, Damiano; Tabaro, Francesco; Mičetić, Ivan; Necci, Marco; Quaglia, Federica; Oldfield, Christopher J.; Aspromonte, Maria Cristina; Davey, Norman E.; Davidović, Radoslav (2016-11-28). 「DisProt 7.0: 不規則タンパク質データベースのメジャーアップデート」. Nucleic Acids Research . 45 (D1): D219–D227. doi :10.1093/nar/gkw1056. ISSN 1362-4962. PMC 5210544. PMID 27899601 .
- ^ ハトス、アンドラス;ハイドゥ・ソルテス、ボルバラ;モンゾン、アレクサンダー M.パロポリ、ニコラス。アルバレス、ルシア。アイカクファス、ブルク;バソット、クラウディオ。ベニテス、ギレルモ I.ベヴィラックア、マルティナ。チャサピ、アナスタシア。ケメス、ルシア（2019）。 「DisProt: 2020 年の内因性タンパク質障害の注釈」。核酸研究。48 (D1): D269 – D276。土井：10.1093/nar/gkz975。PMC 7145575。PMID 31713636。
- ^ Kovačević JJ (2012 年 6 月). 「DisProt データベースにおける位置依存的障害コンテンツの計算分析」. Genomics Proteomics Bioinformatics . 10 (3): 158–65. doi : 10.1016/j.gpb.2012.01.002. PMC 5056116. PMID 22917189.