細菌門

細菌門は、細菌ドメインの主要な系統を構成します。細菌門の正確な定義については議論がありますが、一般的な定義では、細菌門とは、 16S rRNA遺伝子が他の細菌門のメンバーの16S rRNA遺伝子とペアワイズ配列同一性が約75%以下である細菌の単系統群であるとされています。 ^{[ 2 ]}

細菌の門はおよそ1,300種類存在すると推定されている。^{[ 2 ]} 2020年5月現在、LPSNによって正式に認められている細菌の門は41種類、^{[ 3 ]} Silvaデータベースで認識されている細菌の門は89種類、^{[ 4 ]}さらに数十種類が提案されており、^{[ 5 ] [ 6 ]}数百種類がまだ発見されていない可能性が高い。^{[ 2 ]} 2017年現在、広く認識されている細菌の門の約72%は候補門であった^{[ 7 ]}（つまり、培養された代表種が存在しない）。

門の階級は、原核生物の命名に関する国際規約の規則に含まれており、属名を命名基準とする門名には語尾-otaが用いられる。^{[ 8 ] [ 9 ]}

以下は、2023年12月時点で正式に発表された細菌門の一覧です。

以下は、培養に成功していない候補門のリストです。

ほとんどの細菌門の分岐順序は不明確ですが、いくつかの門のグループは常に一緒にまとまり、スーパーグループまたはスーパーフィラと呼ばれます。場合によっては、細菌クレードは明らかに一貫して一緒にまとまりますが、そのグループを何と呼ぶべきかは不明確です。たとえば、候補門放射には、11 を超える細菌門を含む Microgenomates グループを含む Patescibacteria グループが含まれます。LPSN は、有効に発表された 4 つの細菌界、Bacillati、Fusobacteriati、Pseudomonadati、およびThermotogatiを認識しています。^{[ 67 ]}

細菌分類学の分野は豊かな歴史を持ち、現代においては急速に変化しているため、時代遅れの定義や概念への言及を理解するためには、この分野がどのように進歩してきたかについての歴史的な視点を持つことがしばしば役立つ。

細菌の命名法が植物規約の下で管理されていた時代には「門」という用語が使われていましたが、現在では（シアノバクテリアを除いて）細菌の命名法は細菌規約の下で管理されているため、「門」という用語が好まれています。

1987年、分子系統学革命の先駆者とみなされているカール・ウーゼは、16SリボソームRNA（SSU）配列に基づいて真正細菌を11の門に分類した（下記参照）。^{[ 76 ] [ 77 ]}

• 紫色細菌とその近縁種（後にプロテオバクテリア^{[ 78 ]}と改名）
  • アルファ亜門（紫色非硫黄細菌、根圏細菌、アグロバクテリウム、リケッチア、ニトロバクター）
  • ベータサブディビジョン(ロドシクルス、(一部)チオバチルス、アルカリゲネス、スピリラム、ニトロソビブリオ)
  • ガンマ亜群（腸内細菌、蛍光性シュードモナス属、紫色硫黄細菌、レジオネラ属、（一部の）ベギアトア属）
  • デルタ亜門（硫黄還元菌および硫酸還元菌（Desulfovibrio）、粘液細菌、Bdellovibrio）
• グラム陽性真正細菌^{[注1 ]}
  • 高G+C種（後に放線菌^{[ 82 ]}と改名）（アクチノマイセス、ストレプトマイセス、アルスロバクター、ミクロコッカス、ビフィドバクテリウム）
  • 低G+C種（後にFirmicutes ^{[ 82 ]}と改名）（Clostridium、Peptococcus、Bacillus、Mycoplasma）
  • 光合成を行う種（ヘリオバクテリア）
  • グラム陰性細胞壁を持つ種（メガスフェラ属、スポロムサ属）
• シアノバクテリアと葉緑体（アファノカプサ、オシラトリア、ノストック、シネココッカス、グロエオバクター、プロクロロン）
• スピロヘータとその近縁種
  • スピロヘータ (スピロヘータ、トレポネーマ、ボレリア)
  • レプトスピラ (レプトスピラ、レプトネマ)
• 緑色硫黄細菌（クロロビウム属、クロロヘルペトン属）
• バクテロイデス、フラボバクテリアおよび近縁種（後にバクテロイデスと改名）
  • バクテロイデス属（バクテロイデス属、フソバクテリウム属）
  • フラボバクテリウム属（フラボバクテリウム、サイトファガ、サプロスピラ、フレキシバクター）
• プランクトミセス属および近縁種（後にプランクトミセス綱と改名）
  • プランクトミセス群（プランクトミセス、パステウリア[ sic ] ^{[注2 ]}）
  • 好熱菌（イソシスチス・パリダ）
• クラミジア（ Chlamydia psittaci、 Chlamydia trachomatis）
• 放射線耐性ミクロコッカス属および近縁種（後にデイノコッカス属-サーマス属^{[ 83 ]}またはサーミ属と改名）^{[注3 ]}
  • デイノコッカス属（デイノコッカス・ラディオデュランス）
  • 好熱菌（Thermus aquaticus）
• 緑色非硫黄細菌および近縁種（後にクロロフレキシ^{[ 87 ]}と改名）
  • クロロフレクサス属（クロロフレクサス、ヘルペトシフォン）
  • サーモミクロビウム グループ (サーモミクロビウム ロセウム)
• Thermotogae ( Thermotoga maritima )

従来、系統発生は形態の研究に基づいて推測され、分類が確立されていました。分子系統学の出現により、例えばリボソームDNAなどのDNAおよびタンパク質配列を分析することによって、種の進化関係の解明が改善されました。^{[ 88 ]}動物や植物に存在するような容易にアクセスできる形態的特徴の欠如は、初期の分類の取り組みを妨げ、誤った、歪んだ、混乱した分類をもたらしました。カール・ウーズが指摘した例の1つが、その語源が皮肉にも分類、つまり「偽の単位」と一致したPseudomonasです。 ^{[ 76 ]}多くの細菌分類群は、分子系統学を使用して再分類または再定義されました。

分子配列決定技術の登場により、環境サンプルから直接ゲノムを回収することが可能になり（培養工程を省略）、細菌門の多様性に関する知識が急速に拡大した。これらの技術は、ゲノム分解能メタゲノミクスとシングルセルゲノミクスと呼ばれる。

• 細菌分類学#門の語尾
• 細菌の命名に関する国際規約
• 細菌門の分岐順序（Woese、1987）
• 細菌門の分岐順序（Gupta、2001）
• 細菌門の分岐順序（キャバリエ＝スミス、2002年）
• 細菌門の分岐順序（RappeおよびGiovanoni、2003）
• 細菌門の分岐順序（Battistuzzi et al., 2004）
• 細菌門の分岐順序（Ciccarelli et al., 2006）
• ARB Silva Living Treeによる細菌門の分岐順序
• 細菌門の分岐順序（ゲノム分類データベース、2018年）
• 細菌属一覧
• 細菌の目一覧
• 配列決定された細菌ゲノムのリスト