トレポネーマ

トレポネーマ
	梅毒トレポネーマスピロヘーテス
科学的分類
ドメイン：	細菌
門:	スピロヘータ
クラス：	スピロヘータ
注文：	スピロヘータ
家族：	トレポネーマ科
属:	トレポネーマ; シャウディン1905 年改正。アプト、ゴーカー、クレンク 2013
タイプ種
	トレポネーマ・パリダム; （シャウディン＆ホフマン 1905）シャウディン 1905
種
	テキストを参照
同義語
	「スピロネマ」ヴイユミン1905 非クレブス1892 非レジェ＆ヘッセ 1922 非ラフィネスク1838 非ヘホスト。 1842 リンドリー以外 1840 ミーク以外 1864; 「ミクロスピロネマ」スタイルズ＆フェンダー 1905;

トレポネーマはらせん状の細菌の属です。ヒト病原体の主なトレポネーマ種はトレポネーマ・パリダムで、その亜種は梅毒、ベジェル、イチゴ腫などの疾患の原因となります。 トレポネーマ・カラテウムはピンタの原因です。^[2] トレポネーマ・パラルイスクニクリはウサギの梅毒と関連があります。^[3] トレポネーマ・サクシニファシエンスは伝統的な農村地帯の人々の腸内微生物叢で発見されています。^[4]

系統発生

現在受け入れられている分類法は、原核生物の命名法リスト（LPSN）^[5]と国立生物工学情報センター（NCBI） ^[1]に基づいています。

未割り当て種:

「Ca. Treponema caballi」Gilroy et al. 2022年
野口トレポネーマ・カリギラム 1913
Treponema carateum Brumpt 1939 (ピンタを引き起こすトレポネーマ)
「Ca.T.equi」ギルロイ他。 2022 のん (ノヴィ＆ナップ 1906) 野口 1928
「Ca. T. equifaecale」ギルロイら 2022
「Ca. Treponema faecavium」Gilroy et al. 2021年
「Ca.T.イントラセルラー」Ohkuma et al. 2015年コルグ。オーレンら。 2020年
「T.legeri」（Dubosq & Lebailly 1912）Zuelzer 1925
「T.macrodentium」野口 1912
「Ca.T.merdequi」Gilroy et al. 2022年
Treponema paraluislepolis Lumeij et al. 1994年
Treponema pertenue (Castellani 1905) Castellani & Chalmers 1910
トレポネーマ・レフリンゲンス （シャウディンとホフマン 1905）カステラーニとチャーマーズ
「Ca. T. scatequi」ギルロイら 2022
「Treponema scoliodonta」(Hoffmann 1920) Noguchi 1928 ex Smibert 1984
「Ca.トレポネーマ・スイス」Molbak et al. 2006年非クジュムギエフ＆スパソワ 1967年
「Ca. Treponema teratonymphae」野田ら。 2018年
「T. トリメロドンタ」(ホフマン 1920) プレヴォ 1940

Treponema hyodysenteriaeおよびTreponema innocens種は、 Serpulina hyodysenteriaeおよびSerpulina innocensに再分類されました。^[12]

参照

参考文献

^ ab Sayers; et al. 「トレポネーマ」。国立生物工学情報センター（NCBI）分類データベース。 2023年3月20日閲覧。
^ Antal GM、Lukehart SA、Meheus AZ (2002年1月)。「風土病性トレポネーマ症」。Microbes Infect . 4 (1): 83–94. doi :10.1016/S1286-4579(01)01513-1. PMID 11825779。
^ Harper KN、Liu H、Ocampo PS、他 (2008 年 8 月)。「酸性反復タンパク質 (arp) 遺伝子の配列は性病性梅毒トレポネーマ亜種と非性病性梅毒トレポネーマ亜種を区別し、この遺伝子は梅毒を引き起こす亜種で強い正の選択を受けて進化した」。FEMS Immunol. Med. Microbiol . 53 (3): 322–32. doi : 10.1111/j.1574-695X.2008.00427.x . PMID 18554302。
^ Angelakis E、Bachar D、Yasir M、Musso D、Djossou F、Gaborit B、他 (2019 年 1 月)。「トレポネーマ属は伝統的な農村部の住民の腸内細菌叢を豊かにするが、都市部の住民には存在しない」。新微生物と新感染。27 :14–21。doi : 10.1016 /j.nmni.2018.10.009。PMC 6276622。PMID 30555706。（この論文には現在懸念の表明があります。doi :10.1016/j.nmni.2024.101401、PMID 38799921、Retraction Watch を参照してください。これがそのような論文への意図的な引用である場合は、に置き換えてください。）{{expression of concern|...}}{{expression of concern|...|intentional=yes}}
^ JP Euzéby. 「トレポネーマ」。命名法で定められた原核生物名のリスト（LPSN）。 2023年3月20日閲覧。
^ 「The LTP」。 2023年11月20日閲覧。
^ 「LTP_all tree in newick format」。2023年11月20日閲覧。
^ 「LTP_08_2023 リリースノート」(PDF) 。 2023年11月20日閲覧。
^ 「GTDBリリース08-RS214」。ゲノム分類データベース。 2023年5月10日閲覧。
^ "bac120_r214.sp_label".ゲノム分類データベース. 2023年5月10日閲覧。
^ 「分類の歴史」。ゲノム分類データベース。 2023年5月10日閲覧。
^ スタントン TB、ジェンセン NS、ケイシー TA、トードフ LA、デューハースト FE、パスター BJ (1991 年 1 月)。「新属 Serpula gen. nov. における Treponema hyodysenteriae および Treponema innocens を、Serpula hyodysenteriae comb. nov. および Serpula innocens comb. nov. として再分類」。内部。Ｊ．Ｓｙｓｔ．バクテリオール。41 (1): 50-8。土井：10.1099/00207713-41-1-50。PMID 1704792。

[NCBI-1] Sayers; et al. 「トレポネーマ」。国立生物工学情報センター（NCBI）分類データベース。 2023年3月20日閲覧。

[pmid11825779-2] Antal GM、Lukehart SA、Meheus AZ (2002年1月)。「風土病性トレポネーマ症」。Microbes Infect . 4 (1): 83–94. doi :10.1016/S1286-4579(01)01513-1. PMID 11825779。

[pmid18554302-3] Harper KN、Liu H、Ocampo PS、他 (2008 年 8 月)。「酸性反復タンパク質 (arp) 遺伝子の配列は性病性梅毒トレポネーマ亜種と非性病性梅毒トレポネーマ亜種を区別し、この遺伝子は梅毒を引き起こす亜種で強い正の選択を受けて進化した」。FEMS Immunol. Med. Microbiol . 53 (3): 322–32. doi : 10.1111/j.1574-695X.2008.00427.x . PMID 18554302。

[pmid30555706-4] Angelakis E、Bachar D、Yasir M、Musso D、Djossou F、Gaborit B、他 (2019 年 1 月)。「トレポネーマ属は伝統的な農村部の住民の腸内細菌叢を豊かにするが、都市部の住民には存在しない」。新微生物と新感染。27 :14–21。doi : 10.1016 /j.nmni.2018.10.009。PMC 6276622。PMID 30555706。（この論文には現在懸念の表明があります。doi :10.1016/j.nmni.2024.101401、PMID 38799921、Retraction Watch を参照してください。これがそのような論文への意図的な引用である場合は、に置き換えてください。）{{expression of concern|...}}{{expression of concern|...|intentional=yes}}

[5] JP Euzéby. 「トレポネーマ」。命名法で定められた原核生物名のリスト（LPSN）。 2023年3月20日閲覧。

[LTP-6] 「The LTP」。 2023年11月20日閲覧。

[7] 「LTP_all tree in newick format」。2023年11月20日閲覧。

[8] 「LTP_08_2023 リリースノート」(PDF) 。 2023年11月20日閲覧。

[about-9] 「GTDBリリース08-RS214」。ゲノム分類データベース。 2023年5月10日閲覧。

[tree-10] "bac120_r214.sp_label".ゲノム分類データベース. 2023年5月10日閲覧。

[taxon_history-11] 「分類の歴史」。ゲノム分類データベース。 2023年5月10日閲覧。

[pmid1704792-12] スタントン TB、ジェンセン NS、ケイシー TA、トードフ LA、デューハースト FE、パスター BJ (1991 年 1 月)。「新属 Serpula gen. nov. における Treponema hyodysenteriae および Treponema innocens を、Serpula hyodysenteriae comb. nov. および Serpula innocens comb. nov. として再分類」。内部。Ｊ．Ｓｙｓｔ．バクテリオール。41 (1): 50-8。土井：10.1099/00207713-41-1-50。PMID 1704792。