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| デイノコッコタ | |
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科学的分類 
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| ドメイン： | 細菌 |
| サブ王国: | ネギバクテリア |
| 門: | デイノコッコタ・ ワイスバーグら2021 [2] |
| クラス： | デイノコッカス ギャリティとホルト 2002 [1] |
| 注文と家族 | |
| 同義語 | |
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デイノコッカ門（別名デイノコッカス・サーマス）は、環境の危険に対して非常に耐性があり、極限環境細菌としても知られるデイノコッカス綱のみからなる細菌門である。 [4]これらの細菌は細胞壁が厚く、グラム陽性菌として染色 されるが、第2の膜を含むため、構造はグラム陰性菌に近い。 [5] [6] [7]
分類
デイノコッカス門は、単一の綱 (デイノコッカス) と 2 つの目から構成されます。
- デイノコッカス目は2つの科（デイノコッカス科とトゥルーペラ科）から成り、デイノコッカス属、デイノバクテリウム属、トゥルーペラ属の3つの属がある。[8] [9] [10]トゥルーペラ・ラジオヴィクトリクスは、この目の中で最も早く分岐した種である。[8]この目の中で、デイノコッカスは、デイノバクテリウム属やトゥルーペラ属とは別個の単系統群を形成している。 [11]この属には放射線に耐性のある種がいくつか含まれており、核廃棄物やその他の有毒物質を食べたり、宇宙空間で生き延びたり、極度の暑さや寒さに耐えたりする能力で有名になっている。[12]
- Thermales属には、熱に耐性のある複数の属 ( Marinithermus、Meiothermus、Oceanithermus、Thermus、Vulcanithermus、Rhabdothermus ) が含まれており、 Thermaceae という単一の科に分類されています。[9] [10] [13]系統解析により、Thermales属の中で、MeiothermusおよびThermus の種は、 Marinithermus、Oceanithermus、Vulcanithermus、Rhabdothermus の種に対して単系統クラスターを形成していることが実証されています。これらの種は、この目の中で外群として分岐しています。 [11]これは、MeiothermusおよびThermus の種が、この目の中で他の属と比較して、互いに近縁であることを示唆しています。Thermus aquaticus は、DNA を沸騰近くまで加熱するサイクルを繰り返すことで、耐熱性 DNA ポリメラーゼ酵素を使用する利点があるポリメラーゼ連鎖反応の開発に重要な役割を果たしました。 [14]
これら2つのグループは共通の祖先から進化したが、2つの耐性メカニズムはほぼ独立しているように見える。[11] [15]
分子シグネチャー
保存されたシグネチャーインデル（CSI）とタンパク質（CSP）の形での分子シグネチャーが、デイノコッコタ門に属するすべてのメンバーに独自に共有されていることがわかっています。[4] [11]これらのCSIとCSPは、他のすべての細菌生物からこのユニークな門を区別する特徴であり、それらの排他的な分布は、観察された生理学的差異と平行しています。CSIとCSPは、門内の目と科レベルの分類上の順位付けをサポートすることもわかっています。目レベルの区別をサポートすることがわかったCSIのいくつかは、それぞれの極限環境特性に役割を果たしていると考えられています。[11] Thermales種のDNA 指向性 RNA ポリメラーゼサブユニットベータとDNA トポイソメラーゼ Iに見られる CSI は好熱性に関与している可能性があり、[16] Deinococcales種のエキシヌクレアーゼABC、DNA ジャイレース、DNA 修復タンパク質 RadAに見られるCSI は放射線抵抗性と関連している可能性があります。[17] Deinococcus属に属するすべてのメンバーに固有に見つかった 2 つの CSP は十分に特徴付けられており、特徴的な放射線抵抗性表現型に役割を果たしていると考えられています。[11]これらの CSP には、DNA 損傷修復タンパク質 PprA と一本鎖 DNA 結合タンパク質 DdrB が含まれます。
さらに、デイノコッカス、テルムス、メイオテルムスなど、このグループ内のいくつかの属には、それぞれの種を含めた個別の属として区別する分子シグネチャがあり、グループの残りの属や他のすべての細菌と区別する手段を提供しています。[11] Truepera radiovictrixに特有のCSIも見つかっています。
系統発生
分類
現在受け入れられている分類法は、原核生物の命名法リスト（LPSN）[24]と国立生物工学情報センター（NCBI）[25]に基づいています。
- デイノコッコ 門オレンとギャリティ 2021
- デイノコッカス 綱Garrity & Holt 2002 ["デイノコッカス" Oren, Parte & Garrity 2016 ex Cavalier-Smith 2020 ; "テルミ" Rinke et al. 2013 ; "テルミア" Cavalier-Smith 2020 ]
- Deinococcales Rainey らを注文する。 1997 [Trueperales García-López et al. 2020年】
- Thermales Rainey and Da Costa 2002を注文する
- テルマ科 ダ・コスタ・アンド・レイニー 2002
- デイノコッカス 綱Garrity & Holt 2002 ["デイノコッカス" Oren, Parte & Garrity 2016 ex Cavalier-Smith 2020 ; "テルミ" Rinke et al. 2013 ; "テルミア" Cavalier-Smith 2020 ]
ゲノム配列
現在、この門には10種の菌株のゲノムが配列されている。[26]
- デイノコッカス・ラジオデュランスR1
- サーマス・サーモフィラスHB27
- サーマス・サーモフィラスHB8
- デイノコッカス ジオサーマリスDSM 11300
- デイノコッカス・デサルティVCD115
- メイオテルムス・ルベルDSM 1279
- メイオテルムス・シルバヌスDSM 9946
- トゥルーペラ ラジオヴィクトリクスDSM 17093
- オセアニテルムス・プロファンダスDSM 14977
2つのメイオテルムス属の種は、病原性や悪名ではなく、系統発生上の新規性に基づいて生物の配列を解析することを目的とした細菌および古細菌ゲノム百科事典プロジェクト（GEBA）の支援を受けて配列が決定されました。[27]
参照
参考文献
- ^ Garrity GM、Holt JG. (2001)。「マニュアルへのロードマップ」。Boone DR、Castenholz RW、Garrity GM. (編)。Bergey 's Manual of Systematic Bacteriology。第 1 巻 (古細菌および深く分岐した光合成細菌) (第 2 版)。ニューヨーク、NY: Springer–Verlag。pp. 119–166。
- ^ Oren A 、Garrity GM (2021 ) 。「原核生物42門の名前の有効な公表」。Int J Syst Evol Microbiol。71 ( 10): 5056。doi : 10.1099/ ijsem.0.005056。PMID 34694987。S2CID 239887308 。
- ^ Cavalier-Smith T (2006). 「遷移分析による生命の樹の根源の特定」Biol. Direct . 1:19 . doi : 10.1186/1745-6150-1-19 . PMC 1586193 . PMID 16834776.
- ^ ab Griffiths E, Gupta RS (2007年9月). 「Deinococcus–Thermus phylum に特有のシグネチャータンパク質の同定」(PDF) . Int. Microbiol . 10 (3): 201–8. PMID 18076002. 2011-06-14 にオリジナル(PDF)からアーカイブ。
- ^ Gupta RS (2011). 「二層膜（グラム陰性）細菌の起源：共生ではなく抗生物質による選択圧が、2つの膜を持つ細菌細胞の進化につながった可能性が高い」Antonie van Leeuwenhoek . 100 (2): 171–182. doi :10.1007/s10482-011-9616-8. PMC 3133647 . PMID 21717204.
- ^ Campbell C, Sutcliffe IC, Gupta RS (2014). 「Acidaminococcus intestini の比較プロテオーム解析により Negativicutes と Proteobacteria の外膜生合成の関係が裏付けられる」(PDF) . Arch Microbiol . 196 (4): 307–310. Bibcode :2014ArMic.196..307C. doi :10.1007/s00203-014-0964-4. PMID 24535491. S2CID 10721294.
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