細菌門の分岐順序（ゲノム分類データベース、2018年）

細菌の門の分岐順序を示すモデルはいくつかあり、その一つがゲノム分類データベース（GTDB）である。

GTDBは、ゲノム系統発生に基づいた標準化された微生物分類体系を確立するための取り組みであり、主にオーストラリア研究評議会のローリエート・フェローシップによって資金提供されています。系統発生の構築に使用されるゲノムはRefSeqとGenBankから取得され、GTDBのリリースはRefSeqのリリースにインデックス付けされており、リリース76から開始されています。重要な点として、このデータセットにはメタゲノムや単一細胞から得られた培養不可能な微生物のドラフトゲノムがますます含まれており、微生物世界のゲノム表現の向上を保証しています。すべてのゲノムは、GTDBに収録される前にCheckMを使用して独立して品質管理されています。

GTDBの分類体系は、細菌については120個の単一コピーマーカータンパク質を連結したアラインメント済みセットからFastTreeで推定したゲノムツリー、古細菌については53個（RS207以降、それ以前は122個）のマーカータンパク質を連結したセットからIQ-TREEで推定したゲノムツリーに基づいています。連結したリボソームタンパク質やリボソームRNA遺伝子など、追加のマーカーセットもツリートポロジーの相互検証に使用されます。

当初は、tax2tree を介してゲノムツリーを装飾するために、国立生物工学情報センター (NCBI) の分類体系が使用されました。16S rRNA に基づくGreengenes分類体系は、特に培養された代表種がないツリーの領域で分類体系を補完するために使用されます。命名優先順位を確立するための主要な分類学的権威として、命名法上の地位を有する原核生物名のリスト(LPSN) が使用されます。分類学的ランクは PhyloRank を使用して正規化され、多系統群を除去するために分類体系は手動でキュレーションされます。^{[ 1 ] [ 2 ] [ 3 ] [ 4 ] [ 5 ]}

系統樹はGTDBリリース10-RS226（2025年4月16日）から取得した。 ^{[ 6 ] [ 7 ] [ 8 ] [ 9 ]}

一般的な注意事項：

• GTDBのデータには、ドメイン名と門名のみが含まれています。より大きな分類群は、ウィキペディアの編集者が既知の分類名と照合することで、可能な限り追加しています。
• GTDBはゲノムの多様性に基づいて順位の差を正規化し、新しい名前を作成します。これらの名前の後にコメントを追加することで、文献における当該系統群の別の名前を示すことができます。
• 変換処理が直接的なため、提案された名前には引用符は使用しません。
• GTDB ツリーは、ルート付きの Newick 形式で提供されていますが、GTDB の著者によると「実質的にルートなし」として扱うべきです。^{[ 10 ]}その結果として、GTDB ツリー上で側系統群に見えるグループは必ずしも側系統群ではありません。1 つの子孫グループだけが除外されている側系統群の場合、ツリーのルートを再設定すると、単系統群に変わる可能性があります。

• 細菌門の分岐順序（Woese、1987）
• 細菌門の分岐順序（RappeおよびGiovanoni、2003）
• ARB Silva Living Treeによる細菌門の分岐順序
• 細菌門の分岐順序（Ciccarelli et al., 2006）
• 細菌門の分岐順序（Battistuzzi et al., 2004）
• 細菌門の分岐順序（Gupta、2001）
• 細菌門の分岐順序（キャバリエ＝スミス、2002年）

• ゲノム分類データベース