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| ベータ | |
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| 一般的な詳細 | |
|---|---|
| WHO指定 | ベータ |
| 系統 | B.1.351 |
| 最初に検出された | ネルソン・マンデラ・ベイ、南アフリカ |
| 報告日 | 2020年7月または 2020年8月 |
| 状態 | 懸念される変異体 |
| ケースマップ | |
 凡例: 1,000以上の確認済み配列 250～999の確認済み配列 100～249の確認された配列 10～99個の確認済み配列 2～9個の確認済み配列 確認された配列 1 件 データが全くないか全くない | |
| 主な変種 | |
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ベータ変異体[ 1 ] [2] (B.1.351) [a]は[5] [6] 、 COVID-19を引き起こすウイルスであるSARS-CoV-2の変異体でした。当初特に重要であると考えられていたいくつかのSARS-CoV-2変異体の1つは、2020年10月に南アフリカの東ケープ州のネルソンマンデラ湾[7]都市圏で初めて検出され、[8] 2020年12月18日に同国の保健省によって報告されました。 [9]系統地理学的分析によると、この変異体は2020年7月か8月にネルソンマンデラ湾地域で出現したと示唆されています。 [10]
世界保健機関は、この変異株をベータ変異株と名付けたが、これは科学的な名称に代わるものではなく、一般の人々が一般的に呼ぶための名称である。[11] [12] WHOは、この変異株はもはや流通していない懸念される変異株であると考えている。 [5]
名前
この変異型は南アフリカ変異型としても知られています。
突然変異
-
![SARS-CoV-2ベータ変異体のアミノ酸変異を、スパイクに焦点を当てたSARS-CoV-2のゲノムマップ上にプロットした図。[13]](https://img-server.japedia.wiki/wikipedia/commons/thumb/4/4b/SARS-CoV-2_Beta_variant.svg/500px-SARS-CoV-2_Beta_variant.svg.png)
SARS-CoV-2ベータ変異体のアミノ酸変異を、スパイクに焦点を当てたSARS-CoV-2のゲノムマップ上にプロットした。[13]
B.1.351系統ゲノムのスパイク領域には特に興味深い変異が3つある: [14]
- K417N
- E484K
- N501Y
さらに、これまでのところそれほど懸念されていない5つのスパイク変異がある：[14]
- L18F
- D80A
- D215G
- R246I
- A701V
スパイク領域以外では、K1655N、SGF 3675-3677欠失、P71L、T205Iも保有している。[15]
科学者たちは、この変異体がヒト細胞に付着しやすくなったのは、ウイルスのスパイク糖タンパク質の受容体結合ドメイン（RBD）に3つの変異、N501Y [9] [16] （アミノ酸位置501のアスパラギン（N）からチロシン（Y）[17]への変化）、K417N、E484K [18] [19]があるためだと指摘した。これらの変異のうち2つ、E484KとN501Yは、受容体結合ドメイン（RBD）の受容体結合モチーフ（RBM）内に存在する。[20] [21]
N501Y変異は英国でも検出されている。[9] [22]ベータ変異体で見つかった2つの変異、E484KとK417Nは、アルファ変異体には見られない。また、ベータ変異体には、他の変異体で見つかった69-70del変異はない。[16] [23]
ワクチンの有効性
2021年1月4日、英国の新聞「テレグラフ」は、オックスフォード大学の免疫学者ジョン・ベル卿が、南アフリカの新しい変異株がCOVID-19ワクチンに耐性を持つ可能性について「大きな疑問符」が付いていると考えており、ワクチンがその変異株に対してそれほど効果的に機能しないのではないかとの懸念が生じていると報じた。[24]同日、ウィットウォーターズランド大学のワクチン学教授であるシャビル・マディ氏はCBSニュースに対し、新しいベータ変異株（501.V2変異株）がワクチンを回避できるかどうかは「当然のことではない」が、「ワクチンが完全な効力を持たない可能性もある」ことを考慮すべきだとコメントした。[25]レディング大学の細胞微生物学准教授であるサイモン・クラーク氏は、ベータのスパイクタンパク質のさらなる変異が「ワクチンによって引き起こされる免疫反応に対するウイルスの感受性を低下させる可能性がある」という懸念要因として挙げた。[26]ウォーリック大学のウイルス学者ローレンス・ヤング氏も、この変異株の複数のスパイク変異が「免疫防御からの逃避につながる可能性がある」と指摘した。[26]
E484Kアミノ酸の変化は受容体結合ドメイン（RBD）変異であり、「中和抗体からの逃避に関連している」と報告されており、スパイクタンパク質依存性COVIDワクチンの有効性に悪影響を及ぼす可能性がある。[27] [28] E484Kスパイク変異は、ブラジルでのSARS-CoV-2のベータ変異体による再感染事例と関連しており、研究者らはこの変異が関与する再感染事例としては初めてのものだと考えている。[29]抗原性の変化の可能性は、SARS-CoV-2のスパイクタンパク質変異体を中和する能力を持つモノクローナル抗体からの「逃避変異」と呼ばれている。[30] [31]これは、段階的な試験に頼ることなく、既存のワクチンを新しい株に対抗するために更新することができ、また更新すべきであることを示唆している。
ヤンセン
1月に南アフリカでヤンセン（Ad26.COV2.S）ワクチンの治験を行ったジョンソン・エンド・ジョンソンは、中度から重度のCOVID-19感染に対する予防レベルは米国では72％であったが、南アフリカでは64％であったと報告した。[32] [33]
ファイザー・ビオンテック
2021年2月17日、ファイザーはベータ変異株に対する中和活性が3分の2に減少したと発表したが、この変異株による病気の予防におけるワクチンの有効性については主張を控えた。[34]
2021年3月16日、南アフリカ保健製品規制局（SAHPRA）は、ファイザー-ビオンテックワクチン（BNT162b2）を第21条緊急使用許可として承認した。[35]
2021年4月1日、南アフリカのワクチン治験の最新情報では、ワクチンはこれまでのところ100％有効であり（つまり、ワクチン接種を受けた参加者に症例は見られなかった）、プラセボ対照群の9件の感染のうち6件がベータ変異体（系統B.1.351）であったと述べられた。[36]しかし、9日後、イスラエルの研究で、この変異体はワクチンの2回の接種を受けた人にも存在し、その有病率は野生株と比較してワクチン接種者の間で8倍と不釣り合いに増加していることが判明した。[37]
2021年5月5日、カタール国立COVID-19ワクチン研究グループの結果をまとめた書簡では、感染に対する有効性が75％で、重症患者はゼロであることが示された。[38]
オックスフォード・アストラゼネカ
2021年2月6日、フィナンシャルタイムズは、南アフリカの ウィットウォータースランド大学がオックスフォード大学と共同で実施した研究の暫定的な試験データで、ベータ変異株に対するオックスフォード・アストラゼネカCOVID-19ワクチン（AZD1222）の有効性が低下したと報じた。この研究では、2,000人のサンプルサイズで、 AZD1222ワクチンはCOVID-19の最も重篤なケースを除いて「最小限の保護」しか提供しなかったことが判明した。[39]
2021年2月7日、南アフリカ政府は、データを検討し今後の進め方について助言を待つ間、約100万回分のワクチンの配備計画を一時停止した。[40]南アフリカ政府はその後、ワクチンの使用を中止し、その供給を他のアフリカ諸国に販売し、ワクチン接種プログラムをヤンセンCOVID-19ワクチンを使用するように切り替えた。[41] [42]
2021年7月、フランスでのベータ感染者数の増加を受けて、アストラゼネカワクチンの主要使用国である英国は、フランスから英国への渡航者に対して追加の制限を課した。しかし、フランスでの発生はインド洋の領土であるレユニオン島で発生しており、[43]フランスの政治家で医師のヴェロニク・トリエ＝ルノワールが指摘している。[44]
シノファームBIBP
他のアフリカ諸国もシノファームBIBPワクチンの導入を開始しており、モロッコ、エジプト、セーシェル、ジンバブエが大規模な導入を開始している。[45]これまでのところ、このワクチンはジンバブエで実証されているように、ベータ変異株に対して耐性があることが証明されている。[46] 2021年2月2日、プレプリント論文で、ベータ変異株に対する中和活性が1.6倍減少したことが発表された。[47]
モデルナ
2月にモデルナ社は、現在のワクチン（mRNA-1273 ）は、南アフリカの変異株に対して、元のウイルスと比較して6分の1の抗体しか生成しなかったと報告した。同社はベータ変異株に対処するための新しいワクチンの試験を開始した。[48]
スプートニクV
南アフリカ医薬品規制当局（SAHPRA）は、ロシアのガマレヤ研究所が開発したワクチンに関する文書を受け取ったことを確認した。[49]
スプートニクV（Gam-COVID-Vac）は、症状のある症例で90％以上の有効性を持つ、世界で3つのCovidワクチンの1つです。効果はわずかに劣るものの、競合製品よりは優れていました。[1] ベータ変異体に対するVNAは3分の1に減少しました。[2] [3] ネイチャーコミュニケーションズ誌に掲載された12のサンプルの小規模な研究では、ベータ変異体に対する中和抗体反応が約6.1倍少ないことが示されました。[50]
コロナバック
コロナバックはまだ南アフリカ保健製品庁（SAHPRA）による使用承認を受けていない。[51]これまでにシノバックは南アフリカに500万回分のワクチンを供給することを申し出ている。 [52]
コバキシン
コバキシンは、中和効果が 3 分の 1 に低下するものの、ベータ変異体に対して効果があることが判明しました。
コビバック
CoviVacワクチンの情報はまだ南アフリカ政府に届けられていない。[53]
エピワクチンコロナ
EpiVacCoronaワクチンの情報はまだ南アフリカ政府に届けられていない。[54]
ZF2001
ZF2001ワクチンの情報は南アフリカ政府に届けられる途中である。[55]
ノババックス
NVX-CoV2373ノババックスワクチンに関する研究では、南アフリカでは60％の有効性（HIV陰性の参加者の場合）が示されたのに対し、英国では90％の有効性が示された。[56]
免疫バイオ
南アフリカの国営ワクチン会社バイオバック研究所は、獲得した契約を利用してコロナウイルスワクチンを製造する予定だ。アメリカに拠点を置くイミュニティバイオ社との契約により、現在、米国と南アフリカでhAd5ワクチンの第1相ワクチン試験が行われている。 [57]
ImmunityBioとBioVacは、南アフリカとアフリカ全土にワクチンを配布する計画だ。[58] [59]
疫学
研究者や当局は、この変異株の有病率は基礎疾患のない若者の間で高く、そのような場合には他の変異株よりも重篤な病気を引き起こす頻度が高いと報告した。[60] [61]南アフリカ保健省はまた、この変異株が他の以前のウイルスの変異株よりも速く広がるため、同国でのCOVID-19パンデミックの第二波を引き起こしている可能性があると示唆した。[9] [60]
統計
歴史
クワズール・ナタール大学のクワズール・ナタール研究イノベーション・シーケンシング・プラットフォーム（KRISP）が率いるゲノムチームがこの新しい変異体を発見した。[62]これは全ゲノムシーケンシングによって発見された。この系統のいくつかのゲノム配列はGISAID配列データベースに提出された。 [63] [より良い情報源が必要]
2020年12月23日、英国のマット・ハンコック保健大臣は、南アフリカから英国に渡航した2人がベータ変異株（501.V2変異株）に感染していたと発表した。[23] [64] 12月28日には、スイスで2人[65]、フィンランドで1人から変異株が検出されていた。 [ 66] 12月29日には、南アフリカから日本を訪れた人[67]と、オーストラリアのクイーンズランド州を訪れた海外旅行者1人からこの株が検出されていた。[68 ] 12月30日には、ザンビアで変異株が検出されていた。 [ 69 ] 12月31日には、フランスでも南アフリカから帰国した乗客から検出された。 [70 ] 2021年1月2日、韓国でこの変異株の最初の症例が確認された。[ 71 ] [72]ボツワナ共和国でも1月4日に最初の症例が確認された。[73]中華人民共和国は1月6日に広東省南部でこの変異株の最初の症例を報告した。[74]
2021年1月8日、アイルランド共和国は、南アフリカからの渡航に関連した3件の症例の検出を報告した。[75]同日、ブラジルでは、COVID-19に感染していた女性が新しい変異株に再感染した症例が報告され、世界で初めてそのような再感染が報告された。[29] カナダは1月9日にアルバータ州でこの変異株の最初の症例を報告し、 [76]イスラエルは4件の症例を報告したが、いずれも南アフリカからの渡航者で輸入された症例であった。[77] ニュージーランドは1月10日にこの変異株の最初の症例を報告した。[78] [79]ドイツは 1月12日、3つの異なる世帯の6人から変異株が検出されたと報告した。[80]同日、英国では合計29件の症例があり、そのうち2件は以前に報告されていたことが報告された。[81]翌日、ベルギーは渡航歴のない西フランドル州出身者の最初の症例を報告し、 [82]イスラエルはさらに4件の症例を報告し、[83]台湾は1月1日にCOVID-19の検査で陽性となった30代のスワジランド人男性の最初の症例を報告した。 [84]
1月14日、ドイツで新たな症例が確認され[85]、翌日、カナダで2例目の変異症例が報告され、カナダのブリティッシュコロンビア州で検出された。[86]同日、ドイツでも新たな症例が報告された。[87] デンマークとレユニオンでは1月16日に初の症例が報告され、イスラエルではさらに4例が発見された。[88] [89] [90] 1月17日、イスラエルはさらに4例を報告し、この変異体の症例数は計20人となった。 [91] 1月18日にはオランダでさらに2例が報告され、同国の合計は3人となった。[92] ガーナでは1月19日に初の変異体症例が報告された。[93] 1月23日、パナマでは南アフリカから旅行してきたジンバブエ出身者で初の症例が確認された。[94]また、1月23日にはベルギーがオーステンデで少なくとも15件の変異株の症例を報告し、[95]コモロでは6件の症例が確認された。[96] 1月26日にはアイルランド共和国がさらに6件の症例の検出を報告した。[97]米国は2021年1月28日、サウスカロライナ州で変異株の最初の症例を報告した。[98] 1月27日にはイスラエルがさらに3件の症例を報告したが、これは感染源が不明なままコミュニティで無作為に採取されたサンプルから検出された変異株の最初の症例であった。[99] 1月29日にアフリカCDCが報告した予備データによると、変異株はガーナに到達していた。[100] 1月31日にはイスラエルがトルコから帰国した男性による新しい変異株の再感染の最初の症例を報告した。[101]
2021年2月1日、英国保健社会福祉大臣は、海外旅行とは関係のない変異株の症例が11件ランダムに検出されたと報告した。[102]同日、カナダのオンタリオ州は、同様に旅行歴がなく、最近海外にいた人との接触もなかった変異株の症例をピール地域で初めて報告した。 [103] 2月8日、アイルランド共和国はさらに2件の症例の検出を報告した。[104]
2021年2月8日、オーストリアはヨーロッパでこれまでで最大のベータ変異株の発生を検出した。合計293人の確定症例と200人の疑い症例がシークエンシングによって特定されており、そのほとんどはおそらく確認されるだろう。症例はすべてチロル地方で発見され、シークエンシングによりPCR検査で陽性となった症例の約9％がベータ変異株であると特定された。[105]感染者数は約140人と推定されている。チロルの隔離の可能性について1週間の国民的議論と政治的圧力の後、オーストリア政府は懸念地域の隔離を控え、代わりにチロルへの出入りを減らし、チロルを訪れた後は検査を受けるよう正式に要請した。[106] チロル当局は、オーストリアの他の地域に合わせてチロルのロックダウン規則を緩和する意向を表明した。[107]
2月22日、イスラエル保健省は、3,000のコミュニティサンプルのうち1％弱でこの変異株の遺伝子配列が決定されたと発表した。[108]その後、イスラエルは合計444件の変異株の症例を報告し、南アフリカ以外では世界で最も高い感染率となった。[109] 2月25日、アイルランド共和国はさらに4件の症例の検出を報告した。[110] 2月下旬までに、トルコではベータ変異株の症例が49件あった。[111]
2021年3月3日、フィリピンは南アフリカ変異株の初の新規症例6件を確認した。パサイ出身で渡航歴のない患者3名と、カタールとUAEからの渡航歴のある患者3名であった。[112] 2021年3月5日、ルーマニアはブカレストとピテシュティの患者2名から南アフリカ変異株の初の症例2件を報告した。[113]
2021年3月23日、リトアニアは南アフリカ株の初の新規感染者2人を確認した。1人はカウナス県、もう1人はビリニュス。さらに10人の感染が疑われている。感染者はどこにも旅行していないと話している。[114] 3月26日にはさらに3人の感染が確認されており、ウイルスが国内でまん延していることを意味している。
2021年4月1日、マレーシアで南アフリカの変異株の初の症例が確認された。保健省は、ジャラン・リマのクラスターに由来すると考えられる症例2件を報告した。この症例はクアラルンプール国際空港（KLIA）に勤務する従業員が関与しており、その他の症例はセランゴール州内で散発的に検出されたと報告されている。[115] 4月1日現在、変異株に関連する症例は合計9件報告されている。[116] 5月2日までに、少なくとも5つのクラスターと接触者追跡から合計48件の症例が確認されており、そのうち20件はペラ州とケランタン州の2つのクラスターで発見された。[117]
2021年4月12日現在、トルコでは11の州で285件の症例が報告されている。[118]
絶滅
2022年3月、世界保健機関は、過去数週間および数か月間に症例が検出されなかったことを理由に、アルファ、ベータ、ガンマの変異株を以前に流行していたものとしてリストしました。[119]
参照
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- 南アフリカにおけるCOVID-19パンデミック
- 南アフリカにおけるCOVID-19ワクチン接種
- SARS-CoV-2 の変異体:アルファ、ガンマ、デルタ、イプシロン、ゼータ、イータ、シータ、イオタ、カッパ、ラムダ、ミュー、オミクロン
注記
- ^ その他の名前には以下が含まれる: [3] [4]
– 20H/501Y.V2 (旧称20C/501Y.V2)
– 501Y.V2変異体
–南アフリカCOVID-19変異体
参考文献
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ここで、南アフリカに同様の懸念を引き起こしている別の株があることを指摘しておくべきだろう。この株はスパイクタンパク質に8つの変異があり、そのうち3つ（K417N、E484K、N501Y）は何らかの機能的役割を果たしている可能性がある。
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南アフリカ変異株「501.V2」は、Sタンパク質のN501Y、E484K、K417N変異を特徴としており、英国変異株とN501Y変異を共有しているが、他の2つの変異は英国変異株には見られない。同様に、南アフリカ変異株には、英国変異株に見られる69-70del変異は含まれていない。
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外部リンク
- PANGO 系統: 新しい変異体レポート - 系統 B.1.351 の世界的分布に関するレポート
- 英国における注目の SARS-CoV-2 スパイク変異に関する COG-UK レポート