垂直伝送

卵子は細胞小器官を提供し、細胞内共生生物が次世代に受け継がれるためのスペースと機会が多いため、垂直伝達の非常に一般的な方法である。[ ^{1 ]細胞}内共生生物は細菌細胞から卵巣に  移動し、生殖細胞に組み込まれることがある。 ^{[ 11 ]}

植物では、生殖細胞系を介した微生物内生菌の垂直伝達は、種子を介して母系的に起こり得る。^{[ 12 ]}種子が内生菌に母系的に感染するメカニズムはいくつかある。母植物は、体細胞微生物叢から胚乳への維管束接続を形成できる。^{[ 12 ]}あるいは、生殖器官がシュート頂端分裂組織で発達しているときに、内生菌が直接伝達されることもある。^{[ 12 ]}

ヒトの乳児は、接触するあらゆる領域から母親からマイクロバイオームを獲得します。これには、母親の膣、消化管、皮膚、口、母乳などが含まれます。^{[ 13 ]}これらの経路は、分娩が経膣分娩で乳児が授乳されている場合に典型的です。帝王切開、哺乳瓶による授乳、授乳中の母親の抗生物質投与などの他の行為が行われると、これらの垂直感染の様式は阻害されます。^{[ 14 ] [ 15 ]}

ヒトの乳児は、胎盤がバリアを形成するため、子宮内にいる間はほとんどのウイルス、細菌、その他の病原体から一般的に保護されています。 ^{[ 16 ]}しかし、一部のウイルス（例：ジカウイルス^{[ 17 ]}）や細菌（例：リステリア菌^{[ 18 ]} ）は、垂直感染によって胎盤を通過して胎児に伝わる可能性があり、そのため妊娠中は避けるべき食品がいくつか推奨されています。

昆虫の約70%がボルバキア菌を保有していると推定されており、この菌は垂直感染と水平感染の両方で伝播する可能性がある。^{[ 25 ]}宿主種によっては、共生菌または病原菌として機能する可能性がある。^{[ 26 ]}宿主種内で感染を維持するためには、形成中の卵細胞に入り込み、生殖細胞系列を介して伝播する必要がある。垂直感染率を高めるために、ボルバキア菌は、誘導単為生殖、雄殺し、雌化など、さまざまなメカニズムで宿主の生殖システムを変化させることができる^。[ 26 ]これらのすべて^{は感染した雌}の割合を増加させ、母系感染に有利となる。

エンドウアブラムシは、食事から必要なアミノ酸をすべて摂取するわけではありません。その絶対共生菌であるブフネラが残りを合成します。^{[ 11 ]  [ 28 ]}

アタマジラミ（Pediculus humanus）は、 Candidatus Riesia pediculicola  と絶対共生関係にある。アタマジラミは住処と保護を提供し、細菌は必須ビタミンB群を提供する。C . riesia は細菌細胞内に生息するが、卵巣に移動して次世代に伝達される。^{[ 29 ] [ 30 ]}

ツェツェバエは興味深いライフサイクルを持っています。ツェツェバエは生命を産みますが、これは昆虫の中では極めて稀です。ハエは一度に1つの卵を受精させ、最初の3つの幼虫期の間、1匹の子孫は母親の子宮内で子宮内の乳腺から出る乳物質を食べて成長します。^{[ 31 ] [ 32 ] [ 33 ] [ 34 ]}この「乳」を通して、幼虫は親の微生物叢を受け取ります。その中には、ツェツェバエの血液のみの食生活では不足しているビタミンBを宿主に提供する細菌であるWigglesworthia glossinidiaも含まれています。 ^{[ 35 ] [ 36 ]}

社会性クモのStegodyphus dumicolaはナミビアとボツワナに生息している。コロニーの雌の大部分は未交尾だが、繁殖可能な雌の子育てに参加する。^{[ 37 ]}子孫は共生生物なしで孵化し、細菌共生生物は発達初期に（養育）母による吐き戻し給餌の開始とともに社会的な相互作用によって世代を超えて垂直伝達される。^{[ 22 ]}

アシナシイモリは母親の皮膚を通して幼生に栄養を与え、幼生の皮膚や腸に定着する微生物叢を幼生に受け継がせる。 ^{[ 38 ]}母親の皮膚はこの目的に適応しており、事前に厚くなり、幼生に栄養を与え続けるために摂取後すぐに再生する。母親は、自身に大きな害を与えることなく、初期の発達段階でこのプロセスを数回繰り返す。皮膚による栄養摂取が繰り返されるということは、幼生が母親の微生物叢に何度もさらされることを意味し、腸や皮膚への微生物の定着が成功する可能性を高める。

ボルネオの泡巣ガエルLeptomantis harrissoni のオタマジャクシは、親（垂直方向）と環境（水平方向）の両方から微生物を受け取ります。^{[ 3 ]}最初は親や泡巣の外側に似た微生物叢を持っていますが、池で 1 週間過ごすと、池の環境から新しい微生物を取り込みます。

ヤドクガエルの一種、Ranitomeya imitator は、未受精の栄養卵をオタマジャクシに与えます。嫌気性パラバサリアン原生生物は、垂直伝達によってオタマジャクシに受け継がれます。腸内で、これらの原生生物は消化酵素プロテアーゼを発現します。^{[ 39 ]}これにより、幼生は、母親の卵に含まれる脂肪やタンパク質を、生息する小さな池の植物残骸よりも消化できるようになります。プロテアーゼをコードする遺伝子は、Ranitomeya のゲノムには存在しません。この共生により、Ranitomeya imitator は新たな生態的ニッチに拡大し、オタマジャクシはより丈夫に成長することができます。^{[ 39 ]}親による世話を介した垂直伝達のもう 1 つのメカニズムは、父親が卵から繁殖池までオタマジャクシを背中に乗せて運ぶときに発生し、これによりオタマジャクシは父系で微生物叢を受け取る機会を得ます。^{[ 40 ]}