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これはアメリカのテレビドラマシリーズ『プリズン・ブレイク』の登場人物一覧です。登場人物は姓のアルファベット順、またはエピソードのエンドクレジットに表示される名前の順に記載されています。
リンカーン・バローズ（ドミニク・パーセル演）はテレンス・ステッドマン殺害の罪で冤罪となり、死刑を宣告される。彼は弟のマイケル・スコフィールドが同じ刑務所にいるのを見て驚く。マイケルは処刑前に自分を脱獄させようと計画していた。彼は刑務所から脱獄した後、当局の追跡を逃れ、すべての容疑が晴れた。シリーズの第2シーズンでは、リンカーン、彼の弟、そして他の脱獄者たちが当局の追跡を逃れようとする様子が引き続き描かれる。刑務所を離れると、マイケルとリンカーンは最初の7エピソードで頻繁に一緒に登場する。彼らはLJバローズの裁判前に彼を連れ戻すことができず、ウェストモアランドの隠された金を見つけるためにユタ州に向かうことにする。シーズン3では彼は自由の身となり、マイケルとジェームズ・ウィスラーがソナ刑務所から脱獄するのを手助けする。シーズン4では、彼はセルフが結成した秘密の「Aチーム」の一員となり、カンパニーを倒すために結成された。彼はまた、最後のシーンでマイケル・スコフィールド（彼の兄）の墓参りをする場面にも登場し、墓の上に折り鶴を置きます。それは、彼がマイケルのために折り鶴を折った時のことを思い出すためであり、兄がいつも自分のことを気にかけてくれていることを常に感じていたいからでした。シーズン5では、マイケルがまだ生きていてイエメンで投獄されていることを知り、兄を救出するための作戦を指揮します。
パーセルは制作開始の3日前にキャスティングされ、結果としてオリジナルキャストに加わった最後の俳優となった。[ 1 ]彼はノースショアでトミー・ラヴェット役としてレギュラー出演していた時にこの役のオーディションを受けた。
マイケル・J・スコフィールド（ウェントワース・ミラー演）は、このシリーズの主人公であり、リンカーン・バローズの弟である。彼は、殺人罪で冤罪を着せられ、電気椅子による死刑を宣告された兄を解放するために、綿密な脱獄計画を立て、それを体にタトゥーとして刻む。彼はこの計画を成功させ、自分とリンカーン、そして他の6人の囚人を解放するが、最終的にはパナマで警察から逃れることに失敗する。シリーズの第2シーズンでは、マイケル、彼の兄、そして他の脱獄者たちが、彼らを追跡する当局から逃れようとする物語が続く。刑務所を離れると、マイケルとリンカーンは最初の7エピソードで頻繁に一緒に登場する。彼らはLJバローズの裁判前に彼を連れ戻すことができなかったため、ウェストモアランドの隠された金を見つけるためにユタ州に向かうことにする。逃亡者たちがそれぞれの目的を達成するために別れた後、マイケルとリンカーンは一緒に旅をする。シーズン3では、マイケルが再び刑務所から脱獄する様子が描かれるが、今回はパナマにある自治刑務所ソナからの脱獄である。シーズン4では、シーズン3でのサラの死が偽装だったことを知った後、サラと再会する。サラは、ザ・カンパニーを倒すために結成されたドナルド・セルフ捜査官の秘密チーム「Aチーム」の一員である。マイケルは潜在抑制が低い性格特性を持っており、他の人が気づかないことに気づくことができる。この特性と天才的な知能が、彼が両方の刑務所から脱獄できた理由である。彼はまた、視床下部の腫瘍を患っており、鼻血、見当識障害、激しい痛みを引き起こす。シーズン5では、彼はカニエル・オウティスという別の名前でイエメンに投獄されていることが明らかになる。マイケルはウィップという囚人仲間と共にCIAの潜入工作員であったが、ポセイドンという名の首謀者に裏切られたことが徐々に明らかになる。
ベロニカ・ドノバン（ロビン・タニー演；シーズン1～2）は不動産弁護士で、シリーズの主人公たちの長年の友人であり、リンカーン・バローズの無罪を証明する証拠を見つけようと試みるが失敗に終わる。彼女は番組の最初のシーズンで兄弟たちの主要な味方となる。ベロニカは高校時代にリンカーンと付き合っており、ベイラー大学ロースクールを卒業した後も二人は交際していた。しかし、番組開始時には二人は数年前に別れている。リンカーンがテレンス・ステッドマン殺害の罪で最初に冤罪をかけられたとき、ベロニカは彼が有罪だと決めつけ、自分の人生を歩み続ける。エピソード「ブラザーズ・キーパー」とパイロット版の間のどこかで、彼女はセバスチャン・バルフォアと婚約する。ベロニカは刑事弁護士ではなく不動産弁護士だが、幼なじみのマイケル・スコフィールドの裁判で弁護する。最初はリンカーンの無罪を信じていなかったが、防犯カメラの映像を見て納得する。しかし、リンカーンの無実を証明できる証人レティシア・バリスが失踪し、リンカーンの死刑に反対していた司教が亡くなったことで、ベロニカはリンカーンが冤罪だったのではないかと考えるようになる。こうして、マイケルの逮捕をきっかけに、ベロニカはリンカーンの事件にますます深く関わるようになり、セバスチャンとの関係にひずみが生じる。エピソード「セル・テスト」でレティシアが失踪した後、ベロニカは今は結婚式に集中できないとして、結婚式を延期することを決める。セバスチャンはこれに傷つき、婚約を解消する。
彼女はリンカーンの事件で助けを求めてプロジェクト・ジャスティスに接触するが、彼女自身は死刑事件の経験がないことを承知している。しかし、彼らは彼女の事件への参加を拒否する。その後、ニック・サヴリンが、自分の父親も同様に無実の罪で告発されたことを彼女に伝え、協力を申し出る。二人は力を合わせて、テレンス・ステッドマンの明らかな殺人事件の真相を解明しようと奔走する。彼らが探していたオリジナルの防犯テープは破壊され、次のエピソード「暴動、訓練、そして悪魔 パート2」では、ワシントンDCの公衆電話から脅迫を受け、陰謀団の一員であるポール・ケラーマンとダニエル・ヘイルに狙われる。彼らはベロニカのアパートでの爆発で危うく命を落としかけるが、続くエピソードでは、エージェントの手から逃れたLJ・バロウズが二人に加わる。三人は身を隠す。エージェント・クインと呼ばれる暗殺者が彼らの秘密の居場所を突き止めたことで、彼らの命は再び危険にさらされる。ベロニカは最終的に彼を気絶させ、LJと負傷したニックと共に脱出することに成功する。その後、ベロニカは情報提供を申し出る秘密の情報提供者から連絡を受ける。隠れていても解決にならないと悟ったベロニカは、公の場に出て陰謀を暴露することを決意する。翌晩、ベロニカは情報提供者であるヘイル捜査官と会い、ステッドマンがまだ生きていることを知らされる。ヘイルは証拠を提示する前にケラーマンに処刑され、ベロニカはケラーマンが到着する直前にかろうじて身を隠す。
ほぼ手ぶらになったベロニカとニックは、それでもリンカーンの処刑日にもう一度法廷に戻り、リンカーンの事件について控訴するが、判事が彼らの訴えを退けたため、結局失敗に終わる。幸運にも、誰かが土壇場で証拠をこっそり持ち込み、リンカーンの処刑を遅らせるのに役立った。ベロニカとニックは、ステッドマンの遺体の検査を誰かに依頼することにしたが、歯の記録はステッドマンの記録と一致した。その後、彼女は本物のステッドマンがどこに隠れているかを突き止めることにした。「J-Cat」では、ニック、ベロニカ、LJはニューグララスに戻り、死んだクインを訪ね、彼の携帯電話を入手する。最終的に、彼らはモンタナ州ブラックフットにあるテレンス・ステッドマンの隠れ家を突き止めた。しかし、「Tonight」のエピソードの最後で、ベロニカはニックに裏切られる。ニックは、父親の自由と引き換えに、脱獄の夜に空港で彼女を「準備万端で待機させる」という取引をジョン・アブルッツィとしていたことが判明した。しかしニックは葛藤を抱え、最終的にはベロニカが殺されるのを恐れて彼女を空港へ行かせる。一人になったベロニカはモンタナ州ブラックフットへ向かい、ステッドマンの家に忍び込み、彼と直接対峙することに成功する。
シーズン2では、ステッドマン（ジェフ・ペリー）との対決の後、ベロニカはテレンス・ステッドマンの身柄を隠蔽するよう命じられたシークレットサービスのエージェントによって冷酷に殺害される。ベロニカはシリーズで最初に殺される主要キャラクターである。
ジョン・アブルッツィ（ピーター・ストーメア演；シーズン1：メインキャスト；シーズン2：準レギュラー）は、イタリア系アメリカ人のマフィアのボスであり、アブルッツィ犯罪一家のドン。フォックスリバー刑務所に終身刑で収監されている。彼は、アブルッツィの仲間から給料をもらっているブラッド・ベリックとの繋がりを利用して、受刑者向けの刑務所内労働プログラムである「プリズン・インダストリー」を支配している。彼はアンチヒーローとして登場し、主人公たちにとって敵というよりはむしろ望まれない味方といった存在である。アブルッツィは、2人の男の殺害を命じるところを目撃したオットー・フィボナッチの証言に基づいて有罪判決を受けた。アブルッツィは証人保護プログラムに入ったフィボナッチに復讐することを計画する。パイロット版のエピソードでは、マイケル・スコフィールドが私立探偵事務所への入会を申し出る。アブルッツィは最初は新参者を相手にしないが、マイケルがフィボナッチの隠れ場所を知っていると知ると、彼に全神経を集中させる。マイケルは脱獄計画の手助けと引き換えに情報を提供すると主張するが、アブルッツィはフィボナッチの居場所を聞き出そうとしてマイケルの足の指を2本切断する。これは失敗に終わり、アブルッツィは代わりにマイケルと組んで脱獄することに決める。当初は互いに警戒し合い不安定な関係だったが、シーズンが進むにつれてアブルッツィとマイケルは仲良くなっていく。アブルッツィがPIの責任者であるという立場は、マイケルの脱出計画にとって非常に貴重なものとなる。脱出チームはPIでの作業を利用して脱出トンネルを建設することができたからだ。
しばらくの間、アブルッツィの外部の仲間であるフィリー・ファルゾーンが、フィボナッチを見つけられなかったことへの報復としてアブルッツィの資金源を断ち、刑務所の特権を剥奪したため、脱獄計画は危機に瀕する。マイケルとアブルッツィは協力して、エピソード「手品」でファルゾーンを陥れることを決め、アブルッツィはPIの支配権を取り戻す。脱獄仲間のT-Bagが邪魔になると、アブルッツィは外部の部下にT-Bagのいとこを誘拐させる。しかし、計画は失敗に終わり、いとことその幼い息子が死亡する。幼児の死に深く動揺したアブルッツィは、苦しみを紛らわすために宗教に救いを求め、殺すつもりだったT-Bagの命を助ける。これが大きな間違いとなり、T-Bagはすぐにその機会を捉えてアブルッツィの喉を切り裂く。彼は負傷の治療を受けるためヘリコプターで搬送される。アブルッツィは生き延び、6話後の「鍵」で戻ってくる。戻ってきた彼は非常に信心深く友好的になったように見えるが、それはすぐに策略であることが判明する。アブルッツィは冷酷にもチームのほとんどを殺害する計画を立て、フィボナッチの居場所をマイケルから聞き出すためにベロニカ・ドノバンを誘拐する手配をするが、ニック・サヴリンがベロニカを解放したため、これは失敗に終わる。脱出後、アブルッツィはT-バッグを銃で撃とうとするが、T-バッグは撃たれないようにマイケルに手錠をかける。アブルッツィはT-バッグに復讐し、マイケルに自分を繋いでいた左手を斧で切り落とす。彼は飛行機が彼らを置き去りにした後、徒歩で逃げざるを得なくなった5人組の1人である。
アブルッツィはシーズン2にほんの少ししか登場しない。他の4人の脱走者と共に逃亡した後、彼はグループから離れ、ニューヨークで家族と再会する。フィボナッチの居場所を突き止めることに興味を失った彼は、家族と共にサルデーニャ島へ逃亡する計画を立てる。しかし、手下の一人がフィボナッチの正確な居場所を彼に知らせたことで、彼は急に考えを変える。だが、フィボナッチを餌にしたマホーンとFBIが仕掛けた罠にまんまと引っかかってしまう。刑務所に戻るより死を選ぶことを選んだアブルッツィは武器を構え、十字架を手に銃で撃たれる。彼はフォックスリバー・エイトの中で最初に当局に逮捕された人物である。
シーズン5では、リンカーンにはオリジナルシリーズには登場しなかったルカ・アブルッツィという名の長男がいることが明らかになり、リンカーンはその息子のために働き始める。
アブルッツィ役のピーター・ストーメアはレギュラーキャストの一員で、シーズン1の第13話「トンネルの終わり」でキャラクターが負傷するまで、全エピソードに出演していた。6話後の「鍵」でシリーズに復帰した後、ストーメアは準レギュラーとなり、シーズン1の最後の4話とシーズン2の第1話、第2話、第4話に出演した。その後、シーズン2の第4話「最初のダウン」でキャラクターは死亡。その後、「最後の道」のエピソードで短い回想シーンに登場した。
フェルナンド・スクレ（アマウリー・ノラスコ演）は、加重強盗罪でフォックス・リバー州立刑務所に収監されているが、ガールフレンドを奪おうとした男に密告された。プエルトリコ系であるスクレはシカゴで育ち、そこで何度も法律に抵触した。しかし、後に倉庫で安定した仕事を見つけ、ガールフレンドのマリクルス・デルガドと出会う。酒屋を強盗しようとして刑務所行きとなる。スクレはマイケルの独房仲間で、脱獄計画の最初のメンバーの一人だった。刑務所の外では、記録的な速さで様々な車両を直結できる能力を発揮し、これはマイケルやスコフィールドが脱獄の夜に連れて行った他の囚人たちにとって貴重な財産となった。脱獄後グループは分裂したが、スクレは何度もマイケルを助けるために戻ってきた。彼はセルフの「Aチーム」の一員であり、シラを捕らえる上で重要な役割を果たす。シーズン5では、彼は貨物船で働いていることが明らかになり、イエメンからマイケルを救出しようとします。リンカーンは安全上の理由から彼をやんわりと断り、代わりにイエメン事情に詳しいCノートを連れて行くことにします。しかし、彼は後にマイケルとそのチームがクレタ島からアメリカに帰国するのを手助けするために戻ってきて、その後、彼らを殺害しようとする陰謀をそらす役割も果たします。
リンカーン「LJ」バロウズ・ジュニア（マーシャル・オールマン演；メイン：シーズン1～2；準レギュラー：シーズン3；ゲスト：シーズン4）は、リンカーンの疎遠になった息子である。マーシャル・オールマンは、シーズン2の第14話「ジョン・ドゥ」までメインキャストの一員としてクレジットされていた。パイロット版では、普段は行儀が良いにもかかわらず、LJは麻薬所持で逮捕され、保護観察処分となる。罰の一部として、週に一度、父親である指導者を訪ねることになる。最初の出会いは冷ややかなものだったが、二人の関係は次第に温かくなっていく。しかし、LJは陰謀を企むポール・ケラーマンとダニエル・ヘイルに狙われ、母親と継父の殺害の罪を着せられた後、ベロニカ・ドノバンとニック・サヴリンの秘密の小屋に逃げ込む。ケラーマンの偽名を知ったLJは、母親の復讐のために銃を持って彼に立ち向かう。ケラーマンを撃とうとした後、LJは警察に逮捕される。シーズン2では、LJは刑務所でアレクサンダー・マホーンの訪問を受け、リンカーンとマイケルを捕まえるための協力を求められますが、LJは協力を拒否します。家族は彼を裁判所から脱獄させようとしますが、脱獄は失敗に終わり、LJは成人拘置所に送られます。その後、リンカーンを探すためのカンパニーの作戦で、彼は釈放されます。エージェントを出し抜いて脱獄に成功しますが、「Unearthed」で警察に逮捕されます。その後、リンカーンの父親の手下によって救出され、LJは安全のため祖父の友人ジェーンの元へ送られます。
「 Wash 」では、LJがワシントン州プルマンで偽名を使って暮らしていることが明らかになる。シーズン3では、LJはカンパニーに誘拐され、リンカーンとマイケルがウィスラーをソナから脱獄させるための動機付けとして人質に取られる。ウィスラーが脱獄した後、博物館で人質交換が成功し、LJは父親と再会する。LJはシーズン4の初回に少しだけ登場し、シリーズ最終回のエピローグでリンカーンがLJは学校で期末試験を受けていると述べることで、どこにいても順調にやっていることを示唆している。LJはシーズン5には登場せず、言及もされない。
ブラッドリー・ブライアン・“ブラッド”・ベリック（ウェイド・ウィリアムズ演；シーズン1～4）は、フォックス・リバー州立刑務所の刑務官の主任看守だったが、後に解雇される。チャールズ・ウェストモアランドの隠された500万ドルを狙うが失敗。T-バッグに2度も殺人の罪を着せられ、ソナ刑務所に収監される。その後、シーズン3と4の間にスクレとT-バッグと共にソナ刑務所から脱獄。脱獄後、カンパニーを倒すために結成されたセルフの秘密組織「Aチーム」にスカウトされる。水道本管を横断するためにパイプを設置しようとして溺死し、シラ計画を救った。ベリックは警察学校の入学試験に5回挑戦して失敗したとも言われている。遺体が母親のもとに送られる前に、マホーンは「イーグルス・アンド・エンジェルズ」のエピソードで舞踏会で手に入れたバッジを彼のスーツに付けた。
ポール・ケラーマン（演：ポール・アデルスタイン、メイン出演：シーズン1～2、シーズン5、ゲスト出演：シーズン4）は、シークレットサービスのエージェントで、リンカーン・バローズを殺人罪などで陥れ、有罪判決を受けさせるよう命じられていた。シーズン2の終わりにサラ・タンクレディの裁判で「ザ・カンパニー」に関する情報を漏らした後、銃撃を受けて死亡したと思われていたが、シーズン4の終わりに生存していることが明らかになる。
シーズン5では、彼は依然として政府機関で働いており、結婚して離婚し、娘の共同親権を持っていることも明らかになる。彼はゴッホによって殺害される。
セオドア・“T-バッグ”・バグウェル（ロバート・クネッパー演）は、誘拐、強姦、殺人の6件の罪で終身刑[ 2 ]でフォックス・リバー州立刑務所に収監されている。マイケルの助けで脱獄し、誘拐して以前の家族と再会する。しかし、感情が爆発した後、彼らを解放する。パナマに行き、売春婦を何人も殺した罪でソナ刑務所に収監される。T-バッグは、ソナの元支配者レチェロを殺害した後、ソナを乗っ取った。しかし、シーズン3と4の間のどこかでソナで暴動が起こり、スクレとベリックと共に残された彼は、シーズン3の終わりにソナからの脱獄で自分を裏切ったマイケルに復讐するため、アメリカに戻る任務に就いていた。その後、彼は不本意ながらセルフの「Aチーム」の一員となることを強いられる。シーズン 5 では、彼はフォックス リバー刑務所から釈放され、自然な手と同じように機能する義手を与える手術を受ける。また、マイケルがまだイエメンで生きていることを示す写真も渡され、サラの望まない味方となる。バグウェルは当初、近親婚の結果として生まれたため、自分には子供をもうける能力がないと信じていたが、マイケルは彼に、デイビッド「ウィップ」マーティンという非嫡出子がいることを明かす。新たなスタートと家族を得る機会が、T-Bag がマイケルを助け続ける動機となる。ウィップが殺されると、T-Bag は犯人の首を折る。その結果、フォックス リバー刑務所に収監され、そこで同房になったポセイドンにさらなる復讐を果たす。
サラ・タンクレディ（サラ・ウェイン・キャリーズ演）はマイケルの恋人で、後に妻となる人物。イリノイ州知事フランク・タンクレディの娘で、リンカーン・バローズの罠の背後にある陰謀に関わる前はフォックス・リバー州立刑務所で医師として働いていた。シカゴで育ったサラは、幼い頃から医師になることを夢見ていた。ファイ・ベータ・カッパに所属していたノースウェスタン大学在学中、マハトマ・ガンジーの著作に触れ、人道主義者になることを決意。これが後にフォックス・リバー州立刑務所で働くという決断に影響を与えた。職業選択に影響を与えたもう一つの要因は、過去のモルヒネ中毒で、薬物中毒のため轢かれた少年を助けることができなかったという出来事があり、これはシーズン1の回想エピソード「ブラザーズ・キーパー」で明らかになった。29歳のサラ・タンクレディ医師は、フォックス・リバーで働く数少ない医師の一人だった。彼女が選んだ職業は、父親にとって絶え間ないストレスの種となった。サラはイリノイ州知事フランク・タンクレディ（ジョン・ハード演）の一人娘である。父親の多忙な政治活動と、彼女と大きく異なる信念のため、サラは父親と親密な関係を築けていなかった。エピソード「埋葬」では、彼女の母親が亡くなったことが明らかになった。
彼女は最終的に汚職に手を染めた政府職員ウィリアム・キムを射殺し、マイケルがその罪を被り、彼女は自由の身となる。シーズン3の冒頭では、彼女の首は残酷に切断されたように見え、箱に入れられていたが、後にそれは策略であり、実際には彼女は生きていることが判明する。シーズン4の時点では、彼女はカンパニーを倒すために結成されたセルフの秘密の「Aチーム」の一員であり、彼女とマイケルはついに真剣な関係になる。以前のシーズンでは離れ離れだったにもかかわらず、シーズン4を通して、彼らは明らかにお互いの存在に安心し、心地よく、ずっとお互いに大きく頼り合っている。マイケルが病院で検査を受けているとき、サラは当直の看護師にマイケルは自分の夫であり、検査結果にアクセスできると告げる。彼女がそう言うと、マイケルは「いい響きだね」と答える。サラはシーズンの終わりにマイケルの死に打ちひしがれるが、息子の中にマイケルの一部を常に持ち続けることで慰めを見出す。
シーズン5では、彼女は再婚し、夫と共にマイケルの息子を育てており、マイケルがまだ生きていることをなかなか信じようとしない。
ベンジャミン・マイルズ「Cノート」フランクリン（ロックモンド・ダンバー演；メイン：シーズン1～2および5；ゲスト：シーズン4）は、盗品所持の罪でフォックスリバー刑務所に収監される。[ 3 ]彼は刑務所から脱獄し、家族と無事に再会する。アレクサンダー・マホーンに関するいくつかの秘密を明かした後、彼に対するすべての容疑は取り下げられる。彼と彼の家族は安全になり、シーズン2の終わりに証人保護プログラムに入れられる。Cノートはシーズン4の終わりにスクレと共に戻ってきて、マイケル、リンカーン、そしてチームの残りのメンバーをカンパニーから守る。シーズン5では、Cノートがイスラム教に改宗し、マイケルがまだ生きている証拠を見つけた後、リンカーンと共にイエメンに行くことが明らかになる。
アレクサンダー・マホーン（ウィリアム・フィクナー演、シーズン2～5）はFBI特別捜査官で、フォックスリバー刑務所脱獄犯の全国的な捜索を指揮している。彼はフォックスリバー・エイトのうち3人の死に関与している。その見返りとして、マイケルは彼をコカイン所持の罪で陥れ、マホーン自身もソナ刑務所に収監される。シーズン3の終わりにマイケルとウィスラーと共にソナ刑務所から脱獄し、シーズン4ではセルフが組織した秘密の「Aチーム」の一員として、ザ・カンパニーを壊滅させるために結成された。
彼の経歴についてはほとんど知られていないが、シーズン3を通してジェームズ・ウィスラー（クリス・ヴァンス演；シーズン3～4）は、西オーストラリア州カルバリ出身の平凡な漁師で、パナマと太平洋岸北西部の間でチャーター船を運航していると繰り返し主張していた。[ 4 ]
彼はパナマシティ市長の息子を酒場での喧嘩中に殺害した罪で、ソナ刑務所として知られるパナマの刑務所に収監されているが、無実を主張している。このため、市長が（腐敗した裁判官を通して）ウィスラーを殺害した囚人を釈放すると申し出たため、彼の首に懸賞金がかけられ、ウィスラーは刑務所に到着後、下水道に身を隠さざるを得なくなった。[ 5 ]彼が外界と接触できたのは、彼の無実を疑うことなく信じている恋人のソフィアだけだった。シーズン3では、マイケル・スコフィールドにとってウィスラーをソナから脱獄させることが最優先の任務となったが、ウィスラーとその謎めいた経歴は、二人の間に緊張を生む。ウィスラーの経歴の様々な側面（特に、ウィスラーが常に持ち歩いている野鳥観察ガイドブックに記録された、漠然と説明された「座標」を届けるためには、彼を解放する必要があるという話）から、マイケルは、ウィスラーが主張するように、カンパニーの広大な陰謀網に巻き込まれた無実の男を助けているのかどうか疑問を抱くようになる。
彼は「オリエンテーション」で、刑務所の事実上のリーダーであるレチェロの部屋の下の狭い空間に隠れているところを初めて目撃される。ブラッド・ベリックを初めて見たとき、彼はある頼みごとと引き換えに食べ物を提供した。囚人2人（そのうちの1人はマイケル・スコフィールド）の間で喧嘩が勃発したとき、ベリックはウィスラーからもっと食べ物をもらうために、2人の囚人それぞれにメモを渡すことになっていた。彼はどうやらソフィア・ルーゴにメッセージを送ろうとしていたようだ。ソフィアは「ヴェルサイユ 1989 対 マドリード」と書かれたメモを見つけ、鳥の図鑑らしきものが入った銀行の貸金庫にたどり着いた。その本はその後リンカーン・バローズに盗まれた。
会社はウィスラーに興味を持っているようで、これがそもそもマイケルがソナ刑務所に収監された理由らしい。政治的な注目が彼に集まっているため、会社は彼を釈放させることができなかった。当初、ウィスラーは会社がなぜ自分を欲しがっているのかを知らなかったようだ。会社の工作員の一人、エリオット・パイクがマイケルに近づき、ウィスラーを脱獄させれば支援すると申し出た。マイケルがそれを拒否すると、スーザン・B・アンソニーという明らかに偽名を名乗る別の工作員がマイケルの兄リンカーン・バローズに近づき、リンカーンの息子LJバローズとマイケルの恋人サラ・タンクレディが会社に人質に取られており、マイケルが1週間以内にウィスラーを脱獄させなければ殺されると告げた。
マイケルとマホーンの両方がウィスラーの首に懸賞金がかけられ、居場所を突き止めた後、マホーンは彼を刑務所長のレチェロに引き渡す。幸運なことに、マイケルが刑務所に水を復旧させた後、レチェロはマイケルの要請でウィスラーへの懸賞金を取り下げ、市長からの自由の報酬を放棄する。ウィスラーはスコフィールドに関する情報を得るためにマホーンと親しくなろうとする。その後、彼はなぜカンパニーが自分に興味を持っているのかを明かす。彼らは、ウィスラーがチャーター中に特定の博物学者をどこへ連れて行ったのかを知りたがっているのだ。しかし、ウィスラーは鳥類図鑑、つまり実際には彼の旅行日誌を使って足跡をたどり、カンパニーをその場所へ案内する必要がある。
「グッド・フェンス」では、鳥類図鑑がマイケルに返却され、時間が残り少ないという警告を受ける。一方、マイケルはソフィアにスコフィールドとバロウズを調査するよう依頼する。なぜなら、彼は彼らのどちらも信用していないからだ。また、シアトルで行ったチャーター便のせいで、会社が自分に興味を持っているとソフィアに告げる。マイケルはウィスラーに、塔の警備員の1人をスパイして行動を観察するよう指示する。ウィスラーは、太陽の眩しさで警備員が目をそらす6分間の隙間を観察する。警備員が鳥好きだと偽ってマイケルをかばうことが明らかになると、その警備員はマイケルを知っていると主張する。一方、新入りの囚人タイジは、マイケルを知っていると主張し、マクファデンという名前で呼び、1997年にニースのアンバサダーホテルでマイケルを見たと言い、マイケルの目には彼の話に疑念を抱かせる。
タイジが殺害され、マクグレイディがレチェロに二人が口論していたと密告したことから、ウィスラーが容疑者となる。マイケルが介入するまで、彼の命は危険にさらされる。ヴァモノスでは、後にウィスラーがマイケルを欺いており、実際にはグレッチェン（スーザン・B・アンソニー）と共謀し、ソーナからの脱獄を画策していたことが明らかになる。スーザンことグレッチェンは、バン・アンド・バーン計画が実行されていることをマイケルに告げるが、二人は自殺だと一蹴する。しかし、マイケルがジェームズをソーナから連れ出すことに失敗した後、パッドマンがそれが唯一の選択肢だと言う。ジェームズが軍のヘリコプターによる救出中にソーナの屋上にたどり着く一方、マイケル・スコフィールドは、自分がいなければ自分の立場が危ういことを知っていたため、脱獄を阻止する。その後、スコフィールドはヘリコプター部隊について知っていることを自白するために連行される。
スコフィールドの自白により、ウィスラーが関与を疑われることになった。その後の拷問で、ウィスラーは脱獄計画全体を仕組んでいたグレッチェン・モーガンという女性を明かした。グレッチェンがソナの看守の手から逃れたことを知ったウィスラーとスコフィールドはソナに戻った。その後、ウィスラー、マイケル、マホーン、マクグレイディはソナから脱獄し、レチェロは撃たれて負傷し、T-バッグとベリックは脱獄中に捕まった。彼は脱獄中に自分の本を失くしたことに気づく。ソナから脱出した後、ウィスラーはマイケルとリンカーンから逃げ出すことに成功するが、再び捕まる。LJと彼の交換はうまくいったが、鳥図鑑に座標がなかったことが判明する。彼はソフィアに説明しようとするが、この時点では彼女は彼と関わりたくないと思っている。彼はグレッチェンとカンパニーと共に脱獄する。その後、彼はマホーンと取引をしてカンパニーに加わり、マホーン、グレッチェンと共に車で去っていくのが目撃される。
ウィスラーはシーズン4の初回エピソードに短時間登場する。彼は「ザ・カンパニー」を裏切り、シラを盗もうと企てた後、カンパニーのヒットマン、ワイアットに射殺される。後のエピソードで、彼はシラを政府に引き渡すのではなく、中国に売却する手はずを整えていたことが明らかになる。
ノーマン・“レチェロ”・セント・ジョン（ロバート・ウィズダム演；シーズン3）は、ソナ刑務所に収監されているパナマの麻薬王で、刑務所のリーダーであり、刑務所内のヒエラルキーの頂点に立っている。彼はシーズン3にのみ登場し、その役割はシーズン1のジョン・アブルッツィと似ている。冷酷で暴力的な彼は、13歳の時に母親をレイプした男を殺すためにレチェロ（牛乳配達人）に変装したことから「レチェロ」というあだ名を得た。このキャラクターはシーズン3の序盤のエピソードでは主人公たちの敵対者であり敵として登場するが、後に不安定な味方となる。レチェロはシーズン3の初回エピソード「オリエンテーション」で紹介される。マイケル・スコフィールドがアメリカから逃亡していることを知ったレチェロは、彼を自分の支配に対する脅威とみなし、マイケルを別の囚人との死闘に巻き込むことで彼を排除しようと企む。しかし、マイケルは生き残る。レチェロはこのエピソードでT-バッグにも出会い、彼を部下として受け入れる。彼とマイケルの関係は、次の数エピソードでも欺瞞と不信に満ちており、例えば「コール・ウェイティング」ではマイケルがレチェロの携帯電話を盗む。しかし、「火と水」では、マイケルが刑務所に水を戻したことで、レチェロは彼が役に立つこともあると知る。シーズンが進むにつれてレチェロはますます偏執的になり、後にT-バッグに騙されて、彼の仲間が彼に対するクーデターを計画していると告げられ、T-バッグをスパイとして雇うことに成功する。
「グッド・フェンス」では、レチェロは刑務所の電気系統が機能しなくなったことで窮地に陥る。マイケルがエンジニアであることを思い出し、刑務所棟の新しい独房と引き換えに、システムの修理をマイケルに依頼する。その後、ベリックがレチェロに近づき、マイケルは信用できない、ベリックを騙したようにレチェロも騙されるだろうと警告する。最初はレチェロは疑っていたが、自分で確かめることにし、マイケルがうまく彼を出し抜いて刑務所の電気系統を修理すると、マイケルへの信頼が確固たるものになる。その後、レチェロは誤った情報を与えたベリックに熱いコーヒーをかけて罰する。「フォト・フィニッシュ」では、レチェロはアウグストから貢ぎ物を受け取ったチェオを切り裂く（実際はサミーだった）。「バモノス」では、マイケルの脱獄失敗後、レチェロはマイケルに刑務所から脱獄すると告げるが、条件が一つある。レチェロも一緒に連れて行かなければならない。次のエピソード「Bang & Burn」で、レチェロは脱出に使えるトンネルを明かす。次のエピソード「Hell or High Water」では、レチェロはソナ脱獄中に警備員に撃たれる。次のエピソード「The Art of the Deal」では、T-Bagとベリックがレチェロを助けに来る。T-Bagはレチェロに、警備員は5万ドルで彼らを解放すると告げる。レチェロはガールフレンドに電話をかけ、ガールフレンドはT-Bagに金を持ってくる。金を手に入れたT-Bagは、ベリックが恐怖に震えながら見守る中、枕でレチェロを窒息させてソナのリーダーの座を奪う。
ソフィア・ルーゴ（ダナイ・ガルシア演；シーズン3～5）はジェームズ・ウィスラーの恋人。シーズン3でマイケルがウィスラーを脱獄させるのを手伝うためにリンカーンと協力した後、シーズン4ではLJと一緒にいるが、彼らの居場所は不明。このキャラクターは、シリーズ第3シーズンの初回エピソードでレギュラーとして登場する。ソフィア・ルーゴは、ジェームズ・ウィスラーが彼女宛てに書いたメッセージを死体を通して受け取るため、死んだ囚人の妻と墓掘り人のふりをしているところを初めて見る。ソフィアはメモを見つけるが、そこには鳥の図鑑が入っている銀行の金庫について書かれていた。その後、その本はリンカーン・バローズに盗まれ、リンカーンはウィスラーに自分が持っていると伝えるように彼女に言う。彼女はソナでウィスラーと会うが、ウィスラーはソフィアが知りすぎると殺されるかもしれないと恐れて、スコフィールドについて何も知らせない。彼女は帰り際、訪問者記録を見て関連性に気づき、リンカーンのホテルと部屋番号をメモする。彼女はリンカーンを尾行してセント・リタ病院に行き、彼に詰め寄る。リンカーンは彼女に脱走計画を話す。
「グッド・フェンス」で、ソフィアは真実を知りたいと要求するウィスラーと出会う。ウィスラーは折れて、会社が自分に興味を持っていること、そして兄弟に関する情報を集めるようにソフィアに告げる。その後、ソフィアは脱出を手伝いたいと願うリンカーンのホテルで彼と出会う。リンカーンは彼女を、リンカーンと墓掘り人の即席の通訳として雇う。ソフィアは墓掘り人の車の値段交渉を手伝うが、墓掘り人はその後まもなくグレッチェンに殺される。彼女はまた、スキューバ器材を埋めるためにリンカーンに同行し、警備員の一人に薬を盛るのを手伝ったり、スコフィールドとジェームズ・ウィスラーの脱出計画を練ったりするなど、様々な手助けをする。彼女はリンカーンを完全に信用しているようには見えなかったが、「バン・アンド・バーン」でウィスラーのもう一つの正体と家を発見し、疑念を抱くようになる。恋人のジェームズ・ウィスラーへの不信感から、リンカーンとソフィアの間に恋愛関係が芽生え始める。その後、ホイッスラーに座標を吐かせるため、ソフィアはグレッチェン・モーガンに捕らえられ、拷問を受ける。
シーズン最終回で、ソフィアは取引の後、ウィスラーをもう信用できないと悟り、彼と別れることを決意する。ソフィアは「取引の芸術」でカンパニーのメンバーの一人に撃たれるが、怪我の程度にはまだ屈していない。病院で回復する間、彼女はマイケルに、ジェイソン・リーフという男のファイルが入っている箱をアパートから取りに行くように頼む。マイケルがウィスラーを探しに出かけると、リンカーンとLJはソフィアの世話をするために残ることにする。
ソフィアはシーズン4の初回エピソードに少しだけ登場し、リンカーンとLJと一緒に買い物をしているが、リンカーンが会社の工作員を殺害して逮捕されると、ソフィアとLJは逃げ出す。
彼女はシーズン4の最終回に再登場する。カンパニーのエージェントに捕らえられていたが、スクレとCノートが将軍を逮捕した後、将軍によって無傷で解放される。4年後、彼女はリンカーンと恋愛関係にあることが明らかになる。
ソフィアはシーズン5には登場しないが、「子孫」のエピソードでリンカーンは彼とソフィアが別れたことを述べている。
グレッチェン・ルイーズ・モーガン（ジョディ・リン・オキーフ演、シーズン3～4）は、スーザン・B・アンソニーという偽名を使うこともあり、シーズン3でソナからのウィスラーの脱獄を担当するカンパニーの上級現場工作員として登場する。サラを殺したと主張していたが、シーズン4で嘘をついていたことが明らかになり、サラは実際には生きていた。ウィスラー/シラ事件の後、グレッチェンはカンパニーの標的となり、その後、やむを得ずセルフの「Aチーム」を助けてかつての雇用主と戦うことになる。彼女は冷酷でせっかちで、計画の邪魔になるものがあれば躊躇なく迅速に処刑を行うが、娘など、大切に思う数少ない人物には優しい一面を見せることで知られている。拷問にも耐えることができ、武術にも非常に長けている。彼女のキャラクターは主に敵対者であり、後に主人公たちの時折の不安定な味方となる。グレッチェンは第3シーズンの主要な敵対者である。このキャラクターは最初に、顔の引っ掻き傷を化粧で隠しているところを目撃される。その後、彼女はバーでリンカーンと会い、カンパニーがサラとLJの両方を誘拐したこと、そして彼らが生き残るためにはマイケルがジェームズ・ウィスラーをソナ刑務所から脱獄させなければならないことを彼に伝える。リンカーンが2人を救出しようとすると、彼女はサラを自分で斬首したと主張し、兄弟にふざけないように警告する。[ 6 ]グレッチェンは、墓掘り人への金（彼女は最終的に、彼が警察に通報するかもしれないと疑って彼を処刑した） [ 6 ]や警備員を黙らせるのに役立つ薬など、兄弟の計画がうまくいくように援助を提供する。 [ 7 ]リンカーンが人質交換の時間よりずっと早く警備員に薬を盛ろうとしていることを知ったグレッチェンは激怒し、怯えるLJの首をはねようとするが、リンカーンが真実を明かしたことで止められる。 [ 7 ]脱出が最終的に失敗に終わると、グレッチェンの上司であるクランツ将軍は、ヘリコプターをソナに飛ばしてウィスラーを回収する「バン・アンド・バーン作戦」を実行するよう彼女に強要する。マイケルの介入により、この作戦は失敗する。リンカーンが再び計画に加わることを期待して、グレッチェンはリンカーンが廃屋で息子と会うことを許す。マイケルの告白により、彼女はその後ソナの警備員による水責め拷問を受けることになる。しかし、グレッチェンは彼らの手から逃れることができた。[ 8 ]ジェームズ・ウィスラーは後に、彼女の本名がグレッチェン・モーガンであることを明らかにした。[ 9 ]マイケルとウィスラーがソナから脱獄した後、グレッチェンはウィスラーを無事に救出することに成功したが、兄弟を始末することはできなかった。シーズン最後の登場シーンでは、グレッチェンはウィスラーとマホーン（脱獄後、ウィスラーと「ザ・カンパニー」で働く契約を結んだと思われる）と共に車で走り去る姿が映し出される。
シーズン4の初回では、グレッチェンはウィスラーと共にスキュラカードの1枚を取り戻す任務に就くが、ウィスラーがオリジナルのカードを盗んで会社を裏切ったため任務は失敗に終わり、グレッチェンは将軍からその失敗を罰せられる。当初は死亡したと思われていたが、「侵入」の最後で生きていることが明らかになり、監禁されて情報を得るために拷問を受ける。次の数話では彼女の役割は最小限だが、第5話でついに拘束から脱出する。「ブローアウト」では、グレッチェンが姉の家に身を寄せることで彼女のキャラクターが掘り下げられる。リタの子供エミリーが実はグレッチェンの娘であることが明らかになり、二人が一緒に登場するシーンで、彼女の優しい一面が初めて垣間見える。その後、グレッチェンは回復し、スキュラを手に入れるためのメインストーリーに加わる。彼女はウィスラーの鳥類図鑑を持っているT-バッグを追跡し、彼に協力を強要する。彼女は最終的に、サラを含むマイケルとそのチームの不本意な味方となる。パナマでグレッチェンが拷問したサラと和解しようと、「ザ・プライス」でサラと会い、牛鞭でグレッチェンを鞭打って復讐することを提案する。サラはそれを断り、代わりに、グレッチェンはいつか、サラの脱出を助けた警備員を殺害した報いを受けるだろうと言う。「偉業の達成」では、グレッチェンが復讐のために銃を持って将軍のオフィスに潜入した際、将軍（彼女の娘エミリーの父親でもある）の元恋人であることが明らかになる。彼女は将軍の策略に心を動かされたように見えるが、後に、内部情報を得るためにただ付き合っているだけだと判明する。
グレッチェンとT-バッグは、これらのエピソードでは主にワイルドカードとして登場し、マイケルのチームを操り、本当の計画は彼らを利用してシラを手に入れ、その後それを盗んで中国の犯罪組織に1億2500万ドルで売ることだと明かされる。2人が一緒にいるシーンでは、グレッチェンの方が冷酷なキャラクターであることが多い一方、T-バッグは侵入を容易にするために使っている偽名であるセールスマンのコール・ファイファーに愛着を感じ始め、より躊躇しているように見える。物事を早めるために、グレッチェンは「Quite Riot」で将軍を誘惑してシラのカードを盗もうとする任務を引き受ける。しかし、彼は彼女の本当の動機を暴き、彼女は彼に懇願することでかろうじて生き延び、視聴者に彼が自分の子供の父親であることを確認する。シラを盗むための侵入の日、グレッチェンとT-バッグは機関銃を持ってゲート社を張り込み、チームが戻ってくるのを待ち伏せする準備をする。グレッチェンと渋々協力するT-バッグは、誰かが彼女の銃に気付いたため、会社全体を人質に取りますが、連邦捜査官が到着すると逃走を余儀なくされます。次の数話で、グレッチェンはマイケルのチームが報告する国土安全保障省の捜査官ドン・セルフとストーリーラインを共有します。セルフはチームを裏切り、シラを奪った後、グレッチェンの娘の命を脅し、新しい買い手を見つけるのを手伝わせます。グレッチェンはこれに応じ、「Going Under」で買い手と会いますが、男たちが現れて彼らを会社に拘束したため失敗します。その後、彼女は将軍に強制され、セルフ、リンカーン、T-バッグと協力してシラを取り戻します。彼女のキャラクターは、買い手に撃たれ、残りのチームが彼女を警察に逮捕させるために置き去りにしたことで、後に削除されます。
『ザ・ファイナル・ブレイク』では、グレッチェンはクリスティーナ・スコフィールド・ハンプトン殺害の罪でサラが連行された刑務所の囚人として描かれている。グレッチェンは刑務所の外にリンカーンとスクレが立っているのを見て、サラに脱獄計画に自分も参加させてほしいと要求する。最初は脅迫的だったグレッチェンだが、最終的にはサラに、ただ娘のエミリーに会いたい、自分で作ったネックレスを渡したいだけだと明かす。彼女は隣の刑務所に収監されている将軍が出した懸賞金目当ての襲撃者からサラを救い、忠誠心を示す。脱獄が始まると、グレッチェンは看守を襲撃し、足を刺される。助けなしでは逃げられないと悟ったグレッチェンは、サラに自分を置いていくか助けるかを選ぶように頼み、サラは手を貸す。最後に、サラとグレッチェンが脱獄に向かう途中、グレッチェンは看守に見つかってしまう。グレッチェンは、サラが一人かどうか尋ねられた際、サラの存在を明かすことを拒否し、再び拘束される。これが彼女の最後の姿となる。しかし、立ち去る際、サラはグレッチェンが娘のために作ったネックレスが地面に落ちているのを見つける。グレッチェンが自分を裏切っていたら捕まっていたであろうことを悟ったサラは、それを拾い上げ、エミリーに渡そうとする。
ドナルド・“ドン”・セルフ（マイケル・ラパポート演；シーズン4）は、シーズン4の初回で登場するICE国土安全保障捜査局（DHS ）の特別捜査官です。逮捕後、彼は主人公たちと他の数人のキャラクターを秘密の「Aチーム」に勧誘し、ザ・カンパニーを完全に倒す任務に就きます。このキャラクターは最終シーズンで重要な役割を果たします。彼についてはあまり知られていませんが、ザ・カンパニーを倒そうと努力している勤勉な国土安全保障捜査官であるとされていますが、まだ成功していません。彼はジェームズ・ウィスラーとアルド・バロウズ（マイケルとリンカーンの父親）と共に5年間ザ・カンパニーを倒そうと努力しており、後者はシラを探そうともしています。エピソード「ファイブ・ザ・ハード・ウェイ」でザ・カンパニーが行ったキャラクターの身元調査によると、セルフはロングアイランドで法律を学び、その後18年間国防総省と司法省を転々としていました。彼は2002年に国土安全保障省で働き始めた。後にセルフ捜査官はマホーンに、妻が出産中に亡くなり、胎児も亡くなったことを話した。彼のデスクには妻の写真が何度か飾られており、彼は一度留守番電話で妻の声のメッセージを再生したことがある。[ 10 ] [ 11 ]妻の運命についての真実はシーズンの終盤近くで明らかになる。セルフのキャラクターはシーズンの前半ではチームの監督者兼味方の役割を果たすが、後に敵対者となる。「スキュラ」では、リンカーン・バローズとマイケル・スコフィールドに、カンパニーを倒し、カンパニーに関する膨大な情報が保存されているキーカード「スキュラ」を見つける任務を与える。兄弟がスキュラを入手して政府に引き渡せば、完全に無罪放免すると約束する。スクレ、マホーン、ベリック、サラ、そしてコンピュータハイジャッカーのローランド・グレンが同行する中、セルフは、もし彼らがそれを実行すれば後戻りはできないこと、そして自分が彼らの上司であることを指摘する。 [ 10 ] [ 12 ]しかし、セルフとの協力関係は摩擦がないわけではない。特に「シャットダウン」では、上司からの圧力により、セルフは、シラが1枚ではなく6枚のキーカードであることが判明した後、しぶしぶ任務を中止しようとする。チームが他のカード所有者を特定することに成功した後、セルフは残りのシラカードを見つけることを許可することに同意する。[ 13 ]しかし、シーズンを通して他のエピソードでは、このキャラクターはチームに積極的に協力している。例えば、「セーフ・アンド・サウンド」では、セルフはチームの成功の可能性について明らかに悲観的だが、まずカード所有者のオフィスに入る口実を考案し、エピソードの後半では誰かを昼食のためにオフィスから誘い出し、チームがスキュラカードが入っている金庫にたどり着けるようにすることで協力することに同意している。[ 14 ]また、彼はコンピューターアナリストに、マイケルの携帯電話で撮影された写真から残りのカード所有者を特定させている。
カンパニーのリーダーであるクランツ将軍が、セルフが自分の画像を加工していたことを知ったとき、ワイアットはセルフに詰め寄り、将軍は「プライバシーを大切にしている」と告げる。[ 15 ]マホーンのアドバイスに従い、攻撃的になったセルフは将軍と直接会い、彼が関わっていた任務を公表すると脅迫し、カンパニーが秘密裏に活動を続けることを困難にする。[ 16 ]シーズンが進むにつれて、セルフの性格はより冷酷な側面を見せ始める。彼はしばしば反対する者を殺すと脅し、「ブローアウト」では、マホーンが警察に逮捕されて任務の足かせになった後、セルフはマホーンを殺そうとするが、マイケルはそれを拒否する。代わりに、チームはセルフの助けなしにマホーンを救出する。「伝説」では、セルフが前エピソードで死亡したベリックの遺体を故郷に送るという約束を守ろうとしないように見えたため、チームはセルフを嫌うようになる。しかし、「クワイエット・ライオット」では、彼は任務を積極的に支持し、本当にカンパニーを倒したいと思っているように見える。セルフのキャラクターの本性が明らかになるのは「無私」のエピソードで、彼はチームと協力してついにシラを回収することに成功するが、最終的には回収したシラを盗んで自分のものにすることで、チームと政府の上司の両方を裏切る。彼の本当の動機は、明らかに個人的な利益のためにシラの「買い手」を見つけることだと判明する。最初の買い手が殺された後、新しい買い手を見つける必要があると気づいたセルフは、彼女が監視していた囚人T-Bagにたどり着くために、パートナーである連邦捜査官ミリアム・ホルツを冷酷に殺害する。この時点から、このキャラクターは現場に出てアクションシーンに登場し、プロットの中でより積極的な役割を果たすようになる。次の数エピソードでは、彼はマイケルとチームの他のメンバーの敵となる。 「ディール・オア・ノー・ディール」で死を偽装し、マイケルのチームに罪を着せようとした後、セルフはT-バッグを使って、会社を裏切った元工作員グレッチェン・モーガンの家族を探し出す。セルフはグレッチェンの娘の命を脅して協力を取り付け、二人はグレッチェンの人脈を使ってシラの別の買い手を探すという、次の数話で同じ筋書きを共有する。しかし、エピソードの最後で、セルフは問題に直面する。シラ装置の一部を取り外したマイケル・スコフィールドの不信感だ。T-バッグの逮捕によってグレッチェンと買い手が見つかったものの、シラが不完全な状態では売ることができない。そのため、エピソードは最終的にセルフがマイケルにシラの欠落部分を要求するところで終わるが、マイケルは「取りに来い」と答える。
次のエピソード「Just Business」では、セルフはマイケルとシラを一緒に売る取引をしたように見えるが、実際には両者は互いに陰謀を企てている。セルフとグレッチェンは倉庫にX線装置を仕掛け、シラの欠片を見つけようとする一方、チームはセルフからシラの残りを奪い返す計画を立てている。最終的に成功したのはセルフで、彼とグレッチェンは欠片を手に入れ、グレッチェンの連絡相手であるヴィカンという名の仲介者に会いに行く。セルフの冷酷さは再び明らかになり、シラの買い手が来るかどうかヴィカンに尋ねた後、セルフはヴィカンとそのボディーガードを撃ち、彼らの死体を海に投げ捨て、彼らと分け前を分け合う必要がないようにする。次にセルフはグレッチェンと一緒にシラの買い手を待っているところを目撃される。グレッチェンの妹リタから電話を受けたグレッチェンは、会社がT-Bagを捕らえており、残念なことにT-Bagが会社に居場所を教えたかもしれないとセルフに告げる。リンカーンとスクレが彼らを追跡する前に、セルフとグレッチェンは携帯電話を破壊して逃走する。次に彼らが目撃されたのは電話店で、顔に血まみれの引っ掻き傷があり、負傷しているように見える。彼らは新しい電話を購入し、店主に自分たちがここにいたことを誰にも言わないように頼む。彼らは買い手を待つために倉庫に向かう。買い手が到着し、セルフとグレッチェンは買い手に銃を突きつける。グレッチェンはセルフに、シラを買い手に渡すように強要し、さもなければ自分たちが重大な危険にさらされると脅す。セルフはシラを引き渡す。彼らは物音を聞き、セルフとグレッチェンは調査に向かうが、買い手が彼らに銃を向けたため裏切られ、彼らは身を隠そうと逃げ、銃撃戦になる。買い手はセルフの肩を撃ち、金とシラを持って逃走する。その後、彼らはリンカーンとT-バッグと協力してシラを取り戻すことになる。シーズンの最終エピソードでは、セルフの役柄は目立たなくなり、彼は新しいチームと共にシラを探し出し、新たな買い手を追跡する。その買い手は、リンカーンとマイケルの母親であるクリスティーナ・ローズ・スコフィールドであることが判明する。チームが任務に失敗すると、将軍は彼らを罰するために家族の一人を殺害するよう命じ、セルフの妻を標的にする。しかし、実際には妻は生きており、セルフの酔っ払って無謀な行動が原因で植物状態になっていた。セルフはその後逃走するが、病院で逮捕され、クリスティーナの手下の一人に血清を注射され、徐々に妻と同じ状態に陥っていく。彼は、自分を守れなかった連邦捜査官にバローズとスコフィールドの居場所を突き止めることを拒否し、残りの人生を植物状態で過ごすことになる。シリーズ最終回のエピローグ（エピソードの残りの出来事から4年後が舞台）での最後の登場シーンでは、セルフは介護施設で暮らしており、車椅子を使用し、口がきけず、よだれを垂らしていることが明らかになる。
ジェイコブ・アントン・ネス（マーク・フォイアスタイン演；シーズン5）はシラキュース大学の経済学教授で、サラの2番目の夫であり、マイクの継父である。彼とサラはマイケルの死後7年の間に結婚した。シーズンプレミアでは、リンカーンがマイケルの死を調査したため、サラとマイクを殺害するために送り込まれたと思われる人物に足を撃たれ、次の2エピソードは病院で療養する。この間、サラはマイケルがカニエル・オーティスという名前で生きていることを知り、彼に伝える。彼は、マイケルは自分の選択によって狂気に陥ったのかもしれないとサラに告げる。退院後、サラの希望で彼とサラ、マイクは彼の両親の湖畔の家に身を隠すが、彼は大学には襲撃者を見つけるために使えるリソースがあると述べる。T-Bagは最終的に襲撃者を追跡し、彼と会う。サラはこの件で彼を問い詰め、彼は自分を放っておいてくれるよう金を払っていたと主張し、後に金に追跡装置を仕込んで彼らを逮捕させることでそれを証明し、サラの被害妄想を許す。しかし、マイケルは後に彼が「ポセイドン」というCIAの悪徳エージェントであり、自分と他の者の無罪と引き換えに彼のために働いていたことを明かす。マイケルはまた、マイケルの偽名が殺害したとされているCIAエージェントを自分が殺害したことも明かす。サラはニューヨークに戻り、知らないふりをしようとするが、彼はすぐにそれを見抜き、サラとマイクを捕らえる。マイケル、リンカーン、そして彼らの協力者たちは彼を捕まえようとし、湖畔の別荘まで追跡することに成功するが、彼は形勢を逆転させ、部下の一人にマイケルとマイクを待ち伏せさせ、サラの運命は不明となる。最終的に彼は捕まり、フォックスリバー刑務所に収監されるが、そこでウィップの死の報復としてT-バッグに襲われる。
シーバ（インバル・ラヴィ演、シーズン5）はイエメンで抵抗運動を率いる女性で、Cノートとリンカーンが到着した際の連絡役である。彼女は二人がオギュギア島を訪れることを許可し、後にマイケルの脱出を手助けできる男性と、彼の娘、そして数人の女子生徒をISILから救出するのを手伝う。その後、彼女とリンカーンは偽造パスポートを入手しようとするが捕らえられ、高校時代に彼女に片思いしていた片目の男にレイプされそうになるが、リンカーンに助けられる。彼女とCノートはISILから救出した人々を空港に連れて行き、小型飛行機に乗り込むことに成功するが、マイケル、リンカーン、そして他の脱出者たちを置いて出発せざるを得なくなる。彼らはヨルダンにたどり着き、最終的にアメリカに戻る。そこで彼女とCノートはマイケルとリンカーンと再会し、サラとマイクを見つけるためにポセイドンとその部下を追跡するのを手伝う。最終的にマイケルが彼らの居場所を突き止めると、リンカーンは彼女にキスをして、もし彼女に何かあったら自分を許せないと言って、他の人たちを世話するように彼女を戻した。
シーズン5で、オギュギア刑務所でマイケルの同房者となったデイビッド・“ウィップ”・マーティン（オーガスタス・プリュー演）が登場する。彼はすぐに、マイケルがカニエル・オウティスではないこと、そして彼とマイケルが長年にわたり世界中の刑務所から人々を脱獄させてきたことを知っていたことが明らかになる。マイケルは彼を繰り返し「自分の鞭」と呼んでおり、それが彼のニックネームの由来となっている。彼はマイケルの本名を知らないにもかかわらず彼に忠実だが、オギュギアでの滞在が長くなり、脱獄計画がうまくいかないように見えるにつれ、マイケルが自分を裏切るのではないかという疑心暗鬼が募り始める。脱獄させようとしていた囚人アブ・ラマルが独房から釈放されると、その疑心暗鬼はさらに強まる。マイケルは彼を見捨てないと繰り返し言うが、彼は恐怖を感じ続け、マイケルと喧嘩になり、看守に止めさせる（ただし、これはマイケルの計画の一部である）。脱獄中にマイケルと対峙した彼は、マイケルがラマルを置き去りにするという計画を明かし、ウィップを満足させる。しかし、脱獄は失敗し、彼、マイケル、ラマル、そして同房者のジャは独房に入れられ、ISILが刑務所に近い土地を攻撃するにつれて、彼は再び偏執的になり始める。マイケルがラマルを説得して脱獄を手伝わせた後、マイケルが鍵を手に入れたことで彼とジャは独房から解放される。彼らはマイケルにラマルを置き去りにするよう説得しようとするが、マイケルは彼が必要だと認める。最終的に4人は別の囚人であるシドと共に刑務所から脱獄し、ラマルを裏切る計画を立てるが、ラマルは形勢を逆転させる。ウィップはラマルに、酒場での喧嘩で人を殺した罪で逮捕されたと告げ、リンカーンに不意を突かれた際に、ラマルを殺す機会を得るが、それは裏目に出る。ISILが彼らを追う中、彼は脱獄計画が2回失敗したにもかかわらず、マイケルの本名を知り、マイケルを追跡し続ける。最終的に一行は砂漠を越えて小さな漁村ファエキアへ逃げようとし、ウィップは彼らを追ってきたISILメンバー数人を殺害する。彼はマイケルとリンカーンと共にギリシャのクレタ島へ行き、負傷したマイケルに賞賛の意を表す。その後、スクレが手配した貨物船で彼らと共にアメリカへ戻る。彼らがネイビーシールズに捕まった時彼はマイケル、リンカーン、スクレと共に救命ボートで脱出し、漁船でフランスに運ばれるが、マイケルは彼をニューヨークではなくシカゴに送る。この間、彼の本名がデイビッド・マーティンであり、刑務所で生き残ったことが明らかになり、それがマイケルが彼をパートナーに選んだ理由（そして彼がラマルに話した偽りの話が、彼が最初に投獄された理由かもしれない）である。シカゴで、彼はマイケルから与えられた座標に従ってミシガン湖に向かい、そこでT-Bagと出会う。T-Bagは自分が彼の父親であることを明かし、それがマイケルが彼を鞭役にした理由である。ジェイコブ・ネス、別名ポセイドンとの最後の対決で、彼は彼を攻撃するが、A&Wに撃たれ、父親の腕の中で息を引き取る。その結果、T-BagはA&Wを殺し、フォックスリバー刑務所に戻り、マイケルがジェイコブをT-Bagの独房仲間に仕立て上げたことで、息子の復讐を果たす。
ジョナサン・クランツ、ファンからは「パッドマン」と呼ばれている（演：レオン・ラッサム）は、このシリーズの主要な敵役である。彼はカンパニーのリーダーであり、将軍の階級を持つ。最初の2シーズンでは、ウィリアム・キムの影の上司であり、マイケル・スコフィールドをソナ刑務所に収監した張本人として、ほんの少ししか登場しない。シーズン4では、メインクレジットではなくゲストスターとしてクレジットされているものの、全エピソードに登場するなど、大きな重要な役割を担う。初期のシーズンでは、録音されないようにメモ帳に命令を下す癖があったが、シーズン4ではその癖は完全になくなる。シーズン4の初回エピソードでは、マイケルがソナ刑務所から脱獄させざるを得なかったジェームズ・ウィスラーが裏切り者であることを知る。ウィスラーの裏切り後、彼はカンパニーの敵に対して抜本的な措置を取るよう命じ、冷酷な暗殺者ワイアットを派遣して、その目的を達成するために必要な者は誰でも殺すように命じる。一方、シーズン4のキャラクターアークの初期段階では、将軍はマイケルのチームがシラを盗もうとしていることを知らず、シーズンの序盤のエピソードのほとんどは、彼がラオスで邪悪な作戦を計画し、主にワイアットとシラカードホルダーと交流する様子を描いている。シーズンが進むにつれて、マイケルと彼のチームは最終的に将軍の正体とカンパニーのリーダーとしての彼の立場を知り、その結果、彼は徐々にプロットの最前線に現れ、主人公たちとのスクリーンタイムが増える。ドン・セルフ捜査官が将軍の身元調査を行ったと報告されると、彼は非常にショックを受けたようで、ワイアットにセルフを監視するよう命令する。 「セーフ・アンド・サウンド」では、将軍の名前が「ジョナサン・クランツ」であることが、彼の画像から明らかになる[ 17 ]。将軍がスキュラカードの1枚を持っていることを知ったマイケルのチームは、「ザ・プライス」で彼のリムジンへの攻撃を計画する。チームメンバーのローランド・グレンの裏切りにより、将軍は警戒し、攻撃は失敗に終わる。
スキュラが危険にさらされていることを知った将軍は、スキュラの移動を命じ、ワイアットに兄弟を殺すよう圧力を強める。次のエピソードでは、ワイアットが兄弟を殺したと騙されるが、それでもスキュラの移動を進めることにする。「無私」では、スキュラチームと初めて対面し、大きな役割を果たす。地下壕でマイケルと対峙した際、マイケルのチームに銃を突きつけられ、カードを渡すよう強要される。他のカードがなければ役に立たないと考えていた将軍は、マイケルが他の5枚のカードのコピーを使ってスキュラのロックを解除し、自分を人質に取ったことに衝撃を受ける。脅迫と娘リサの命の危険にさらされ、スキュラチームの逃走を許すが、最終的にマイケルが逃走も含めて全てを計画していたことに気づく。続くエピソードでは、将軍はスキュラの回収を指揮しながら、部下からの反発にも対処しなければならず、大きなプレッシャーにさらされる。 「Just Business」でグレッチェン・モーガンとセルフがシラを所有していることを知った将軍は、部下を派遣してシラを取り戻し、カンパニーへの脅威をすべて排除しようとする。部下は失敗し、代わりにマイケルを捕らえる。マイケルの状態が不安定であることが判明したため、彼はカンパニー本部へ連れ戻される。将軍は医師たちにマイケルの世話をして容態を安定させるよう命じ、シラの安全な返還と引き換えにマイケルの命を救うことができるとリンカーンに告げる。シーズン4の最後の3分の1では、将軍がリンカーンとそのチームをシラの追跡で支配し、動機づけるためにこの手段を利用しようとする一方、手術後にカンパニーの警備から逃走したマイケルを殺すよう部下に指示する様子が描かれる。
最終エピソードでは将軍の役割はやや縮小され、1エピソードにつき数シーンしか登場しないことが多い。これは、新たな主要な敵役であるクリスティーナ・ローズ・スコフィールド（マイケルとリンカーンの母親）の登場が一因となっている。かつてカンパニーの従業員だったクリスティーナは裏切り、自身の壮大な計画を実行に移すためにシラを手に入れる。その計画には、「マザーロード」でクリスティーナのために働くカード所有者の1人による将軍暗殺未遂事件も含まれる。視聴者はしばらくの間、将軍がリムジンを爆破する爆発で死亡したと思わされるが、後に将軍は（負傷はしているものの）まだ生きていることが明らかになる。その結果、将軍はますます絶望し、偏執的になり、暗殺未遂に関わった全員の命とシラを所持している人物の正体を要求し始める。リンカーンが伝え忘れていた、シラの買い手がクリスティーナであることを知らされた将軍は、数人の手下を引き連れてマイアミへ向かい、自ら指揮を執る。将軍の登場時間は最終エピソードで再びやや増え、彼のキャラクターアークの最終的な解決に向けて準備が進められます。最終エピソードでの彼の登場時間の多くは、クリスティーナ、マイケル、リンカーンへの復讐を企む一方で、シラを取り戻すための陰謀に費やされます。この目的のために、彼は「カウボーイとインディアン」でサラを人質に取り、マイケルにシラを引き渡すよう強要します。彼は全員を解放すると約束しますが、実際にはそのつもりはありません。代わりに、彼はマイケルをゆっくりと死なせる計画だと述べ、サラをT-Bagにレイプさせます。番組の最終エピソードで、将軍はシラを取り戻すために最後の必死の試みをしますが、マイケルたちに出し抜かれ、当局に引き渡されます。その後、マイケルはシラをアメリカ政府と国連の両方に無事に解放します。最終話から4年後のエピローグでは、クランツが（おそらく反逆罪と複数の殺人罪で）裁判にかけられ、電気椅子による死刑を宣告されたことが明らかになる。最後のシーンでは、クランツは処刑されようとしている。準備はいいかと尋ねられると、彼は最後の言葉「Semper Paratus（常に準備万端）」を口にする。クランツはまた、エピローグの前に設定されたDVD直販スペシャル「 The Final Break」にも短時間登場し、マイアミ・デイド刑務所に収監されている。彼はマイケルへの最後の復讐としてサラを暗殺するよう命じるが、サラは取り残されたグレッチェンの助けを借りて無事に脱獄したため、計画は失敗に終わる。
ウィリアム・キム（レジー・リー演）は、カンパニーのかなり高位のメンバーで、大統領とポール・ケラーマンの仲介役を務めている。シーズン2のエピソード「マップ1213」で初登場し、シーズン2におけるカンパニーの主要な敵役である。キムは、フォックスリバー・エイト脱走直後にケラーマンの新しい上司となる。ケラーマンは、15年間レイノルズに直接報告していたため、これに落胆し、シーズン前半を通して2人のキャラクターは敵対関係にある。キムのキャラクターは当初は受動的な役割で、主に電話での会話を通してケラーマンの行動を指示する。シーズンを通して、キムは陰謀に対する脅威とみなした全員の殺害を命じ、フランク・タンクレディ知事もその対象に含め、ケラーマンにもサラ・タンクレディの殺害を命じる。しかし、ケラーマンが失敗すると、キムは彼との関係を断ち切り、大統領との関連を示す記録をすべて抹消する。 『ザ・キリング・ボックス』の中で、ケラーマンはキムに電話をかけ、最近再逮捕されたリンカーンとマイケルを始末する計画を持ちかける。キムは同意するが、その後工作員にケラーマンを殺害するよう指示する。しかし、ケラーマンがキムを裏切ったことで、この計画は裏目に出る。
キムの役割はシーズン後半のエピソードで大きくなり、より活発になる。エピソード「ジョン・ドゥ」では、キムはケラーマンの裏切りを知り、ケラーマンと兄弟がテレンス・ステッドマンを捕らえる際に彼を守ることができなかった。ケラーマンが寝返ったことで、キムはFBIの追跡隊のリーダーであり、密かにザ・カンパニーから脅迫されているアレクサンダー・マホーンとのシーンにますます登場するようになる。キムは逃亡者を殺害するよう彼に圧力をかける。キムはまた、女性工作員と声を変える装置を使って、レイノルズ大統領が和解する意思があるように見せかけることでケラーマンを操ろうとするが、ケラーマンは最終的にこの策略を見抜く。キャラクターの役割が大きくなるにつれて、彼はシーズン2で兄弟の主要な敵となり、キムは兄弟と画面を共有するようになる。特に「スウィート・キャロライン」では、リンカーンの居場所を明かすようマイケルに暴力を振るう。兄弟がパナマに逃亡した後、キムは上司である謎の男（シーズン2では「パッドマン」としか呼ばれていない）から、リンカーンを殺害し、その罪をマイケルになすりつけ、マイケルをソナ刑務所に収監するよう命じられる。現場に出ることを嫌っていたキムだが、シーズン最終回では自らパナマへ赴き、カンパニーの計画を完遂する。最後の登場シーンでは、リンカーンを殺害する直前にサラ・タンクレディに射殺される。
キャロライン・レイノルズ（パトリシア・ウェティグ演）は、シリーズ第2話で登場する準レギュラーキャラクターで、最終的にはアメリカ合衆国副大統領であることが明らかになる。彼女は「ザ・カンパニー」に所属しており、殺人を含むあらゆる手段を使って大統領の座を確保しようとする野心的な政治家として描かれている。彼女は第1シーズンの主要な敵役だった。レイノルズは、兄テレンス・ステッドマンの偽装死の罪をリンカーン・バローズに着せた第1シーズンの陰謀の中心人物である。彼女はこの陰謀を維持するためにあらゆる手段を講じる。このキャラクターは最初は散発的にしか登場せず、邪魔をする者は誰でも殺すようエージェントに命じ、後に大統領選への立候補を表明する。彼女の役割は次第に大きくなり、「ザ・カンパニー」との取引や、彼女の手下ポール・ケラーマンとの忠誠に焦点が当てられるようになる。 「ブラザーズ・キーパー」と「ゴー」のエピソードでは、ケラーマンが15年間彼女に仕え、非常に愛情深く忠実であることが描かれているが、彼女は彼の気持ちに共感せず、むしろそれを利用してケラーマンを忠実な手下に仕立て上げている。「ザ・キー」では、世論調査での彼女の人気が低下し始め、「ゴー」では会社が彼女を見捨てることを決定する。しかし、シーズン最終回でレイノルズが密かに大統領を毒殺した後、彼女はアメリカ合衆国第46代大統領に就任する。
シーズン 2 では、パトリシア・ウェティグが「ブラザーズ & シスターズ」に出演することになったため、レイノルズはほとんど登場しない。彼女の名前はよく言及されるが、実際に登場するのは「スウィート・キャロライン」のみで、ウェティグは「特別ゲストスター」としてクレジットされている。マイケル・スコフィールドは捕らえられることを許し、陰謀に関与したと示唆するテープを使って大統領恩赦を要求し、さらに彼女とステッドマンが近親相姦の関係にあったことを強く示唆する。彼女は屈服するが、その後カンパニーから脅迫され、代わりに悪性の癌を患っていると発表し、大統領を辞任せざるを得なくなる。後に、ケラーマンがサラの裁判で彼女の行動を暴露した後にレイノルズが逮捕されたと推測される。
「スウィート・キャロライン」の選挙集会では、レイノルズの選挙ウェブサイト、Reynolds-Again.comを宣伝する横断幕が見られる。このウェブサイトは、Europeangoldfinch.netのようなイースターエッグであり、かつて現実世界でオンラインだった。ウェブサイトには、レイノルズが以前アメリカ合衆国上院議員とイリノイ州教育委員会の委員を務めていたことが記されている。レイノルズの所属政党は明示されていないが、彼女に焦点を当てたニュース放送で、彼女の側から共和党側に話題が移る場面があることから、民主党員である可能性が高い。
クリスティーナ・ローズ・スコフィールド（キャスリーン・クインラン演）は、マイケル・スコフィールドとリンカーン・バローズの母親である。彼女は、エピソード「English, Fitz or Percy」（第1シーズン、兄弟が主人公となる幼少期の回想シーン）で初めて言及される。彼女は若くして肝臓がんで亡くなったことが明らかになる。第1シーズンと第2シーズンを通して、彼女は時折言及される。例えば、「Tweener」では、マイケルが彼女のおかげで善悪の感覚を身につけたと語っている。第2シーズンの終盤近くのエピソード「Panama」でも再び言及され、マイケルが自分のボートに彼女の名前を付けた際に、彼女の名前がクリスティーナ・ローズ・スコフィールドであることが明らかになる。第4シーズンの初期のエピソードでは、彼女の死因は脳腫瘍に変更される。「The Sunshine State」では、彼女は生きていることが明らかになり、クリスティーナ・ハンプトンという偽名で「ザ・カンパニー」で働いているが、正確な役職は不明である。このキャラクターは、そのエピソードの最後に初めて画面に登場し、番組の最後の6エピソードで主要な敵役として登場します。ロサンゼルスのカンパニー本部からシラが盗まれたとき、クリスティーナは部下の1人にシラを確保させることでカンパニーとそのリーダーであるジョナサン・クランツ将軍を裏切ります。「マザーロード」と「VS」での彼女の登場は、インド首相の息子と会ってシラの技術を提供するという彼女の壮大な計画の舞台を整えることに費やされています。彼女はまた、リンカーンとの最初のシーンがあり、その中で彼女はカンパニーを内部から改革しようとしていると彼を説得しようとします。クリスティーナのキャラクターは、何があっても邪魔をさせないという性格が描かれており、後にリンカーンが彼女の計画を妨害したときに、部下の1人にリンカーンを殺すように指示する場面でそれが示されています。
「SOB」では、クリスティーナはマイケルと彼の恋人サラ・タンクレディに捕らえられ、シラの所在を白状させられそうになる。彼女は息子マイケルと同じように聡明な頭脳の持ち主であることがしばしば描かれており、リンカーンは養子だと偽ってマイケルを操る場面からもそれが明らかである（このエピソードの脚本家であるカリン・アッシャーは、エピソードの音声解説でこれが嘘であることを明かしている）。しかし、このことでマイケルは動揺し、リンカーンを救出しようと立ち去り、サラはクリスティーナと二人きりになる。その後、彼女は脱出する。エピソードの最後で、彼女の本当の計画は首相の息子を暗殺し、その責任を中国に転嫁することで、インドと中国の間で戦争を引き起こし、シラの兵器データを両国に売って利益を得るというものだったことが明らかになる。しかし、「カウボーイとインディアン」でマイケルとリンカーンは彼女からシラを奪い、彼女はマイケルにシラを返すよう強要するためにリンカーンを人質に取る。彼女はマイケルにさらなる動機を与えるため、彼の肺を撃つ。しかし、次のエピソードでは、技術から利益を得るためにシラを時間内に取り戻すことに失敗したことで、彼女の性格は崩れ始める。マイケルは最終的に、爆弾を仕込んだ偽のシラをアレクサンダー・マホーンに持たせて送り込み、彼女を出し抜く。しかし、彼女はシリーズ最終回の爆発から生き延び、シラの追跡を続ける。最後の登場では、マイケルがシラを持って去ることを拒否したため、彼女はマイケルを殺そうとするが、必死のマイケルが不発のピストルで彼女を殺そうとして失敗した後、サラに射殺される。サラの手による彼女の死は、「ザ・ファイナル・ブレイク」の伏線となる。
ニック・サヴリン（フランク・グリロ演）は、プロジェクト・ジャスティスに所属する弁護士。上司がリンカーン・バローズの無罪を証明するためにベロニカ・ドノバンに協力することを拒否するのを見て、ニックは自ら事件を引き受けることにする。彼とベロニカは協力して、リンカーンの無罪を裏付ける証拠を探し始める。ニックのコネクションのおかげで、リンカーンが銃撃される防犯カメラの映像が偽造されたものだと判明するが、オリジナルのビデオテープを探しに行くと、すでに破損していた。ベロニカのアパートに戻ると、テープのコピーが紛失していることに気づく。これらの出来事から、ベロニカはニックの動機を疑い、彼が陰謀に加担しているのではないかと疑う。ニックは後に、新たな証拠を提示することで彼女の疑惑をかわす。二人が陰謀を暴き続ける中、「暴動、訓練、そして悪魔（パート2） 」では、テレンス・ステッドマンの会社エコフィールドの旧事務所を発見した際に、ワシントンDCで公衆電話による脅迫を受ける。その後、ベロニカのアパートで爆発が起こり、二人は逃げ出してウィスコンシン州ニューグララスにあるニックの父親の小屋に身を隠す。後に、ポール・ケラーマン捜査官とダニエル・ヘイル捜査官に狙われたLJも彼らに加わる。後のエピソードで、彼らはついに突破口を開き、リンカーンを陥れた本当の理由と、この陰謀における副大統領自身の共謀を知る。「そして7人になった」では、ニック、ベロニカ、LJは「ザ・カンパニー」のエージェント、クインから間一髪で逃れる。ニックは銃創を負って病院に運ばれる。回復後、ニックとベロニカはリンカーンの処刑当日に、最後にもう一度法廷に出てリンカーンのために上訴する。彼らは控訴で敗訴したが、幸運にも匿名の男性が裁判官に新たな証拠を提出し、裁判官は死刑執行を延期することができた。
これにより、彼らの希望は再び高まる。テレンス・ステッドマンがまだ生きていることを知った彼らは、「By the Skin and the Teeth」でテレンス・ステッドマンの遺体と思われるものを検死官に調査させるよう主張する。しかし、遺体の歯の記録はステッドマンのものと一致した。「J-Cat」では、ニック、ベロニカ、LJはニューグララスに戻り、死んだクインを訪ね、彼の携帯電話を入手する。これらの電話記録をたどって、彼らはステッドマンが隠れている場所を見つけることができた。「The Key 」では、ニックがベロニカと協力する別の動機があったことが明らかになる。彼はジョン・アブルッツィと取引をし、父親の自由と引き換えにベロニカを監視し、アブルッツィの要求に応じて彼女を引き渡すことになっていた。エピソード「 Tonight 」でベロニカを滑走路に連れて行くように頼まれたとき、彼はベロニカと父親の安全の間で葛藤する。結局、次のエピソードでニックはベロニカを解放し、ステッドマンを探すためにブラックフットへ行くように告げる。何も得られなかったニックは父親に会うために自分のアパートへ向かうが、そこでアブルッツィの手下の一人に父親が撃たれるのを目撃する。ニックは手下にベロニカの居場所を教えることを拒否し、その結果殺されてしまう。
ローランド・グレン（ジェームズ・ヒロユキ・リャオ演）は、コンピューターハッカー、身分窃盗犯であり、シラを追跡するセルフの秘密組織「Aチーム」の不本意なメンバーである。彼のコンピューターのスキルは、会社がシラを保護するために使用する高度なテクノロジーのため、グループにとって不可欠である。有罪判決を受ける前、彼は近くにある電子機器から情報をダウンロードできる装置を作成し、「Aチーム」はそれを使用してシラに関する情報を入手している。[ 31 ]しかし、ローランドのやや怪しい過去と絶え間ない不適切な発言により、チームの他のメンバーのほとんど、特にリンカーンとスクレから嫌われている。それにもかかわらず、ローランドはシーズンの初期のエピソードで他のメンバーと協力し、不安定な協力者としての役割を果たし、チームの目的を達成する一方で、貪欲と利己主義の傾向も示している。複数のチームメンバーから執拗に脅迫され、いじめられるにつれて、ローランドはますます不忠になっていく。 「ブローアウト」というエピソードで、彼はマホーンと会社のヒットマンであるワイアットとの電話での会話を盗み聞きし、マホーンがゴミ箱に捨てた電話番号を密かに入手する。
「Aチーム」の残りのメンバーは、ラスベガスでの任務中に彼がチームを離れてカジノでギャンブルをし、装置を奪われたことを知って、彼に恨みを抱くようになる。マイケルは次のエピソード「代償」でついに彼を任務から外し、ローランドはチームを裏切り、スコフィールドとバロウズの居場所をワイアットに100万ドルで提供することで敵役の役割を担うことになる。しかし、エピソードの最後に彼らが会ったとき、ワイアットは彼に金を払わなかった。代わりに、倉庫の場所を白状するまでローランドの膝に銃弾を撃ち込んで拷問し、最後にローランドの腹部に致命的な銃弾を撃ち込んだ。[ 22 ] [ 32 ]ローランドが歩道に横たわり死にかけている間、マイケルは出血死する彼の手を握り、彼のために何もできない。
フェリシア・ラング（バーバラ・イヴ・ハリス演）は、アレクサンダー・マホーンがフォックス・リバー・エイトを追跡するのを支援する任務を負ったFBI捜査官である。ラングはシーズン2のエピソード「スキャン」で初登場し、マホーンからケイシー・フランクリンに夫を裏切るよう促すよう命じられるが、ケイシーはこれにやや抵抗を示す。彼女は「発掘」で再び登場し、Cノートを捕らえるためにCノートの妻を巻き込んだおとり捜査を組織し、ケイシーの娘を脅して協力させようとする。ウィーラー捜査官とは異なり、ラングはマホーンのやり方を口頭で批判することはなく、彼の命令を支持しているように見える。そのため、マホーンは彼女をより信頼し、マイケル・スコフィールドの居場所を突き止める手がかりとなることを期待して、サラ・タンクレディを追跡するよう命じる。しかし、彼らはサラを兄弟の元へ追跡することに失敗する。サラは自首し、ラングは彼女を逮捕する。ラングは当初、マホーンの不安定な気質に警戒しているようだったが、シーズン2の終わりに内部調査部が彼に迫ると、彼を心配する様子を露わにした。シーズン3では、ラングは収監されているパナマのソナ刑務所にマホーンを訪ねる。彼女は、カンパニーに対する証言と引き換えに減刑を提案する。ラングはすぐにマホーンの薬物中毒に気づき、彼のために薬を手に入れることに同意するが、薬物中毒で理性を失ったマホーンの証言を見るには遅すぎた。彼女はしぶしぶ彼をソナ刑務所に戻す。シーズン4では、マホーンは息子の殺人犯を特定するのを手伝ってほしいと彼女に電話をかける。後のエピソードで、彼はカンパニーを倒すのを手伝ってほしいと彼女とウィーラーに頼むが、証拠を提示できないため、ウィーラーは彼女に彼を逮捕するよう強要する。その後、マホーンは拘留から脱走するが、ラングは彼を撃つことができず、彼を解放する。シーズン4のエピローグでは、マホーンはラングと関係を持ち、マイケルの墓参りのために彼女を置いていく様子が描かれている。
マーク・ウィーラー（ジェイソン・デイビス演）は、シカゴのFBI支局からアレクサンダー・マホーンに同行し、「フォックス・リバー8」を追跡するFBI捜査官である。このキャラクターは当初は主に説明役として登場するが、後にマホーンの行動を暴こうとする捜査官として独自のサブプロットを持つようになる。ジョン・アブルッツィの死後、ウィーラーはマホーンの動機に疑念を抱き、後にマホーンがニューメキシコでの活動について何も知らせていないことに苛立ちを露わにする。「メッセージ」でマイケルとリンカーンの演説が放送された後、ウィーラーはマホーンの手法を直接問い詰め、すぐにFBI本部と内部調査部がマホーンの行動を監視すると発表する。「スウィート・キャロライン」では、ウィーラーはCノートとマホーンの取引を知ると、マホーンの不正行為の証拠を集めるためにCノートに会いに行く。彼はマホーンに対する証言と引き換えにCノートに完全な保護を約束する。ウィーラーは内部調査部長のリチャード・サリンズに連絡し、二人は協力してマホーンを逮捕するのに十分な証拠を集め始める。裏切りが迫っていることを察知したマホーンは、FBIの駐車場でウィーラーと対峙する。裏切りに怒りを覚えながらも、正しいことをする勇気を持ったウィーラーに敬意を表し、無傷で国外へ逃亡する。ウィーラーはシーズン4で再登場する。彼はしぶしぶマホーンと会い、カンパニーとの闘いに協力することに同意する。しかし、マホーンが何の証拠も提示できないと分かると、ウィーラーはラング捜査官にマホーンを逮捕するよう強要する。しかし、マホーンは最終的に逃亡する。
