ハプログループ F-M89

ハプログループ F-M89
起源の可能性のある時期	57,500～62,500年前（ラガヴァン 2014年）[1] 45,000～55,700年前（カラフェット 2008年）[2] 43,000～56,800年前（ハンマー＆ゼグラ 2002年）。[3]
起源地の可能性	西アジアまたは 南アジア[4] [5] [6] [7]または東南アジア[8]
祖先	CF
子孫	プライマリ: F1、F2、F3、GHIJK。
突然変異の定義	M89/PF2746、L132.1、M213/P137/Page38、M235/Page80、P14、P133、P134、P135、P136、P138、P139、P140、P141、P142、P145、P146、P148、P149、P151、P157、P158、P159、P160、P161、P163、P166、P187、P316

ハプログループ Fは、 F-M89とも呼ばれ、以前はハプログループ FTと呼ばれていましたが、非常に一般的なY 染色体ハプログループです。この系統群とそのサブ系統群は、アフリカ以外の父系系統の 90% 以上を構成しています。

F-M89を持つ男性の大多数は、その直接の子孫であるハプログループGHIJK（F1329/M3658/PF2622/YSC0001299）に分類されます。^[9] GHIJKに加えて、ハプログループFには、F1（P91/P104）、F2（M427/M428）、およびF3 （M481）の3つの直接の子孫サブクレードがあります。これら3つは、F*（M89*）とともに、パラグループ F（xGHIJK）を構成します。これらは主に南アジア、東南アジア、および東アジアの一部で見られます。

ハプログループ GHIJK の枝は、その後、2 つの直接の子孫、G (M201/PF2957) とHIJK (F929/M578/PF3494/S6397) に分かれました。HIJK は、次にH (L901/M2939) とIJK (F-L15) に分かれました。ハプログループ IJK の子孫には、系統I、J、Kが含まれ、最終的には、ハプログループ K から派生したいくつかの主要なハプログループ、つまりハプログループM、N、O、P、Q、R、S、L、およびTが含まれます。

SNP M89は38,700～55,700年前に出現したと推定されており、西アジア^{[2] [10]}または東南アジア^[8]で発生した可能性が高いと考えられています。また、以前の研究では、F-M89が最初に出現したのはアラビア半島、レバント、または北アフリカで、約43,800～56,800年前である可能性も示唆されています。 ^[3]また、この系統が最初に拡大し、普及した可能性のある場所はインド亜大陸かその付近であったと推測されており、子孫のサブクレードとハプログループのほとんどはペルシャ湾や中東および東南アジアの近隣地域から放射状に広がったようです。

ハプログループF-M89に由来するいくつかの系統は、先史時代に西アジアからアフリカに逆移住したようです。たとえば、F-M89のサブクレードはスーダンの古代DNAサンプルで発見され、メロエ人と後メロエ人の両方の埋葬 に関連していました[1] Archived 2022-08-25 at the Wayback Machine

F-M89 を持つ現存個体の大多数は、GHIJK のサブクレードに属します。比較すると、パラグループ F(xG,H,I,J,K)、つまり基底 F* (M89) または主要サブクレード F1 (P91; P104)、F2 (M427; M428)、F3 (M481) の症例は、世界的に見ても比較的まれです。

過去に正確で高解像度の検査が行われなかったため、F*、F1、F2*、F3*を個別に議論することは困難です。ISOGGは、F(xG,H,I,J,K)は十分に研究されておらず、現代の集団では「まれに」発生し、南アジア、特にスリランカでピークを迎えると述べています。^[9]また、東南アジアにも長い間存在していたようです。ただし、誤認の可能性は比較的高いと考えられており、いくつかのケースは実際にはハプログループGHIJKの誤認されたサブクレードに属している可能性があります。たとえば、サブクレードハプログループH2 (P96) がそうで、元々は「F3」と名付けられていましたが、この名前はその後F-M481に再割り当てされました。

F(xF1,F2,F3)は、スリランカの男性の10%、インド全土の男性の5.2%(南インドの男性の最大10%を含む)、パキスタンの5%で報告されており、タマン族(ネパール)やイランでも低いレベルで報告されています。

インドネシア出身の男性も、比較的高いレベルで F(xG,H,I,J,K)、特に F-M89* を保有していると報告されています。スラウェシ島とレンバタ島では 4～5% の割合で報告されています。F-M89 の他のサブクレード (GHIJK のいくつかのサブクレードを含む) を包括的にスクリーニングしなかったある研究では、SNP P14/PF2704 (M89 に相当)を持つインドネシア人男性は、西ティモールの男性の 1.8% 、フローレス島の 1.5%、レンバタ島の 5.4%、スラウェシ島の 2.3% 、スマトラ島の 0.2% を占めることがわかりました。^{[11] [12]} F1（P91）、F2（M427）、F3（M481、旧F5）はいずれも非常に希少であり、スリランカ、インド、ネパール、中国南部、タイ、ビルマ、ベトナムの地域/少数民族に事実上限定されています。

中央アジアでは、トルクメニスタンとウズベキスタンの個人でF(xG,H,I,J,K)の例が報告されている 。^[13]

Kutanan et al. (2020) は、タイのメーホンソーン県の赤ラフ族のサンプルの50.0% (8/16) 、黒ラフ族のサンプルの47.1% (8/17)、リス族のサンプルの6.7% (1/15)でF*-M89を発見した。タイ北西部のロロ語を話すF*-M89のメンバーはすべて、父系で非常に近縁であることが判明しており、 Y-DNAのTMRCAは現在から584年前と推定されている。しかし、前述のY染色体は、タイの他の集団のサンプルで観察されるF*-M89の例とは遠い関係にあり、これには中央タイのプアンのサンプルの5.6％（1/18）、北東タイのソアのサンプルの11.8％（2/17）、北東タイのサエクのサンプルの29％（2/7）が含まれます。北タイのロロイッシュクラスターのTMRCAと中央タイのプアン個人のY-DNAは、現在から12,675年前と推定されています。北東タイのF*-M89クラスターのTMRCAは、現在から6,492年前と推定されています。タイのこれらすべてのF*-M89個人のTMRCAは、現在から16,006年前と推定されています。^[14]

また、 F(xG,H,I,J,K)が南アジアからイラン、アラビア、北東アフリカへ西方へと旧石器時代に逆移住した証拠もある^{[15] [16]} 。また、ハプログループKのサブクレードが南東ヨーロッパへ西方へと逆移住した証拠もある^[17]。

紀元前4000年頃のヨーロッパ新石器時代の遺跡で発見されたFおよびG2aの起源として、ヨーロッパの農民の第一波による南西アジアからの移住が提唱されている。Herrerraら（2012）によると、これらの遺跡は、現代のヨーロッパ人よりも「現代の近東の個人」と「より大きな遺伝的類似性」を示した。^[18] F(xG,H,I,J,K)は、ヨーロッパの青銅器時代の遺跡、すなわちドイツのデレンブルク・メーレンシュティークII遺跡で発見されたDEB 20およびDEB 38として知られる個人から発見された可能性がある。^[19]

ヨーロッパの新石器時代の遺跡からは、GHIJKのすべてのサブクレードについて検査されていない、あまり確実ではない3つの事例が見つかっている。7,195 ～7,080年前に生きていたI0411（Troc 4 ）は、ビサウリ（現在のスペイン）近くのエルス・トロクス洞窟で発見された。ハプログループG、I1（I-M450、I-S247）J、L1b2、Q1b1、Q1a2a、R1a1a1（R-L449）、R1b1a2b1a（R-M35）、Tは除外されたが、^[19] I2a1b1とR1b1a2は同じ場所の他の遺跡（Troc 5とTroc 2）から発見された。同様に、ハンガリーで発見された3組の遺骨も、GHIJKのすべてのサブクレードについて検査されていませんでした。BAM 17、BAM 26 （どちらもアルソニェク・バタシェク遺跡、約7,850～7,675年前）、TOLM 3（7,030～7,230年前、トルナ・メズで発見）です。^{[19] （学者の間で「}オアセ1 」として知られる人物は、東ヨーロッパで約37,800年前に生きていましたが、当初はパラグループF(xGHIJK)またはKのいずれかに属すると分類されていました。^{[17]しかし、その後の研究では、オアセ1は}K2a*に属していたことが明らかになりました。^[20]）

• 韓国、フィリピン、インドネシアではより多く見られる

現代のヨーロッパ人、アメリカ先住民、太平洋諸島民の間で報告されている症例の中には、近世（16～19世紀）の南アジアや東南アジアとの接触の結果として、F(xG,H,I,J,K)の移住と混合が原因である可能性がある。^[9] そのような例としては、以下のものがある。

• ポリネシアでは低いレベルである。^[21]
• セミノール族とボルカ族の間ではより高い。^[22]
• オランダでは稀なケースである[ ^2]
• ポルトガルで2件の事例^[9 ]

インドでは、男性の5.2%に基礎F-M89*が報告されています。^[10] Chiaroniら（2009）は、地域別の内訳を以下のように示しています。南インドで10% 、中央インドで8%、北インドと西インドで約1.0% 、パキスタンで5%、スリランカで10% 、ネパールのタマン族で4% 、ボルネオ島とジャワ島で2% 、東南アジアのスラウェシ島とレンバタ島で4～5% 。^[11]

イランでは、ホルモズガーン州バンダリの男性の2.3％が基礎F-M89を持っていることが判明しました。^[15]

ハプロゴルプF*は、雲南省の漢民族の検査でわずか11.67%にしか見つかっていない。^[23] 西安（34人中1人）、^[23]

ハプログループF-M89は、北東アフリカのナイル川第4急流とメロエ島で発掘されたキリスト教時代の2人の個人でも確認されています。^[24]バチョ・キロ洞窟の先史時代の個人F6-620 / AA7-738の 遺骨は、現在から45,930年から42,580年前の初期上部旧石器時代のもので、Y染色体ハプログループF-M89の基底系統も持っています。^[25]

このサブクレードはSNP P91によって定義され、スリランカで最も一般的です。^{[2] [26]}

F2 Y染色体は、中国南部（雲南省と 貴州省）、 タイ、ビルマ、ベトナムの国境地帯の少数民族、すなわちイ族とクツォン族、またはラフ族のサブグループであるラフ・シ族（「黄色いラフ族」）の間で報告されている。^[27]

新たに定義された希少なサブクレードF3（M481、以前はF5）は、インドとネパールのタルー族とアーンドラプラデーシュ州で発見されています。^[28] F-M481は、以前はF-M89の下に「F3」として誤って分類されていたハプログループH2（L279、L281、L284、L285、L286、M282、P96）と混同しないでください。

基底 GHIJK は、現存する男性からも古代の遺物からも発見されたことはありません。

いくつかの主要なハプログループを含むサブクレードは、中央アジア、コーカサス、中東、南アジア、ヨーロッパ、東南アジア、太平洋諸島、アメリカ先住民の現代の集団に広く分布しています 。

Y 染色体系統学では、サブクレードはハプログループの分岐です。これらのサブクレードは、一塩基多型 (SNP) またはユニーク イベント多型 (UEP) によっても定義されます。

ハプログループF-M89には、確認済みおよび提案済みの系統樹がいくつかあります。科学的に認められているのは、Y染色体コンソーシアム（YCC）がKarafet 2008 ^{[2]で発表し、その後更新したものです。新たな科学を示す草稿の系統樹は}、テキサス州ヒューストンのゲノム研究センターのトーマス・クラーンによって提供されています。国際遺伝系譜学会（ISOGG）もアマチュア向けの系統樹を提供しています。

ゲノム研究センターによるハプログループF-M89のドラフトツリーは以下のとおりです。^[29]（サブクレードの最初の3つのレベルのみを示しています。）

• F-M89 P14、M89、M213、P133、P134、P135、P136、P138、P139、P140、P141、P142、P145、P146、P148、P149、P151、P157、P158、P159、P160、P161、P163、P166、P187、P316、L132.1、L313、L498
  • F-P91 P91、P104
  • F-M427 M427、M428
  • F-P96 P96、M282、L279、L281、L284、L285、L286
    • F-L280 L280
  • G-M201 M201、P257、L116、L154、L204、L240、L269、L402、L605、L769、L770、L836、L837、L1258、U2、U3、U6、U7、U12、U17、U20、U21、U23、U33
  • H-M69 M69、M370、PAGES00049
  • IJK L15、L16

これはY染色体コンソーシアム（YCC）が作成した公式の科学的樹形図です。最後のメジャーアップデートは2008年に行われました。 ^[2]その後は四半期ごと、半年ごとにアップデートが行われています。現在のバージョンは2010年アップデートの改訂版です。^[要出典]

• CF
  • F（L132.1、M89 / PF2746）。
    • F1（P91、P104）
    • F2（M427、M428）
    • F3（M481）
    • マクロハプログループGHIJK (F1329/M3658/PF2622/YSC0001299)。

2002 年以前、学術文献には Y 染色体系統樹の命名システムが少なくとも 7 つありました。このため、かなりの混乱が生じました。2002 年に、主要な研究グループが集まり、Y 染色体コンソーシアム (YCC) が結成されました。彼らは共同論文を発表し、全員が使用することに同意した単一の新しい系統樹を作成しました。その後、集団遺伝学と遺伝系譜学に関心を持つ市民科学者のグループがワーキング グループを結成し、何よりもタイムリーであることを目指してアマチュア系統樹を作成しました。以下の表は、画期的な 2002 年の YCC 系統樹の時点でこれらの研究をすべてまとめたものです。これにより、以前に発表された文献をレビューする研究者は、命名法間をすばやく移動できます。

ウィキメディア・コモンズには、Y-DNA のハプログループ Fに関連するメディアがあります。

• 「GENO 2.0: これまで語られた偉大な旅」ナショナル ジオグラフィック。2011 年 7 月 26 日のオリジナルからアーカイブ。
• 「Y-DNAハプログループツリー2013、バージョン: 8.72」。国際遺伝子系譜学会。2013年8月25日。
• McDonald, JD (2005) 「世界ハプログループマップ」(PDF)。2004-07-28 にオリジナル(PDF)からアーカイブ。2007-02-06に取得。