ヒト集団遺伝学において、Y染色体ハプログループは、アフリカの共通祖先まで遡る直系の父系(男性)系統の主要な系統を定義します。同じハプログループに属する男性は、Y染色体上の一連の差異、すなわちマーカーを共有しており、これによって他のハプログループの男性と区別されます。これらのUEP、つまりハプログループを定義するために使用されるマーカーは、SNP変異です。Y染色体ハプログループはすべて系統樹または家系図を形成し、その両方の枝またはサブクレードは共通のハプログループ祖先から分岐し、またすべてのハプログループ自体が1つの家系図にリンクしており、最終的には今日生きているすべての男性の最も最近の共通男性系統の祖先(一般科学ではY染色体アダムと呼ばれる)まで遡ります。
歴史
Y染色体コンソーシアムの設立
1980年代と1990年代には、個々の学術研究グループがそれぞれ独自の命名法を用いてY染色体ハプログループを命名していた。そのため、コミュニケーション上の障壁がますます大きくなり、管理が困難になっていた。2002年、Y染色体コンソーシアム(YCC)は、すべてのY染色体ハプログループの命名を標準化するための広く用いられている提案を発表した。この取り組みは、DNAサンプルの包括的な再検査に基づいていた(YCC 2002 )。
Y染色体コンソーシアムは長年にわたり、個々のグループにこの標準の維持を任せてきた。2008年に、彼らは再び系統樹の変更に関する包括的なレビューを発表し、サンプルを再テストした。この研究により、彼らは略記法と呼ばれる命名システムへの移行を推奨する根拠を強化した(Karafet 2008 )。
国際遺伝系図学会(ISOGG)ツリー委員会の設立
2006年、遺伝子系図学に関心を持つ市民科学者グループが、自分たちの発見と発表済みの研究論文の両方を記録するためのワーキンググループを結成した。彼らは、常に最新の情報を提供し、毎年ベンチマークとなるバージョンを作成するウェブベースの系図を作成した。
変換表
以下の表は、2002年に発表された画期的なYCCツリーに基づいて、これらの研究成果をすべてまとめたものです。これにより、古い文献をレビューする研究者は、異なる命名法間を迅速に移動することができます。
オリジナルの研究論文
YCCツリーの作成には、論文発表実績に基づき、以下の研究チームが参加しました。
注記
- ↑末端変異は必ずしも固有のものではなく、同様に特徴的な他の変異はコロンで区切ってリストされる場合があります。
- 1 2 M35.1 (以前は単に M35) と M35.2 はどちらも塩基番号 19579817 の単一ヌクレオチド多型です。 [ 2 ] M35.1 は G🡒C、M35.2 は C🡒T の点突然変異です。クレード E1b1b1 を検査するには、位置 19579817 を M35.1 と M35.2 (つまり C または T) の両方について検査する必要があります。M35.2 を検査せずに M35.1 を陰性と検査しても、クレード E1b1b1a1b1a3~ への所属は除外されません (祖先の G 多型が明示的に確認されない限り)。したがって、M35 の古い検査では、側系統群E1b1b1(xE1b1b1a1b1a3~) (ISOGG2019/20 クレード名) を検査していました。
参考文献
- ↑ペンシルベニア州アンダーヒル。ポズニク、GD;ルーツィ、S.ジャーヴェ、M.リン、AA;ワン、J.パサレッリ、B.カンバー、J.ニューメキシコ州マイレス。キング、RJ;ディ・クリストファロ、J.サハキャン、H.ベハール、DM;クシュニアレヴィッチ、A.サラック、J.サリック、T.ルダン、P.アラスカ州パタック。ショーベイ、G.グルーニ、V.セミノ、O.イエピスコポシアン、L.バハマニメア、A.ファルジャディアン、S.バラノフスキー、O.クスナットディノバ、EK;エレーラ、RJ;キアローニ、J.ブスタマンテ、CD;サウスカロライナ州クエイク。キヴィシルド、T.ヴィレムズ、R. (2015)。「Y染色体ハプログループR1aの系統発生学的および地理的構造」。European Journal of Human Genetics。23(1):124–31。doi : 10.1038 / ejhg.2014.50。PMC 4266736。PMID 24667786。
- ISOGG 2019-2020 ハプログループE系統樹
ジャーナル
- Capelli, Cristian; Wilson, James F.; Richards, Martin; Stumpf, Michael PH; Gratrix, Fiona; Oppenheimer, Stephen; Underhill, Peter; Pascali, Vincenzo L.; Ko, Tsang-Ming; Goldstein, David B. (2001 年 2 月). 「東南アジアおよびオセアニアの島嶼部に住むオーストロネシア語を話す人々の、主に先住民の父系遺伝」 . The American Journal of Human Genetics . 68 (2): 432– 443. doi : 10.1086/318205 . PMC 1235276 . PMID 11170891 .
- ハマー、マイケル F.カラフェット、タチアナ M.レッド、アラン・J。ジャルジャナジ、ハムディ。サンタキアーラ・ベネレセッティ、シルヴァーナ。スーディオール、ヒムラ。ゼグラ、スティーブン L. (2001 年 7 月 1 日) 「世界的なヒト Y 染色体多様性の階層パターン」。分子生物学と進化。18 (7): 1189–1203。土井: 10.1093/oxfordjournals.molbev.a003906。PMID 11420360。
- Jobling, Mark A.; Tyler-Smith, Chris (2000)、「新しいハプロタイプの新しい用途」、Trends in Genetics、16 (8): 356–62、doi : 10.1016/S0168-9525(00)02057-6、PMID 10904265
- Y染色体コンソーシアム「YCC」(2002)、「ヒトY染色体二元ハプログループ系統樹の命名システム」、ゲノム研究、12(2):339–48、doi:10.1101/gr.217602、PMC 155271、PMID 11827954
- カラジェヴァ、ルバ。カラフェル、フランセスク。ジョブリング、マークA;アンジェリチェワ、ドーラ。デ・クニフ、ピーター。ロッサー、ゾーイ。ハーレス、マシュー E;アンダーヒル、ピーター。トゥルネフ、イバイロ;マルシアコワ、エレナ。ポポフ、ヴェセリン(2001 年 2 月)。「Y染色体とミトコンドリアDNA系統によって明らかにされたVlax Romaの集団間および集団内の遺伝的多様性のパターン」。欧州人類遺伝学ジャーナル。9 (2): 97–104 .土井: 10.1038/sj.ejhg.5200597。PMID 11313742。S2CID 21432405。
- Karafet, Tatiana; Xu, Liping; Du, Ruofu; Wang, William; Feng, Shi; Wells, RS; Redd, Alan J.; Zegura, Stephen L.; Hammer, Michael F. (2001年9月) 「東アジアの父系集団史:起源、パターン、および微小進化プロセス」『アメリカ人類遺伝学ジャーナル』69 (3): 615–628 . Bibcode : 2001AmJHG..69..615K . doi : 10.1086/323299 . PMC 1235490. PMID 11481588 .
- Karafet, TM; Mendez, FL; Meilerman, MB; Underhill, PA; Zegura, SL; Hammer, MF (2008)、「新しい二値多型がヒトY染色体ハプログループ系統樹を再構築し、解像度を向上させる」、Genome Research、18(5):830–8、doi:10.1101/gr.7172008、PMC 2336805、PMID 18385274
- セミノ、O.パサリーノ、G;ペナルティ州オフナー。リン、AA;アルブゾワ、S;ベックマン、LE;デ・ベネディクティス、G;フランカラッチ、P;他 。 (2000)、「現存するヨーロッパ人における旧石器時代ホモ・サピエンス・サピエンスの遺伝的遺産: AY 染色体の視点」、Science、290 (5494): 1155–9、Bibcode : 2000Sci...290.1155S、doi : 10.1126/science.290.5494.1155、PMID 11073453
- Su, Bing; Xiao, Junhua; Underhill, Peter; Deka, Ranjan; Zhang, Weiling; Akey, Joshua; Huang, Wei; Shen, Di; Lu, Daru; Luo, Jingchun; Chu, Jiayou; Tan, Jiazhen; Shen, Peidong; Davis, Ron; Cavalli-Sforza, Luca; Chakraborty, Ranajit; Xiong, Momiao; Du, Ruofu; Oefner, Peter; Chen, Zhu; Jin, Li (1999 年 12 月) 「最終氷期における現代人の東アジアへの北上移動を示す Y 染色体証拠」 . The American Journal of Human Genetics . 65 (6): 1718– 1724. Bibcode : 1999AmJHG..65.1718S . doi : 10.1086/ 302680 . PMC 1288383. PMID 10577926 .
- アンダーヒル、ピーター A.沈、北東。リン、アリス A.ジン、リー。パッサリーノ、ジュゼッペ。ヤン、ウェイ・H。カウフマン、エリン。ボネ・タミール、バトシェバ;ベルトランペティ、ジャウメ。フランカラッチ、パオロ。イブラヒム、ムンタセル。ジェンキンス、トレフォー。キッド、ジュディス R.メディ、S. カシム。シールスタッド、マーク・T.ウェルズ、R. スペンサー。アルベルト広場。ロナルド・W・デイビス;フェルドマン、マーカス W.カヴァッリ=スフォルツァ、L.ルカ。ピーター J. オフナー (2000 年 11 月)。 「Y染色体配列の変異と人類集団の歴史」。自然遺伝学。26 (3): 358–361 .土井: 10.1038/81685。PMID 11062480 . S2CID 12893406 .
ISOGG Y-DNAハプログループツリー
2019-2020年版(現行バージョン)木の幹
過去のリリース:
- 2018年木の幹
- 2017
- 2016
- 2015
- 2014
- 2013
- 2012
- 2011
- 2010
- 2009
- 2008
- 2007
- 2006