ハプログループP（Y染色体DNA）

ハプログループP （P-PF5850またはK2b2としても知られる）は、ヒト遺伝学におけるY染色体DNAハプログループであり、ハプログループK2b（K-P331）内のクレードを形成する。K2b内の姉妹クレードはK2b1（ハプログループMS）である。

独自のSNPであるPF5850は、ハプログループK2bを定義するSNPの下流に位置し、以前の定義SNP（P295など）の上流に位置することは明らかですが、この変化は、国際遺伝系図学会などのY-DNA系統発生に関するすべてのガイド^{[ 5 ]}^{[ 6 ]}や科学出版物にはまだ反映されていません。

基底 P-PF5850* は東南アジアで発見されています。^{[ 5 ]}^{[ 6 ]}基底に近い P-P295* は南アジア人、東南アジア人、オセアニア人の間で発見されています。P1~* (P-M1254*) はアンダマン諸島の男性 1 名でのみ発見されており、P-FT292000 (P1b、旧 P3) の分布は不明で、P1c * (P-M45*) はシベリア人および中央アジア人の間でよく見られます。^{[ 5 ]}^{[ 6 ]} P-M45 はハプログループ Q (Q-M242) およびハプログループ R (R-M207)の親ノードです。

ハプログループP-M45、Q、Rの主要なサブクレードには、現在、ヨーロッパ人、アメリカ先住民、南アジア人、北アフリカ人、中央アジア人の男性のほとんどが含まれています。

起源と拡散

Karafet et al. (2015) は、P-P295 のサブクレードや K1 や K2 などのより古いクレードの分布に基づいて、ハプログループ P とその祖先クレード K の起源と拡散は、初期人類拡散の一部として南アジアまたは東南アジアのいずれかからであると示唆している。しかし、Karafet et al. (2015) は、この仮説は「最も簡潔」であり、K はユーラシアの別の場所で発生し、後にそこで絶滅した可能性があると述べている。^{[ 2 ]}^{[ 8 ]}^{[ 9 ]}遺伝学者Spencer Wellsによると、ハプログループ P の祖先であるハプログループ K は、おそらく中東または中央アジアで発生した。^{[ 10 ]} Bergstorm et al. によると、（2016年）、オーストラリア先住民に見られるハプログループMとSの祖先であるハプログループK2b1と、ハプログループRとQの祖先であるハプログループP（K2b2）は、サフル近郊の東南アジアで分岐した。^[¹¹^]

ハプログループPクレードの頻度と多様性が最も高いのは東南アジア、特にマレー半島とフィリピンである。^{[ 12 ]}^{[ 5 ]}現在までに、祖先クレードK2bは39,000年前の天元人からのみ確認されている。^{[ 13 ]}

構造

ハプログループ P のサブクレードとその特徴的な変異: ^{[ 14 ]}^{[ 6 ]}

K2b

P（PF5850）
- P~ (P295/PF5866/S8、PF5870/F115/M1189/V1651)
  - P1~ (M1254...)
    - P1c ~ (M45/PF5962、P226/PF5879、...)
      - Q（M242、F4052/M1063/V1090、...）
      - R（P224、P227、P229、P232、P280、P285、L248.3/M705.3、...）
  - P2 (F20148、...)
    - P2a~ (B253/Z33760/Z33761/Z33762/Z33763)
    - P2b (F24883)
      - P2b1 (BY49600/Y145258、...)

分布

（注：チルダ（~）の接尾辞は、サブクレード名が概算であり、後日再定義される可能性があることを示しています。）

P* (P-PF5850)

P-PF5850*はマレーシアのジェハイ（またはジャハイ）族の男性のサンプルから発見された。^{[ 5 ]}^{[ 15 ]}

基底に近いサブクレードP-M295*（P~*、旧P*）は、フィリピンの少なくとも3人の生存個体から発見されている。^{[ 16 ]}

P(xP1~)

この側系統群は、概念的には、主要なサブクレードである P1 (PF5962) と P1c (M45) を除く P-P295 (または K2b2) のすべてのサブクレードを含み、したがって、2 つの主要なハプログループ Q と R (P1c のサブクレードとして) も除外します。チルダ (~) の接尾辞は、P-M45 が P1 から P1c に再定義されたことが比較的最近であること、および P2 (P-F20148) が発見されたことが比較的最近であることを示しています。したがって、古い研究に P1a、P1b、または P2 (いずれも SNP M45 によって定義されていない) が含まれているかどうかは必ずしも明確ではありません。したがって、古い文献で P* として報告されているケースの中には、P1 (M45) 以外の P のすべてのサブクレードが含まれている場合があります。

P(xP1~)は、島嶼東南アジア、南西太平洋、東アジアの様々なグループの間で低～中程度のレベルで存在している。^{[ 2 ]}

P(xP1~) は、オセアニア人や台湾のオーストロネシア人など、さまざまな古代集団から形成されたルソン島の先住民族であるアエタ族（またはアグタ族）の間で最も高い頻度で見られます。 ^[⁵^] P1*(xQ,R) は、シベリアと中央アジアの個人の間で最も一般的であり、南アジアではより低い頻度で見られます。^[¹^]^[²^]^[⁹^]^[¹⁷^]

P1

P1~* (P-M1254)

P1~*（P-M1254としても知られる）は、 19世紀に生きたアンダマン諸島の男性の遺骸からのみ知られている。 ^{[ 18 ]}^{[ 19 ]} P1は以前はSNP M45によって定義されていたが、M45を持たない個体の発見、およびハプログループP2を定義するSNPの発見により、M45はハプログループP1cに関連付けられるようになった（下記参照）。

P1c~ (P-P337)

Two long-deceased individuals from Siberia are known to have had P-P337 (P1c~*). One is the remains of an Upper Paleolithic individual from northeast Siberia, known as Yana 1, and the other is the Bronze Age remains known as I6950, from the Okunev culture of southern Siberia.^[19] Previously known as P1, this clade is often defined by the SNP M45, however, the YFull phylogeny tree has since excluded M45 because it has been found under at least one haplogroup outside haplogroup P.

P1c (P-M45)

P1c (P-M45; previously known as P1) has been found among the Ancient North Eurasian Yana individuals, who carried around 29–51% ancestry from an East Eurasian source related to the Tianyuan man (although those particular remains belong to K2b*).^[20]^[21]

Many modern ethnic groups with high frequencies of P1~, also known as P-M45 and K2b2a, are located in Central Asia and Siberia: 35.4% among Tuvans, 28.3% among Altai-Kizhi (PxQ-M3,R1),^[22] and 35% among Nivkh males.

§ May include members of haplogroup R2.

Q

シベリアのケット族ではほぼ普遍的（93.8%）である。前近代のネイティブアメリカンやセルクプ族では非常に一般的で、50～92%に達する。ナデネ族ではナバホ族で92.3%に達する。イヌイットの80%に存在する。^{[ 34 ]}また、シベリアのタタール人^{[ 35 ]} 、ニヴフ人、トゥヴァ人、チュクチ人、シベリアのエスキモー、北アルタイ人、ツァータン人^[³⁶^]、カラカルパクスタンのトルクメン人の73% ^[³⁷^]など、シベリアの人口では25～50%と一般的である。

R

唯一発見された基底R*（つまりR1またはR2に属さないもの）の事例は、ロシア連邦シベリアのイルクーツク州、バイカル湖の西にあるアンガラ川上流で発見された、後期旧石器時代のマルタ少年である。

R1

R2

ハプログループR2は、南アジアや南中央アジア、そしてロマ人などのディアスポラ集団で最も一般的である。

P2 (P-F20148)

P2a~ (P-B253)

フィリピンのルソン島に住むアエタ族（またはアグタ族）は、P2a（P-B253、以前はP2として知られていた）の既知の唯一のサンプルも提供している。^[⁵^]

注記

↑ SRY1532.2陽性、M17/M198未検査（％）
↑ SRY1532.2陽性、M17/M198陰性（％）
↑ SRY1532.2陽性、M17/M198陽性（％）
1 2 Bowden、Balaresqueらが研究のために最初に募集したサンプルは、通常のサンプリング戦略に従いました。研究対象地域に2世代居住していたという証拠があれば、特定の地理的地域に局在するDNAの研究に参加する資格があるとみなされました。彼らはこの「現代」グループを、彼らが募集した「中世」グループと比較しました。中世のグループには、祖先を示す追加の「文化的マーカー」が必要でした。
1 2北イングランドへのバイキング流入の時代にまで遡る可能性のある、地元（西ランカシャーまたはウィラル）の祖先を持つサンプルについては、ボーデン、バラレスクらは特別な包含基準を使用した。
「第2のサンプル（「中世」）の被験者には、少なくとも2世代にわたる居住歴があり、かつ、記録に残る最も古い父系祖先が該当地域で生まれていることが条件とされた。さらに、文書資料に基づき、1572年以前に該当地域に存在していた姓を名乗っていることも条件とされた。」
—ボーデン、バラレスク、他。 (2008)

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↑このパターンから、P-P295は東南アジア起源であり、その後、サブハプログループRとQの祖先がアジア大陸に拡大したという仮説が立てられます。別の説明としては、アジア全域で祖先P-P295*染色体が絶滅したという可能性が考えられます。これらのシナリオはどちらも簡潔です。インドネシアからアジア大陸へのP*染色体の移動、またはユーラシア大陸におけるP-P295*パラグループの絶滅のいずれかが考えられます。
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外部リンク

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[38] SRY1532.2陽性、M17/M198未検査（％）

[39] SRY1532.2陽性、M17/M198陰性（％）

[40] SRY1532.2陽性、M17/M198陽性（％）

[modern-59] 1 2 Bowden、Balaresqueらが研究のために最初に募集したサンプルは、通常のサンプリング戦略に従いました。研究対象地域に2世代居住していたという証拠があれば、特定の地理的地域に局在するDNAの研究に参加する資格があるとみなされました。彼らはこの「現代」グループを、彼らが募集した「中世」グループと比較しました。中世のグループには、祖先を示す追加の「文化的マーカー」が必要でした。

[medieval-61] 1 2北イングランドへのバイキング流入の時代にまで遡る可能性のある、地元（西ランカシャーまたはウィラル）の祖先を持つサンプルについては、ボーデン、バラレスクらは特別な包含基準を使用した。
「第2のサンプル（「中世」）の被験者には、少なくとも2世代にわたる居住歴があり、かつ、記録に残る最も古い父系祖先が該当地域で生まれていることが条件とされた。さらに、文書資料に基づき、1572年以前に該当地域に存在していた姓を名乗っていることも条件とされた。」
—ボーデン、バラレスク、他。 (2008)

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[8] このパターンから、P-P295は東南アジア起源であり、その後、サブハプログループRとQの祖先がアジア大陸に拡大したという仮説が立てられます。別の説明としては、アジア全域で祖先P-P295*染色体が絶滅したという可能性が考えられます。これらのシナリオはどちらも簡潔です。インドネシアからアジア大陸へのP*染色体の移動、またはユーラシア大陸におけるP-P295*パラグループの絶滅のいずれかが考えられます。

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起源と拡散

構造

分布

P* (P-PF5850)

P(xP1~)

P1

P1~* (P-M1254)

P1c~ (P-P337)

P1c (P-M45)

Q

R

R1

R2

P2 (P-F20148)

P2a~ (P-B253)

注記

参考文献

外部リンク

関連するトピック

ヒト遺伝学

Y染色体DNAハプログループ

ハプログループK2b（K-P331）

K2b1