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| 亜鉛フィンガー、C3HC4型（RINGフィンガー） | |||||||||
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 C3HC4ドメインの構造。[1]亜鉛イオンは黒い球体で、システイン残基（青）によって配位されている。 | |||||||||
| 識別子 | |||||||||
| シンボル | zf-C3HC4 | ||||||||
| パム | PF00097 | ||||||||
| ファム一族 | CL0229 | ||||||||
| エコド | 376.1.1 | ||||||||
| インタープロ | 著作権 | ||||||||
| 頭いい | SM00184 | ||||||||
| プロサイト | PDOC00449 | ||||||||
| SCOP2 | 1chc / スコープ / SUPFAM | ||||||||
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分子生物学において、RING （ Really Interesting New Geneの略）フィンガードメインは、2つの亜鉛カチオン（不連続に並んだ7つのシステインと1つのヒスチジン）を結合するC 3 HC 4アミノ酸モチーフを含むジンクフィンガータイプのタンパク質構造ドメインです。 [2] [3] [4] [5] このタンパク質ドメインには40〜60個のアミノ酸が含まれています。RINGフィンガーを含む多くのタンパク質は、ユビキチン化経路で重要な役割を果たしています。逆に、RINGフィンガードメインを持つタンパク質は、ヒトゲノムで最も大きなタイプのユビキチンリガーゼです。 [6]
亜鉛フィンガー
ジンクフィンガー（Znf）ドメインは、1つ以上の亜鉛原子に結合する比較的小さなタンパク質モチーフであり、通常、標的分子と直列に接触する複数の指のような突起を含みます。これらは、DNA、RNA、タンパク質、および/または脂質基質に結合します。[7] [8] [9] [10] [11]結合特性は、フィンガードメインのアミノ酸配列とフィンガー間のリンカーのアミノ酸配列、および高次構造とフィンガーの数によって異なります。Znfドメインはクラスターで見つかることが多く、フィンガーは異なる結合特異性を持つことができます。Znfモチーフには、配列と構造の両方が異なる多くのスーパーファミリーがあります。これらは、同じクラスのメンバー間でさえ、結合モードにかなりの多様性を示します（たとえば、いくつかはDNAに結合し、他はタンパク質に結合します）。これは、Znfモチーフが特殊な機能を進化させた安定した足場であることを示唆しています。例えば、Znf含有タンパク質は、遺伝子転写、翻訳、mRNA輸送、細胞骨格組織化、上皮発達、細胞接着、タンパク質折り畳み、クロマチンリモデリング、亜鉛感知に機能します。[12]亜鉛結合モチーフは安定した構造であり、標的に結合しても構造変化を起こすことはほとんどありません。
一部の Zn フィンガードメインは分岐してコア構造は維持しているものの、亜鉛を結合する能力は失われており、塩橋や他の金属との結合などの他の手段を使用してフィンガー状の折り目を安定させています。
関数
多くのRINGフィンガードメインはユビキチン化酵素とその基質に同時に結合し、リガーゼとして機能する。ユビキチン化は基質タンパク質を分解の標的とする。[13] [14] [15]
構造
RINGフィンガードメインは、コンセンサス配列C -X 2 - C -X [9-39] - C -X [1-3] - H -X [2-3] - C -X 2 - C -X [4-48] - C -X 2 - Cを有する。[2] ここで、
以下はRINGフィンガードメインの構造の概略図である：[2]
xxxxxx
xxxx さん
xxxx さん
xxxx さん
ＣＣＣＣ
x \ / xx \ / x
x 亜鉛 xx 亜鉛 x
C / \ HC / \ C
xxxx さん
xxxxxxxxxxxxxxx
例
RING フィンガードメインを含むタンパク質をコードする ヒト遺伝子の例には以下のものがあります。
AMFR、BARD1、BBAP、BFAR、BIRC2、BIRC3、BIRC7 、 BIRC8、BMI1、BRAP、BRCA1、CBL、CBLB、CBLC、CBLL1、CHFR、CNOT4、COMMD3、DTX1、DTX2、DTX3、DTX3L、DTX4、DZIP3、HCGV、HLTF、HOIL-1、IRF2BP2、LNX1、LNX2、LONRF1、LONRF2、LONRF3、MARCH1、MARCH10、MARCH2、MARCH3、MARCH4、MARCH5 、 MARCH6 、 MARCH7 、 MARCH8、MARCH9、MDM2、MEX3A、MEX3B、MEX3C、MEX3D、MGRN1、MIB1、MID1、MID2、MKRN1、MKRN2、MKRN3、MKRN4、MNAT1、MYLIP、NFX1、NFX2、PCGF1、PCGF2、PCGF3、PCGF4、PCGF5、PCGF6、PDZRN3、PDZRN4、PEX10、PHRF1、 PJA1、PJA2、PML、PML-RAR、PXMP3、RAD18、RAG1、RAPSN、RBCK1、RBX1、RC3H1、RC3H2、RCHY1、RFP2、RFPL1、RFPL2、RFPL3、RFPL4B、RFWD2、RFWD3、RING1、RNF2、RNF4、RNF5、 RNF6、RNF7、RNF8、RNF10、RNF11、RNF12、RNF13、RNF14、RNF19A、RNF20、RNF24、RNF25、RNF26、 RNF32 、RNF38、RNF39、RNF40、RNF41、RNF43、RNF44、RNF55 、 RNF71 、 RNF103、RNF111、RNF113A、RNF113B、RNF121、RNF122 、 RNF123 、 RNF125、RNF126、RNF128 、RNF130、RNF133、RNF135、RNF138 、 RNF139 、 RNF141、RNF144A、RNF145、RNF146 、 RNF148、RNF149、RNF150、RNF151、RNF152、RNF157 、 RNF165、RNF166、RNF167、RNF168、RNF169 、 RNF170、RNF175、RNF180、RNF181、RNF182、RNF185、RNF207、RNF213、 RNF215、RNFT1、SH3MD4、SH3RF1、SH3RF2、SYVN1、TIF1、TMEM118、TOPORS、TRAF2、TRAF3、TRAF4、TRAF5、TRAF6、TRAF7、TRAIP、TRIM2、TRIM3、TRIM4、TRIM5、TRIM6、TRIM7、TRIM8、TRIM9 、 TRIM10、TRIM11、TRIM13、TRIM15、TRIM17、TRIM21、TRIM22、TRIM23、TRIM24、TRIM25、TRIM26、TRIM27、TRIM28、TRIM31、TRIM32、TRIM33、TRIM34、TRIM35、TRIM36、TRIM38、TRIM39、TRIM40、TRIM41、TRIM42、TRIM43、TRIM45、TRIM46、TRIM47、TRIM48、TRIM49、TRIM50、TRIM52、TRIM54 、 TRIM55、TRIM56 、 TRIM58、TRIM59、TRIM60、TRIM61、TRIM62、TRIM63、TRIM65、TRIM67、TRIM68、TRIM69 、TRIM71 、 TRIM72、TRIM73、TRIM74、TRIML1、TTC3、UHRF1、UHRF2、VPS11、VPS8、ZNF179、ZNF294、ZNF313、ZNF364、ZNF451、ZNF650、ZNFB7、ZNRF1、ZNRF2、ZNRF3、ZNRF4、および ZSWIM2。
参考文献
- ^ Barlow PN、Luisi B、Milner A、Elliott M、Everett R (1994 年 3 月)。「1H 核磁気共鳴分光法による C3HC4 ドメインの構造。亜鉛フィンガーの新しい構造クラス」。J. Mol. Biol . 237 (2): 201–11。doi : 10.1006 /jmbi.1994.1222。PMID 8126734 。
- ^ abc Borden KL、Freemont PS (1996)。「RINGフィンガードメイン：配列構造ファミリーの最近の例」。Curr . Opin. Struct. Biol . 6 (3): 395–401. doi :10.1016/S0959-440X(96)80060-1. PMID 8804826。
- ^ Hanson IM、Poustka A、Trowsdale J (1991)。「ヒト主要組織 適合遺伝子複合体のクラスII領域における新しい遺伝子」。ゲノミクス。10 (2): 417–24。doi : 10.1016 /0888-7543(91)90327-B。PMID 1906426 。
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- ^ Lovering R, Hanson IM, Borden KL, Martin S, O'Reilly NJ, Evan GI, Rahman D, Pappin DJ, Trowsdale J, Freemont PS (1993). 「ジンクフィンガーに関連するタンパク質モチーフの同定と予備的特徴付け」Proc. Natl. Acad. Sci. USA . 90 (6): 2112–6. Bibcode :1993PNAS...90.2112L. doi : 10.1073/pnas.90.6.2112 . PMC 46035 . PMID 7681583.
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- ^ Freemont PS (2000). 「破壊のためのRING?」Curr. Biol . 10 (2): R84–7. doi : 10.1016/S0960-9822(00)00287-6 . PMID 10662664.
外部リンク
- 米国国立医学図書館医学件名標目表(MeSH)の RING+Finger+Domains