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鞭毛虫とは、鞭毛と呼ばれる鞭状の付属器官を1つ以上持つ細胞または生物のことである。鞭毛虫という言葉は、多くの原核生物や真核生物に特徴的な特定の構造（または組織レベル）と、それらの運動手段も表す。現在、この用語は鞭毛を持つ生物の特定の関係や分類を意味するものではない。しかし、 「鞭毛虫」という用語の派生語（「渦鞭毛虫」や「襟鞭毛虫」など）は、より正式に特徴づけられている。[ 1 ]
真核生物の鞭毛は、特徴的な配置で微小管によって支えられており、2本の中央の単微小管を9対の融合した微小管が取り囲んでいます。これらは基底体から生じます。一部の鞭毛虫では、鞭毛が食物を細胞口または口に導き、そこで食物が摂取されます。鞭毛は真核生物の分類において重要な役割を果たします。
原生生物や微小動物の中で、鞭毛虫とは1本以上の鞭毛を持つ生物のことである。他の動物の細胞の中にも鞭毛を持つものがあり、例えばほとんどの動物門の精子などが挙げられる。顕花植物は鞭毛細胞を作らないが、シダ植物、コケ植物、緑藻類、裸子植物や近縁植物の中には鞭毛を持つものがある。[ 2 ]同様に、ほとんどの菌類は鞭毛を持つ細胞を作らないが、原始的な菌類であるツボカビ類は鞭毛を持つ。[ 3 ]多くの原生生物は単細胞の鞭毛虫の形態をとる。
鞭毛は一般的に推進 に使用されます。また、食物を運ぶ流れを作るためにも使用されることがあります。このような生物のほとんどでは、1本以上の鞭毛が細胞の前方またはその近くに位置しています（例：ミドリムシ）。多くの場合、1本は前方に、もう1本は後方に伸びています。人間の健康や経済に影響を与える寄生虫の多くは、ネグレリア、トリコモナス、マラリア原虫など、少なくとも生活環の1つの段階で鞭毛虫です。[ 4 ] [ 5 ]鞭毛虫は、水生生態系における一次および二次生産の主要な消費者であり、細菌や他の原生生物を消費します。
多細胞生物の特殊化した細胞として、またはライフサイクル段階として、真核生物群における鞭毛細胞の出現の概要を以下に示します（鞭毛に関する記事も参照してください）：[ 6 ] [ 7 ] [ 8 ]
従来の分類では、鞭毛虫類は鞭毛虫類（鞭毛虫綱）に分類され、植物鞭毛虫類（植物鞭毛虫綱、主に独立栄養性）と動物鞭毛虫類（動物鞭毛虫綱、従属栄養性）に分けられることもあった。また、肉質虫類（アメーバ類）とともに肉質鞭毛虫類に分類されることもあった。
独立栄養性鞭毛虫は、対応する藻類グループに使用される植物学的分類体系と同様にグループ化された。無色の鞭毛虫は慣習的に3つのグループに分類されたが、これは非常に人為的である。[ 11 ]
現在、これらのグループは非常に多系統であることが知られています。原生生物の現代の分類では、主要な鞭毛を持つ分類群は、鞭毛を持たない形態も含む以下の真核生物グループに分類されます（ここで「A」、「F」、「P」、「S」はそれぞれ独立栄養、自由生活従属栄養、寄生、共生を表します）。[ 12 ] [ 13 ]
分類群であるFlagellataは廃止されましたが、「flagellate」という用語は、組織レベルの記述として、また生態学的機能グループとしても使用されています。別の用語として、 monadから派生した「monadoid」があります。[ 15 ] Monas、Cryptomonas、および上記のグループのように。
アメーボ鞭毛虫類（例えば、リザリア属のセルコモナス、一部のアメーボゾア類のアルカメーバ類、一部のエクスカベータ類のヘテロロボセア）は、鞭毛と偽足が同時または順次出現する独特な鞭毛虫/アメーボ型組織構造を持ち、一方、ヘリオ鞭毛虫類（例えば、セルコゾア類のヘリオモナス類/ディモルフィド類、ストラメノパイル類のペディネリド類およびシリオフリド類）は、鞭毛虫/ヘリオゾア型組織構造を持つ。[ 16 ]