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日本におけるユダヤ人の歴史は16世紀に遡り、現代に至るまで断続的に存在し続けている。初期のユダヤ人は16世紀にポルトガル人とともに日本に渡り、多くは船乗りや商人であった。20世紀初頭から中頃にかけては小規模なユダヤ人コミュニティが存在し、迫害や政情不安から逃れてきたユダヤ人難民が日本に定住したことで、その規模は拡大した。第二次世界大戦後、多くの日本人ユダヤ人がイスラエルに移住し、その後、人口は大幅に減少した。現在、日本に住むユダヤ人のほとんどは、国外在住者か一時滞在者である。
日本に最初に到着したとされるユダヤ人は、1543年頃、ポルトガル人とともに現れた。これには、スペインの支配下にあったナポリに追放されたユダヤ人船員や、1492年のスペイン人追放の際にカトリックに改宗したユダヤ人が含まれる。その後、一部の人々は出島の交易拠点に留まった。1587年、これらの入植者の一部は日本国内のさらに奥地へと移住し、少なくとも1人のユダヤ人商人が近畿地方の淀川流域に到着したことが知られている。そこには既にキリスト教徒が存在していた。
最近のユダヤ人入植者は横浜に住んでいた。1895年までにこのコミュニティは約50家族になり、国内初のシナゴーグを献堂した。ユダヤ人は1880年代に長崎にも入植した。長崎は重要な港町であったため、ロシアのポグロムから逃れてきたユダヤ人にとってアクセスしやすかった。[ 1 ]
長崎のユダヤ人コミュニティは横浜のユダヤ人コミュニティよりもはるかに大きかったが、日露戦争の影響で大部分が崩壊し、トーラーの巻物は神戸のユダヤ人コミュニティに引き継がれた。1923年までは横浜のユダヤ人コミュニティが最大だったが、1923年の関東大震災後、多くの人々が神戸に移住し、神戸のユダヤ人コミュニティは著しく成長した。[ 1 ]
1900年代初頭から中頃にかけての神戸のユダヤ人コミュニティは、主に現在のイラク、シリア、イエメン、イラン、および中央アジアや中東の他の地域出身のロシア系、ドイツ系、バグダッド系ユダヤ人で構成されていた。中央ヨーロッパや東ヨーロッパのユダヤ人は経済的な理由で日本にやって来たが、1930年代には大陸の発展により、
東京のユダヤ人コミュニティは、第二次世界大戦後、アメリカによる日本占領中、そしてその後まで小規模だった。[ 1 ]長崎のユダヤ人コミュニティは1945年に消滅した。
日本の反ユダヤ主義は第一次世界大戦後に高まり、その一因はロシアの十月革命への反動であった。しかしながら、日本政府はこの革命後、ロシアのユダヤ人難民を支援するためにユダヤ人コミュニティと協力した。[ 1 ] 1930年代には、 1936年と1940年にドイツと締結された条約や、「ユダヤ人の脅威」に対する日本国民の反感を煽るプロパガンダ活動により、反ユダヤ主義はさらに蔓延した。[ 2 ]
個々の外交官や政治家の間ではユダヤ人に対する態度は一様ではなく、多くは反ユダヤ主義と戦おうとし、日露戦争への参加により日本はユダヤ人に恩義があると主張した。[ 2 ]
日本の外交官、杉原千畝はポーランド人やユダヤ人の難民に通過ビザを発給した。発給されたビザの正確な数は不明だが、彼が5千人から6千人のユダヤ人が日本経由で脱出するのを助けたと推定されている。[ 3 ]
第二次世界大戦中、ユダヤ人に対する日本の政策は、ある国の市民権を持つ者はその国の国民と同じ扱いを受けるべきであり、無国籍者とされたユダヤ人（典型的には市民権を剥奪されたドイツ系ユダヤ人やポーランド系ユダヤ人）は、ロシア人に対する扱いと同様に、人種的特徴を理由に監視下に置かれるというものであった。[ 2 ]
日本占領下のマラヤでは、ユダヤ人に対する嫌がらせの個別事例や、一部のユダヤ人が収容所に拘束された事例はあったものの、戦争期間を通じて、ユダヤ人全体としては中立国の市民と比べて劣悪な扱いを受けることはなかった。例外の一つは、フランス領インドシナに対し、反枢軸の立場をとる中立国の市民と同様のユダヤ人に対する制限を設けるよう要請したことである。[ 2 ]
日本および上海などの日本占領地におけるユダヤ人が直面した主な問題は、難民のための物資と資金の不足であった。[ 2 ]
戦後間もない時期は、日本のユダヤ人コミュニティを劇的に変容させ、人口の中心は神戸から東京へと移った。神戸は戦前の入植者（主にロシア人、バグダッド人、ドイツ人難民）の中心地であったが、戦後、多くの人々がイスラエル、米国、その他の目的地へと移住したため、神戸のユダヤ人人口は大幅に減少した。対照的に、東京のユダヤ人コミュニティは当初、連合国占領期（1945～1952年）に駐留していたアメリカのユダヤ人軍人と従軍牧師によって支配されていた。この時期には、中国内戦とその後の中国共産党政権樹立から逃れて東京に定住したロシア系ユダヤ人を中心とした「第四波」のユダヤ人移民も現れた。この新たな流入により、それまで周縁的であった首都における組織的なユダヤ人コミュニティの確立が促進された。[ 4 ] [ 5 ]
東京における近代ユダヤ人コミュニティの組織化は1950年代初頭に固まった。現在、日本ユダヤ人コミュニティ（JCJ）として知られるユダヤ人コミュニティセンター（JCC）は、1951年に中国から移住してきたロシア系ユダヤ人移民による社交クラブとして設立された。急速に発展し、1953年には世界ユダヤ人会議に加盟し、同年、常設のコミュニティセンターを開設した。このセンターは、宗教、教育、社会活動の中心となった。コミュニティの設立は、昭和天皇の兄であり、親ユダヤ主義者でセム語学者として知られる三笠宮をはじめとする日本の高官から歓迎されたことで注目された。JCCは後に、シナゴーグとミクヴェ（儀式用の浴場）が1968年に増設され、総合的な宗教施設となった。 [ 6 ]
正式に設立されて以来、日本のユダヤ人コミュニティは比較的小規模ながら活気に満ちており、主に外資系企業や銀行に勤務するイスラエル人やアメリカ人などの外国人居住者で構成されている。ほとんどのメンバーが数年しか滞在しないため、人口の入れ替わりが激しいのが特徴である。このような流動性にもかかわらず、東京のJCJはユダヤ人生活の中心地であり続けている。神戸にも、歴史的に重要な関西ユダヤ人コミュニティがあり、オヘル・シェロモ・シナゴーグがある。近年の数十年間、特に1990年代以降、イスラエルと日本の関係が強化されるにつれて、コミュニティにはイスラエル人居住者が増加し、東京と神戸の両方にチャバド・センターが設立され、追加のリソースが提供され、国内のユダヤ教の宗教的表現の多様性に貢献している。[ 6 ]