分子生物学のためのインテリジェントシステム

分子生物学のためのインテリジェントシステム
ISMB 2016 ロゴ
頻度	毎年
場所	カナダ、アルバータ州、カルガリー（2028） 未定（2027年） ワシントン D.C.、アメリカ合衆国(2026) リバプール、イングランド、イギリス(2025) モントリオール、ケベック、カナダ(2024) リヨン、フランス（2023） マディソン、ウィスコンシン州、アメリカ合衆国(2022) バーチャルイベント（2021） バーチャルイベント（2020） バーゼル、スイス（2019） シカゴ、イリノイ州、アメリカ合衆国(2018) プラハ、チェコ共和国(2017) オーランド、フロリダ州、アメリカ合衆国(2016) ダブリン、レンスター、アイルランド(2015) ボストン、マサチューセッツ州、アメリカ合衆国(2014) ベルリン、ドイツ（2013） ロングビーチ、カリフォルニア州、アメリカ合衆国(2012) オーストリア、ウィーン（2011） ボストン、マサチューセッツ州、アメリカ合衆国(2010) ストックホルム、スウェーデン(2009) トロント、オンタリオ州、カナダ(2008) オーストリア、ウィーン（2007年） フォルタレザ、セアラ、ブラジル(2006) デトロイト、ミシガン州、アメリカ合衆国(2005) グラスゴー、スコットランド、イギリス(2004) ブリスベン、クイーンズランド、オーストラリア(2003) エドモントン、アルバータ州、カナダ(2002) コペンハーゲン、デンマーク(2001) ラホヤ、カリフォルニア州、アメリカ合衆国(2000) ハイデルベルク、ドイツ(1999) カナダ、ケベック州モントリオール（ 1998年） ハルキディキ、ギリシャ(1997) アメリカ合衆国ミズーリ州セントルイス(1996 ) ケンブリッジ、イングランド、イギリス(1995) パロアルト、カリフォルニア州、アメリカ合衆国(1994) ベセスダ、メリーランド州、アメリカ合衆国(1993)
活動年数	31
前回のイベント	2023年
次のイベント	2024年
出席	2,000 [1]
主催	テレサ・プシティツカ、ピエール・バルディ(2016 椅子)
メンバー	国際計算生物学会
Webサイト	詳しくはこちら

分子生物学のためのインテリジェントシステム（ISMB ）は、国際計算生物学会（ISCB）が主催する、バイオインフォマティクスと計算生物学をテーマにした年次学術会議です。会議の主な焦点は、生物学的問題に対する高度な計算方法の開発と応用です。この会議は1993年以来毎年開催されており、この分野で最大かつ最も権威のある会議の1つに成長し、2004年には2,000人を超える代表者を迎えました。^{[1] [2]最初の会議から、ISMBは世界各地で開催され、2007年以降はヨーロッパと北米で交互に開催されています。2004年以降、ヨーロッパでの会議は}、ヨーロッパ計算生物学会議（ECCB） と共同で開催されています。

ISMB の主要会議は通常 3 日間にわたって開催され、プレゼンテーション、ポスター セッション、基調講演で構成されます。プレゼンテーションのほとんどは複数のトラックで並行して行われますが、基調講演は単一のトラックで行われ、バイオインフォマティクスの優れた研究を反映するように選択されます。著名な ISMB 基調講演者には、8 人のノーベル賞受賞者が含まれています。ISCBオーバートン賞およびISCB 上級科学者賞の受賞者は、プログラムの一環として基調講演を行うよう招待されています。会議の議事録は現在、 Bioinformatics誌で出版されています。

ISMB会議の起源は、1991年11月に開催された分子生物学に関心を持つ人工知能研究者のためのワークショップにあります。 ^[3]このワークショップは、当時メリーランド州ベセスダにある米国国立衛生研究所の国立医学図書館（NLM）の機械学習プロジェクトのディレクターであったアメリカ人研究者ローレンス・ハンターによって組織されました。^[4] 1992年にNLMと国立科学財団が主催した同じテーマのその後のワークショップでは、この分野で定期的な国際会議が必要であることが明らかになりました。そのような会議は、急速に台頭している人工知能の応用としての分子生物学に捧げられる予定でした。^[5] AAAI、NIH、および米国エネルギー省健康環境研究局に助成金を申請して成功し、最初のISMB会議は1993年7月にNLMで開催されました。この会議はハンター、デイビッド・サールズ（ペンシルベニア大学医学部研究准教授）、ジュード・シャヴリク（ウィスコンシン大学マディソン校コンピュータサイエンス助教授）が議長を務め、13か国から200人を超える参加者を集め、^[4] 69件の科学論文が提出された。^[3]

第 1 回会議の成功を受けて、会議の最後に第 2 回 ISMB 会議の開催が発表されました。ISMB 1994 は当初シアトルで開催される予定でした。しかし、競合する会議があったため、ISMB は急遽会場を変更せざるを得ませんでした。会議は1994 年 8 月にスタンフォード大学で開催され、スタンフォード大学医学部の研究者Russ Altmanが主催しました。^[3]会議の国際的側面を強調するため、ISMB 1995 はケンブリッジのロビンソン カレッジで開催されました。ISMB 1995 は会議の焦点の転換も示しました。ISCBの理事でスペイン国立バイオインフォマティクス研究所所長のAlfonso Valencia は、1995 年に「会議はコンピューター サイエンスをベースとした会議から、進歩を遂げるには生物学にもっと重点を置く必要があると誰もが認識するようになった」と述べています。^[3]

ISMB 1997はギリシャのハルキディキで開催され、国際計算生物学会（ISCB）の設立のきっかけとなった。 ^[5] ISCBは、ISMB会議の科学的、組織的、財政的側面のすべてを管理し、生物学におけるコンピュータの新たな役割について科学者が議論する場を提供することに重点を置いて設立された。ISCBは1998年以来、ISMB会議シリーズの開催を支援している。^[2] ISCB設立後の期間は、ISMB参加者数の増加も特徴としており、ISMB 2000（カリフォルニア大学サンディエゴ校で開催）には1,000人を超える代表者が参加し、^[1] 141本の科学論文が提出された。^[3]この会議は、規模の制限により、ISMBが大学で開催された最後の会議でもあった。^[1]

2004 年、ISMB は初めてヨーロッパ計算生物学会議と共同開催されました。この会議は、遺伝子、タンパク質、およびコンピューター会議とも共催されました。英国グラスゴーで開催されたこの会議は、これまで開催されたバイオインフォマティクス会議としては最大規模となり、 ^[6] 2,136 人の代表者が参加し、496 本の科学論文が提出されました。^[7] Alfonso Valencia は、ISMB/ECCB 2004 を ISMB の歴史における重要な節目と見なしています。「ヨーロッパと米国のバランスが会議の重要な部分となった最初の会議でした。ここで、アメリカ人とヨーロッパ人の間のルールと方法、そして協力の精神を確立しました。」^[3]この共同会議の成功により、将来のヨーロッパ ISMB 会議が ECCB と共同で開催される道が開かれました。^[3]

2006年末までに、ISCBは財政難に陥った。2つの会議（ISMB 2003、ブリスベン、ISMB 2006、フォルタレザ）は開催場所の都合上参加者数が大幅に減少し、それに応じて収入も減少した。^[8]より多くの代表者が参加できるように、会議の開催地を北米とヨーロッパに限定することが決定された。2007年1月、ISMBとECCBは、ISMB/ECCB 2007を皮切りに、隔年でヨーロッパで合同会議を開催することに合意した。 ^[2]合同会議の間の年には、ISMBは北米で開催される。2016年現在^{[アップデート]}、このパターンは少なくとも2019年までは続くことが確認されている。ISMB/ECCB 2007（オーストリア、ウィーンで開催）は、ISCBが主催に全面的に責任を負った最初の会議となった。^[1]ウィーンは、ISMB/ECCB 2011でISMBを2度開催した最初の都市となった。この「再開催」は、適切な会議会場を見つけるために必要な労力の増大を減らすことを目的とした実験だった。ウィーンへの再開催は価格上昇のため部分的にしか成功しなかったとみなされたが、ボストン（ISMB 2010と2014を開催）はISMBが定期的に再開催できる「安全な」会場になると予測されている。^[1]

ISMBは、カリフォルニア州ロングビーチで開催されたISMB 2012で20回目の会議を祝いました。このイベントには約1,600人の代表者が集まり、^[1] 268本の科学論文が提出されました。^{[3] Richard H. LathropとLawrence Hunterは、以前のISMB会議を振り返り、}バイオインフォマティクスの分野が将来どこに向かうのかを予測する特別基調講演を行いました。 ^{[9] ISMB / ECCB 2013は}ドイツのベルリンで開催され、約2,000人の代表者が参加し、233本の科学論文が提出されました。^[10]

ISMBのメイン会議は通常3日間にわたって開催され、プレゼンテーション、ポスターセッション、基調講演で構成されます。^[1]

ISMB での学術論文は、伝統的に単一のトラックで発表されていました。^[3] ISMB 1994 での発表はさらに 3 つのテーマ日に分割され、それぞれタンパク質の二次構造予測、配列分析、AI 技術、生化学アプリケーションに焦点が当てられました。 ^{[4] ISMB の参加者が増加するにつれて、単一のトラックのアプローチはますます持続不可能になり、ISMB/ECCB 2004 で 2 つの並行トラックが導入されました。さらに拡大し、ISMB 2012 までには、複数の}プロシーディングトラック、ハイライト トラック、テクノロジー トラックを含む9 つの並行トラック^{[1]で 200 件を超える講演が行われました。ISMB への並行トラックの導入は議論を巻き起こしました。Christopher Rawlings (} Rothamsted Researchの計算およびシステム生物学部門長で、ISMB 1995 の主催者) は次のように述べています。「AI インテリジェント システム モデルにさらに重点を置き、全員がすべてに参加する会議にしたいと考える人がたくさんいました。しかし、規模が大きくなりすぎました。それは不可能でした。」^{[3]提出された}プロシーディングペーパーの数が増えるにつれて、採択率は1994年の75％から2012年の13％に劇的に減少しました。^[3] 1993年から2000年までのISMBプロシーディングはAAAI Pressによって出版されました。ISMB 2001以降、プロシーディングはBioinformaticsジャーナルに掲載されています。^{[11] [12]} ISMBで発表されたポスターの数も劇的に増加しました。ISMB 1994では25のポスターが発表されました。 ^[4]最近のISMB会議では、500〜1,000のポスターが複数のポスターセッションで発表されています。^[1]

基調講演は単一のトラックで行われ、通常最も多くの聴衆を集めます。^{[2]これらのプレゼンテーションは、}バイオインフォマティクスの分野における優れた研究を強調するために選ばれます。著名なISMB基調講演者には、8人のノーベル賞受賞者が含まれています：リチャード・J・ロバーツ（1994年、2006年の基調講演者）、ジョン・サルストン（1995年）、マンフレッド・アイゲン（1999年）、ジェラルド・エーデルマン（2000年）、シドニー・ブレナー（2003年）、クルト・ヴュートリッヒ（2006年）、ロバート・フーバー（2006年）、マイケル・レヴィット（2015年）。^{[5] [13] [14]}

2012年現在、^{[アップデート]}ISMBは150万ドルを超える予算で運営されており、収益は他のISCB会議（ISCB-ラテンアメリカ、ISCB-アフリカ、ISCB-アジア、ロッキーマウンテンバイオインフォマティクス会議、CSHALS、グレートレイクバイオインフォマティクス会議）の合計の4倍に上ります。^[1]標準登録料（2013年現在）は、ISCB会員の学者の場合は約1,000ドル（非会員の場合は1,350ドル）で、学生はより安く、企業代表者の場合はより高くなります。早期登録には割引があります。^[15]

ISMBでは第1回会議以来、会議前のチュートリアルが重要な役割を果たしてきました。^[2] ISMB 1994のチュートリアルには、遺伝的アルゴリズム、ニューラルネットワーク、分子生物学者向けのAI 、コンピューター科学者向けの分子生物学の紹介が含まれていました。^[4]計算質量分析に基づくプロテオミクスとENCODEデータアクセスに関するチュートリアルは、ISMB/ECCB 2013で発表されました。^[16]

1990年代後半にISMBへの参加者が増えると、メインカンファレンスと並行していくつかのサテライトミーティングと特別興味グループ（SIG）ミーティングが開催されました。SIGミーティングはメインカンファレンスの1日か2日前に開催され、特定のトピックに焦点を当てているため、メインカンファレンスよりも詳細な議論が可能です。^[17]注目すべきSIGミーティングには、2000年から毎年開催されているバイオインフォマティクスオープンソースカンファレンス（BOSC） ^[18]や、1998年から毎年開催されているバイオオントロジー^[19]などがあります。サテライトミーティングは通常2日間開催され、ISMBと併せて開催されます。第12回CAMDAカンファレンスと第9回3DSIGミーティングは、ISMB/ECCB 2013のサテライトミーティングとして開催されました。^{[20] [21]}

ウィキメディア・コモンズには、分子生物学のためのインテリジェントシステムに関連するメディアがあります。

• 欧州計算生物学会議(ECCB)
• 太平洋バイオコンピューティングシンポジウム(PSB)
• 計算分子生物学研究(RECOMB)