ユアン・バーニー

ユアン・バーニー CBE FRS FMedSci
2014年のユアン・バーニー
生まれる	ジョン・フレデリック・ウィリアム・バーニー[8] [9] [10] ( 1972-12-06 )1972年12月6日（52歳）[11] [12] [13] [14] パディントン、ロンドン、[13]イングランド
その他の名前	ユアン・バーニー ジョン・バーニー[7]
教育	イートン・カレッジ
母校	オックスフォード大学（BA） ケンブリッジ大学（博士号）
知られている	ジーンスウィープ[15] ENCODEコンソーシアム[16] Ensemblゲノムデータベースプロジェクト[17]
配偶者	バーリー・レイコック ​ （ 2003年生まれ）  [13] [18]
子供たち	2 [13]
受賞歴	クリック講演（2003）[1] オーバートン賞（2005年）[2] ベン・フランクリン賞（2005年） EMBO会員（2012年）[3] [4]
科学者としてのキャリア
フィールド	バイオインフォマティクス[5] ゲノミクス[5] 計算生物学[5]
機関	ケンブリッジ大学 欧州バイオインフォマティクス研究所 欧州分子生物学研究所 オックスフォードナノポアテクノロジーズ ゲノミクスイングランド サンガー研究所 コールドスプリングハーバー研究所
論文	バイオインフォマティクスにおける配列アライメント (2000)
博士課程の指導教員	リチャード・ダービン[6]
Webサイト	www.ebi.ac.uk/people/person/ewan-birney

ジョン・フレデリック・ウィリアム・バーニー（通称ユアン・バーニー）CBE FRS FMedSci ^{[19] [20]}（1972年12月6日生まれ）^{[21] [11] [13] [14]は、}ケンブリッジシャー州ヒンクストンにあるEMBLの欧州バイオインフォマティクス研究所（EMBL-EBI）^{[22] [23] [24]}の共同所長であり、欧州分子生物学研究所（EMBL）の副所長でもある。^{[25]彼はまた、}ゲノミクス・イングランドの非常勤取締役、^[26]ゲノミクスと健康のための世界同盟（GA4GH）の議長^{[27] [28]}、ケンブリッジ大学のバイオインフォマティクスの名誉教授も務めている。^{[29]バーニーは革新的な}バイオインフォマティクスと計算生物学ツールの開発を通じて、ゲノミクスに多大な貢献をした。 ^{[1]彼は以前、}ウェルカム・トラスト・サンガー研究所の准教授を務めていた。^[30]

バーニーはイートン校でオプピダン奨学生として私立教育を受けた。^{[13] [31]}大学に行く前に、バーニーはジェームズ・ワトソン^{[14] [32]}とエイドリアン・クレイナー^{[32] [33] [34]}の指導の下、コールド・スプリング・ハーバー研究所でギャップイヤーのインターンシップを完了した。

バーニーは1996年にオックスフォード大学で生化学の学士号を取得し、同大学ベリオル・カレッジの学部生となった。^{[13] [14] [35]彼は、ケンブリッジ大学}セント・ジョンズ・カレッジの大学院生として在籍中に、リチャード・ダービン^[6]の指導の下、サンガー研究所で博士号を取得した。^[36]彼の博士研究では、配列アライメントに動的計画法^[37]、有限状態機械、確率オートマトンを使用した。^[6]

学生時代にはボルチモア市長室でインターンシップをし、スイス銀行ではオプションの評価に関する金融サービスにも携わった。^{[31] [32] [いつ? ]}

2000年から2003年にかけて、バーニーはゲノム科学コミュニティのためにGeneSweep ^{[38] [15]}と呼ばれる科学的な賭けと宝くじを企画し、ヒトゲノム中の遺伝子（および非コードDNA ^[39] ）の総数の推定値を賭けた。 ^{[32] [40] [41]}

バーニーは、 Ensemblゲノムブラウザやその他のデータベースの創設者の一人であり、 2000年のヒトゲノムの配列決定やENCODEプロジェクトにおけるゲノム機能の解析に携わってきた。^{[41] [42]}彼は、ヒト、^[43]マウス、^[44]ニワトリ^[45]および他のいくつかの生物のゲノム配列の注釈付けに携わってきた。彼の研究グループは、計算ゲノム学とヒトおよび他の動物の個体間差異に焦点を当てている。^{[18] [22] [24] [39] [46] [47] [48] [49] [50] [51]}

バーニーはENCODEコンソーシアムでの役割で知られている。^{[5] [41] [52] [53] [54] [55] [56]} ENCODEプロジェクト以前、バーニーは直接（PairWise、^[57] GeneWise、^[58] GenomeWise、^[59]）、または学生やポスドクと共同で、例えばExonerate [ ^60]（Guy Slaterと共著）、Enredo（Javier Herrero ^{[61] ）、Pecan（Benedict Paten [62]}）、 Velvetアセンブラー（Daniel Zerbino ^[63] ）、CRAM（Markus Hsi-Yang Fritz、^[64] Rasko Leinonen ^[65]およびVadim Zalunin）などの、広く使用されているバイオインフォマティクスおよび計算生物学ツールの作成に携わってきた。バーニーは、 Pfam ^[66]データベース、InterPro [ ^67] BioPerl [ ^68] [ ^69] HMMER ^[70]やEnsemblゲノムデータベースプロジェクト^[71]など、他のいくつかのプロジェクトにも貢献しています。

2015年現在^{[アップデート]}、バーニーの研究グループはゲノムアルゴリズムと、人間と他の種の両方における個体間差異の研究に焦点を当てています。彼は、彼の研究室で働く数人の博士課程の学生^[72]とポスドク研究者を指導してきました。 ^{[73] [74] [ 75 ] [76] [64] [77] [ 78] [62] [79] [80] [ 81] [82 ] [83]彼の研究は}、バイオテクノロジーおよび生物科学研究会議（BBSRC）、医学研究会議（MRC）^[84]国立ヒトゲノム研究所（NHGRI）^[10]ウェルカムトラストおよび欧州連合によって資金提供を受けています。^[85]

バーニーはオックスフォード・ナノポア・テクノロジーズのコンサルタントを務めている^[86]ほか、ノリッジのアーラム研究所（旧TGAC）の科学諮問委員会にも所属している。 ^{[87] [88]} 2022年からはイートン・カレッジの理事会にも所属している。^[89]また、バイオテクノロジー・生物科学研究評議会（BBSRC）、ドイツがん研究センター（DKFZ）、がん研究所（ICR）、オンタリオがん研究所（OICR）、パスツール研究所、理化学研究所の理事も務めている。^[90]

2002年、バーニーはMITテクノロジーレビューの TR100で35歳以下の世界トップ100イノベーターの一人に選ばれた。 ^[91] 2003年、彼は王立協会で初のフランシス・クリック講演を行った。^[1] 2005年、彼はオープンソースバイオインフォマティクスの提唱、BioPerlコミュニティへの貢献、Ensemblゲノムアノテーションプロジェクトのリーダーシップにより、国際計算生物学会（ISCB）からオーバートン賞を受賞した。^{[2] 2005年、バーニーはバイオ}インフォマティクスにおけるベンジャミン・フランクリン賞を受賞した。^[92]

推薦者の発言にあるように、バーニー氏はバイオインフォマティクスと科学のオープンソース化において大きな影響力を持っており、ゲノム情報をすべての人が自由に利用できるようにすることを強く主張してきました。Ensembl プロジェクトの共同リーダーとしての彼の仕事により、高品質のゲノム注釈が Web 上で無料で利用できるようになり、独占データの購読料を支払う余裕のある研究室とそうでない研究室の階級制度が阻止されました。このプロジェクトは、データにアクセスしやすく、簡単にマイニングできるように、さまざまな方法でデータを利用できるように懸命に取り組んできました。Ensembl プロジェクトは当初からオープンソースであり、研究者も企業もソフトウェア システムを再利用および拡張できます。バーニー氏はオープン サイエンスの支持者でもあり、ショーン エディ氏とともに、ゲノム配列データを公開せずに論文を出版することを許可するジャーナルの決定を批判しました。また、ゲノム注釈パイプラインの重要な部分である、無料で利用できる Wise ツール パッケージの作者でもあります。彼はオープンソースのバイオインフォマティクスツールキット Bioperl の共同リーダーを務めており、また、いくつかのバイオインフォマティクスツールキットの開発をサポートする組織であるOpen Bioinformatics 財団の共同設立者で、現在は会長を務めています。

バーニーは2012年に欧州分子生物学機構（EMBO）^[3]の会員に選ばれ^[4]、2014年に王立協会（FRS）のフェローに選出された^{[9] [1]}。彼の選出および立候補証明書には次のように記されている。^[19]

Ewan は、アルゴリズムと統合解析の両方におけるゲノム解析の革新により、ゲノミクス界の有力者となりました。彼は、ヒトゲノム解析とその後のゲノム解析で使用された、最初のエラー耐性のあるスプライス認識型 タンパク質アライメントプログラムを作成しました。また、最初で最も広く使用されているショート リード アセンブラの 1 つを共同執筆しました。データ統合の点では、Ewan は多くのゲノム コンソーシアム、特にENCODEでの解析を主導し、多くのゲノム アッセイの統合を主導しました。たとえば、エンハンサー、プロモーター、およびそれらの疾患関連領域との統合について堅牢な予測を行っています。また、広く使用されているバイオインフォマティクス リソースの共同開発も数多く行っています。

バーニーは、2014年にロンドンのブルネル大学^[93]、2021年にエストニアのタルトゥ大学^[94]から名誉理学博士号（DSc）を授与されています。2015年、バーニーは医学アカデミー（FMedSci）の会員に選出されました。^{[20]バーニーは}、2019年の新年叙勲で大英帝国勲章（CBE）のコマンダーに任命されました。^{[95] [7]}

バーニーは2003年に結婚し^[18]、2人の子供がいる。^[13]

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