スティーブン・ザルツバーグ

スティーブン・ザルツバーグ
2018 年の生物データ サイエンス カンファレンス (CSHL) でのスティーブン ザルツバーグ氏
生まれる	スティーブン・ロイド・ザルツバーグ 1960年（63～64歳）
母校	イェール大学 ハーバード大学
知られている	グリマー[3] マーマー[4] AMOS アセンブラ[5] ボウタイ[6] トップハット[7]
配偶者	クラウディア・パシェ[8]
受賞歴	ベン・フランクリン賞（2013）
科学者としてのキャリア
機関	メリーランド大学カレッジパーク校ジョンズホプキンス大学 ゲノム研究所
論文	ネストされた一般化例による学習 (1989)
博士課程の指導教員	ウィリアム・アーロン・ウッズ[1]
博士課程の学生	コール・トラップネル[1] ベンジャミン・ラングミード アダム・M・フィリップ
その他の著名な学生	オルガ・トロヤンスカヤ[2]
Webサイト	ザルツバーグラボ

スティーブン・ロイド・ザルツバーグ（1960年生まれ）は、アメリカの計算生物学者、コンピューター科学者であり、ジョンズ・ホプキンス大学の生物医学工学、コンピューターサイエンス、生物統計学のブルームバーグ特別教授であり、同大学の計算生物学センターの所長も務めています。

ザルツバーグは1960年に心理学の名誉教授ハーマン・ザルツバーグと退職した教師アデル・ザルツバーグの4人兄弟の1人として生まれました。^{[9]ザルツバーグは}イェール大学で学士課程を修了し、1980年に英語学の学士号を取得しました。 1981年にイェール大学に戻り、 1982年に理学修士号、 1984年に哲学修士号を取得しました。新興企業で数年間働いた後、ハーバード大学に入学し、1989年にコンピューターサイエンスの博士号を取得しました。 ^[10]

学士号を取得した後、サウスカロライナ州の地元電力会社に勤務し、 IBMメインフレームでのプログラミング経験を積み、^[11] COBOLとIBMアセンブリ言語でのプログラミングを習得しました。その後、コンピュータサイエンスの修士号を取得した後、ボストンを拠点とするAIスタートアップ企業に入社しました。 ^[11]

博士号を取得後、ザルツバーグはジョンズホプキンス大学のコンピュータサイエンス学部の助教授となり、1997年に准教授に昇進した。1998年から2005年にかけて、世界最大のゲノムシークエンシングセンターの1つであるゲノム研究所のバイオインフォマティクス部門の責任者を務めた。その後、ザルツバーグはメリーランド大学カレッジパーク校のコンピュータサイエンス学部に加わり、コンピュータサイエンスのホルヴィッツ教授およびバイオインフォマティクスおよび計算生物学センターのディレクターを務めた。2011年、ザルツバーグはジョンズホプキンス大学に戻り、マックジック・ネイサンズ遺伝子医学研究所および医学部の教授となった。^{[8] [12] [13]}

2013年、ザルツバーグはバイオインフォマティクス分野でベンジャミン・フランクリン賞^[14]を受賞した。

2014年、彼は学際的な研究者としての業績と次世代の学者の教育における卓越性を評価され、ジョンズホプキンス大学のブルームバーグ特別教授に任命されました。 ^{[15]ブルームバーグ特別教授職は、2013年に}マイケル・ブルームバーグの寄付によって設立されました。^{[16]ザルツバーグは、ジョンズホプキンス大学}ホワイティング工学部、ジョンズホプキンス大学医学部、ジョンズホプキンス大学ブルームバーグ公衆衛生大学院の共同任命を受けています。

ザルツバーグは、1990年代からバイオインフォマティクスと計算生物学の分野で著名な科学者です。遺伝子発見アルゴリズム、特に細菌遺伝子発見のためのGLIMMER ^[17]プログラムや、動物、植物、その他の生物の遺伝子発見のためのいくつかの関連プログラムに多大な貢献をしてきました。また、ゲノムアセンブリ研究のリーダーでもあり、大小さまざまなゲノムのアセンブリを数十件主導してきました。ヒトゲノムプロジェクト^{[18]のほか、}マラリアゲノム（熱帯熱マラリア原虫）やモデル植物シロイヌナズナのゲノムなど、他の多くのゲノムプロジェクトにも参加しています。2001年から2002年にかけて、ザルツバーグと彼の同僚は、 2001年の炭疽菌攻撃で使用された炭疽菌の配列を解読しました。彼らは2002年にサイエンス誌にその結果を発表しました。 ^[19]これらの発見により、FBIは攻撃の発生源をメリーランド州フレデリックのフォートデトリックにある1本のバイアルまで追跡することができました。

ザルツバーグは、デイビッド・リップマン、ローン・シモンセ​​ンとともに、2003年にインフルエンザゲノム配列決定プロジェクトを開始しました。これは、何千ものインフルエンザウイルス分離株のゲノムを配列決定し、公開するプロジェクトです。^{[20] [21]}

2000 年代半ばに次世代シーケンシング(NGS)が登場して間もなく、Salzberg の研究室と共同研究者は、NGS 配列を大規模ゲノムにアラインメントし、RNA-Seq実験の配列をアセンブリするための、非常に効率的で正確な一連のプログラムを開発しました。これには、 Bowtie、TopHat 、Cufflinks プログラムで構成される「Tuxedo」スイートが含まれており、公開以来何万回も引用されています。

ザルツバーグは疑似科学に反対する声も上げており、このテーマに関する論説を執筆したり、印刷メディアに登場したりしている。2010年以来、彼は科学、医学、疑似科学に関するコラムをフォーブス誌^[22]に執筆しており、そこで発表した数百の記事は数千万回閲覧されている。彼のフォーブス誌での活動は、2012年にロバート・P・バレス批判的思考賞を受賞した。^[23]

ザルツバーグは2014年にケンブリッジワーキンググループの創設メンバーとなった。このグループは、伝染力と感染力の高いウイルス（機能獲得研究とも呼ばれる）の作成と、実験室での偶発的な放出の可能性について科学界に警鐘を鳴らすために設立された。^[24]

ザルツバーグは300以上の科学論文を執筆または共著している。^[25]彼はGoogle Scholarで30万回以上引用されており、h指数は159である。^[26] 2014年とそれ以降毎年（少なくとも2022年まで）、ザルツバーグはHighlyCited.comに掲載されている。これは科学情報研究所が過去10年間にその研究分野で最も引用された上位1％の科学者をランキング形式でまとめたものである。彼は2001年にこのリストが初めて作成されたときにも選ばれた。この高引用研究者リストはクラリベイトの下で継続されており、ザルツバーグは2018年、2019年、2020年、2021年、2022年、2023年にもリストに掲載されている。^[27]

• 2012年、B Langmeadとの共著「Bowtie 2による高速ギャップリードアライメント」Nature Methods第9巻第4号357頁。
• 2009 B Langmead、C Trapnell、M Popとの共著、「短いDNA配列のヒトゲノムへの超高速かつメモリ効率の高いアラインメント」、Genome Biology、第10巻、第3号、1～10ページ。
• 2001年、JC Venter、MD Adams、EW Myers、PW Li、RJ Mural他共著、「ヒトゲノムの配列」、Science誌第291巻第5507号、1304～1351ページ。
• 2015 D Kim、B Langmead との共著「HISAT: メモリ要件の少ない高速スプライシングアライナー」 Nature Methods Vol. 12、357–360 ページ (2015)
• 2010 C Trapnell、BA Williams、G Pertea、A Mortazavi、G Kwan、MJ Van Baren、BJ Wold、L Pachter との共著、「RNA-Seq による転写産物のアセンブリと定量化により、細胞分化中の注釈なしの転写産物とアイソフォームの切り替えが明らかになる」、Nature Biotechnology第 28 巻、第 5 号、511 ～ 515 ページ。
• 2009 C Trapnell、L Pachterとの共著、「TopHat: RNA-Seqによるスプライスジャンクションの検出」、Bioinformatics、第25巻、第9号、1105～1111ページ。
• 2013 D Kim、G Pertea、C Trapnell、H Pimentel、R Kelleyと共著、「TopHat2: 挿入、欠失、遺伝子融合がある場合のトランスクリプトームの正確なアラインメント」、Genome Biology。第14巻、第4号、1～13ページ。
• 2012 C Trapnell、A Roberts、L Goff、G Pertea、D Kim、DR Kelley、H Pimentel、JL Rinn、L Pachter と共著。TopHatと Cufflinks を使用した RNA-seq 実験の差次的遺伝子および転写産物発現解析、Nature Protocols第 7 巻、第 3 号、562-578 ページ。
• 2011 T Magočと共著。FLASH : ゲノムアセンブリを改善するための短い読み取りの高速な長さ調整、Bioinformatics。第27巻、第21号、2957-2963ページ。
• 2000年、シロイヌナズナゲノムイニシアティブとの共同研究。顕花植物シロイヌナズナのゲノム配列の解析、Nature 408巻6814号796-815頁。

• 2020年国際計算生物学会上級科学者賞受賞
• 2014-2022年トムソン・ロイター/クラリベイト誌の高被引用研究者に選出
• 2018年アメリカ芸術科学アカデミー会員に選出
• 2020年計算機協会（ACM）フェロー選出
• 2013年国際計算生物学会フェローに選出
• 2013 ロバート・G・バレス批判的思考賞
• 2013ベンジャミン・フランクリン賞（生命科学におけるオープンアクセス）（バイオインフォマティクス）
• 2007年 Hot 100 著者、BioMed Central
• 2004年アメリカ科学振興協会フェロー
• 1996年NIHキャリア賞^[28]

• genome.fieldofscience.com ザルツバーグの科学ブログ
• フォーブス誌のザルツバーグのコラム
• cs.duke.edu Duke Computer Science Colloquia Steven Salzberg - 伝記を含む
• ザルツバーグ研究室およびホプキンス計算生物学センターの他のグループによるオープンソースソフトウェア

ウィキメディア・コモンズには、スティーブン・ザルツバーグに関連するメディアがあります。