The Cancer Genome Atlas (TCGA ) is a project to catalogue the genomic alterations responsible for cancer using genome sequencing and bioinformatics .[ 1] [ 2] high-throughput genome analysis techniques to improve the ability to diagnose, treat, and prevent cancer through a better understanding of the genetic basis of the disease.
TCGA was supervised by the National Cancer Institute 's Center for Cancer Genomics and the National Human Genome Research Institute funded by the US government. A three-year pilot project, begun in 2006, focused on characterization of three types of human cancers: glioblastoma multiforme , lung squamous carcinoma, and ovarian serous adenocarcinoma .[ 3] [ 4] [ 5]
The project initially set out to collect and characterize 500 patient samples, more than most genomics studies of its time, and used a variety of different molecular techniques. Techniques included gene expression profiling , copy number variation profiling, SNP genotyping , genome wide DNA methylation profiling, microRNA profiling, and exon sequencing . With restraints of nascent technology and costs at the start of the project, many array-based technologies and limited targeted gene sequencing were performed. During phase II, TCGA was able to begin performing whole exome sequencing and whole transcriptome sequencing on all cases, and whole genome sequencing on 10% of the cases used in the project.
Goals The goal of TCGA's pilot project was to establish an infrastructure to collect, molecularly characterize, and analyze 500 cancers and matched controls. The work required extensive cooperation among a team of scientists from various institutions and assessment of multiple burgeoning high-throughput technologies. TCGA wanted to not only generate high-quality and biologically meaningful genomic data, but also make that data freely available to the cancer research community.[ 6]
パイロット段階では、膠芽腫（GBM）、高悪性度漿液性卵巣腺癌、肺扁平上皮癌の3種類の腫瘍が調査されました。パイロット段階の成功を受けて、TCGAは取り組みを拡大し、さらに多くの癌の種類を特徴づけ、癌研究のさらなる発見のための豊富で大規模なゲノムデータセットを提供するようになりました。
管理 TCGAは、米国国立がん研究所（NCI）と米国国立ヒトゲノム研究所（NHGRI）の科学者および管理者によって共同で運営されていました。2009年10月にTCGAがパイロット段階からフェーズIIに拡大された際、NCIはプロジェクトの管理を支援するためにTCGAプログラムオフィスを設立しました。ジャン・クロード・ゼンクルーゼン氏は、2013年8月から同オフィスのディレクターを務めています。
TCGAプログラムオフィスは、6つのゲノム特性評価センター、7つのゲノム解析センター、バイオサンプルコアリソース、データ調整センターの運営、および3つのゲノムシーケンスセンターで行われたプロジェクトのためのシーケンスの約3分の1を担当しました。[ 7 ]
NCIとNHGRIのチームメンバー、そして本プロジェクトから資金提供を受けた主任研究者らが運営委員会を構成した。運営委員会はプロジェクトの科学的妥当性を監督する役割を担い、NCI/NHGRIの管理チームは、プロジェクトの科学的進捗状況と目標が達成され、プロジェクトが予定通りかつ予算内で完了し、プロジェクトの様々な構成要素が連携して機能するように努めた。
組織蓄積 組織の要件は、組織の種類と癌の種類によって異なりました。プロジェクトの疾患ワーキンググループの疾患専門家は、米国で「標準治療」として収集される典型的な組織サンプルの特性と、TCGA が組織を最適に利用する方法を定義するのに役立ちました。たとえば、脳疾患 ワーキンググループは、50% を超える壊死を 含むサンプルはTCGA には適さないこと、腫瘍の生存部分に 80% の腫瘍核が必要であることを決定しました。TCGA は、あらゆる種類の腫瘍からサンプルを収集するための出発点として、最小 200 mg のサイズ、80% 以上の腫瘍核、および一致する生殖細胞系DNA 源 (血液または 精製 DNA など) を含むいくつかの一般的なガイドラインに従いました。[ 8 ]
2009年、NCIは、NCI調達局を通じて組織収集やその他のさまざまな活動に資金を提供するため、サイエンス・アプリケーションズ・インターナショナル・コーポレーション（SAIC）とのNCIの「プライム契約」からARRAの約1億3000万ドルを取り崩した。NCIは、「見積依頼書」（RFQ）と「提案依頼書」（RFP）を使用して、それぞれ発注書と契約書を作成し、4200万ドルを組織収集に充てた。RFQは主に既存のバンクからの過去のサンプルの収集に使用され、RFPは将来のサンプルの収集に使用された。TCGAは2013年12月に約2万個の生体試料の収集を完了した。[ 9 ]
TCGAにサンプルを提供した機関は報酬を受け取り、サンプルから生成された分子データへの先行アクセス権を得るとともに、TCGA固有識別子と各機関の固有識別子とのリンクを維持しました。これにより、サンプル提供機関は自らのサンプルに関する臨床データに遡ってアクセスし、TCGAサンプルに関する同様のデータを持つ他の機関と共同研究を行うことが可能となり、結果分析の精度が向上しました。
組織 TCGA は、データの生成と分析のために資金提供を受けたさまざまなタイプのセンターを管理していました。TCGA は、バイオインフォマティクス発見に多大なリソースを投入した NIH から資金提供を受けた最初の大規模ゲノムプロジェクトでした。NCI は、TCGA の割り当て資金の 50%、年間約 1200 万ドルをバイオインフォマティクス発見の資金提供に充てています。ゲノム特性センターとゲノムシーケンスセンターがデータを生成しました。2 つの独立したゲノムデータ解析センターが、バイオインフォマティクス発見のためにデータを利用しました。2 つのセンターは患者サンプルから生体分子を分離するために資金提供を受け、1 つのセンターはデータを保存するために資金提供を受けています。このワークフローは長年にわたって進化し、現在では NCI のゲノム特性パイプラインとして知られています。[ 10 ]
生体試料コアリソース バイオサンプルコアリソース（BCR）は、組織供給源から送られてくる組織の品質と量を検証し、サンプルからDNAとRNAを分離し、これらの生体分子の品質管理を行い、処理済みのサンプルをGSCとGCCに送る責任を負っていました。国際ゲノミクスコンソーシアムは、パイロットプロジェクトのためにBCRを開始する契約を獲得しました。本格的なプロジェクトの開始時には、NCIから資金提供を受けたBCRが2つありました。ナショナルワイド小児病院 と国際ゲノミクスコンソーシアムです。BCRは2010年に再競争され、ナショナルワイド小児病院が契約を獲得しました。[ 11 ]
ゲノムシーケンスセンター 3つのゲノムシーケンスセンター（GCC）は、NCIとNHGRIの共同出資によって設立されました。ブロード研究所 、ワシントン大学マクドネルゲノム研究所、そして ベイラー医科大学です 。これら3つのシーケンスセンターはすべて、サンガーシーケンスから次世代シーケンス（NGS）へと移行しました。様々なNGS技術が同時にテストされ、導入されました。
ゲノム特性解析センター 米国国立がん研究所（NCI）は、ブロード研究所、ハーバード大学、ノースカロライナ大学、MDアンダーソンがんセンター 、ヴァン・アンデル研究所、ベイラー医科大学、ブリティッシュコロンビアがんセンターの7つのゲノム解析センターに資金を提供した。
データ調整センター データ調整センター (DCC) は TCGA データの中央リポジトリでした。また、TCGA データベースに入力されるデータの品質管理も担当していました。DCC は、ユーザーが処理済みの TCGA データにアクセスできる TCGA データ ポータルも管理していました。この作業は、SRA International 社のバイオインフォマティクス科学者と開発者によって契約に基づいて実施されました。ただし、DCC は生のシーケンス データをホストしていませんでした。NCI のCancer Genomics Hub (CGHub) は、シーケンス関連データの保存、カタログ化、およびアクセス用の安全なリポジトリでした。この作業は、カリフォルニア大学サンタクルーズ校 ゲノム研究所の科学者とスタッフによって実施されました。2017 年以降、すべてのタイプのデータは NCI の Genomic Data Commons に移動されました。[ 12 ]
ゲノムデータ解析センター NCI/NHGRIの資金提供を受けた7つのゲノムデータ解析センター（GDAC）は、すべての特性解析センターとシーケンスセンターのデータ統合、およびTCGAデータの生物学的解釈を担当しました。GDACには、ブロード研究所、ノースカロライナ大学、オレゴン健康科学大学、カリフォルニア大学サンタクルーズ校、MDアンダーソンがんセンター、メモリアル・スローン・ケタリングがんセンター 、およびシステム生物学研究所が 含まれていました。これら7つのGDACは協力して、統合データ解析パイプラインを開発しました。
研究対象として選択された癌の種類 TCGAが研究対象とする腫瘍の予備リストは、SEERがん統計ウェブサイトから発生率と生存率の統計データを収集して作成されました。さらに、TCGAは補助療法に先立って切除を行うことが標準治療となっている腫瘍タイプを対象としていたため、上位25種類の腫瘍タイプを選択する際には、米国の現在の「標準治療」も考慮されました。サンプルの入手可能性も、どの腫瘍タイプを研究対象とするか、また腫瘍プロジェクトを開始する順序を決定する上で重要な役割を果たしました。がんの種類が一般的であればあるほど、研究用のサンプルが迅速に収集される可能性が高くなります。この結果、大腸がん、肺がん、乳がんなどの一般的な腫瘍タイプが、希少な腫瘍タイプよりも先にプロジェクトに取り込まれることになりました。
TCGAが研究対象として選択した癌の種類には、肺扁平上皮癌 、腎乳頭癌 、淡明細胞腎癌 、乳管癌 、腎細胞癌 、子宮頸癌 （扁平上皮）、結腸腺癌 、胃腺癌 、直腸癌 、 肝細胞癌、頭頸部（口腔）扁平上皮癌、甲状腺癌 、膀胱尿路上皮癌 （非乳頭状）、子宮体部（子宮内膜癌 ）、膵管腺癌 、急性骨髄性白血病 、前立腺腺癌 、肺腺癌 、皮膚黒色腫、乳腺小 葉 癌および低悪性度神経膠腫 、食道癌 、卵巣漿液性嚢胞腺癌が含まれる 。肺扁平上皮癌 、副腎皮質癌 、びまん性大細胞型B細胞リンパ腫 、傍神経節腫 および褐色細胞腫 、胆管癌 、子宮癌肉腫 、ぶどう膜黒色腫 、胸腺腫 、肉腫 、中皮腫 、および精巣胚細胞癌。
TCGAは、これら全ての腫瘍タイプについて同時にサンプル収集を開始しました。最も多くのサンプルが収集された腫瘍タイプが最初に特性解析パイプラインに投入されました。収集がより困難な希少な腫瘍タイプ、およびTCGAが高品質のサンプルの供給源を特定できなかった腫瘍タイプは、プロジェクト2年目にTCGAの生産パイプラインに投入されました。これにより、TCGAプログラムオフィスはプロジェクトに必要なサンプルを十分に収集するための時間を確保することができました。
TCGAとマウス器官形成細胞アトラス（MOCA）は、機械学習 と深層学習 によって開発され、初期の細胞発生と分化 における癌細胞と胚細胞間の 相関関係 を比較・発見するために用いられた。また、未知の発生源からの様々な種類の腫瘍間の遺伝子発現 パターンの変化を区別するためにも応用された。[ 13 ]
TCGA出版物
2008年、TCGAはNature誌に 膠芽腫 （GBM）に関する最初の結果を発表しました。[ 49 ]
この研究から得られたすべてのデータ、および出版以降に収集されたデータは、TCGA のデータ調整センター (DCC) で一般公開され、一般にアクセス可能になりました (後にゲノムデータコモンズに移されました)。[ 50 ] [ 51 ] dbGAP を通じて管理されています。
最初のマーカー論文の発表以来、TCGAネットワーク内のいくつかの解析グループが、膠芽腫 データのより詳細な解析を発表しています。Roel Verhaak博士、Katherine A. Hoadley 博士、D. Neil Hayes 医師が率いる解析グループは、グリオーマの 遺伝子発現サブタイプとゲノム異常との相関関係を明らかにすることに成功しました。[ 52 ] DNAメチル化 データ解析チームは、多数の遺伝子座で協調的な過剰メチル化を示すグリオーマサンプルの明確なサブセットを特定し、グリオーマ CpGアイランドメチレーター表現型 （G-CIMP ）の存在を示しました。G-CIMP腫瘍は神経前駆細胞サブグループに属し、 IDH1 体細胞変異と密接に関連していました。[ 53 ] [ 54 ]
漿液性卵巣腺癌 TCGAは、2011年6月にNature誌 で、高悪性度漿液性卵巣がんの316の腫瘍サンプルのmRNA発現、マイクロRNA発現、プロモーターメチル化、DNAコピー数、エクソームシーケンスについて報告した。[ 55 ] 研究者らは、解析した症例の圧倒的な96%でTP53 遺伝子の変異を発見した。NF1 、BRCA1 、BRCA2 、RB1 、CDK12 などの少数の他の遺伝子では、より低い頻度で反復変異が見つかった 。
TCGAの研究者たちは、患者の生存率と相関する遺伝子発現パターンも特定することに成功した。彼らは遺伝子発現とDNAメチル化パターンに基づいて、免疫反応性、分化型、増殖型、間葉系の4つの癌サブタイプを定義した。また、68個の遺伝子を潜在的な薬剤標的として特定した。
大腸癌 TCGAは、2012年7月にNature誌 で、結腸癌および直腸癌の276個の腫瘍サンプルのエクソーム配列、DNAコピー数、プロモーターメチル化、およびメッセンジャーRNA特性について報告した。 [ 56 ]
TCGAの研究者らは、結腸腫瘍と直腸腫瘍に同じタイプの変異を発見し、これらが単一のがん種であることを示唆した。右結腸に発生した腫瘍では、過剰メチル化などのいくつかの違いが見られた。腫瘍の一部は高頻度変異を起こしており、その大部分はマイクロサテライト不安定性 も高かった。24個の有意に変異した遺伝子と、繰り返し見られるコピー数異常が発見された。この研究は、悪性大腸がんの新たなマーカーと、MYCによる転写活性化および抑制の重要な役割を示唆している。
フェーズII：TCGAを33種類の癌に拡大 2009年の米国復興・再投資法を契機に、NIHはTCGAの対象を20種類のがんに拡大しました。これには、患者、患者支援団体、医師の支援を受けて実現した、希少がんの研究も含まれています。2011年からは、TCGAはがんに関する新たな生物学的発見、分析手法、データを用いた臨床応用アプローチについて議論し、共有するための年次科学シンポジウムを開催するようになりました。
2013年12月、TCGAは2万件以上の検体を発送・処理し、サンプル収集を完了した。プロジェクト完了までに、TCGAは33種類の癌を対象とした特性評価と基本解析を記述した「マーカー論文」を発表した。膀胱尿路上皮癌や膠芽腫など、いくつかの癌種については、追加症例が収集され、2回目の解析が実施された。
がん全体アトラス解析 2013年、TCGAは、12の一般的な癌サブタイプの3,281個の腫瘍のエクソームシーケンス から特定された頻繁に繰り返される変異として定義される「変異ランドスケープ」を記述した最初のパンキャンサー解析を発表しました。研究された12のサブタイプは、乳腺癌 、肺腺癌 、肺扁平上皮 癌 、子宮内膜癌、多形性 膠芽腫 、頭頸部扁平上皮癌 、結腸癌 、直腸癌、膀胱癌 、腎明細胞癌 、卵巣癌 、急性骨髄性白血病でした 。[ 57 ]
2018年、TCGA研究ネットワークは、総称して「パンキャンサーアトラス」と呼ばれるものを公表した。これは、TCGAが達成した研究を要約し、TCGAの全データを全体として分析することによって明らかになった癌生物学の包括的なテーマを記述した35本の論文の集まりである。
主なトピックは、（1）起源細胞パターン（生物学的システム または組織学的サブタイプに基づいて腫瘍をグループ化および分析する）、（2）発がんプロセス（分子経路および微小環境に及ぼす可能性のある複雑な下流への影響を考察する）、（3）シグナル伝達経路（さまざまな経路がさまざまな癌で果たす役割とそれらの潜在的な脆弱性を調査する）である。
パンキャンサーアトラスの完成は、TCGAプログラムとしての正式な終了を意味しましたが、TCGAによって作成されたデータ、分析方法、その他のリソースは、研究者にとって引き続き貴重な資料となっています。例えば、TCGAの全ゲノムデータは、全がんゲノム解析（PCAWG）の一環として解析されました。PCAWGは、コーディング領域と非コーディング領域の両方における体細胞変異と生殖細胞変異を理解するために、2,600個のがんの全ゲノムを解析する国際的な取り組みです。
非コード領域の解析 TCGAの研究者たちは、複数の癌のゲノムの非コード領域を体系的に研究することにも着手した。研究チームは、癌における遺伝子調節異常に関する知見を得るため、23種類の原発癌を含む410個のTCGA腫瘍サンプルに、トランスポザーゼアクセス可能なクロマチンをシーケンス解析によって 特定する手法（ATAC-seq）を適用した。ATAC-seqは、オープンまたは活性クロマチン領域とDNA結合タンパク質の位置を特定するための低コストな方法である。
ATAC-seq を通じて、研究者らはさまざまな癌や細胞型に特異的な数万個の潜在的な DNA 調節エレメントを特定することができました。これにより、遺伝子調節異常が癌の発生と進行を促進する仕組みについての洞察が得られました。既知の免疫細胞特異的調節エレメントのクロマチンアクセシビリティを理解することで、免疫微小環境と免疫療法の標的の利用可能性についての手がかりも得られました。この研究「ヒト原発癌のクロマチンランドスケープ」は、2018 年にScience に掲載されました。[ 87 ]
参考文献 ↑ 「がんゲノムアトラスのホームページ」。NCIおよびNHGRI 。2009年 4 月28日 {{cite web}}: CS1メンテナンス: アーカイブサービスは非推奨になりました (リンク)↑ NIHががんゲノムプロジェクトを開始ワシントン・ポスト 2005年12月14日 ↑ Daniela S. Gerhard (2008-05-27). "TCGA 分子腫瘍学の前進" . NCI がん速報、所長アップデート . 国立がん研究所 . 2010-12-21 の オリジナルからアーカイブ済み . 2009-08-27 に取得. ↑ 「研究対象として選択されたがん」 。 がんゲノムアトラス – 国立がん研究所 。 2011年2月27日の オリジナル からアーカイブ。 2015年11月2日 取得 。 ↑ 「希少腫瘍特性評価プロジェクト」 。 がんゲノムアトラス – 国立がん研究所。 2015年11月2日 取得 。 {{cite web}}: CS1メンテナンス: アーカイブサービスは非推奨になりました (リンク)↑ McLendon, R.; Friedman, Allan; Bigner, Darrell; Van Meir, Erwin G.; Brat, Daniel J.; M. Mastrogianakis, Gena; Olson, Jeffrey J.; Mikkelsen, Tom; et al. (2008-10-23). "包括的なゲノム特性解析によりヒト神経膠芽腫遺伝子とコア経路が定義される" . Nature . 455 (7216): 1061– 1068. Bibcode : 2008Natur.455.1061M . doi : 10.1038/nature07385 . PMC 2671642 . PMID 18772890 . ↑ 「2015年サミー賞受賞者：ピープルズチョイス賞」 。 アメリカ奉仕勲章 。 2023年3月16日に オリジナル からアーカイブ済み。 2015年10月15日 に取得 。 ↑ The Cancer Genome Atlas Research Network (2008-10-23). "包括的なゲノム特性解析によりヒト神経膠芽腫遺伝子とコア経路が定義される" . Nature . 455 ( 7216): 1061–1068 . Bibcode : 2008Natur.455.1061M . doi : 10.1038/nature07385 . ISSN 0028-0836 . PMC 2671642. PMID 18772890 . ↑ 「歴史とタイムライン」 。 がんゲノムアトラス – 国立がん研究所 。 2011年8月24日の オリジナル からアーカイブ。 2015年11月2日 取得 。 ↑ 「NCIのゲノム特性解析パイプライン」 。2017年8月4日。 ↑ 「がんゲノムアトラスデータポータル：生体試料コアリソース」 。NCI および NHGRI 。 2011年6月19日の オリジナル からアーカイブ。 2014年1月24 日 取得 。 ↑ 「ホーム | NCIゲノムデータコモンズ」 . gdc.cancer.gov . ↑ Moiso, E.; Farahani, A.; Marble, HD; Hendricks, A.; Mildrum, S.; Levine, S.; Lennerz, JK; Garg, S. (2022年9月5日). 「MITで開発された新しい深層学習アプローチにより、初期細胞 発生 と分化に関連する遺伝子発現プログラムを詳しく調べることで、診断不可能な癌を特定」 . Cancer Discovery . 12 (11): 2566– 2585. doi : 10.1158/2159-8290.CD-21-1443 . PMC 9627133. PMID 36041084 . {{cite journal}}: CS1メンテナンス: アーカイブサービスは非推奨になりました (リンク)↑ Verhaak, Roel GW; Hoadley, Katherine A.; Purdom, Elizabeth; Wang, Victoria; Qi, Yuan; Wilkerson, Matthew D.; Miller, C. Ryan; Ding, Li ; Golub, Todd (2010-01-19). "統合ゲノム解析により、PDGFRA、IDH1、EGFR、NF1の異常を特徴とする臨床的に関連のある膠芽腫のサブタイプが特定される" . Cancer Cell . 17 (1): 98– 110. doi : 10.1016/j.ccr.2009.12.020 . ISSN 1535-6108 . PMC 2818769 . PMID 20129251 . ↑ Brennan, Cameron W.; Verhaak, Roel GW; McKenna, Aaron; Campos, Benito; Noushmehr, Houtan; Salama, Sofie R.; Zheng, Siyuan; Chakravarty, Debyani; Sanborn, J. Zachary (2013-10-10). "膠芽腫の体細胞ゲノムランドスケープ" . Cell . 155 (2): 462– 477. doi : 10.1016/j.cell.2013.09.034 . ISSN 1097-4172 . PMC 3910500 . PMID 24120142 . ↑ McLendon, Roger; Friedman, Allan; Bigner, Darrell; Meir, Erwin G. Van; Brat, Daniel J.; Mastrogianakis, Gena M.; Olson, Jeffrey J.; Mikkelsen, Tom; Lehman, Norman (2008-10-23). "包括的なゲノム特性解析によりヒト神経膠芽腫遺伝子とコア経路が定義される" . Nature . 455 (7216): 1061– 1068. Bibcode : 2008Natur.455.1061M . doi : 10.1038/nature07385 . ISSN 0028-0836 . PMC 2671642 . PMID 18772890 . ↑ がんゲノムアトラス研究ネットワーク;ブラット、DJ。ヴェルハーク、RG;ケンタッキー州アルダペ。ヨン、WK。サラマ、SR;ルイジアナ州クーパー。ラインベイ、E.ミラー、CR;ヴィトゥッチ、M.モロゾバ、O。ロバートソン、AG;ヌーシュメール、H. PW、レアード。広告塔チェルニアック。アクバニ、R.ヒューズ、JT;シリエッロ、G.ポアソン、LM;バーンホルツ・スローン、JS。ミシシッピ州バーガー。ブレナン、C.コレン、RR;コルマン、H.フランダース、AE。ジャンニーニ、C.グリフォード、M.イアバローネ、A.ジェイン、R.他 。 (2015-06-25)。 「びまん性低悪性度神経膠腫の包括的、統合的ゲノム解析」 。 ニューイングランド・ジャーナル・オブ・メディシン 372 ( 26 ): 2481–2498 . doi : 10.1056/NEJMoa1402121 . ISSN 0028-4793 . PMC 4530011. PMID 26061751 . 1 2 Network 、 The Cancer Genome Atlas (2012-10-04)。 「 ヒト乳がんの包括的な 分子 像 」 。Nature。490 ( 7418 ) : 61–70。Bibcode : 2012Natur.490 ... 61T。doi : 10.1038 / nature114 12。ISSN 0028-0836。PMC 3465532。PMID 23000897 。 ↑ Ciriello, Giovanni; Gatza, Michael L.; Beck, Andrew H.; Wilkerson, Matthew D.; Rhie, Suhn K.; Pastore, Alessandro; Zhang, Hailei; McLellan, Michael; Yau, Christina (2015-08-10). "浸潤性小葉乳癌の包括的な分子プロファイル" . Cell . 163 (2): 506– 519. doi : 10.1016/j.cell.2015.09.033 . ISSN 0092-8674 . PMC 4603750 . PMID 26451490 . ↑ Network 、The Cancer Genome Atlas (2012-07-19)。 「 ヒト 結腸 および 直腸癌の包括的な 分子 特性 」 。Nature。487 ( 7407 ) : 330–337。Bibcode : 2012Natur.487..330T。doi : 10.1038 / nature11252。ISSN 0028-0836。PMC 3401966。PMID 22810696 。 ↑ ↑ Kim, Jihun; Bowlby, Reanne; Mungall, Andrew J.; Robertson, A. Gordon; Odze, Robert D.; Cherniack, Andrew D.; Shih, Juliann; Pedamallu, Chandra Sekhar; Cibulskis, Carrie (2017-01-04). "食道癌の統合ゲノム特性解析" . Nature . 541 (7636): 169– 175. Bibcode : 2017Natur.541..169K . doi : 10.1038/nature20805 . ISSN 1476-4687 . PMC 5651175 . PMID 28052061 . ↑ ベル、D.;バーチャック、A.ビラー、M.チエン、Ｊ．クレイマー、DW。ダオ、F.ディール、R.ディサイア、P.ガブラ、H.グレン、P.アラスカ州ゴドウィン。グロス、J.ハートマン、L.ファン、M.ハンツマン、DG;アイアコッカ、M.イミエリンスキー、M.カロガー、Ｓ． BY、カーラン。ダヤダ州レバイン。英国ミルズ。モリソン、C.マッチ、D.オルベラ、N.オルスリック、S.パーク、K。ペトレリ、N.ラベノ、B.レーダー、JS;他 。 (2011-06-29)。 「卵巣癌の統合ゲノム分析」 。 自然 。 474 (7353 ) : 609–615 . doi : 10.1038/nature10166 . ISSN 0028-0836 . PMC 3163504. PMID 21720365 . ↑ ボルトン、ケリー・Ｌ． Chenevix-Trench、G.ゴー、C.サデツキ、Ｓ．ラムス、サウスカロライナ州。 BY、カーラン。ランブレヒト、D.デスピエール、Ｅ．バローデール、D.マクガフォッグ、L.ヒーリー、S.イーストン、DF。シニルニコワ、O.ベニテス、J.ガルシア、MJ。ノイハウゼン、S.ゲイル、MH。ハートゲ、P.ピーック、S.フロスト、D.エバンス、DG;イールズ、R.アラスカ州ゴドウィン。デイリー、MB。クォン、A.マさん、ES。ラザロ、C.ブランコ、I。モンターニャ、M.他 。 (2012-01-25)。 「BRCA1およびBRCA2変異と浸潤性上皮性卵巣癌女性の生存率との関連」 . JAMA . 307 (4): 382– 389. doi : 10.1001/jama.2012.20 . ISSN 0098-7484 . PMC 3727895 . PMID 22274685 . ↑ Network、The Cancer Genome Atlas Research (2013-05-02)。 「 子宮 内 膜 癌の統合ゲノム特性 評価 」 。Nature。497 ( 7447 ) : 67–73。Bibcode : 2013Natur.497 ... 67T。doi : 10.1038 / nature12113。ISSN 0028-0836。PMC 3704730。PMID 23636398 。 ↑ Cancer Genome Atlas Research Network; Albert Einstein College of Medicine; Analytical Biological Services; Barretos Cancer Hospital; Baylor College of Medicine; Beckman Research Institute of City of Hope; Buck Institute for Research on Aging; Canada's Michael Smith Genome Sciences Centre; Harvard Medical School (2017-03-16). "子宮頸がんの統合ゲノムおよび分子特性評価" . Nature . 543 (7645): 378– 384. Bibcode : 2017Natur.543..378B . doi : 10.1038/nature21386 . ISSN 1476-4687 . PMC 5354998 . PMID 28112728 . ↑ The Cancer Genome Atlas Network; et al. (2015-01-29). "頭頸部扁平上皮癌の包括的なゲノム特性解析" . Nature . 517 ( 7536): 576–582 . Bibcode : 2015Natur.517..576T . doi : 10.1038/nature14129 . ISSN 0028-0836 . PMC 4311405. PMID 25631445 . ↑ Agrawal, Nishant; Akbani, Rehan; Aksoy, B. Arman; Ally, Adrian; Arachchi, Harindra; Asa, Sylvia L.; Auman, J. Todd; Balasundaram, Miruna; Balu, Saianand (2014). "乳頭状甲状腺癌の統合ゲノム特性解析" . Cell . 159 (3): 676– 690. doi : 10.1016/j.cell.2014.09.050 . ISSN 0092-8674 . PMC 4243044 . PMID 25417114 . ↑ Cancer Genome Atlas Research Network; Ley, Timothy J.; Miller, Christopher; Ding, Li ; Raphael, Benjamin J.; Mungall, Andrew J.; Robertson, A. Gordon; Hoadley, Katherine; Triche, Timothy J. (2013-05-30). "成人de novo急性骨髄性白血病のゲノムおよびエピゲノムランドスケープ" . The New England Journal of Medicine . 368 (22): 2059– 2074. doi : 10.1056/NEJMoa1301689 . ISSN 1533-4406 . PMC 3767041 . PMID 23634996 . ↑ Cancer Genome Atlas Network (2015-06-18). "皮膚黒色腫のゲノム分類" . Cell . 161 (7): 1681– 1696. doi : 10.1016/j.cell.2015.05.044 . ISSN 1097-4172 . PMC 4580370 . PMID 26091043 . ↑ エリック・A・コリソン;キャンベル、ジョシュア D.ブルックス、アンジェラ N.バーガー、アリス H.リー、ウィリアム。ジュリアン・チミエレキ。ビール、デビッド G.コープ、レスリー。クレイトン、チャド・J。ダニロワ、リュドミラ。丁、李。ゲッツ、ガド。ハマーマン、ピーター S.ニール・ヘイズ博士;ヘルナンデス、ブライアン。ハーマン、ジェームス G. ジョン・V・ヘイマッハ ;ジュリシカ、イゴール。クチェルラパティ、ラジュ。デヴィッド・クウィアトコウスキー。マルク・ラダニイ。ロバートソン、ゴードン。シュルツ、ニコラウス。シェン、ロンライ。シンハ、ライリーン。スグネス、キャリー。ツァオ、ミンサウンド。トラヴィス、ウィリアム・D.ワインスタイン、ジョン・N.他 。 (2014-07-31)。 「 肺腺癌の包括的な分子プロファイリング」 . Nature . 511 (7511): 543–550 . Bibcode : 2014Natur.511..543T . doi : 10.1038/nature13385 . ISSN 0028-0836 . PMC 4231481. PMID 25079552 . ↑ Network 、The Cancer Genome Atlas Research (2012-09-27)。 「 扁平 上皮 肺癌 の包括的なゲノム 特性 」 。Nature。489 ( 7417 ) : 519–525。Bibcode : 2012Natur.489..519T。doi : 10.1038 / nature114 04。ISSN 0028-0836。PMC 3466113。PMID 22960745 。 ↑ Cancer Genome Atlas Research Network (2013-07-04). "Comprehensive molecular characterization of clear cell renal cell carcinoma" . Nature . 499 (7456): 43– 49. Bibcode : 2013Natur.499...43T . doi : 10.1038/nature12222 . ISSN 0028-0836 . PMC 3771322. PMID 23792563 . ↑ Cancer Genome Atlas Research Network; Linehan, W. Marston; Spellman, Paul T.; Ricketts, Christopher J.; Creighton, Chad J.; Fei, Suzanne S.; Davis, Caleb; Wheeler, David A.; Murray, Bradley A. (2016-01-14). "Comprehensive Molecular Characterization of Papillary Renal-Cell Carcinoma" . The New England Journal of Medicine . 374 (2): 135– 145. doi : 10.1056/NEJMoa1505917 . ISSN 1533-4406 . PMC 4775252 . PMID 26536169 . ↑ Cancer Genome Atlas Research Network (2014-03-20). " 尿路上皮膀胱癌の包括的な分子特性解析" . Nature . 507 (7492): 315–322 . Bibcode : 2014Natur.507..315T . doi : 10.1038/nature12965 . ISSN 0028-0836 . PMC 3962515. PMID 24476821 . ↑ Cancer Genome Atlas Research Network (2015-11-05). "The Molecular Taxonomy of Primary Prostate Cancer" . Cell . 163 ( 4): 1011– 1025. doi : 10.1016/j.cell.2015.10.025 . ISSN 1097-4172 . PMC 4695400. PMID 26544944 . ↑ Davis, Caleb F.; Ricketts, Christopher J.; Wang, Min; Yang, Lixing; Cherniack, Andrew D.; Shen, Hui; Buhay, Christian; Kang, Hyojin; Kim, Sang Cheol (2014-09-08). "嫌色素性腎細胞癌の体細胞ゲノムランドスケープ" . Cancer Cell . 26 (3): 319– 330. doi : 10.1016/j.ccr.2014.07.014 . PMC 4160352 . PMID 25155756 . ↑ 鄭思源。チャーニアック、アンドリュー D.デワル、ニナド。モフィット、リチャード A.ダニロワ、リュドミラ。マレー、ブラッドリー A.レラリオ、アントニオ M.そうでなければ、トビアス。クナイネンブルク、テオ A. (2016-05-09)。 「副腎皮質癌の包括的な全ゲノム特性評価」 。 がん細胞 。 29 (5): 723–736 。 土井 : 10.1016/j.ccell.2016.04.002 。 ISSN 1878-3686 。 PMC 4864952 。 PMID 27165744 。 ↑ Fishbein, Lauren; Leshchiner, Ignaty; Walter, Vonn; Danilova, Ludmila; Robertson, A. Gordon; Johnson, Amy R.; Lichtenberg, Tara M.; Murray, Bradley A.; Ghayee, Hans K. (2017-02-13). "褐色細胞腫および傍神経節腫の包括的な分子特性解析" . Cancer Cell . 31 (2): 181– 193. doi : 10.1016/j.ccell.2017.01.001 . ISSN 1878-3686 . PMC 5643159 . PMID 28162975 . ↑ Farshidfar, Farshad; Zheng, Siyuan; Gingras, Marie-Claude; Newton, Yulia; Shih, Juliann; Robertson, A. Gordon; Hinoue, Toshinori; Hoadley, Katherine A.; Gibb, Ewan A. (2017-03-14). "胆管癌の統合ゲノム解析により、異なるIDH変異分子プロファイルが同定される" . Cell Reports . 18 (11): 2780– 2794. doi : 10.1016/j.celrep.2017.02.033 . ISSN 2211-1247 . PMC 5493145 . PMID 28297679 . ↑ Cancer Genome Atlas Research Network. 電子メールアドレス: wheeler@bcm.edu; Cancer Genome Atlas Research Network (2017-06-15). "肝細胞癌の包括的かつ統合的なゲノム特性解析" . Cell . 169 (7): 1327–1341.e23. doi : 10.1016/j.cell.2017.05.046 . ISSN 1097-4172 . PMC 5680778 . PMID 28622513 . ↑ Cancer Genome Atlas Research Network. 電子メールアドレス: andrew_aguirre@dfci.harvard.edu; Cancer Genome Atlas Research Network (2017-08-14). "膵管腺癌の統合ゲノム特性解析" . Cancer Cell . 32 (2): 185–203.e13. doi : 10.1016/j.ccell.2017.07.007 . ISSN 1878-3686 . PMC 5964983 . PMID 28810144 . ↑ アンドリュー・D・チャーニアック;シェン、ホイ。ウォルター、ボン。スチュワート、チップ。マレー、ブラッドリー A.ボウルビー、リアン。胡、新。リン、シユン。ソスロー、ロバート A. (2017-03-13)。 「子宮癌肉腫の統合的分子特性評価」 。 がん細胞 。 31 (3): 411–423 。 土井 : 10.1016/j.ccell.2017.02.010 。 ISSN 1878-3686 。 PMC 5599133 。 PMID 28292439 。 ↑ Robertson, A. Gordon; Shih, Juliann; Yau, Christina; Gibb, Ewan A.; Oba, Junna; Mungall, Karen L.; Hess, Julian M.; Uzunangelov, Vladislav; Walter, Vonn (2017-08-14). "統合解析により、ぶどう膜黒色腫の4つの分子および臨床的サブセットが特定される" . Cancer Cell . 32 (2): 204–220.e15. doi : 10.1016/j.ccell.2017.07.003 . ISSN 1878-3686 . PMC 5619925 . PMID 28810145 . ↑ Radovich, Milan; Pickering, Curtis R.; Felau, Ina; Ha, Gavin; Zhang, Hailei; Jo, Heejoon; Hoadley, Katherine A.; Anur, Pavana; Zhang, Jiexin; McLellan, Mike; Bowlby, Reanne (2018 年 2 月) 「胸腺上皮腫瘍の統合ゲノムランドスケープ」 Cancer Cell 33 ( 2): 244–258.e10. doi : 10.1016/j.ccell.2018.01.003 . ISSN 1535-6108 . PMC 5994906 . PMID 29438696 . ↑ Cancer Genome Atlas Research Network. 電子メールアドレス: elizabeth.demicco@sinaihealthsystem.ca; Cancer Genome Atlas Research Network (2017-11-02). "成人軟部組織肉腫の包括的かつ統合的なゲノム特性評価" . Cell . 171 (4): 950–965.e28. doi : 10.1016/j.cell.2017.10.014 . ISSN 1097-4172 . PMC 5693358 . PMID 29100075 . ↑ Hmeljak, Julija; Sanchez-Vega, Francisco; Hoadley, Katherine A.; Shih, Juliann; Stewart, Chip; Heiman, David; Tarpey, Patrick; Danilova, Ludmila; Drill, Esther; Gibb, Ewan A.; Bowlby, Reanne (2018-12-03). "悪性胸膜中皮腫の統合的分子特性評価" . Cancer Discovery . 8 (12): 1548– 1565. doi : 10.1158/2159-8290.CD-18-0804 . ISSN 2159-8274 . PMC 6310008 . PMID 30322867 . ↑ Shen, Hui; Shih, Juliann; Hollern, Daniel P.; Wang, Linghua; Bowlby, Reanne; Tickoo, Satish K.; Thorsson, Vésteinn; Mungall, Andrew J.; Newton, Yulia; Hegde, Apurva M.; Armenia, Joshua (2018-06-12). "精巣胚細胞腫瘍の統合的分子特性評価" . Cell Reports . 23 (11): 3392– 3406. doi : 10.1016/j.celrep.2018.05.039 . ISSN 2211-1247 . PMC 6075738 . PMID 29898407 . ↑ ロジャー・マクレンドン。アラン・フリードマン。ビグナー、ダレル。ヴァン・メイア、アーウィン・G.ブラット、ダニエル・J。メートル。マストロギアナキス、ゲーナ。オルソン、ジェフリー・J.ミケルセン、トム。リーマン、ノーマン。アルダペ、ケン。アルフレッド・ユング、WK;ボグラー、オリバー。ヴァンデンバーグ、スコット。バーガー、ミッチェル。プラドス、マイケル。ムズニー、ドナ。モーガン、マーガレット。シェーラー、スティーブ。サボ、アニコ。ナザレ、リン。ルイス、ローラ。ホール、オーティス。朱一明。レン、ヤンルー。アルヴィ、オマル。ヤオ、ジ強。ホーズ、アリシア。ジャンギアーニ、シャリーニ。ファウラー、ジェラルド。他 。 （2008年10月）。 「包括的なゲノム解析により、ヒト神経膠芽腫の遺伝子とコア経路が特定される」 Nature 455 ( 7216 ) : 1061–8 . Bibcode : 2008Natur.455.1061M . doi : 10.1038/nature07385 . PMC 2671642. PMID 18772890 . ↑ 「がんゲノムアトラスデータポータル」 。NCI および NHGRI 。 2009年4月28日 取得 。 {{cite web}}: CS1メンテナンス: アーカイブサービスは非推奨になりました (リンク)↑ 「がんゲノムアトラスデータポータル」 。国立衛生研究所。 2010年 11月2日 取得 。 {{cite web}}: CS1メンテナンス: アーカイブサービスは非推奨になりました (リンク)↑ Verhaak, Roel GW; Hoadley, Katherine A.; Purdom, Elizabeth; Wang, Victoria; Qi, Yuan; Wilkerson, Matthew D.; Miller, C. Ryan; Ding, Li; Golub, Todd; Mesirov, Jill P. ; Alexe, Gabriele; Lawrence, Michael; O'Kelly, Michael; Tamayo, Pablo; Weir, Barbara A.; Gabriel, Stacey; Winckler, Wendy; Gupta, Supriya; Jakkula, Lakshmi; Feiler, Heidi S.; Hodgson, J. Graeme; James, C. David; Sarkaria, Jann N.; Brennan, Cameron; Kahn, Ari; Spellman, Paul T.; Wilson, Richard K. ; Speed, Terence P. ; Gray, Joe W.; Meyerson, Matthew; Getz, Gad; Perou, Charles M.; Hayes, D. Neil (2010). "統合ゲノム解析により、PDGFRA、IDH1、EGFR、NF1の異常を特徴とする臨床的に関連のある膠芽腫のサブタイプが特定される" . Cancer Cell . 17 (1): 98– 110. doi : 10.1016/j.ccr.2009.12.020 . PMC 2818769 . PMID 20129251 . ↑ Noushmehr H; Weisenberger DJ; Diefes K; et al. (2010 年 5 月). "グリオーマの明確なサブグループを定義する CpG アイランドメチレーター表現型の同定" . Cancer Cell . 17 (5): 510– 22. doi : 10.1016/j.ccr.2010.03.017 . PMC 2872684 . PMID 20399149 . ↑ 「予後が比較的軽度なグリオーマの亜型」 。 2011年 3月6日 取得 。 {{cite web}}: CS1メンテナンス: アーカイブサービスは非推奨になりました (リンク)↑ ベル、D.;バーチャック、A.ビラー、M.チエン、Ｊ．クレイマー、DW。ダオ、F.ディール、R.ディサイア、P.ガブラ、H.グレン、P.アラスカ州ゴドウィン。グロス、J.ハートマン、L.ファン、M.ハンツマン、DG;アイアコッカ、M.イミエリンスキー、M.カロガー、Ｓ． BY、カーラン。ダヤダ州レバイン。英国ミルズ。モリソン、C.マッチ、D.オルベラ、N.オルスリック、S.パーク、K。ペトレリ、N.ラベノ、B.レーダー、JS;他 。 （2011年）。 「卵巣癌の統合ゲノム解析」 。 自然 。 474 (7353): 609–15 . doi : 10.1038/nature10166 . PMC 3163504 . PMID 21720365 . ↑ The Cancer Genome Atlas Network; et al. (2012). "Comprehensive molecular characterization of human colon and rectal cancer" . Nature . 487 ( 7407): 330–7 . Bibcode : 2012Natur.487..330T . doi : 10.1038/nature11252 . PMC 3401966. PMID 22810696 . ↑ Kandoth C、McLellan MD、Vandin F、Ye K、Niu B、Lu C、Xie M、Zhang Q、McMichael JF、Wyczalkowski MA、Leiserson MD、Miller CA、Welch JS、Walter MJ、 Wendl MC 、 Ley TJ 、 Wilson RK 、 Raphael BJ、Ding L ( 2013)。 「 12 の主要な癌タイプ における変異のランドスケープ と 意義」 。Nature。502 ( 7471): 333–9。Bibcode : 2013Natur.502..333K。doi : 10.1038 / nature12634。PMC 3927368。PMID 24132290 。 ↑ キャサリン・Ａ・ホードリー；ヤウ、クリスティーナ。樋上 敏則；ウルフ、デニス M.ラザール、アレクサンダー J.ドリル、エスター。シェン、ロンライ。テイラー、アリソン M.チャーニアック、アンドリュー D.トーソン、ヴェステイン。アクバニ、リハン (2018-04-05)。 「起始細胞のパターンは、33 種類の癌からの 10,000 個の腫瘍の分子分類を支配します。 」 セル 。 173 (2): 291–304.e6。 土井 ： 10.1016/j.cell.2018.03.022 。 ISSN 1097-4172 。 PMC 5957518 。 PMID 29625048 。 ↑ マルタ、タチアン M.。ソコロフ、アルチョム。紳士、アンドリュー・J。ブルジコフスキー、トマシュ。ポアソン、ライラ。ワインスタイン、ジョン・N.カミンスカ、ボジェナ;ヒュルスケン、イェルク。オンバーグ、ラーソン。ゲベール、オリヴィエ。コラプリコ、アントニオ (2018-04-05)。 「機械学習により、発がん性脱分化に関連する幹性特徴が特定される」 。 セル 。 173 (2): 338–354.e15。 土井 ： 10.1016/j.cell.2018.03.034 。 ISSN 1097-4172 。 PMC 5902191 。 PMID 29625051 。 ↑ Berger, Ashton C.; Korkut, Anil; Kanchi, Rupa S.; Hegde, Apurva M.; Lenoir, Walter; Liu, Wenbin; Liu, Yuexin; Fan, Huihui; Shen, Hui; Ravikumar, Visweswaran; Rao, Arvind (2018-04-09). "婦人科癌および乳癌の包括的な全癌分子研究" . Cancer Cell . 33 (4): 690–705.e9. doi : 10.1016/j.ccell.2018.03.014 . ISSN 1878-3686 . PMC 5959730 . PMID 29622464 . ↑ 劉、楊。セティ、ニレイ S.樋上 敏則；シュナイダー、バーバラ G.チャーニアック、アンドリュー D.サンチェス・ベガ、フランシスコ。セオアネ、ホセ A.ファルシドファル、ファルシャド;ボウルビー、リアン。イスラム教、ミラズル。キム・ジェギル(2018-04-09)。 「消化管腺癌の比較分子分析」 。 がん細胞 。 33 (4): 721–735.e8。 土井 ： 10.1016/j.ccell.2018.03.010 。 ISSN 1878-3686 。 PMC 5966039 。 PMID 29622466 。 ↑ Campbell, Joshua D.; Yau, Christina; Bowlby, Reanne; Liu, Yuexin; Brennan, Kevin; Fan, Huihui; Taylor, Alison M.; Wang, Chen; Walter, Vonn; Akbani, Rehan; Byers, Lauren Averett (2018-04-03). "扁平上皮癌を区別するゲノム、パスウェイネットワーク、および免疫学的特徴" . Cell Reports . 23 (1): 194–212.e6. doi : 10.1016/j.celrep.2018.03.063 . ISSN 2211-1247 . PMC 6002769 . PMID 29617660 . ↑ Ricketts, Christopher J.; De Cubas, Aguirre A.; Fan, Huihui; Smith, Christof C.; Lang, Martin; Reznik, Ed; Bowlby, Reanne; Gibb, Ewan A.; Akbani, Rehan; Beroukhim, Rameen; Bottaro, Donald P. (2018-04-03). "The Cancer Genome Atlas 腎細胞癌の包括的分子特性評価" . Cell Reports . 23 (1): 313–326.e5. doi : 10.1016/j.celrep.2018.03.075 . ISSN 2211-1247 . PMC 6075733 . PMID 29617669 . ↑ ↑ ファン、クアンリン。マシュル、R.ジェイ。ウー、イーゲ。リッター、デボラ I.王嘉陰。ああ、クララ。パチュコウスカ、マルタ。レイノルズ、シーラ。ウィツァルコウスキー、マシュー A.オーク、ニナド。スコット、アダム D. (2018-04-05)。 「10,389 個の成人がんにおける病原性生殖系列変異体」 。 セル 。 173 (2): 355–370.e14。 土井 ： 10.1016/j.cell.2018.03.039 。 ISSN 1097-4172 。 PMC 5949147 。 PMID 29625052 。 ↑ Bailey, Matthew H.; Tokheim, Collin; Porta-Pardo, Eduard; Sengupta, Sohini; Bertrand, Denis; Weerasinghe, Amila; Colaprico, Antonio; Wendl, Michael C.; Kim, Jaegil; Reardon, Brendan; Ng, Patrick Kwok-Shing (2018-04-05). "がんドライバー遺伝子と変異の包括的な特徴付け" . Cell . 173 (2): 371–385.e18. doi : 10.1016/j.cell.2018.02.060 . ISSN 1097-4172 . PMC 6029450 . PMID 29625053 . ↑ Gao, Qingsong; Liang, Wen-Wei; Foltz, Steven M.; Mutharasu, Gnanavel; Jayasinghe, Reyka G.; Cao, Song; Liao, Wen-Wei; Reynolds, Sheila M.; Wyczalkowski, Matthew A.; Yao, Lijun; Yu, Lihua (2018-04-03). " Driver Fusions and Their Implications in the Development and Treatment of Human Cancers" . Cell Reports . 23 (1): 227–238.e3. doi : 10.1016/j.celrep.2018.03.050 . ISSN 2211-1247 . PMC 5916809. PMID 29617662 . ↑ ↑ Saltz, Joel; Gupta, Rajarsi; Hou, Le; Kurc, Tahsin; Singh, Pankaj; Nguyen, Vu; Samaras, Dimitris; Shroyer, Kenneth R.; Zhao, Tianhao; Batiste, Rebecca; Van Arnam, John (2018-04-03). "病理画像に対する深層学習を用いた腫瘍浸潤リンパ球の空間的組織と分子相関" . Cell Reports . 23 (1): 181–193.e7. doi : 10.1016/j.celrep.2018.03.086 . ISSN 2211-1247 . PMC 5943714 . PMID 29617659 . ↑ Taylor, Alison M.; Shih, Juliann; Ha, Gavin; Gao, Galen F.; Zhang, Xiaoyang; Berger, Ashton C.; Schumacher, Steven E.; Wang, Chen; Hu, Hai; Liu, Jianfang; Lazar, Alexander J. (2018-04-09). "がん異数性を理解するためのゲノムおよび機能的アプローチ" . Cancer Cell . 33 (4): 676–689.e3. doi : 10.1016/j.ccell.2018.03.007 . ISSN 1878-3686 . PMC 6028190 . PMID 29622463 . ↑ Chen, Han; Li, Chunyan; Peng, Xinxin; Zhou, Zhicheng; Weinstein, John N.; Cancer Genome Atlas Research Network; Liang, Han (2018-04-05). " A Pan-Cancer Analysis of Enhancer Expression in Nearly 9000 Patient Samples" . Cell . 173 (2): 386–399.e12. doi : 10.1016/j.cell.2018.03.027 . ISSN 1097-4172 . PMC 5890960. PMID 29625054 . ↑ Wang, Zehua; Yang, Bo; Zhang, Min; Guo, Weiwei; Wu, Zhiyuan; Wang, Yue; Jia, Lin; Li, Song; Cancer Genome Atlas Research Network; Xie, Wen; Yang, Da (2018-04-09). "lncRNA エピジェネティックランドスケープ解析により、EMIC1 が MYC と相互作用し、癌における細胞周期の進行を促進する癌遺伝子 lncRNA であることが同定された" . Cancer Cell . 33 (4): 706–720.e9. doi : 10.1016/j.ccell.2018.03.006 . ISSN 1878-3686 . PMC 6143179 . PMID 29622465 . ↑ Chiu, Hua-Sheng; Somvanshi, Sonal; Patel, Ektaben; Chen, Ting-Wen; Singh, Vivek P.; Zorman, Barry; Patil, Sagar L.; Pan, Yinghong; Chatterjee, Sujash S.; Cancer Genome Atlas Research Network; Sood, Anil K. (2018-04-03). "Pan-Cancer Analysis of lncRNA Regulation Supports Their Targeting of Cancer Genes in Each Tumor Context" . Cell Reports . 23 (1): 297–312.e12. doi : 10.1016/j.celrep.2018.03.064 . ISSN 2211-1247 . PMC 5906131 . PMID 29617668 . ↑ ジャヤシンハ、レイカ G.;曹操、宋。高、青松。マイケル・C・ウェンドル;ヴォー、ナム・シー。レイノルズ、シーラ M.趙、燕燕。クリメンテ＝ゴンサレス、ヘクター。チャイ、シェンジエ。王、方。ヴァルギーズ、ラジェス (2018-04-03)。 「癌におけるスプライス部位生成変異の体系的分析」 。 セルレポート 。 23 (1): 270–281.e3。 土井 ： 10.1016/j.celrep.2018.03.052 。 ISSN 2211-1247 。 PMC 6055527 。 PMID 29617666 。 ↑ Ellrott, Kyle; Bailey, Matthew H.; Saksena, Gordon; Covington, Kyle R.; Kandoth, Cyriac; Stewart, Chip; Hess, Julian; Ma, Singer; Chiotti, Kami E.; McLellan, Michael; Sofia, Heidi J. (2018-03-28). "複数のゲノムパイプラインを使用した腫瘍エクソームの変異検出のためのスケーラブルなオープンサイエンスアプローチ" . Cell Systems . 6 (3): 271–281.e7. doi : 10.1016/j.cels.2018.03.002 . ISSN 2405-4712 . PMC 6075717 . PMID 29596782 . ↑ Liu, Jianfang; Lichtenberg, Tara; Hoadley, Katherine A.; Poisson, Laila M.; Lazar, Alexander J.; Cherniack, Andrew D.; Kovatich, Albert J.; Benz, Christopher C.; Levine, Douglas A.; Lee, Adrian V.; Omberg, Larsson (2018-04-05). "An Integrated TCGA Pan-Cancer Clinical Data Resource to Drive High-Quality Survival Outcome Analytics" . Cell . 173 (2): 400–416.e11. doi : 10.1016/j.cell.2018.02.052 . ISSN 1097-4172 . PMC 6066282 . PMID 29625055 . ↑ Kahles, André; Lehmann, Kjong-Van; Toussaint, Nora C.; Hüser, Matthias; Stark, Stefan G.; Sachsenberg, Timo; Stegle, Oliver; Kohlbacher, Oliver; Sander, Chris; Cancer Genome Atlas Research Network; Rätsch, Gunnar (2018-08-13). "8,705 人の患者の腫瘍における代替スプライシングの包括的解析" . Cancer Cell . 34 (2): 211–224.e6. doi : 10.1016/j.ccell.2018.07.001 . ISSN 1878-3686 . PMC 9844097 . PMID 30078747 . S2CID 51923069 . ↑ サンチェス・ベガ、フランシスコ。ミナ、マルコ。アルメニア、ジョシュア。チャティラ、ワリド K.ルナ、オーガスティン。ラ、コナー C.ディミトリアドイ、ソフィア。リュー、デビッド L.カンテティ、ハビッシュ S.サガフィニア、サデグ。チャクラヴァルティ、デビヤニ（2018-04-05）。 「がんゲノムアトラスにおける発がん性シグナル伝達経路」 。 セル 。 173 (2): 321–337.e10。 土井 ： 10.1016/j.cell.2018.03.035 。 ISSN 1097-4172 。 PMC 6070353 。 PMID 29625050 。 ↑ Schaub, Franz X.; Dhankani, Varsha; Berger, Ashton C.; Trivedi, Mihir; Richardson, Anne B.; Shaw, Reid; Zhao, Wei; Zhang, Xiaoyang; Ventura, Andrea; Liu, Yuexin; Ayer, Donald E. (2018-03-28). "Pan-cancer Alterations of the MYC Oncogene and Its Proximal Network across the Cancer Genome Atlas" . Cell Systems . 6 (3): 282–300.e2. doi : 10.1016/j.cels.2018.03.003 . ISSN 2405-4712 . PMC 5892207 . PMID 29596783 . ↑ そうですね、グレゴリー P.。サンチェス・ベガ、フランシスコ。ラ、コナー。アルメニア、ジョシュア。チャティラ、ワリド K.ルナ、オーガスティン。サンダー、クリス。チャーニアック、アンドリュー D.ミナ、マルコ。シリエッロ、ジョバンニ。シュルツ、ニコラウス (2018-04-03)。 「機械学習はがんゲノムアトラスで汎がん Ras 経路活性化を検出 」 セルレポート 。 23 (1): 172–180.e3。 土井 ： 10.1016/j.celrep.2018.03.046 。 ISSN 2211-1247 。 PMC 5918694 。 PMID 29617658 。 ↑ Knijnenburg, Theo A.; Wang, Linghua; Zimmermann, Michael T.; Chambwe, Nyasha; Gao, Galen F.; Cherniack, Andrew D.; Fan, Huihui; Shen, Hui; Way, Gregory P.; Greene, Casey S.; Liu, Yuexin (2018-04-03). "Genomic and Molecular Landscape of DNA Damage Repair Deficiency across The Cancer Genome Atlas" . Cell Reports . 23 (1): 239–254.e6. doi : 10.1016/j.celrep.2018.03.076 . ISSN 2211-1247 . PMC 5961503 . PMID 29617664 . ↑ Peng, Xinxin; Chen, Zhongyuan; Farshidfar, Farshad; Xu, Xiaoyan; Lorenzi, Philip L.; Wang, Yumeng; Cheng, Feixiong; Tan, Lin; Mojumdar, Kamalika; Du, Di; Ge, Zhongqi (2018-04-03). "ヒト癌における代謝発現サブタイプの分子特性と臨床的関連性" . Cell Reports . 23 (1): 255–269.e4. doi : 10.1016/j.celrep.2018.03.077 . ISSN 2211-1247 . PMC 5916795 . PMID 29617665 . ↑ ゲー、チョンチー。レイトン、ジェイク・S。王夢夢。ペン、シンシン。陳中原。チェン、胡。孫、宇通。ヤオ、ファン。リー・ジュン；張恵文。劉建方（2018-04-03）。 「がんの種類にわたるユビキチン経路の統合ゲノム解析」 。 セルレポート 。 23 (1): 213–226.e3。 土井 ： 10.1016/j.celrep.2018.03.047 。 ISSN 2211-1247 。 PMC 5916807 。 PMID 29617661 。 ↑ Seiler, Michael; Peng, Shouyong; Agrawal, Anant A.; Palacino, James; Teng, Teng; Zhu, Ping; Smith, Peter G.; Cancer Genome Atlas Research Network; Buonamici, Silvia; Yu, Lihua (2018-04-03). "Somatic Mutational Landscape of Splicing Factor Genes and Their Functional Consequences across 33 Cancer Types" . Cell Reports . 23 (1): 282–296.e4. doi : 10.1016/j.celrep.2018.01.088 . ISSN 2211-1247 . PMC 5933844 . PMID 29617667 . ↑ Korkut, Anil; Zaidi, Sobia; Kanchi, Rupa S.; Rao, Shuyun; Gough, Nancy R.; Schultz, Andre; Li, Xubin; Lorenzi, Philip L.; Berger, Ashton C.; Robertson, Gordon; Kwong, Lawrence N. (2018-10-24). "A Pan-Cancer Analysis Reveals High-Frequency Genetic Alterations in Mediators of Signaling by the TGF-β Superfamily" . Cell Systems . 7 (4): 422–437.e7. doi : 10.1016/j.cels.2018.08.010 . ISSN 2405-4712 . PMC 6370347. PMID 30268436 . ↑ 王夢夢。徐暁燕。マグリック、デヤン。ディル、マイケル・T.モジュムダル、カマリカ。ン、パトリック・クォクシン;チョン、カンジン。ツァン、ユ・フエン。モレノ、ダニエラ。ババナ、ヴェンカタ・ヘマンジャニ。彭、新新 (2018-10-30)。 「がんにおける Hippo シグナル伝達経路の包括的な分子特性評価」 。 セルレポート 。 25 (5): 1304–1317.e5。 土井 ： 10.1016/j.celrep.2018.10.001 。 ISSN 2211-1247 。 PMC 6326181 。 PMID 30380420 。 ↑ Corces, M. Ryan; Granja, Jeffrey M.; Shams, Shadi; Louie, Bryan H.; Seoane, Jose A.; Zhou, Wanding; Silva, Tiago C.; Groeneveld, Clarice; Wong, Christopher K.; Cho, Seung Woo; Satpathy, Ansuman T. (2018-10-26). "ヒト原発癌のクロマチンアクセシビリティランドスケープ" . Science . 362 (6413). Bibcode : 2018Sci...362.1898C . doi : 10.1126/science.aav1898 . ISSN 0036-8075 . PMC 6408149 . PMID 30361341 .
外部リンク がんゲノムアトラス（TGCA）ホームページ 米国国立がん研究所（NCI）がんゲノミクスオフィス カリフォルニア大学サンタクルーズ校がんゲノムハブ NCI Wiki 