マクドネルゲノム研究所

マクドネルゲノム研究所

設立	1993
研究分野	ゲノミクス バイオインフォマティクス
監督	ジェフリー・ミルブラント
位置	ミズーリ州セントルイス
所属	ワシントン大学医学部
Webサイト	ゲノム

ミズーリ州セントルイスのワシントン大学にあるマクドネルゲノム研究所（エリザベスH.およびジェームズS.マクドネル3世ゲノム研究所）は、米国でNIHが資金提供している3つの大規模シーケンシングセンターのうちの1つです。^[1]ワシントン大学医学部およびアルビンJ.サイトマンがんセンターと提携しているマクドネルゲノム研究所は、人間の健康と病気、および進化と他の生物の生物学を理解することを目標に、ゲノミクス研究への新しいアプローチを作成、テスト、実装しています。

1993年に設立されたマクドネルゲノム研究所（旧称ゲノムシーケンシングセンターおよびゲノム研究所）は、ヒトゲノムプロジェクトの主要メンバーとして始まり、最終的に完成した配列の25％以上を提供しました。^[2] 2000年にヒトゲノムの作業草案が完成し、2003年にヒトゲノムの配列が完成した後、マクドネルゲノム研究所は、その配列決定および分析スキルを他の多くの生物のゲノムの決定に転用し、これらの種の最初の参照配列を提供しました。^[3] 2014年、市民指導者であり長年の慈善家であるエリザベスH.マクドネルとジェームズS.マクドネル3世は、ゲノム研究所に2,500万ドルを寄付することを約束し、ワシントン大学のエリザベスH.およびジェームズS.マクドネル3世ゲノム研究所に改名されました。^[4]

• がんゲノムアトラスは、成人のがん患者とその腫瘍の DNA 配列を比較して、がんにとって重要な遺伝子の変化を特定します。
• ヒトマイクロバイオームプロジェクトは、人間の健康と病気に関与する微生物のゲノム配列を解析しています。
• 1000ゲノムプロジェクトは、遺伝子コードに書き込まれた膨大な人間の多様性をカタログ化することを目指しています。
• ワシントン大学がんゲノムイニシアチブは、数百の腫瘍および正常サンプルのゲノムの配列を決定します。
• 小児がんゲノムプロジェクトは、セントジュード小児研究病院との共同プロジェクトであり、世界で最も致命的な小児がんの原因となる遺伝子の変化を特定します。
• メディカル シーケンシングは、メタボリック シンドロームや視覚関連障害などの疾患のシーケンスをターゲットにして、患者の治療を個別化するのに役立ちます。

マクドネル ゲノム研究所では、さまざまな分野から 300 名を超える常勤の教員とスタッフが雇用されています。主なスタッフは次のとおりです。

ジェフリー・ミルブラント博士（医学博士、博士号）：ミルブラント博士はマクドネルゲノム研究所の所長です。

全ゲノム再配列:全ゲノム再配列グループは、主にがんに重点を置いたヒト疾患ゲノム研究のためのサンプル取り込み、生産配列、配列分析パイプラインの開発と最適化に重点を置いています。

De Novo アセンブリ: De Novo アセンブリ グループは、さまざまな種のゲノムの配列決定された断片を取得し、それらを可能な限り連続的かつ正確に組み立てる役割を担っています。

微生物ゲノミクス:微生物ゲノミクス グループは、個々の細菌の配列決定から微生物種の集団ゲノミクス研究、複雑なメタゲノム サンプルの分析まで、幅広い活動を行っています。

ターゲット再配列:ターゲット再配列グループは、PCR やハイブリッド選択技術など、さまざまな方法を使用してゲノムの特定の領域を配列します。

トランスクリプトーム:トランスクリプトーム グループは、RNA の次世代シーケンシングに基づいて、トランスクリプトームのシーケンシングと分析のさまざまな側面に取り組んでいます。

マクドネル ゲノム研究所は、適切な品質分析が完了するまで、すべての配列データを研究コミュニティに公開します。このデータの一部は暫定的なものであり、欠落やエラーが発生する可能性があります。また、新しいデータやアセンブリ バージョンの可用性に応じてデータが変更されます。

NHGRIのデータ公開ポリシーに従い、すべてのユーザーはマクドネルゲノム研究所をデータソースとして認めなければなりません。 ^[5]

マクドネルゲノム研究所のアウトリーチ部門は、国立ヒトゲノム研究所のマイノリティ行動計画に応えて2003年に設立されました。 ^[6]設立以来、アウトリーチ部門は、ゲノミクスとマクドネルゲノム研究所がこの分野で果たす役割について、K-12の生徒とコミュニティ全体を教育する活動を行ってきました。アウトリーチ部門は、ツアー、プレゼンテーション、科学フェア、さまざまなオフサイト訪問を通じて何千人ものパトロンを受け入れてきました。部門は、ゲノミクス/遺伝学の分野で博士号を取得する少数派の数を増やすことを目的とした、ゲノミクス研究の機会を設立しました。OGRの下で2つのプログラムが実施されており、学部生（学部生研究員）と最近大学を卒業した人（集中研究）に研究の機会を提供しています。

マクドネル ゲノム研究所は、ミズーリ州セントルイスのワシントン大学医学部キャンパス内、フォレスト パーク アベニュー 4444 にあります。メトロリンク(セントラル ウェスト エンド駅) でアクセスできます。

マクドネル ゲノム研究所には、通りの向かい側、ニューステッド アベニュー 222 番地に別のデータ センターがあります。2,000 万ドルをかけて建設された 16,000 平方フィートのデータ センターには、100 ラックを超える高密度コンピューティング システムとストレージ システムを収容できる、完全に冗長化された電源システムと冷却システムが備わっています。

マクドネルゲノム研究所のデータセンターは、医学部のキャンパスで最初の「グリーン」な建物であり、米国グリーンビルディング協会からエネルギーと環境デザインにおけるリーダーシップ（LEED）のゴールド認定を受けています。^[7]データセンターには、上げ床、冗長電源、冷却装置を備えた1,200平方フィート（110 m ²）のレガシーサーバールームもあります。

• 公式サイト

北緯38度38分13.7秒 西経90度15分24.8秒 / 北緯38.637139度 西経90.256889度 / 38.637139; -90.256889