TATA結合タンパク質

TATA結合タンパク質（TBP ）は、TATAボックスと呼ばれるDNA配列に結合する一般的な転写因子です。このDNA配列は、一部の真核生物遺伝子プロモーターの転写開始部位から約30 塩基対上流に位置しています。^[⁵^]

TBP遺伝子ファミリー

TBPは、TBP関連因子の小さな遺伝子ファミリーの一員です。^{[ 6 ]}最初のTBP関連因子（TRF/TRF1）はショウジョウバエで同定されましたが、ハエまたは昆虫に特異的であるようです。その後、TBPL1 /TRF2は多くの多細胞動物のゲノムで見つかりましたが、脊椎動物のゲノムには3番目の脊椎動物ファミリーメンバーであるTBPL2 /TRF3がコードされています。特定の細胞型または特定のプロモーターでは、TBPはこれらのTBP関連因子のいずれかに置き換えられることがあり、これらの因子のいくつかはTBPと同様にTATAボックスと相互作用します。

転写因子としての役割

TBPは真核生物の一般転写因子 TFIIDのサブユニットである。TFIIDはRNAポリメラーゼII（RNA Pol II）の転写開始前複合体の形成中にDNAに結合する最初のタンパク質である。 ^[⁷^]転写開始前複合体の中で配列特異的にDNAに結合する数少ないタンパク質の1つとして、RNAポリメラーゼIIを遺伝子の転写開始部位に配置するのに役立つ。しかし、ヒトのプロモーターのうちTATAボックスを持つのは10～20%に過ぎず、大部分のヒトのプロモーターは TATAボックスを持たないハウスキーピング遺伝子のプロモーターであるため、TBPはおそらくRNAポリメラーゼIIの配置に関与する唯一のタンパク質ではない。これらのプロモーターへのTBPの結合はハウスキーピング遺伝子調節因子によって促進される。^[⁸^]^[⁹^]興味深いことに、TATAボックスを含むプロモーターでは、転写はTATAボックスから約30 bp下流の狭い領域内で開始されるのに対し、^[¹⁰^] TATAボックスを持たないプロモーターの転写開始部位は200 bpの領域内に分散している。^[¹¹^]^[⁹^]

TFIIDが遺伝子のプロモーター領域にあるTATAボックスに結合すると、RNAポリメラーゼIIが転写を開始するために必要な他の因子がリクルートされる。リクルートされる他の転写因子には、TFIIA、TFIIB、TFIIFなどがある。これらの転写因子はそれぞれ複数のタンパク質サブユニットから構成されている。

TBPはRNAポリメラーゼIおよびRNAポリメラーゼIIIによる転写にも重要であり、したがって3つのRNAポリメラーゼすべてによる転写開始に関与している。^{[ 12 ]}

TBPは、 DNAを80°曲げることでDNA の融解（二本鎖の分離）に関与する（TBPが結合するATリッチ配列が融解を促進する）。TBPは、βシートを用いてDNAのマイナーグルーブに結合するという点で、特異なタンパク質である。

TBPのもう1つの特徴は、タンパク質のN末端にある長いグルタミン鎖です。この領域はC末端のDNA結合活性を調節し、DNA結合の調節は転写複合体の形成速度と転写の開始に影響を与えます。このポリグルタミン鎖をコードするCAGリピートの数を増やし、ポリグルタミン鎖の長さを増加させる変異は、ポリグルタミン病に分類される神経変性疾患である脊髄小脳失調症17型と関連しています。^[¹³^]

DNA-タンパク質相互作用

TBPがDNA内のTATAボックスに結合すると、塩基対間にアミノ酸側鎖を挿入し、らせん構造を部分的にほどいて二重に屈曲させることでDNAを歪ませます。この歪みは、タンパク質とDNA間の表面接触面積が大きいことによって生じます。TBPは、正電荷を帯びたリジンとアルギニンのアミノ酸残基を介して、DNA骨格中の負電荷を帯びたリン酸基と結合します。DNAの急激な屈曲は、4つの大きなフェニルアラニン残基がDNAのマイナーグルーブに突き出すことによって生じます。DNAが屈曲するにつれて、TBPとの接触面積が増加し、DNAとタンパク質の相互作用が強化されます。

この相互作用によってDNAに加わるひずみが、鎖の融解、すなわち分離を引き起こします。このDNA領域はアデニンとチミン残基が豊富で、これらはわずか2つの水素結合で塩基対を形成しているため、DNA鎖はより容易に分離します。2本の鎖が分離すると塩基が露出し、RNAポリメラーゼIIが遺伝子の転写を開始できるようになります。

TBPのC末端はらせん状の構造をしており、DNAのTATAボックス領域に（不完全に）相補的に結合する。この不完全性により、DNAは結合時に受動的に屈曲することが可能となる。

細胞内でのTBPの使用に関する情報については、RNAポリメラーゼI、RNAポリメラーゼII、およびRNAポリメラーゼIIIを参照してください。

タンパク質間相互作用

TATA結合タンパク質は、以下のタンパク質と相互作用することが示されている。

BRF1、^{[ 14 ]}^{[ 15 ]}
BTAF1、^{[ 16 ]}^{[ 17 ]}
C-Fos、^{[ 18 ]}
C-jun、^{[ 19 ]}
EDF1、^{[ 20 ]}^{[ 21 ]}^{[ 22 ]}
GTF2B (TFIIB)、^{[ 23 ]}^{[ 24 ]}
GTF2A1（TFIIAサブユニット1）、^{[ 23 ]}^{[ 25 ]}^{[ 26 ]}^{[ 27 ]}
GTF2F1（TFIIFサブユニット1）^{[ 16 ]}^{[ 28 ]}^{[ 29 ]}
GTF2H4（TFIIHサブユニット4）、^{[ 16 ]}
Mdm2、^{[ 30 ]}^{[ 31 ]}
MSX1、^{[ 32 ]}^{[ 33 ]}^{[ 34 ]}
NFYB、^{[ 35 ]}
P53、^{[ 36 ]}^{[ 37 ]}
PAX6、^{[ 37 ]}
POLR2A、^{[ 16 ]}
POU2F1、^{[ 38 ]}
RELA、^{[ 39 ]}^{[ 40 ]}
NR2B1、^{[ 41 ]}
TAF1、^{[ 35 ]}^{[ 42 ]}^{[ 43 ]}^{[ 44 ]}
TAF4、^{[ 45 ]}
TAF5、^{[ 35 ]}^{[ 43 ]}^{[ 46 ]}
TAF6、^{[ 35 ]}^{[ 43 ]}^{[ 45 ]}
TAF7、^{[ 35 ]}^{[ 45 ]}
TAF9 . ^{[ 35 ]}^{[ 47 ]}
TAF10、^{[ 35 ]}^{[ 43 ]}
TAF11、^{[ 35 ]}^{[ 48 ]}^{[ 49 ]}
TAF13、^{[ 48 ]}および
TAF15 . ^{[ 50 ]}

複雑なアセンブリ

TATAボックス結合タンパク質（TBP）は、 TATAボックスの有無にかかわらず、 RNAポリメラーゼI、II、IIIによる転写開始に必要である。 ^[⁵¹^]^[⁵²^] TATAボックスのないプロモーターが存在する場合、TBPはTBP関連因子（TAF）の助けを借りて結合する。^[⁵³^]^[⁵⁴^] TBPは、一般的な転写因子TFIIA、-B、-D、-E、-Hを含む多数の因子と結合し、コアプロモーター上に巨大な多サブユニット前開始複合体を形成する。TBPは、さまざまな転写因子との結合を介して、さまざまなRNAポリメラーゼからの転写を開始することができる。TBP様（TBPL）タンパク質を含む、いくつかの関連するTBPが存在する。^[⁵⁵^]

構造

TBPのC末端コア（約180残基）は高度に保存されており、 DNAをまたぐ鞍型構造を形成する88アミノ酸の繰り返し配列が2つ含まれています。この領域はTATAボックスに結合し、転写因子や調節タンパク質と相互作用します。^[⁵⁶^]対照的に、N末端領域は長さと配列の両方で変化します。

参考文献

1 2 3 GRCh38: Ensemblリリース89: ENSG00000112592 – Ensembl、2017年5月
1 2 3 GRCm38: Ensembl リリース 89: ENSMUSG00000014767 – Ensembl、2017年5月
↑ 「ヒトPubMed参照:」。米国国立生物工学情報センター、米国国立医学図書館。
↑ 「マウス PubMed 参照:」。米国国立生物工学情報センター、米国国立医学図書館。
↑ Kornberg RD (2007). "真核生物転写の分子基盤" . Proc. Natl. Acad. Sci. USA . 104 (32): 12955– 61. Bibcode : 2007PNAS..10412955K . doi : 10.1073/pnas.0704138104 . PMC 1941834 . PMID 17670940 .
↑ Akhtar W 、Veenstra GJ (2011年1月1日)。「TBP関連因子：転写開始における多様性のパラダイム」。Cell & Bioscience。1 ( 1 ): 23。doi : 10.1186/2045-3701-1-23。PMC 3142196。PMID 21711503。
↑ Lee TI、Young RA (2000)。「真核生物のタンパク質コード遺伝子の転写」。Annual Review of Genetics。34：77–137。doi ： 10.1146 / annurev.genet.34.1.77。PMID 11092823。
↑ Lam KC、Mühlpfordt F、Vaquerizas JM、Raja SJ、Holz H、Luscombe NM、Manke T、Akhtar A (2012)。「NSL複合体はショウジョウバエのハウスキーピング遺伝子を制御する」。PLOS Genetics。8 ( 6 ) e1002736。doi : 10.1371 / journal.pgen.1002736。PMC 3375229。PMID 22723752。
1 2 Lam KC、Chung HR、Semplicio G、Iyer SS、Gaub A、Bhardwaj V、Holz H、Georgiev P、Akhtar A (2019 年 2 月)。「NSL 複合体を介したヌクレオソームランドスケープは、転写の忠実性と転写ノイズの抑制を維持するために必要である」。Genes & Development。33 ( 7–8 ) : 452–465。doi : 10.1101 / gad.321489.118。PMC 6446542。PMID 30819819。
↑カルニンチ P、サンデリン A、レンハルト B、片山 S、下川 K、ポンジャヴィッチ J他(2006 年 6 月)。「哺乳類のプロモーターの構造と進化のゲノムワイドな分析」。自然遺伝学。38 (6): 626–35 .土井: 10.1038/ng1789。PMID 16645617。S2CID 22205897。
↑ Ni T、Corcoran DL、Rach EA、Song S、Spana EP、Gao Y、Ohler U、Zhu J (2010年7月)。「転写開始の複雑なランドスケープをマッピングするためのペアエンドシーケンス戦略」。Nature Methods。7 (7): 521–7。doi : 10.1038 / nmeth.1464。PMC 3197272。PMID 20495556。
↑ヴァンニーニ A、クレイマー P (2012 年 2 月)。「RNAポリメラーゼI、II、III転写開始機構間の保存」。分子細胞。45 (4): 439–46 .土井: 10.1016/j.molcel.2012.01.023。hdl : 11858/00-001M-0000-0015-483A-5。PMID 22365827。
↑ 「Entrez Gene: TBP TATAボックス結合タンパク質」。
↑ McCulloch V、Hardin P、Peng W、Ruppert JM、Lobo - Ruppert SM (2000年8月)。「代替スプライシングされたhBRFバリアントは、異なるRNAポリメラーゼIIIプロモーターで機能する」。EMBO J。19 ( 15 ): 4134–43。doi : 10.1093/ emboj /19.15.4134。PMC 306597。PMID 10921893。
↑ Wang Z、Roeder RG (1995 年 7 月)。「進化的に保存され、TFIIB および高移動度グループタンパク質 2 関連ドメインの両方を含むヒト転写因子 TFIIIB サブユニットの構造と機能」。米国科学アカデミー紀要。92 ( 15 ) : 7026–30。Bibcode : 1995PNAS ...92.7026W。doi : 10.1073 / pnas.92.15.7026。PMC 41464。PMID 7624363。
1 2 3 4 Scully R、Anderson SF、Chao DM、Wei W、Ye L、Young RA、Livingston DM、Parvin JD (1997 年 5 月)。「BRCA1はRNA ポリメラーゼ II ホロ酵素の構成要素である」。Proc . Natl . Acad . Sci. USA。94 ( 11 ): 5605–10。Bibcode : 1997PNAS...94.5605S。doi : 10.1073/ pnas.94.11.5605。PMC 20825。PMID 9159119。
↑ Chicca JJ、Auble DT、Pugh BF (1998 年 3 月)。「酵母 Mot1 のヒト相同体である TAF-172 のクローニングと生化学的特性解析」。Mol . Cell. Biol . 18 (3): 1701–10 . doi : 10.1128/MCB.18.3.1701 . PMC 108885 . PMID 9488487 .
↑ Metz R、Bannister AJ、Sutherland JA、Hagemeier C、O'Rourke EC、Cook A、Bravo R、Kouzarides T (1994 年 9 月)。「c-Fos による TATA ボックス含有プロモーターの活性化には、TATA ボックス結合タンパク質との直接接触が関与する」。Mol . Cell. Biol . 14 (9): 6021–9 . doi : 10.1128/MCB.14.9.6021 . PMC 359128. PMID 8065335 .
↑ Franklin CC、McCulloch AV、Kraft AS (1995 年 2 月)。「Jun タンパク質ファミリーと一般的な転写因子 TBP および TFIIB の in vitro での結合」。Biochem . J. 305 ( 3): 967–74 . doi : 10.1042/bj3050967 . PMC 1136352. PMID 7848298 .
↑ Brendel C、Gelman L、Auwerx J (2002年6月)。「多タンパク質架橋因子-1 (MBF-1) は脂質代謝を調節する核内受容体の補因子である」。Mol . Endocrinol . 16 (6): 1367–77 . doi : 10.1210/mend.16.6.0843 . PMID 12040021 .
↑ Mariotti M、De Benedictis L、Avon E、Maier JA (2000年8月)。「in vitroおよびin vivoにおける内皮分化関連因子-1とカルモジュリンの相互作用」。J . Biol. Chem . 275 (31): 24047–51 . doi : 10.1074/jbc.M001928200 . PMID 10816571 .
↑ Kabe Y, Goto M, Shima D, Imai T, Wada T, Morohashi Ki, Shirakawa M, Hirose S, Handa H (1999年11月). "ヒトMBF1の転写共活性化因子としての役割" . J. Biol. Chem . 274 (48): 34196– 202. doi : 10.1074/jbc.274.48.34196 . PMID 10567391 .
1 2 Tang H、Sun X、Reinberg D、Ebright RH (1996 年 2 月)。「真核生物の転写開始におけるタンパク質間相互作用：開始前複合体の構造」。Proc . Natl . Acad . Sci. USA。93 ( 3 ) : 1119–24。Bibcode : 1996PNAS... 93.1119T。doi : 10.1073 / pnas.93.3.1119。PMC 40041。PMID 8577725。
↑ Bushnell DA、Westover KD、Davis RE、Kornberg RD (2004 年 2 月)。「転写の構造的基盤：4.5 オングストロームの RNA ポリメラーゼ II-TFIIB共結晶」。Science。303 ( 5660 ) : 983–8。Bibcode : 2004Sci ... 303..983B。doi : 10.1126 / science.1090838。PMID 14963322。S2CID 36598301。
↑ DeJong J、Bernstein R、Roeder RG (1995 年 4 月)。「ヒト一般転写因子 TFIIA: 小サブユニットをコードする cDNA の特性と基本転写および活性化転写の必要性」。Proc . Natl . Acad . Sci . USA。92 (8 ) : 3313–7。Bibcode : 1995PNAS ... 92.3313D。doi : 10.1073 / pnas.92.8.3313。PMC 42156。PMID 7724559。
↑ Ozer J、Mitsouras K、Zerby D、Carey M、Lieberman PM (1998年6月)。「転写因子IIAはTATA結合タンパク質（TBP）関連因子によるTBP-DNA結合阻害を脱抑制する」。J . Biol. Chem . 273 (23): 14293–300 . doi : 10.1074/jbc.273.23.14293 . PMID 9603936 .
↑ Sun X 、 Ma D、Sheldon M、Yeung K、Reinberg D (1994 年 10 月)。「組換えポリペプチドからのヒト TFIIA 活性の再構成: TFIID を介した転写における役割」。Genes Dev。8 ( 19 ): 2336–48。doi : 10.1101 /gad.8.19.2336。PMID 7958900。
↑ Ruppert S、Tjian R (1995年11月)。「ヒトTAFII250はRAP74と相互作用する：RNAポリメラーゼII開始への影響」。Genes Dev . 9 (22): 2747–55 . doi : 10.1101/gad.9.22.2747 . PMID 7590250 .
↑ Malik S、Guermah M、Roeder RG (1998 年 3 月)。「RNA ポリメラーゼ II 転写における PC4 コアクチベーター機能の動的モデル」。Proc . Natl. Acad. Sci. USA。95 ( 5 ) : 2192–7。Bibcode : 1998PNAS ... 95.2192M。doi : 10.1073 / pnas.95.5.2192。PMC 19292。PMID 9482861。
↑ Thut CJ、Goodrich JA、Tjian R (1997年8月)。「MDM2によるp53媒介転写の抑制：二重のメカニズム」。Genes Dev。11 ( 15 ) : 1974–86。doi : 10.1101/ gad.11.15.1974。PMC 316412。PMID 9271120。
↑ Léveillard T、Wasylyk B (1997 年 12 月)。「MDM2 の C 末端領域は TAFII250 に結合し、サイクリン A プロモーターの MDM2 制御に必要である」。J . Biol. Chem . 272 (49): 30651–61 . doi : 10.1074/jbc.272.49.30651 . PMID 9388200 .
↑ Shetty S、Takahashi T、Matsui H、Ayengar R、Raghow R (1999 年 5 月)。「Msx1 遺伝子の転写自己抑制は、Msx1 タンパク質と、TATA 結合タンパク質、Sp1、および cAMP 応答エレメント結合タンパク質結合タンパク質 (CBP/p300) を含む多タンパク質転写複合体との相互作用によって媒介される」。Biochem . J. 339 ( 3): 751–8 . doi : 10.1042/0264-6021:3390751 . PMC 1220213. PMID 10215616 .
↑ Zhang H, Hu G, Wang H, Sciavolino P, Iler N, Shen MM, Abate-Shen C (1997 年 5 月). "Msx および Dlx ホメオタンパク質のヘテロ二量体化は機能的拮抗をもたらす" . Mol. Cell. Biol . 17 (5): 2920– 32. doi : 10.1128/mcb.17.5.2920 . PMC 232144 . PMID 9111364 .
↑ Zhang H、Catron KM、Abate-Shen C (1996 年 3 月)。「転写調節における Msx-1 ホメオドメインの役割: N 末端アームの残基が TATA 結合タンパク質との相互作用と転写抑制を媒介する」。Proc . Natl . Acad . Sci. USA。93 ( 5 ) : 1764–9。Bibcode : 1996PNAS ... 93.1764Z。doi : 10.1073 / pnas.93.5.1764。PMC 39855。PMID 8700832。
1 2 3 4 5 6 7 8 Bellorini M、Lee DK、Dantonel JC、Zemzoumi K、Roeder RG、Tora L、Mantovani R (1997 年 6 月)。「CCAAT 結合 NF-Y-TBP 相互作用: NF-YB および NF-YC は、TBP 塩基性残基との結合のために、ヒストンフォールドモチーフに隣接する短いドメインを必要とする」。Nucleic Acids Res。25 ( 11 ) : 2174–81。doi : 10.1093 / nar / 25.11.2174。PMC 146709。PMID 9153318。
↑ Seto E, Usheva A, Zambetti GP, Momand J, Horikoshi N, Weinmann R, Levine AJ, Shenk T (1992年12月). "野生型p53はTATA結合タンパク質に結合し、転写を抑制する" . Proc. Natl. Acad. Sci. USA . 89 (24): 12028– 32. Bibcode : 1992PNAS...8912028S . doi : 10.1073/pnas.89.24.12028 . PMC 50691 . PMID 1465435 .
1 2 Cvekl A、Kashanchi F、Brady JN、Piatigorsky J (1999年6月)。「Pax-6とTATAボックス結合タンパク質および網膜芽細胞腫タンパク質との相互作用」。Invest . Ophthalmol. Vis. Sci . 40 (7): 1343–50 . PMID 10359315。
↑ Zwilling S、Annweiler A、Wirth T (1994 年 5 月)。「Oct1 および Oct2 転写因子の POU ドメインは TBP との特異的な相互作用を媒介する」。Nucleic Acids Res . 22 (9): 1655–62 . doi : 10.1093 / nar/22.9.1655 . PMC 308045. PMID 8202368 .
↑ Guermah M、Malik S、Roeder RG (1998年6月)。「NF-κBおよびSp1によるヒト免疫不全ウイルスプロモーターの転写活性化におけるTFIIDおよびUSAコンポーネントの関与」。Mol . Cell. Biol . 18 (6): 3234–44 . doi : 10.1128/mcb.18.6.3234 . PMC 108905. PMID 9584164 .
↑ Schmitz ML、Stelzer G、Altmann H、Meisterernst M、Baeuerle PA (1995 年 3 月)。「p65 NF-κB の COOH 末端転写活性化ドメインと TATA 結合タンパク質、転写因子 IIB、および共活性化因子との相互作用」。J . Biol. Chem . 270 (13): 7219–26 . doi : 10.1074/jbc.270.13.7219 . PMID 7706261 .
↑ Schulman IG、Chakravarti D、Juguilon H、Romo A、Evans RM (1995 年 8 月)。「レチノイド X 受容体と TATA 結合タンパク質の保存領域との相互作用は、ホルモン依存性転写活性化を媒介する」。Proc . Natl . Acad . Sci. USA。92 ( 18 ) : 8288–92。Bibcode : 1995PNAS ... 92.8288S。doi : 10.1073 /pnas.92.18.8288。PMC 41142。PMID 7667283。
↑ Siegert JL、Robbins PD (1999 年 1 月)。「Rb は TATA 結合タンパク質関連因子 TAFII250 の固有のキナーゼ活性を阻害する」。Mol . Cell. Biol . 19 (1): 846–54 . doi : 10.1128/MCB.19.1.846 . PMC 83941 . PMID 9858607 .
1 2 3 4 Ruppert S、Wang EH 、 Tjian R ( 1993年 3月)。「ヒトTAFII250のクローニングと発現:細胞周期制御に関与する TBP 関連因子」。Nature。362 ( 6416 ): 175–9。Bibcode : 1993Natur.362..175R。doi : 10.1038 /362175a0。PMID 7680771。S2CID 4364676。
↑ O'Brien T、Tjian R (1998 年 5月)。「ヒト TAFII250 N 末端キナーゼドメインの機能解析」。Mol . Cell。1 ( 6): 905–11。doi : 10.1016/S1097-2765( 00 ) 80089-1。PMID 9660973。
1 2 3 Pointud JC、Mengus G、Brancorsini S、Monaco L、Parvinen M、Sassone-Corsi P、Davidson I (2003 年 5 月)。「転写因子 TFIID サブユニット TAF7 のパラログである TAF7L の細胞内局在は、雄性生殖細胞分化中に発生的に制御される」。J . Cell Sci . 116 (Pt 9): 1847–58 . doi : 10.1242/jcs.00391 . PMID 12665565. S2CID 24519687 .
↑タオ Y、ゲルマー M、マルティネス E、エルゲシュレーガー T、長谷川 S、高田 R、山本 T、堀越 M、ローダー RG (1997 年 3 月)。「ヒトTAFII100の特異的相互作用と潜在的機能」。Ｊ．Ｂｉｏｌ．化学。272 (10): 6714–21 .土井: 10.1074/jbc.272.10.6714。PMID 9045704。
↑ Martinez E、Palhan VB、Tjernberg A、Lymar ES、Gamper AM、Kundu TK、Chait BT、Roeder RG (2001 年 10 月)。「ヒト STAGA 複合体は、生体内で pre-mRNA スプライシング因子および DNA 損傷結合因子と相互作用するクロマチンアセチル化転写共活性化因子である」。Mol . Cell. Biol . 21 (20): 6782–95 . doi : 10.1128/MCB.21.20.6782-6795.2001 . PMC 99856. PMID 11564863 .
1 2 Mengus G、May M、Jacq X、Staub A、Tora L、Chambon P、Davidson I (1995 年 4 月)。「hTAFII18 、hTAFII20、hTAFII28のクローニングと特性解析: ヒト転写因子 TFIID の 3つのサブユニット」。EMBO J。14 (7): 1520–31。doi : 10.1002 / j.1460-2075.1995.tb07138.x。PMC 398239。PMID 7729427。
↑ May M、Mengus G、Lavigne AC、Chambon P、Davidson I (1996年6月)。「ヒトTAF(II28)はレチノイドX受容体の活性化機能2による転写刺激を促進する」。EMBO J。15 ( 12 ) : 3093–104。doi : 10.1002 / j.1460-2075.1996.tb00672.x。PMC 450252。PMID 8670810。
↑ Hoffmann A、Roeder RG (1996年7月)。「ヒトTAF20/15のクローニングと特性解析。複数の相互作用はTFIID複合体形成における中心的な役割を示唆する」。J . Biol. Chem . 271 (30): 18194–202 . doi : 10.1074/jbc.271.30.18194 . PMID 8663456 .
↑ Hochheimer A、Tjian R (2003年6月)。「多様な転写開始複合体はプロモーター選択性と組織特異的遺伝子発現を拡大する」。Genes & Development。17 ( 11 ) : 1309–20。doi : 10.1101/gad.1099903。PMID 12782648。
↑ Pugh BF (2000年9月)「TATA結合タンパク質の調節による遺伝子発現の制御」Gene . 255 (1): 1– 14. doi : 10.1016/s0378-1119(00)00288-2 . PMID 10974559 .
↑ウィーバー、ロバート・フランクリン（2012年1月1日）。分子生物学。マグロウヒル。ISBN 978-0-07-352532-7. OCLC 789601172 .
↑ Louder RK、He Y、López-Blanco JR、Fang J、Chacón P、Nogales E (2016 年 3 月)。「プロモーターに結合したTFIIDの構造とヒト転写開始前複合体アセンブリのモデル」。Nature。531 (7596): 604–9。Bibcode : 2016Natur.531..604L。doi : 10.1038 / nature17394。PMC 4856295。PMID 27007846。
↑ Davidson I (2003年7月)「TBPおよびTBP関連因子の遺伝学」Trends in Biochemical Sciences . 28 (7): 391–8 . doi : 10.1016/S0968-0004(03)00117-8 . PMID 12878007 .
↑ニコロフ DB、フー SH、リン J、ガッシュ A、ホフマン A、堀越 M、チュア NH、ローダー RG、バーリー SK (1992 年 11 月)。「TFIID TATA-box 結合タンパク質の結晶構造」。自然。360 (6399): 40–6 . Bibcode : 1992Natur.360...40N。土井：10.1038/360040a0。PMID 1436073。S2CID 4307043。

外部リンク

GeneReviews/NCBI/NIH/UW 脊髄小脳失調症 17 型に関するエントリー
massey.ac.nz のインタラクティブな TBP 構造
PDB今月の分子：TATA結合タンパク質
米国国立医学図書館の医学主題見出し（MeSH）におけるTATAボックス結合タンパク質
ファクターブックTBP
UniProt : P20226 (ヒトTATAボックス結合タンパク質)のPDBで利用可能なすべての構造情報の概要( PDBe-KB) 。

[refGRCh38Ensembl-1] 1 2 3 GRCh38: Ensemblリリース89: ENSG00000112592 – Ensembl、2017年5月

[refGRCm38Ensembl-2] 1 2 3 GRCm38: Ensembl リリース 89: ENSMUSG00000014767 – Ensembl、2017年5月

[3] 「ヒトPubMed参照:」。米国国立生物工学情報センター、米国国立医学図書館。

[4] 「マウス PubMed 参照:」。米国国立生物工学情報センター、米国国立医学図書館。

[pmid17670940-5] Kornberg RD (2007). "真核生物転写の分子基盤" . Proc. Natl. Acad. Sci. USA . 104 (32): 12955– 61. Bibcode : 2007PNAS..10412955K . doi : 10.1073/pnas.0704138104 . PMC 1941834 . PMID 17670940 .

[6] Akhtar W 、Veenstra GJ (2011年1月1日)。「TBP関連因子：転写開始における多様性のパラダイム」。Cell & Bioscience。1 ( 1 ): 23。doi : 10.1186/2045-3701-1-23。PMC 3142196。PMID 21711503。

[pmid11092823-7] Lee TI、Young RA (2000)。「真核生物のタンパク質コード遺伝子の転写」。Annual Review of Genetics。34：77–137。doi ： 10.1146 / annurev.genet.34.1.77。PMID 11092823。

[8] Lam KC、Mühlpfordt F、Vaquerizas JM、Raja SJ、Holz H、Luscombe NM、Manke T、Akhtar A (2012)。「NSL複合体はショウジョウバエのハウスキーピング遺伝子を制御する」。PLOS Genetics。8 ( 6 ) e1002736。doi : 10.1371 / journal.pgen.1002736。PMC 3375229。PMID 22723752。

[:0-9] 1 2 Lam KC、Chung HR、Semplicio G、Iyer SS、Gaub A、Bhardwaj V、Holz H、Georgiev P、Akhtar A (2019 年 2 月)。「NSL 複合体を介したヌクレオソームランドスケープは、転写の忠実性と転写ノイズの抑制を維持するために必要である」。Genes & Development。33 ( 7–8 ) : 452–465。doi : 10.1101 / gad.321489.118。PMC 6446542。PMID 30819819。

[10] カルニンチ P、サンデリン A、レンハルト B、片山 S、下川 K、ポンジャヴィッチ J他(2006 年 6 月)。「哺乳類のプロモーターの構造と進化のゲノムワイドな分析」。自然遺伝学。38 (6): 626–35 .土井: 10.1038/ng1789。PMID 16645617。S2CID 22205897。

[11] Ni T、Corcoran DL、Rach EA、Song S、Spana EP、Gao Y、Ohler U、Zhu J (2010年7月)。「転写開始の複雑なランドスケープをマッピングするためのペアエンドシーケンス戦略」。Nature Methods。7 (7): 521–7。doi : 10.1038 / nmeth.1464。PMC 3197272。PMID 20495556。

[12] ヴァンニーニ A、クレイマー P (2012 年 2 月)。「RNAポリメラーゼI、II、III転写開始機構間の保存」。分子細胞。45 (4): 439–46 .土井: 10.1016/j.molcel.2012.01.023。hdl : 11858/00-001M-0000-0015-483A-5。PMID 22365827。

[13] 「Entrez Gene: TBP TATAボックス結合タンパク質」。

[pmid10921893-14] McCulloch V、Hardin P、Peng W、Ruppert JM、Lobo - Ruppert SM (2000年8月)。「代替スプライシングされたhBRFバリアントは、異なるRNAポリメラーゼIIIプロモーターで機能する」。EMBO J。19 ( 15 ): 4134–43。doi : 10.1093/ emboj /19.15.4134。PMC 306597。PMID 10921893。

[pmid7624363-15] Wang Z、Roeder RG (1995 年 7 月)。「進化的に保存され、TFIIB および高移動度グループタンパク質 2 関連ドメインの両方を含むヒト転写因子 TFIIIB サブユニットの構造と機能」。米国科学アカデミー紀要。92 ( 15 ) : 7026–30。Bibcode : 1995PNAS ...92.7026W。doi : 10.1073 / pnas.92.15.7026。PMC 41464。PMID 7624363。

[pmid9159119-16] 1 2 3 4 Scully R、Anderson SF、Chao DM、Wei W、Ye L、Young RA、Livingston DM、Parvin JD (1997 年 5 月)。「BRCA1はRNA ポリメラーゼ II ホロ酵素の構成要素である」。Proc . Natl . Acad . Sci. USA。94 ( 11 ): 5605–10。Bibcode : 1997PNAS...94.5605S。doi : 10.1073/ pnas.94.11.5605。PMC 20825。PMID 9159119。

[pmid9488487-17] Chicca JJ、Auble DT、Pugh BF (1998 年 3 月)。「酵母 Mot1 のヒト相同体である TAF-172 のクローニングと生化学的特性解析」。Mol . Cell. Biol . 18 (3): 1701–10 . doi : 10.1128/MCB.18.3.1701 . PMC 108885 . PMID 9488487 .

[pmid8065335-18] Metz R、Bannister AJ、Sutherland JA、Hagemeier C、O'Rourke EC、Cook A、Bravo R、Kouzarides T (1994 年 9 月)。「c-Fos による TATA ボックス含有プロモーターの活性化には、TATA ボックス結合タンパク質との直接接触が関与する」。Mol . Cell. Biol . 14 (9): 6021–9 . doi : 10.1128/MCB.14.9.6021 . PMC 359128. PMID 8065335 .

[pmid7848298-19] Franklin CC、McCulloch AV、Kraft AS (1995 年 2 月)。「Jun タンパク質ファミリーと一般的な転写因子 TBP および TFIIB の in vitro での結合」。Biochem . J. 305 ( 3): 967–74 . doi : 10.1042/bj3050967 . PMC 1136352. PMID 7848298 .

[pmid12040021-20] Brendel C、Gelman L、Auwerx J (2002年6月)。「多タンパク質架橋因子-1 (MBF-1) は脂質代謝を調節する核内受容体の補因子である」。Mol . Endocrinol . 16 (6): 1367–77 . doi : 10.1210/mend.16.6.0843 . PMID 12040021 .

[pmid10816571-21] Mariotti M、De Benedictis L、Avon E、Maier JA (2000年8月)。「in vitroおよびin vivoにおける内皮分化関連因子-1とカルモジュリンの相互作用」。J . Biol. Chem . 275 (31): 24047–51 . doi : 10.1074/jbc.M001928200 . PMID 10816571 .

[pmid10567391-22] Kabe Y, Goto M, Shima D, Imai T, Wada T, Morohashi Ki, Shirakawa M, Hirose S, Handa H (1999年11月). "ヒトMBF1の転写共活性化因子としての役割" . J. Biol. Chem . 274 (48): 34196– 202. doi : 10.1074/jbc.274.48.34196 . PMID 10567391 .

[Tang-23] 1 2 Tang H、Sun X、Reinberg D、Ebright RH (1996 年 2 月)。「真核生物の転写開始におけるタンパク質間相互作用：開始前複合体の構造」。Proc . Natl . Acad . Sci. USA。93 ( 3 ) : 1119–24。Bibcode : 1996PNAS... 93.1119T。doi : 10.1073 / pnas.93.3.1119。PMC 40041。PMID 8577725。

[pmid14963322-24] Bushnell DA、Westover KD、Davis RE、Kornberg RD (2004 年 2 月)。「転写の構造的基盤：4.5 オングストロームの RNA ポリメラーゼ II-TFIIB共結晶」。Science。303 ( 5660 ) : 983–8。Bibcode : 2004Sci ... 303..983B。doi : 10.1126 / science.1090838。PMID 14963322。S2CID 36598301。

[pmid7724559-25] DeJong J、Bernstein R、Roeder RG (1995 年 4 月)。「ヒト一般転写因子 TFIIA: 小サブユニットをコードする cDNA の特性と基本転写および活性化転写の必要性」。Proc . Natl . Acad . Sci . USA。92 (8 ) : 3313–7。Bibcode : 1995PNAS ... 92.3313D。doi : 10.1073 / pnas.92.8.3313。PMC 42156。PMID 7724559。

[pmid9603936-26] Ozer J、Mitsouras K、Zerby D、Carey M、Lieberman PM (1998年6月)。「転写因子IIAはTATA結合タンパク質（TBP）関連因子によるTBP-DNA結合阻害を脱抑制する」。J . Biol. Chem . 273 (23): 14293–300 . doi : 10.1074/jbc.273.23.14293 . PMID 9603936 .

[pmid7958900-27] Sun X 、 Ma D、Sheldon M、Yeung K、Reinberg D (1994 年 10 月)。「組換えポリペプチドからのヒト TFIIA 活性の再構成: TFIID を介した転写における役割」。Genes Dev。8 ( 19 ): 2336–48。doi : 10.1101 /gad.8.19.2336。PMID 7958900。

[pmid7590250-28] Ruppert S、Tjian R (1995年11月)。「ヒトTAFII250はRAP74と相互作用する：RNAポリメラーゼII開始への影響」。Genes Dev . 9 (22): 2747–55 . doi : 10.1101/gad.9.22.2747 . PMID 7590250 .

[pmid9482861-29] Malik S、Guermah M、Roeder RG (1998 年 3 月)。「RNA ポリメラーゼ II 転写における PC4 コアクチベーター機能の動的モデル」。Proc . Natl. Acad. Sci. USA。95 ( 5 ) : 2192–7。Bibcode : 1998PNAS ... 95.2192M。doi : 10.1073 / pnas.95.5.2192。PMC 19292。PMID 9482861。

[pmid9271120-30] Thut CJ、Goodrich JA、Tjian R (1997年8月)。「MDM2によるp53媒介転写の抑制：二重のメカニズム」。Genes Dev。11 ( 15 ) : 1974–86。doi : 10.1101/ gad.11.15.1974。PMC 316412。PMID 9271120。

[pmid9388200-31] Léveillard T、Wasylyk B (1997 年 12 月)。「MDM2 の C 末端領域は TAFII250 に結合し、サイクリン A プロモーターの MDM2 制御に必要である」。J . Biol. Chem . 272 (49): 30651–61 . doi : 10.1074/jbc.272.49.30651 . PMID 9388200 .

[pmid10215616-32] Shetty S、Takahashi T、Matsui H、Ayengar R、Raghow R (1999 年 5 月)。「Msx1 遺伝子の転写自己抑制は、Msx1 タンパク質と、TATA 結合タンパク質、Sp1、および cAMP 応答エレメント結合タンパク質結合タンパク質 (CBP/p300) を含む多タンパク質転写複合体との相互作用によって媒介される」。Biochem . J. 339 ( 3): 751–8 . doi : 10.1042/0264-6021:3390751 . PMC 1220213. PMID 10215616 .

[pmid9111364-33] Zhang H, Hu G, Wang H, Sciavolino P, Iler N, Shen MM, Abate-Shen C (1997 年 5 月). "Msx および Dlx ホメオタンパク質のヘテロ二量体化は機能的拮抗をもたらす" . Mol. Cell. Biol . 17 (5): 2920– 32. doi : 10.1128/mcb.17.5.2920 . PMC 232144 . PMID 9111364 .

[pmid8700832-34] Zhang H、Catron KM、Abate-Shen C (1996 年 3 月)。「転写調節における Msx-1 ホメオドメインの役割: N 末端アームの残基が TATA 結合タンパク質との相互作用と転写抑制を媒介する」。Proc . Natl . Acad . Sci. USA。93 ( 5 ) : 1764–9。Bibcode : 1996PNAS ... 93.1764Z。doi : 10.1073 / pnas.93.5.1764。PMC 39855。PMID 8700832。

[pmid9153318-35] 1 2 3 4 5 6 7 8 Bellorini M、Lee DK、Dantonel JC、Zemzoumi K、Roeder RG、Tora L、Mantovani R (1997 年 6 月)。「CCAAT 結合 NF-Y-TBP 相互作用: NF-YB および NF-YC は、TBP 塩基性残基との結合のために、ヒストンフォールドモチーフに隣接する短いドメインを必要とする」。Nucleic Acids Res。25 ( 11 ) : 2174–81。doi : 10.1093 / nar / 25.11.2174。PMC 146709。PMID 9153318。

[pmid1465435-36] Seto E, Usheva A, Zambetti GP, Momand J, Horikoshi N, Weinmann R, Levine AJ, Shenk T (1992年12月). "野生型p53はTATA結合タンパク質に結合し、転写を抑制する" . Proc. Natl. Acad. Sci. USA . 89 (24): 12028– 32. Bibcode : 1992PNAS...8912028S . doi : 10.1073/pnas.89.24.12028 . PMC 50691 . PMID 1465435 .

[pmid10359315-37] 1 2 Cvekl A、Kashanchi F、Brady JN、Piatigorsky J (1999年6月)。「Pax-6とTATAボックス結合タンパク質および網膜芽細胞腫タンパク質との相互作用」。Invest . Ophthalmol. Vis. Sci . 40 (7): 1343–50 . PMID 10359315。

[pmid8202368-38] Zwilling S、Annweiler A、Wirth T (1994 年 5 月)。「Oct1 および Oct2 転写因子の POU ドメインは TBP との特異的な相互作用を媒介する」。Nucleic Acids Res . 22 (9): 1655–62 . doi : 10.1093 / nar/22.9.1655 . PMC 308045. PMID 8202368 .

[pmid9584164-39] Guermah M、Malik S、Roeder RG (1998年6月)。「NF-κBおよびSp1によるヒト免疫不全ウイルスプロモーターの転写活性化におけるTFIIDおよびUSAコンポーネントの関与」。Mol . Cell. Biol . 18 (6): 3234–44 . doi : 10.1128/mcb.18.6.3234 . PMC 108905. PMID 9584164 .

[pmid7706261-40] Schmitz ML、Stelzer G、Altmann H、Meisterernst M、Baeuerle PA (1995 年 3 月)。「p65 NF-κB の COOH 末端転写活性化ドメインと TATA 結合タンパク質、転写因子 IIB、および共活性化因子との相互作用」。J . Biol. Chem . 270 (13): 7219–26 . doi : 10.1074/jbc.270.13.7219 . PMID 7706261 .

[pmid7667283-41] Schulman IG、Chakravarti D、Juguilon H、Romo A、Evans RM (1995 年 8 月)。「レチノイド X 受容体と TATA 結合タンパク質の保存領域との相互作用は、ホルモン依存性転写活性化を媒介する」。Proc . Natl . Acad . Sci. USA。92 ( 18 ) : 8288–92。Bibcode : 1995PNAS ... 92.8288S。doi : 10.1073 /pnas.92.18.8288。PMC 41142。PMID 7667283。

[pmid9858607-42] Siegert JL、Robbins PD (1999 年 1 月)。「Rb は TATA 結合タンパク質関連因子 TAFII250 の固有のキナーゼ活性を阻害する」。Mol . Cell. Biol . 19 (1): 846–54 . doi : 10.1128/MCB.19.1.846 . PMC 83941 . PMID 9858607 .

[pmid7680771-43] 1 2 3 4 Ruppert S、Wang EH 、 Tjian R ( 1993年 3月)。「ヒトTAFII250のクローニングと発現:細胞周期制御に関与する TBP 関連因子」。Nature。362 ( 6416 ): 175–9。Bibcode : 1993Natur.362..175R。doi : 10.1038 /362175a0。PMID 7680771。S2CID 4364676。

[pmid9660973-44] O'Brien T、Tjian R (1998 年 5月)。「ヒト TAFII250 N 末端キナーゼドメインの機能解析」。Mol . Cell。1 ( 6): 905–11。doi : 10.1016/S1097-2765( 00 ) 80089-1。PMID 9660973。

[pmid12665565-45] 1 2 3 Pointud JC、Mengus G、Brancorsini S、Monaco L、Parvinen M、Sassone-Corsi P、Davidson I (2003 年 5 月)。「転写因子 TFIID サブユニット TAF7 のパラログである TAF7L の細胞内局在は、雄性生殖細胞分化中に発生的に制御される」。J . Cell Sci . 116 (Pt 9): 1847–58 . doi : 10.1242/jcs.00391 . PMID 12665565. S2CID 24519687 .

[pmid9045704-46] タオ Y、ゲルマー M、マルティネス E、エルゲシュレーガー T、長谷川 S、高田 R、山本 T、堀越 M、ローダー RG (1997 年 3 月)。「ヒトTAFII100の特異的相互作用と潜在的機能」。Ｊ．Ｂｉｏｌ．化学。272 (10): 6714–21 .土井: 10.1074/jbc.272.10.6714。PMID 9045704。

[pmid11564863-47] Martinez E、Palhan VB、Tjernberg A、Lymar ES、Gamper AM、Kundu TK、Chait BT、Roeder RG (2001 年 10 月)。「ヒト STAGA 複合体は、生体内で pre-mRNA スプライシング因子および DNA 損傷結合因子と相互作用するクロマチンアセチル化転写共活性化因子である」。Mol . Cell. Biol . 21 (20): 6782–95 . doi : 10.1128/MCB.21.20.6782-6795.2001 . PMC 99856. PMID 11564863 .

[pmid7729427-48] 1 2 Mengus G、May M、Jacq X、Staub A、Tora L、Chambon P、Davidson I (1995 年 4 月)。「hTAFII18 、hTAFII20、hTAFII28のクローニングと特性解析: ヒト転写因子 TFIID の 3つのサブユニット」。EMBO J。14 (7): 1520–31。doi : 10.1002 / j.1460-2075.1995.tb07138.x。PMC 398239。PMID 7729427。

[pmid8670810-49] May M、Mengus G、Lavigne AC、Chambon P、Davidson I (1996年6月)。「ヒトTAF(II28)はレチノイドX受容体の活性化機能2による転写刺激を促進する」。EMBO J。15 ( 12 ) : 3093–104。doi : 10.1002 / j.1460-2075.1996.tb00672.x。PMC 450252。PMID 8670810。

[pmid8663456-50] Hoffmann A、Roeder RG (1996年7月)。「ヒトTAF20/15のクローニングと特性解析。複数の相互作用はTFIID複合体形成における中心的な役割を示唆する」。J . Biol. Chem . 271 (30): 18194–202 . doi : 10.1074/jbc.271.30.18194 . PMID 8663456 .

[pmid12782648-51] Hochheimer A、Tjian R (2003年6月)。「多様な転写開始複合体はプロモーター選択性と組織特異的遺伝子発現を拡大する」。Genes & Development。17 ( 11 ) : 1309–20。doi : 10.1101/gad.1099903。PMID 12782648。

[pmid10974559-52] Pugh BF (2000年9月)「TATA結合タンパク質の調節による遺伝子発現の制御」Gene . 255 (1): 1– 14. doi : 10.1016/s0378-1119(00)00288-2 . PMID 10974559 .

[53] ウィーバー、ロバート・フランクリン（2012年1月1日）。分子生物学。マグロウヒル。ISBN 978-0-07-352532-7. OCLC 789601172 .

[54] Louder RK、He Y、López-Blanco JR、Fang J、Chacón P、Nogales E (2016 年 3 月)。「プロモーターに結合したTFIIDの構造とヒト転写開始前複合体アセンブリのモデル」。Nature。531 (7596): 604–9。Bibcode : 2016Natur.531..604L。doi : 10.1038 / nature17394。PMC 4856295。PMID 27007846。

[pmid12878007-55] Davidson I (2003年7月)「TBPおよびTBP関連因子の遺伝学」Trends in Biochemical Sciences . 28 (7): 391–8 . doi : 10.1016/S0968-0004(03)00117-8 . PMID 12878007 .

[pmid1436073-56] ニコロフ DB、フー SH、リン J、ガッシュ A、ホフマン A、堀越 M、チュア NH、ローダー RG、バーリー SK (1992 年 11 月)。「TFIID TATA-box 結合タンパク質の結晶構造」。自然。360 (6399): 40–6 . Bibcode : 1992Natur.360...40N。土井：10.1038/360040a0。PMID 1436073。S2CID 4307043。

[

[ 6 ]

[

[

[

[

[ 12 ]

[

[ 14 ]

[ 15 ]

[ 16 ]

[ 17 ]

[ 18 ]

[ 19 ]

[ 20 ]

[ 21 ]

[ 22 ]

[ 23 ]

[ 24 ]

[ 25 ]

[ 26 ]

[ 27 ]

[ 28 ]

[ 29 ]

[ 30 ]

[ 31 ]

[ 32 ]

[ 33 ]

[ 34 ]

[ 35 ]

[ 36 ]

[ 37 ]

[ 38 ]

[ 39 ]

[ 40 ]

[ 41 ]

[ 42 ]

[ 43 ]

[ 44 ]

[ 45 ]

[ 46 ]

[ 47 ]

[ 48 ]

[ 49 ]

[ 50 ]

[

[

[

[

[

[

TBP遺伝子ファミリー

転写因子としての役割

DNA-タンパク質相互作用

タンパク質間相互作用

複雑なアセンブリ

構造

参考文献

外部リンク

関連するトピック

TATAボックス

DNA

一般的な転写因子

真核生物