背景 典型的なヒト細胞には、約 2 × 33 億塩基対の DNA と 6 億塩基の mRNA が含まれています。通常、サンガー シーケンシング や次世代シーケンシング などの従来の方法で DNA または RNA のシーケンスを行うには、数百万個の細胞の混合物が使用されます。単一細胞からの DNA および RNA のディープ シーケンシングにより、細胞機能を広範囲に調査できます。[ 1 ] 核酸の 抽出と増幅 、シーケンシングライブラリーの 調製、シーケンシング、およびバイオ インフォマティクス データ解析のステップが含まれます。バルク細胞からのシーケンシングよりも、シングルセル シーケンシングを実行する方が困難です。単一細胞からの出発材料の量が最小限であるため、分解、サンプルの損失、および汚染がシーケンシング データの品質に顕著な影響を及ぼします。さらに、使用される核酸の数がピコグラムレベルであるため、[ 4 ]
近年の技術進歩により、シングルセルシーケンスは、一見不可能に見える一連の問題に取り組むための有望なツールとなっています。例えば、異種サンプル、希少な細胞型、細胞系統関係、体細胞組織のモザイク現象 、培養できない微生物の解析、疾患の進化などはすべて、シングルセルシーケンスによって解明できます。[ 5 ] [ 6 ]
単一細胞DNAゲノムシーケンスでは、単一細胞を分離し、ゲノム全体または関心領域を増幅し、シーケンスライブラリを構築し、次に次世代DNAシーケンス（例えば、Illumina 、Ion Torrent ）を適用します。単一細胞DNAシーケンスは、哺乳類システムで正常な生理機能と疾患を研究するために広く適用されています。単一細胞解像度により、癌の発生または治療反応における遺伝的モザイク現象または腫瘍内遺伝的異質性の役割を明らかにすることができます。 [ 7 ] 単細胞生物 のゲノムは、単一増幅ゲノム（SAG）と呼ばれます。単一細胞DNAシーケンスの進歩により、複雑なマイクロバイオームに存在する培養されていない原核生物種からゲノムデータを収集することが可能になりました。[ 8 ] [ 9 ] [ 10 ] SPAdes 、IDBA-UD、Cortex、およびHyDAが含まれる。[ 11 ]
方法 この図は、シングルセルゲノムシーケンスのワークフローを示しています。MDAは、多重置換増幅法（Multiple Displacement Amplification）の略です。 100種類以上の異なるシングルセルオミクス手法のリスト が公開されている。[ 12 ]
多重置換増幅法（MDA） は広く用いられている技術であり、細菌由来のフェムトグラム単位 のDNAをマイクログラム単位まで増幅 してシーケンス解析に利用することができます。MDA反応に必要な試薬には、ランダムプライマーとバクテリオファージ φ29由来のDNAポリメラーゼが含まれます。30℃の等温反応において、DNAは付属の試薬を用いて増幅されます。ポリメラーゼが 新しい鎖を合成する過程で、鎖置換反応が起こり、各鋳型DNAから複数のコピーが合成されます。同時に、以前に伸長された鎖は置換されます。MDA産物の長さは約12kbで、最大で約100kbに達するため、DNAシーケンス解析に利用できます。[ 10 ] G+C含量 の高い細胞からのゲノム回収率が向上した。[ 13 ] [ 14 ]
もう1つの一般的な方法はMALBAC です。[ 15 ] PCR増幅 のための「共通」配列で挟まれています。予備増幅産物が生成されると、共通配列は自己連結と「ループ」の形成を促進し、それ以上の増幅を防ぎます。MDAとは対照的に、高度に分岐したDNAネットワークは形成されません。代わりに、ループは別の温度サイクルで変性され、断片がPCRで増幅されます。MALBACはマイクロ流体デバイスにも実装されていますが、ナノリットル液滴へのカプセル化によって増幅性能が大幅に改善されませんでした。[ 16 ]
MDAとMALBACを比較すると、MDAの方がゲノムカバレッジは優れているが、MALBACはゲノム全体にわたってより均一なカバレッジを提供する。MDAはSNPの 同定に効果的である一方、MALBACはコピー数変異の検出に適している。マイクロ流体デバイスを用いたMDAはバイアスとコンタミネーションを大幅に低減するが、MALBACで使用される化学反応は、同様の効率向上効果は期待できない。
ゲノム構造変異 の発見に特に適した方法は、シングルセルDNAテンプレート鎖シーケンス （別名Strand-seq）です。 [ 17 ] 構造変異 クラスの全スペクトルの発見を可能にします。Strand-seqは、単一細胞における体細胞遺伝子変異 クラスの同定のための全ゲノム増幅ベースの方法の限界を克服します。[ 18 ] [ 7 ]
制限事項 個々の細胞ゲノムのMDAは、ゲノムカバレッジが非常に不均一になる、つまり、テンプレートのさまざまな領域が相対的に過剰に表現されたり、過少に表現されたりして、一部の配列が失われる結果となる。このプロセスには、a) ランダムな領域の確率的な過剰増幅と過少増幅、および b) 高 %GC 領域に対する系統的なバイアスの 2 つの要素がある。確率的な要素は、同じ細胞タイプの単一細胞MDA反応をプールしたり、蛍光in situハイブリダイゼーション (FISH) を使用したり、シーケンス後の確認を行ったりすることで対処できる。[ 10 ] [ 13 ]
ヒトゲノム の遺伝的変異の大部分を占める一塩基多型 （SNP）とコピー数多型 （CNV）は、単一細胞シーケンスにおいて、単一細胞から抽出されるDNAの量が限られていることと同様に問題となる。DNA量が少ないため、増幅後であっても、カバレッジが低くエラーが発生しやすいため、DNAの正確な解析には問題が生じる。MDAでは、平均ゲノムカバレッジは80%未満であり、シーケンスリードでカバーされていないSNPは除外される。さらに、MDAはアレル 脱落率が高く、ヘテロ接合サンプルからのアレルを検出できない。現在、さまざまなSNPアルゴリズムが使用されているが、単一細胞シーケンスに特化したものはない。CNVを用いたMDAでは、真のCNVを隠蔽する偽のCNVを特定するという問題も生じる。これを解決するために、偽のCNVからパターンを生成できる場合、アルゴリズムはこのノイズを検出して除去し、真の変異を生成することができる。[ 19 ]
Strand-seq は 、遺伝子変異検出のための全ゲノム増幅に基づく方法の限界を克服します。Strand-seq は、CNV またはコピーバランス構造変異クラスの境界 (またはブレークポイント) を越えるリード (またはリード ペア) を必要としないため、全ゲノム増幅に基づくシングル セル法の一般的なアーティファクト (変異ブレークポイントでのリードの欠落やリード キメラによる変異検出のドロップアウトなど) の影響を受けにくくなっています。[ 7 ] [ 18 ] Strand-seq は、ブレーク-融合-ブリッジ サイクル やクロモスリプシス イベント、バランスのとれた逆位、コピー数バランスまたは不均衡な転座など、少なくとも 200kb のサイズの構造変異 クラスの全スペクトルを検出します。[ 18 ] ハプロタイプ によって解決され、これにより変異コールの特異性がさらに高まります。[ 18 ] 現在の制限として、Strand-seq ではブロモデオキシウリジン (BrdU)を使用した鎖特異的標識のために分裂細胞が必要であり、可動性要素の挿入 など、200kb 未満のサイズの変異は検出できません。
DNAメチロームシーケンス 単一細胞DNAメチル化シーケンスの1つの方法。[ 30 ] 単一細胞DNAメチロームシーケンスは、DNAメチル化 を定量化する。自然界には、5-メチルシトシン （5mC）、5-ヒドロキシメチルシトシン （5hmC）、6-メチルアデノシン （6mA）、4-メチルシトシン（4mC）など、いくつかの既知のメチル化タイプが存在する。真核生物、特に動物では、5mCはゲノム全体に広く分布しており、転移因子を 抑制することで遺伝子発現の調節に重要な役割を果たしている。[ 31 ]
方法 ビスルフィットシーケンスは 、単一細胞で 5mC を検出およびシーケンスするためのゴールドスタンダードとなっています。[ 32 ] [ 33 ] [ 34 ]
シングルセル縮小表現バイサルファイトシーケンス (scRRBS) は別の方法です。[ 35 ] を バルクサンプルに適用すると、遺伝子プロモーター内の CpG サイトの大部分が検出されますが、遺伝子プロモーター内のサイトは、ゲノム全体の CpG サイトの 10% にすぎません。[ 36 ]
制限事項 ビスルフィットシーケンスは5mC検出に最も広く使用されている方法ですが、化学処理が過酷でDNAを断片化および劣化させます。この影響は、バルクサンプルから単一細胞に移行すると悪化します。DNAメチル化を検出する他の方法としては、メチル化感受性制限酵素があります。制限酵素は、DpnI による6mAなどの他のタイプのメチル化の検出も可能にします。[ 37 ] ナノポアベースのシーケンスは、 元のDNAを断片化または変更することなく直接メチル化シーケンスを行う方法も提供します。ナノポアシーケンスは、6mAと4mCが優勢な細菌のメチロームのシーケンスに使用されています（真核生物では5mCが優勢です）が、この技術はまだ単一細胞にスケールダウンされていません。[ 38 ]
アプリケーション 単一細胞DNAメチル化シーケンスは、遺伝的に類似した細胞におけるエピジェネティックな差異を調査するために広く用いられてきた。これらの方法の開発中に検証するために、混合集団の単一細胞メチロームデータは階層的クラスタリングによって分類され、異なる細胞型が特定された。[ 35 ] [ 39 ] [ 40 ]
2015年時点におけるマウス（Mus musculus） の単一細胞メチル化シーケンス法の網羅率の比較
単一細胞トランスポザーゼアクセス可能なクロマチンシーケンスは、ゲノム全体にわたるクロマチンアクセス可能性をマッピングします。トランスポザーゼは、シーケンスアダプターをクロマチンのオープン領域に直接挿入し、それらの領域を増幅およびシーケンスできるようにします。[ 41 ]
方法 scATAC-Seqにおけるライブラリー調製のための2つの方法は、スプリットプール細胞インデックス法とマイクロ流体技術に基づいている。
マイクロアレイ やバルクRNAシーケンス などの標準的な方法では、多数の細胞集団からのRNA発現を解析します。これらの測定では、混合細胞集団内の個々の細胞間の重要な違いが不明瞭になる可能性があります。[ 42 ] [ 43 ]
シングルセルRNAシーケンス（scRNA-seq）は個々の細胞の発現プロファイル を提供し、 2020年現在、細胞の状態と表現型を定義するためのゴールドスタンダードと考えられています。 [ 44 ] クラスタリング解析 によって遺伝子発現パターンを特定することができます。[ 45 ] [ 46 ]
方法 シングルセルRNAシーケンスワークフロー 現在のscRNA-seqプロトコルでは、単一細胞とそのRNAを分離し、バルクRNA-seqと同じ手順（逆転写 （RT）、増幅、ライブラリー生成、シーケンス）に従います。初期の方法では、個々の細胞を別々のウェルに分離していましたが、最近の方法では、マイクロ流体デバイス内の液滴に個々の細胞を封入し、そこで逆転写反応を行い、RNAをcDNAに変換します。各液滴には、単一細胞由来のcDNAを一意に標識するDNA「バーコード」が付いています。逆転写が完了すると、特定の細胞からの転写産物は固有のバーコードによって識別されるため、多くの細胞からのcDNAを混合してシーケンスすることができます。[ 47 ] [ 48 ]
scRNA-Seq の課題には、細胞内の mRNA の初期相対存在量を維持することと、希少な転写産物を特定することが含まれます。[ 49 ] プロセス性 と使用されるプライミング戦略は、全長 cDNA の生成と、遺伝子の 3' または 5' 末端に偏ったライブラリの生成に影響を与える可能性があります。
増幅ステップでは、現在、cDNA の増幅に PCR または in vitro 転写 (IVT) が使用されています。PCR ベースの方法の利点の 1 つは、全長 cDNA を生成できることです。ただし、特定の配列 (例えば、GC 含有量やスナップバック構造) に対する PCR 効率が異なると、指数関数的に増幅され、不均一なカバレッジのライブラリが生成される可能性があります。一方、IVT によって生成されたライブラリは PCR による配列バイアスを回避できますが、特定の配列が非効率的に転写され、配列のドロップアウトや不完全な配列の生成を引き起こす可能性があります。[ 1 ] [ 42 ] [ 50 ] [ 51 ] [ 52 ] [ 53 ] [ 54 ] [ 55 ] [ 56 ] [ 57 ] これらのプロトコルは、逆転写、cDNA合成および増幅の戦略、配列特異的バーコード（ UMI など）に対応できる可能性、またはプールされたサンプルを処理できる能力の点で異なります。 [ 58 ]
2017年には、REAP-seq [ 59 ] [ 60 ] Patch-Seq 法 の開発も可能になりました。 [ 61 ]
このシングルセルRNAシーケンスプラットフォームは、マイクロ流体パーティションを使用して単一細胞を捕捉し、次世代シーケンス （NGS）cDNAライブラリ を準備することにより、細胞ごとにトランスクリプトームを分析することを可能にします。[ 62 ] [ 63 ]
全体として、最初の段階では個々の細胞が別々に捕捉されて溶解され、次にmRNA の逆転写 （RT）が行われ、cDNAライブラリーが得られます。mRNAを選択するために、RTはmRNA分子のポリ（A）テールに特異的に結合するデオキシチミン（オリゴdT） プライマー の一本鎖配列を使用して行われます。その後、増幅されたcDNAライブラリーはシーケンスに使用されます。[ 64 ]
そこで、この方法の最初のステップは、単一細胞のカプセル化とライブラリーの調製です。細胞は、自動装置によってゲルビーズインエマルジョン（GEM）にカプセル化されます。これらの小胞を形成するために、自動装置はマイクロ流体チップ を使用し、すべてのコンポーネントをオイルと組み合わせます。各機能的なGEMには、単一の細胞、単一のゲルビーズ、およびRT試薬が含まれています。ゲルビーズには、4つの異なる部分から構成されるオリゴヌクレオチドが結合されています。PCRプライマー （シーケンスに必須）、10Xバーコード付きオリゴヌクレオチド、ユニーク分子識別子（UMI）配列、ポリdT配列（ポリアデニル化 mRNA分子の捕捉を可能にする）。[ 65 ] [ 66 ]
プラットフォームの最終ステップはシーケンスです。生成されたライブラリは、シングルセル全トランスクリプトームシーケンスまたはターゲットシーケンスワークフローに直接使用できます。シーケンスは、Illumina ダイシーケンス 法を使用して実行されます。このシーケンス法は、合成によるシーケンス (SBS) 原理と、各単一ヌクレオチドの識別を可能にする可逆的ダイターミネーターの使用に基づいています。一方の端で転写配列を、もう一方の端でバーコードと UMI を読み取るために、ペアエンドシーケンスリーダーが必要です。[ 67 ]
液滴ベースのプラットフォームは、高いスループットにより希少な細胞タイプの検出を可能にします。実際、単一の細胞懸濁液から1サンプルあたり500～20,000個の細胞が捕捉されます。このプロトコルは簡単に実行でき、最大65%の高い細胞回収率を実現します。液滴ベースのプラットフォームの全体的なワークフローは8時間で完了するため、10時間かかるマイクロウェルベースの方法（BD Rhapsody）よりも高速です。ただし、新鮮なサンプルが必要であることや、最終的に検出されるmRNAが10%に過ぎないといった制限事項があります。
液滴ベースの方法とマイクロウェルベースの方法の主な違いは、細胞を分割するために使用される技術です。[ 64 ]
制限事項 ほとんどのRNA-seq法は、 mRNAを濃縮し、豊富で情報のないrRNAを除去するためにポリ(A)テールの 捕捉に依存しています。そのため、多くの場合、ポリアデニル化されたmRNA分子のシーケンスに限定されます。しかし、最近の研究では、遺伝子発現制御における長鎖非コードRNAやマイクロRNAなどの非ポリ(A)RNAの重要性が認識され始めています。Small-seqは、哺乳類細胞内のマイクロRNA、tRNAの断片、小型核小体RNAなどの小型RNA（<300ヌクレオチド）を捕捉するシングルセル法です。[ 68 ] [ 69 ] [ 70 ] [ 71 ]
細菌やその他の原核生物は、ポリアデニル化mRNAがないため、現在シングルセルRNAシーケンスには適していません。したがって、ポリ(A)テールの捕捉に依存しないシングルセルRNAシーケンス法の開発は、シングルセル解像度のマイクロバイオーム研究を可能にする上でも重要になります。バルク細菌研究では、通常、細菌のポリアデニル化mRNAの欠如を克服するために一般的なrRNA除去が適用されますが、シングルセルレベルでは、1つの細胞で見つかる総RNAが小さすぎます。[ 69 ]
scRNA-seq は細胞活動のスナップショットしか捉えられないため、部分的かつ偏った scRNA-seq サンプリングによる制限も生じます。たとえば、ニューロン のような大きく枝分かれした細胞タイプでは、単一細胞分離では、粉砕中に突起から分離された中心細胞体からの RNA しか捉えられません。脳では、全 RNA の 40% 以上が軸索 、樹状突起 、アストロサイト 終足 などの細胞突起に存在すると推定されており、scRNA-seq 法では検出できません。[ 72 ]
考慮事項
単一細胞の分離 全ゲノム増幅およびシーケンスの前に個々の細胞を分離する方法はいくつかあります。 蛍光活性化セルソーティング （FACS）は広く使用されているアプローチです。個々の細胞は、例えば連続希釈やパッチピペットまたはナノチューブを使用して単一細胞を採取することによって、マイクロマニピュレーションによって収集することもできます。[ 15 ] [ 102 ] レーザーキャプチャーマイクロダイセクション （LCM）も単一細胞の収集に使用できます。LCMは、組織内のサンプリングされた細胞の空間的位置に関する情報を保持しますが、隣接する細胞からの材料も収集せずに、完全な単一細胞をキャプチャすることは困難です。[ 42 ] [ 103 ] [ 104 ] ハイスループット法には、 マイクロ流体 も含まれています。FACSとマイクロ流体はどちらも正確で自動化されており、偏りのないサンプルを分離することができます。しかし、どちらの方法もまず細胞を微小環境から分離する必要があり、その結果、RNA発現解析における転写プロファイルに乱れが生じる。[ 105 ] [ 106 ]
シーケンス解析を行う細胞数
scRNA-Seq シングルセルRNA-SeqプロトコルはRNA捕捉効率が異なるため、各シングルセルから生成される転写産物の数に違いが生じます。シングルセルライブラリは通常1,000,000リードの深度でシーケンスされます。これは、大部分の遺伝子が500,000リードで検出されるためです。[ 107 ]
品質管理共変量は、細胞数を分析するための戦略として機能します。これらの共変量には主に、カウント深度、遺伝子数、ミトコンドリア遺伝子からのカウントの割合に基づくフィルタリングが含まれ、これにより細胞シグナルの解釈が可能になります。
参考文献 1 2 3 Eberwine J、Sul JY、 Bartfai T、Kim J (2014 年 1 月)。 「 シングルセルシーケンスの可能性」。Nature Methods。11 ( 1 ) : 25–27。doi : 10.1038 / nmeth.2769。PMID 24524134。S2CID 11575439。 ↑ Pennisi E (2018 年4 月)「胚 を 細胞ごと、遺伝子ごとに記録する」。 サイエンス 。360 ( 6387 ): 367。Bibcode : 2018Sci...360..367P。doi : 10.1126 /science.360.6387.367。PMID 29700246 。 ↑ Saliba AE、Westermann AJ 、Gorski SA、Vogel J (2014 年 8 月)。 「シングルセル RNA-seq: 進歩と今後の課題」 。Nucleic Acids Research。42 ( 14 ) : 8845–8860。doi : 10.1093/ nar / gku555。PMC 4132710。PMID 25053837 。 ↑ Shintaku H, Nishikii H, Marshall LA, Kotera H, Santiago JG (2014年2月). "単一細胞からのRNAおよびDNAのオンチップ分離および分析". Analytical Chemistry . 86 (4): 1953–1957 . doi : 10.1021/ac4040218 . PMID 24499009 . ↑ Nawy T (2014年1月) 「シングルセルシーケンス」 Nature Methods 11 ( 1): 18. doi : 10.1038/nmeth.2771 . PMID 24524131 . S2CID 5252333 . ↑ 「2013年の年間最優秀方法」 。Nature Methods。11 （ 1）：1。2014年1 月 。doi ： 10.1038 / nmeth.2801。PMID 24524124 。 1 2 3 Gawad C、Koh W、Quake SR (2016 年 3 月)。「単一細胞ゲノムシーケンス：科学の現状」。Nature Reviews. Genetics . 17 (3): 175–188 . doi : 10.1038/nrg.2015.16 . PMID 26806412 . S2CID 4800650 . ↑ Alneberg J 、Karlsson CM、Divne AM、Bergin C、Homa F、Lindh MV、et al. (2018 年 9 月)。 「 培養 さ れ て い ない原核生物のゲノム：メタゲノムアセンブリと単一増幅ゲノムの比較」 。Microbiome。6 ( 1): 173。doi : 10.1186/s40168-018-0550-0。PMC 6162917。PMID 30266101 。 ↑ Kogawa M, Hosokawa M, Nishikawa Y, Mori K, Takeyama H (2018年2月). "培養されていない微生物から単一細胞増幅ゲノムのクリーニングと共アセンブリによる高品質ドラフトゲノムの取得" . Scientific Reports . 8 (1): 2059. Bibcode : 2018NatSR...8.2059K . doi : 10.1038/s41598-018-20384-3 . PMC 5794965 . PMID 29391438 . 1 2 3 " Lasken RS (2007 年 10 月) 。「多重置換増幅法 を用い た 単一細胞ゲノムシーケンス」。Current Opinion in Microbiology。10 ( 5 ): 510–516。doi : 10.1016/j.mib.2007.08.005。PMID 17923430 。 ↑ Taghavi Z、Movahedi NS 、 Draghici S 、 Chitsaz H (2013 年 10 月 )。 「疎な微生物 群集 の ための蒸留 さ れ た単一細胞ゲノムシーケンスと de novo アセンブリ」 。Bioinformatics。29 ( 19 ) : 2395–2401。arXiv : 1305.0062。Bibcode : 2013Bioin..29.2395T。doi : 10.1093/bioinformatics/ btt420。PMC 3777112。PMID 23918251 。 ↑ "Single-Cell-Omics.v2.3.13 @albertvilella" . Google Docs . 2020年1月1日 取得 . 1 2 Stepanauskas R、Fergusson EA、Brown J、Poulton NJ、Tupper B、Labonté JM、et al. (2017年7月)。 「 培養されていない個々の微生物細胞およびウイルス粒子のゲノム回復の改善と統合 された細胞サイズ解析」 。Nature Communications。8 ( 1): 84。Bibcode : 2017NatCo...8 ... 84S。doi : 10.1038 / s41467-017-00128 - z。PMC 5519541。PMID 28729688 。 ↑ Hosokawa M, Nishikawa Y, Kogawa M, Takeyama H (2017年7月). "液滴マイクロ流体を用いたシングルセルシーケンスのための超並列全ゲノム増幅" . Scientific Reports . 7 (1): 5199. Bibcode : 2017NatSR...7.5199H . doi : 10.1038/s41598-017-05436-4 . PMC 5507899. PMID 28701744 . 1 2 Zong C 、 Lu S 、 Chapman AR、Xie XS (2012 年 12 月 )。 「ヒト単一 細胞 の ゲノムワイドな一塩基多型およびコピー数多型の検出」 。Science。338 ( 6114 ) : 1622–1626。Bibcode : 2012Sci ...338.1622Z。doi : 10.1126 / science.1229164。PMC 3600412。PMID 23258894 。 ↑ Yu Z、Lu S 、Huang Y（2014年10 月 ）。「単一細胞シーケンスのためのマイクロ流体全ゲノム増幅装置」。Analytical Chemistry。86 （ 19 ）： 9386–9390。doi ： 10.1021 / ac5032176。PMID 25233049 。 ↑ Falconer E、Hills M、Naumann U、Poon SS、Chavez EA、Sanders AD、et al . (2012年11月)。 「 単一細胞のDNAテンプレート鎖シーケンスにより高解像度でゲノム再編成をマッピング」 。Nature Methods。9 ( 11 ) : 1107– 1112。doi : 10.1038 / nmeth.2206。PMC 3580294。PMID 23042453 。 1 2 3 4 " Sanders AD、Meiers S、Ghareghani M、Porubsky D、Jeong H、van Vliet MA、et al. (2020 年 3 月)。 「 3 チャネル処理による構造的変動と複雑な再編成の単一細胞解析 」 。Nature Biotechnology。38 ( 3 ) : 343– 354。doi : 10.1038 / s41587-019-0366 - x。PMC 7612647。PMID 31873213。S2CID 209464011 。 ↑ " Ning L, Liu G, Li G, Hou Y, Tong Y, He J (2014). "Current challenges in the bioinformatics of single cell genomics" . Frontiers in Oncology . 4 (7): 7. doi : 10.3389/fonc.2014.00007 . PMC 3902584 . PMID 24478987 . ↑ Blainey PC、Quake SR（2014年1月）。 「 ゲノム 多様 性 を細胞単位で解剖する」 。Nature Methods。11 （ 1 ） ： 19–21。doi ： 10.1038 /nmeth.2783。hdl ： 1721.1 / 106574。PMC 3947563。PMID 24524132 。 ↑ Zhang K、 Martiny AC、Reppas NB、Barry KW、Malek J、Chisholm SW、Church GM (2006 年 6 月)。「ポリメラーゼクローニングによる単一細胞からのゲノム配列決定 」 。Nature Biotechnology。24 ( 6 ) : 680–686。doi : 10.1038 / nbt1214。PMID 16732271。S2CID 2994579 。 ↑ Yoon HS、Price DC、Stepanauskas R、Rajah VD、Sieracki ME、Wilson WH、et al . (2011 年 5 月 ) 。 「単一細胞ゲノミクス により 、培養されていない海洋原生生物の生物間相互作用 が 明らか に 」 。Science。332 ( 6030 ): 714–717。Bibcode : 2011Sci...332..714Y。doi : 10.1126 /science.1203163。PMID 21551060。S2CID 34343205 。 ↑ Swan BK、Martinez-Garcia M、Preston CM、Sczyrba A、Woyke T、Lamy D、et al . (2011 年9 月 ) 。 「暗黒の海に遍在する細菌系統における化学合成独立栄養の可能性」。Science。333 ( 6047 ) : 1296–1300。Bibcode : 2011Sci ...333.1296S。doi : 10.1126 / science.1203690。PMID 21885783。S2CID 206533092 。 ↑ Woyke T、Xie G、Copeland A、González JM、Han C、Kiss H、et al. (2009-04-23). "Assembling the marine metagenome, one cell at a time" . PLOS ONE . 4 (4) e5299. Bibcode : 2009PLoSO...4.5299W . doi : 10.1371/ journal.pone.0005299 . PMC 2668756. PMID 19390573 . ↑ Swan BK、Tupper B、Sczyrba A、Lauro FM、Martinez-Garcia M、González JM、et al. (2013 年 7 月)。 「 表層海洋における浮遊性細菌のゲノムの効率的な合理化と緯度による分岐」 。 米国 科学 アカデミー 紀要 。110 ( 28 ) : 11463–11468。Bibcode : 2013PNAS..11011463S。doi : 10.1073 / pnas.1304246110。PMC 3710821。PMID 23801761 。 ↑ Rinke C、Schwientek P 、 Sczyrba A、Ivanova NN、Anderson IJ、Cheng JF、et al. (2013 年 7 月)。 「 微生物 の 暗黒 物質 の 系統発生とコーディングの可能性についての洞察」 。Nature。499 ( 7459 ): 431–437。Bibcode : 2013Natur.499..431R。doi : 10.1038 / nature12352。hdl : 10453 / 27467。PMID 23851394。S2CID 4394530 。 ↑ Kashtan N、Roggensack SE、Rodrigue S、Thompson JW、Biller SJ、Coe A、et al . (2014 年 4 月)。「単一細胞ゲノミクスにより、野生の Prochlorococcus に数百の共存する亜集団が明らかになっ た 」 。Science。344 ( 6182 ) : 416–420。Bibcode : 2014Sci ... 344..416K。doi : 10.1126 / science.1248575。hdl : 1721.1 / 92763。PMID 24763590。S2CID 13659345 。 ↑ Pachiadaki MG 、Sintes E 、 Bergauer K、Brown JM、Record NR、Swan BK、et al. (2017年11月)。 「 暗黒 海洋 の炭素固定における亜硝酸酸化細菌の主要な役割」 。Science。358 ( 6366): 1046–1051。Bibcode : 2017Sci ...358.1046P。doi : 10.1126 / science.aan8260。PMID 29170234 。 ↑ Francis JM、Zhang CZ、Maire CL、Jung J、Manzo VE、Adalsteinsson VA、et al. (2014 年 8 月) 「単一核シーケンスにより膠芽腫における EGFR 変異の不均一性が解明される」 Cancer Discovery 4 ( 8): 956–971 . doi : 10.1158/2159-8290.CD-13-0879 . PMC 4125473 . PMID 24893890 . ↑ Farlik M、Sheffield NC、Nuzzo A、Datlinger P、Schönegger A、Klughammer J、Bock C (2015 年 3 月)。 「 単一 細胞 DNA メチル 化 シーケンスとエピゲノム細胞状態ダイナミクスのバイオインフォマティクス推論」 。Cell Reports。10 ( 8): 1386–1397。doi : 10.1016 /j.celrep.2015.02.001。PMC 4542311。PMID 25732828 。 ↑ Zemach A、McDaniel IE、Silva P、Zilberman D (2010 年 5 月)。 「 真 核 生物 の DNA メチル化 のゲノムワイドな進化解析」 。Science。328 ( 5980): 916–919。Bibcode : 2010Sci ...328..916Z。doi : 10.1126 /science.11 86366。PMID 20395474。S2CID 206525166 。 ↑ Crary-Dooley FK、Tam ME、Dunaway KW、Hertz-Picciotto I、Schmidt RJ、LaSalle JM (2017 年 3 月)。 「 疫学 研究 の ための既存 の 全ゲノム DNA メチル化アッセイと低カバレッジ全ゲノムビスルフィットシーケンス の 比較」 。Epigenetics。12 (3): 206–214。doi : 10.1080 /15592294.2016.1276680。PMC 5406214。PMID 28055307 。 ↑ Smallwood SA、Lee HJ、Angermueller C、Krueger F、Saadeh H、Peat J、et al. (2014 年 8 月) 「エピジェネティックな不均一性を評価するための単一細胞ゲノムワイドビスルフィットシーケンス」 Nature Methods 11 ( 8): 817– 820. doi : 10.1038/nmeth.3035 . PMC 4117646 . PMID 25042786 . ↑ Miura F, Enomoto Y, Dairiki R, Ito T (2012年9月). "ポストビスルフィットアダプタータグ付けによる増幅不要の全ゲノムビスルフィットシーケンス" . Nucleic Acids Research . 40 (17): e136. doi : 10.1093/nar/gks454 . PMC 3458524 . PMID 22649061 . 1 2 Guo H, Zhu P, Wu X, Li X, Wen L, Tang F (2013 年 12 月). "Single-cell methylome landscapes of mouse embryonic stem cells and early embryos analytical using reduced representation bisulfite sequencing" . Genome Research . 23 (12): 2126– 2135. doi : 10.1101/gr.161679.113 . PMC 3847781 . PMID 24179143 . ↑ Gu H、Smith ZD、Bock C、Boyle P、Gnirke A、Meissner A (2011年4月)。「ゲノムスケールDNAメチル化プロファイリングのための縮小表現ビスルフィットシーケンスライブラリの 調製 」 。Nature Protocols。6 ( 4 ) : 468–481。doi : 10.1038 / nprot.2010.190。PMID 21412275。S2CID 24912438 。 ↑ Fu Y, Luo GZ, Chen K, Deng X, Yu M, Han D, et al. (2015 年 5 月). "N6-メチルデオキシアデノシンはクラミドモナスの活性転写開始部位をマークする" . Cell . 161 (4): 879– 892. doi : 10.1016/j.cell.2015.04.010 . PMC 4427561 . PMID 25936837 . ↑ Beaulaurier J、Schadt EE、Fang G (2019年3月)。 「最新のシーケンス技術を用いた細菌エピゲノムの解読」 。Nature Reviews. Genetics . 20 (3): 157– 172. doi : 10.1038/s41576-018-0081-3 . PMC 6555402 . PMID 30546107 . ↑ Guo H, Zhu P, Yan L, Li R, Hu B, Lian Y, et al. (2014年7月). "ヒト初期胚のDNAメチル化ランドスケープ". Nature . 511 (7511): 606–610 . Bibcode : 2014Natur.511..606G . doi : 10.1038/ nature13544 . PMID 25079557. S2CID 4450377 . ↑ Gkountela S、Castro-Giner F、Szczerba BM、Vetter M、Landin J、Scherrer R、他 。 （2019年1月）。 「循環腫瘍細胞のクラスタリングが DNA メチル化を形成し、転移播種を可能にする」 。 セル 。 176 ( 1–2 ): 98–112.e14。 土井 ： 10.1016/j.cell.2018.11.046 。 PMC 6363966 。 PMID 30633912 。 ↑ Stein RA (2019年7月1日). 「シングルセルシーケンスにより複数のオミクスを選別」 . 2019年 8月1日 取得 。 1 2 3 " ↑ Kolodziejczyk AA、Kim JK 、Svensson V、Marioni JC、Teichmann SA (2015 年 5 月)。 「 シングルセル RNA シーケンスの技術と生物学」 。Molecular Cell。58 ( 4 ): 610–620。doi : 10.1016 / j.molcel.2015.04.005。PMID 26000846 。 ↑ Tammela T、Sage J (2020 年 3 月)。 「マウス モデルにおける腫瘍の不均一性の調査」 。Annual Review of Cancer Biology。4 ( 1 ): 99–119。doi : 10.1146 /annurev-cancerbio- 030419-033413。PMC 8218894。PMID 34164589 。 ↑ Harris C (2020). 前立腺癌における単一細胞トランスクリプトーム解析 （修士論文）。オタゴ大学 。hdl : 10523/10111 。 ↑ Kildisiute G、Kholosy WM、Young MD、Roberts K、Elmentaite R、van Hooff SR、et al . (2021 年 2 月)。 「 腫瘍と正常細胞 の 単一細胞 mRNA 比較により、 汎神経芽細胞腫癌細胞が明らかになる」 。Science Advances。7 ( 6 ) eabd3311。Bibcode : 2021SciA....7.3311K。doi : 10.1126 / sciadv.abd3311。PMC 7864567。PMID 33547074 。 ↑ Klein AM、Mazutis L、Akartuna I、Tallapragada N、Veres A、Li V、et al . ( 2015 年 5 月)。 「胚 性幹細胞 に適用された単一細胞トラン スクリプト ミクスのためのドロップレットバーコーディング」 。Cell。161 ( 5 ): 1187–1201。doi : 10.1016/ j.cell.2015.04.044。PMC 4441768。PMID 26000487 。 ↑ Macosko EZ、Basu A 、 Satija R、Nemesh J、Shekhar K、Goldman M、et al. (2015 年 5 月)。 「 ナノ リットル液滴を 用いた個々の細胞 の 高度に並列なゲノムワイド発現プロファイリング」 。Cell。161 ( 5 ): 1202–1214。doi : 10.1016 /j.cell.2015.05.002。PMC 4481139。PMID 26000488 。 ↑ Hebenstreit D (2012年11月) 「シングルセルRNAシーケンスの方法、課題、可能性」 Biology 1 ( 3): 658–667 . doi : 10.3390/ biology1030658 . PMC 4009822 . PMID 24832513 . ↑ Tang F、Barbacioru C、Wang Y、Nordman E、Lee C、Xu N、et al. (2009 年 5 月)。「単一細胞の mRNA-Seq 全トランスクリプトーム 解析 」 。Nature Methods。6 ( 5 ) : 377–382。doi : 10.1038 / NMETH.1315。PMID 19349980。S2CID 16570747 。 ↑ Islam S、Kjällquist U、Moliner A、Zajac P、Fan JB、Lönnerberg P、Linnarsson S (2011年7月)。 「 高 多重 RNA シーケンス による単一細胞転写ランドスケープの特性評価」 。Genome Research。21 ( 7): 1160– 1167。doi : 10.1101/ gr.110882.110。PMC 3129258。PMID 21543516 。 ↑ Ramsköld D、Luo S、Wang YC、Li R、Deng Q、Faridani OR、et al. (2012 年 8 月)。 「 単一 細胞レベル の RNA および個々の 循環腫瘍細胞からの全長 mRNA-Seq」 。Nature Biotechnology。30 ( 8): 777–782。doi : 10.1038 / nbt.2282。PMC 3467340。PMID 22820318 。 ↑ Muraro MJ、Dharmadhikari G、Grün D、Groen N、Dielen T、Jansen E、 他。 （2016年10月）。 「ヒト膵臓の単細胞トランスクリプトームアトラス」 。 細胞システム 。 3 (4): 385–394.e3。 土井 ： 10.1016/j.cels.2016.09.002 。 PMC 5092539 。 PMID 27693023 。 ↑ Hashimshony T 、Wagner F、Sher N、Yanai I (2012 年 9月)。 「CEL-Seq: 多重線形 増幅 によるシングルセルRNA-Seq」 。Cell Reports。2 ( 3): 666– 673。doi : 10.1016/ j.celrep.2012.08.003。PMID 22939981 。 ↑ Singh M、Al-Eryani G、Carswell S、Ferguson JM、Blackburn J、Barton K、et al . (2019年7月)。 「 ハイ スループット 標的ロングリードシングルセルシーケンスによりリンパ球のクローンおよび転写ランドスケープが明らかに」 。Nature Communications。10 ( 1 ) : 3120。Bibcode : 2019NatCo..10.3120S。doi : 10.1038 /s41467-019-11049-4。PMC 6635368。PMID 31311926 。 ↑ Sasagawa Y, Nikaido I, Hayashi T, Danno H, Uno KD, Imai T, Ueda HR (2013 年 4 月). "Quartz-Seq: 再現性と感度に優れたシングルセル RNA シーケンス法で非遺伝的遺伝子発現の不均一性が明らかに" . Genome Biology . 14 (4): R31. doi : 10.1186/gb-2013-14-4-r31 . PMC 4054835 . PMID 23594475 . ↑ Kouno T, Moody J, Kwon AT, Shibayama Y, Kato S, Huang Y, et al. (2019年1月). "C1 CAGEは単一細胞解像度で転写開始部位とエンハンサー活性を検出する" . Nature Communications . 10 (1): 360. Bibcode : 2019NatCo..10..360K . doi : 10.1038/s41467-018-08126-5 . PMC 6341120 . PMID 30664627 . ↑ Dal Molin A、Di Camillo B (2019年7月)。「シングルセルRNAシーケンス実験の設計方法：落とし穴、課題、展望」。Briefings in Bioinformatics。20 ( 4 ): 1384–139 4。doi : 10.1093/bib / bby007。hdl : 11577 / 3267609。PMID 29394315 。 ↑ Peterson VM、Zhang KX、Kumar N、Wong J、Li L、Wilson DC、et al . (2017 年 10 月)。「単一細胞におけるタンパク質と転写産物の多重定量 」 。Nature Biotechnology。35 ( 10 ) : 936–939。doi : 10.1038 / nbt.3973。PMID 28854175。S2CID 205285357 。 ↑ Stoeckius M、Hafemeister C、Stephenson W 、Houck - Loomis B、Chattopadhyay PK、Swerdlow H、et al. (2017 年 9 月)。 「 単一 細胞におけるエピトープとトランスクリプトームの同時測定」 。Nature Methods。14 ( 9 ) : 865–868。doi : 10.1038/ nmeth.4380。PMC 5669064。PMID 28759029 。 ↑ Tripathy SJ、Toker L、Bomkamp C、Mancarci BO、Belmadani M、Pavlidis P (2018-10-08)。 「Patch-Seqデータセットにおけるトランスクリプトーム品質の 評価 」 。Frontiers in Molecular Neuroscience。11 ： 363。doi ： 10.3389 / fnmol.2018.00363。PMC 6187980。PMID 30349457 。 ↑ クラーク、シーラ。 「 シングルセルRNAシーケンス：入門概要と開始するためのツール」 。10xgenomics.com 。 ↑ Gudapati , H; Dey, M; Ozbolat, I (2016年9月) 「液滴ベースのバイオプリンティングに関する包括的なレビュー：過去、現在、そして未来」 Biomaterials . 102 : 20–42 . doi : 10.1016/j.biomaterials.2016.06.012 . PMID 27318933 . 1 2 Gao, C; Zhang, M; Chen, L (2020 年 12 月). "2 つのシングルセルシーケンスプラットフォームの比較: BD Rhapsody と 10x Genomics Chromium" . Current Genomics . 21 (8): 602– 609. doi : 10.2174/1389202921999200625220812 . PMC 7770630 . PMID 33414681 . ↑ 「特徴バーコード技術を備えたChromiumシングルセル遺伝子発現ソリューション」 （PDF ） 。10xgenomics.com 。 ↑ Wang, X; He, Y; Zhang, Q; Ren, X; Zhang, Z (2021年4月). "10X Genomics ChromiumとSmart-seq2の直接比較分析" . Genomics, Proteomics & Bioinformatics . 19 (2): 253– 266. doi : 10.1016/j.gpb.2020.02.005 . PMC 8602399 . PMID 33662621 . ↑ KWOK, Hin; LUI, Schwan. "Single Cell (10X Genomics)" . CPOS HKUMed . ↑ Hagemann-Jensen M、Abdullayev I、Sandberg R、 Faridani OR (2018 年10 月)。 「 単一細胞小 RNA シーケンスのための Small-seq」。Nature Protocols。13 ( 10 ): 2407–2424。doi : 10.1038/s41596-018-0049 - y。PMID 30250291。S2CID 52813142 。 1 2 Hayashi T, Ozaki H, Sasagawa Y, Umeda M, Danno H, Nikaido I (2018 年 2 月). "単一細胞全長トータル RNA シーケンスにより、再帰的スプライシングとエンハンサー RNA のダイナミクスが明らかに" . Nature Communications . 9 (1): 619. Bibcode : 2018NatCo...9..619H . doi : 10.1038/s41467-018-02866-0 . PMC 5809388 . PMID 29434199 . ↑ Armour CD、Castle JC、Chen R、Babak T、Loerch P、Jackson S、et al. (2009 年 9 月) 「cDNA 合成のための選択的ヘキサマープライミングを使用したデジタル転写産物プロファイリング」 Nature Methods . 6 (9): 647– 649. doi : 10.1038/nmeth.1360 . PMID 19668204 . S2CID 12164981 . ↑ Loi DS 、Yu L 、Wu AR (2021-01-15)。 「 scDASHによるシングルセル全RNAシーケンスのための効果的なリボソームRNA 除去 」 。PeerJ。9 e10717。doi : 10.7717 / peerj.10717。PMC 7812930。PMID 33520469 。 ↑ Ament, Seth A.; Poulopoulos, Alexandros (2023). "脳のダークトランスクリプトーム：ニューロンとグリアの遠位コンパートメントにおけるRNAのシーケンス" . Current Opinion in Neurobiology . 81 102725. doi : 10.1016/j.conb.2023.102725 . PMC 10524153 . PMID 37196598 . ↑ Griffiths JA、Scialdone A、Marioni JC (2018 年 4 月)。 「単一細胞ゲノミクスを使用して発生プロセスと細胞運命決定を理解する」 。Molecular Systems Biology。14 ( 4 ) e8046。doi : 10.15252 / msb.20178046。PMC 5900446。PMID 29661792 。 ↑ Raj B、Wagner DE、McKenna A、Pandey S、Klein AM、Shendure J、et al . (2018 年 6 月)。 「 脊椎動物 の 脳 における系統と細胞型の同時単一細胞プロファイリング」 。Nature Biotechnology。36 ( 5): 442–450。doi : 10.1038 / nbt.4103。PMC 5938111。PMID 29608178 。 ↑ Olmos D、Arkenau HT、Ang JE、Ledaki I、Attard G、Carden CP、et al. (2009 年 1 月) 「去勢抵抗性前立腺癌 (CRPC) における中間エンドポイントとしての循環腫瘍細胞 (CTC) カウント: 単一施設での経験」 . Annals of Oncology . 20 (1): 27– 33. doi : 10.1093/annonc/mdn544 . PMID 18695026 . ↑ Levitin HM、Yuan J、Sims PA (2018 年4 月 )。 「腫瘍 の不 均一 性の 単一細胞トランスクリプトーム解析」 。Trends in Cancer。4 ( 4 ): 264–268。doi : 10.1016/ j.trecan.2018.02.003。PMC 5993208。PMID 29606308 。 ↑ Jerby-Arnon L、Shah P、Cuoco MS、Rodman C、Su MJ、Melms JC、et al. (2018年11月)。 「 がん 細胞プログラムはT細胞の排除とチェックポイント阻害に対する抵抗性を促進する」 。Cell。175 ( 4 ) : 984–997.e24。doi : 10.1016 / j.cell.2018.09.006。PMC 6410377。PMID 30388455 。 ↑ Neu KE、Tang Q、Wilson PC、Khan AA (2017年2月)。 「シングルセルゲノミクス：免疫学におけるアプローチと有用性 」 。Trends in Immunology。38 ( 2 ) : 140– 149。doi : 10.1016 / j.it.2016.12.001。PMC 5479322。PMID 28094102 。 ↑ Stephenson W、Donlin LT、Butler A、Rozo C、Bracken B、Rashidfarrokhi A、et al. (2018 年 2 月)。 「 低 コスト の マイクロ流体機器を使用した関節リウマチ滑膜組織のシングルセル RNA-seq」 。Nature Communications。9 ( 1 ): 791。Bibcode : 2018NatCo...9..791S。doi : 10.1038 /s41467-017-02659 - x。PMC 5824814。PMID 29476078 。 ↑ Barisic, Darko; Chin, Christopher R.; Meydan, Cem; Teater, Matt; Tsialta, Ioanna; Mlynarczyk, Coraline; Chadburn, Amy; Wang, Xuehai; Sarkozy, Margot; Xia, Min; Carson, Sandra E.; Raggiri, Santo; Debek, Sonia; Pelzer, Benedikt; Durmaz, Ceyda (2024年4月). "ARID1AはSWI/SNFを介した転写因子の連続結合をオーケストレーションし、ARID1Aの喪失は前記憶B細胞の運命とリンパ腫形成を促進する" . Cancer Cell . 42 (4): 583–604.e11. doi : 10.1016/j.ccell.2024.02.010 . PMC 11407687 . PMID 38458187 。 ↑ Kuppe C 、 Ibrahim MM 、 Kranz J 、 Zhang X、Ziegler S、Perales-Patón J、et al . (2021 年 1 月)。 「 ヒト 腎 線維症における筋線維芽細胞の起源の解明」 。Nature。589 (7841): 281–286。Bibcode : 2021Natur.589..281K。doi : 10.1038/ s41586-020-2941-1。hdl : 20.500.11820 / a0a63f61-934c - 4036-80d7-79c2e3095885。PMC 7611626。PMID 33176333 。 S2CID 226309826 。 ↑ Kuppe C、Flores RO、Li Z、Hannani M、Tanevski J、Halder M、et al. (2022-08-10). "ヒト心筋梗塞の空間的マルチオミクスマップ" . Nature . 608 (7924): 766– 777. Bibcode : 2022Natur.608..766K . doi : 10.1038/s41586-022-05060-x . ISSN 1476-4687 . PMC 9364862 . PMID 35948637 . ↑ Xiang R, Wang J, Chen Z, Tao J, Peng Q, Ding R, Zhou T, Tu Z, Wang S, Yang T, Chen J, Jia Z, Li X, Zhang X, Chen S, Cheng N, Zhao M, Li J, Xue Q, Zhang H, Jiang C, Xing N, Ouyang K, Pekny A, Michalowska MM, de Pablo Y, Wilhelmsson U, Mitsios N、Liu C、Xu X、Fan X、Pekna M、Pekny M、Chen X、Liu L、Mulder J、Wang M、Wang J (2025 年 7 月)。 「単一細胞解像度でのマウス脳内出血の時空間トランスクリプトーム マップ」。 ニューロン 。 113 (13): 2102–2122.e7。 doi : 10.1016/j.neuron.2025.04.026 . PMID 40412375 . ↑ Avraham R、Haseley N、Brown D、Penaranda C、Jijon HB、Trombetta JJ、et al. (2015 年 9 月)。 「 病原 体 の 細胞間変動が宿主免疫応答の不均一性を引き起こす」 。Cell。162 ( 6 ) : 1309–1321。doi : 10.1016 / j.cell.2015.08.027。PMC 4578813。PMID 26343579 。 ↑ Bossel Ben-Moshe N、Hen-Avivi S、Levitin N、Yehezkel D、Oosting M、Joosten LA、et al. (2019年7月) 「ヒト免疫細胞のシングルセルRNAシーケンス解析を用いた細菌感染結果の予測」 Nature Communications . 10 (1): 3266. Bibcode : 2019NatCo..10.3266B . doi : 10.1038/s41467-019-11257- y . PMC 6646406. PMID 31332193 . ↑ Mercatelli D、Ray F 、Giorgi FM (2019)。 「遺伝子発現によるゲノム変化 の 汎 がんおよび単一細胞モデリング」 。Frontiers in Genetics。10 ： 671。doi ： 10.3389 / fgene.2019.00671。PMC 6657420。PMID 31379928 。 ↑ Reid AJ、Talman AM、Bennett HM、Gomes AR、Sanders MJ、Illingworth CJ、et al . (2018 年 3 月)。 「 単一 細胞 RNA シーケンスによりマラリア原虫の隠れた転写変動が明らかに 」 。eLife。7 e33105。doi : 10.7554 / eLife.33105。PMC 5871331。PMID 29580379 。 ↑ Poran A、Nötzel C、Aly O、Mencia-Trinchant N、Harris CT、Guzman ML、et al . (2017年11月)。 「 単一細胞RNAシーケンス により 、 マラリア原虫の性的コミットメントのシグネチャーが明らかになった」 。Nature。551 ( 7678 ) : 95–99。Bibcode : 2017Natur.551...95P。doi : 10.1038 / nature24280。PMC 6055935。PMID 29094698 。 ↑ Gasch AP、Yu FB、Hose J、Escalante LE、Place M、Bacher R、et al. (2017 年 12 月)。Balaban N (編)。 「単一細胞 RNA シーケンスにより、ストレスに応答する酵母の内在的および外在的な調節の不均一性が明らかになっ た 」 。PLOS Biology。15 ( 12 ) e2004050。doi : 10.1371 / journal.pbio.2004050。PMC 5746276。PMID 29240790 。 ↑ Kang Y、Norris MH、Zarzycki - Siek J 、 Nierman WC、Donachie SP、Hoang TT (2011年6月)。 「 トランス クリプ トーム解析のための単一細菌からの転写産物増幅」 。Genome Research。21 ( 6): 925–935。doi : 10.1101 / gr.116103.110。PMC 3106325。PMID 21536723 。 ↑ Cao J 、Packer JS、Ramani V、Cusanovich DA、Huynh C、Daza R、et al . (2017 年8 月 ) 。 「多細胞生物の包括的な単一細胞転写プロファイリング」 。Science。357 ( 6352): 661–667。Bibcode : 2017Sci ... 357..661C。doi : 10.1126 / science.aam8940。PMC 5894354。PMID 28818938 。 ↑ Plass M、Solana J 、Wolf FA、Ayoub S、Misios A、Glažar P、et al . (2018 年 5 月)。 「 単一 細胞トランスクリプトミクスによる複雑な動物全体の細胞型アトラスと系統樹」 。Science。360 ( 6391 ) eaaq1723。doi : 10.1126/science.aaq1723。PMID 29674432 。 ↑ フィンチャー CT、ワーツェル O、デ ホーグ T、クラヴァリック KM、レディエン PW (2018 年 5 月)。 「プラナリア Schmidtea mediterranea の細胞型トランスクリプトーム アトラス」 。 科学 。 360 (6391) eaaq1736。 土井 ： 10.1126/science.aaq1736 。 PMC 6563842 。 PMID 29674431 。 ↑ Gerber T、Murawala P 、 Knapp D、 Masselink W 、 Schuez M、Hermann S、et al. (2018 年 10 月)。 「 単一 細胞解析により、メキシコサンショウウオの四肢再生中の細胞アイデンティティの収束が明らかに」 。Science。362 ( 6413 ) eaaq0681。Bibcode : 2018Sci ...362..681G。doi : 10.1126/ science.aaq0681。PMC 6669047。PMID 30262634 。 ↑ Leigh ND、Dunlap GS、Johnson K、Mariano R、Oshiro R、Wong AY、et al . (2018 年 12 月)。 「 再生中 の成体メキシコサンショウウオ の四肢における芽球ニッチのトランスクリプトームランドスケープ を 単一細胞解像度で解析」 。Nature Communications。9 ( 1): 5153。Bibcode : 2018NatCo...9.5153L。doi : 10.1038 / s41467-018-07604-0。PMC 6279788。PMID 30514844 。 ↑ Wagner DE 、 Weinreb C、Collins ZM、Briggs JA、Megason SG、Klein AM (2018年6月)。 「 ゼブラ フィッシュ 胚における遺伝子発現ランドスケープと系統 の 単一細胞マッピング」 。Science。360 ( 6392 ): 981–987。Bibcode : 2018Sci...360..981W。doi : 10.1126 / science.aar4362。PMC 6083445。PMID 29700229 。 ↑ Farrell JA、Wang Y 、 Riesenfeld SJ、Shekhar K、Regev A、Schier AF (2018 年 6 月)。 「 ゼブラフィッシュ胚発生中 の発生軌跡 の 単一細胞再構築」 。Science。360 ( 6392 ) eaar3131。doi : 10.1126/ science.aar3131。PMC 6247916。PMID 29700225 。 ↑ Zafar H、Lin C、Bar-Joseph Z (2020年6 月 )。 「CRISPR-Cas9変異 と トランスクリプトームデータ を 統合した単一細胞系統追跡」 。Nature Communications。11 ( 1 ) : 3055。Bibcode : 2020NatCo..11.3055Z。doi : 10.1038 / s41467-020-16821-5。PMC 7298005。PMID 32546686 。 ↑ Briggs JA 、Weinreb C、Wagner DE、Megason S、Peshkin L、Kirschner MW、Klein AM (2018年6月)。 「 脊椎動物 胚 発生における遺伝子発現 の 動態を単一細胞レベルで解析」 。Science。360 ( 6392 ) eaar5780。doi : 10.1126/ science.aar5780。PMC 6038144。PMID 29700227 。 ↑ You J. 「サイエンス誌2018年のブレークスルー：細胞ごとの発生追跡」 。 サイエンス誌 。アメリカ科学振興協会。 ↑ Zhang W、Xia S、Zhong X、Gao G、Yang J、Wang S、et al. (2022 年 9 月) 「単一細胞 RNA シーケンスによる 2,2',4,4'-テトラブロモジフェニルエーテル (BDE47) 誘発精巣毒性の特性評価」 . Precision Clinical Medicine . 5 (3) pbac016. doi : 10.1093/pcmedi/pbac016 . PMC 9306015 . PMID 35875604 . ↑ Kurimoto K, Yabuta Y, Ohinata Y, Saitou M (2007). "Global single-cell cDNA amplification to provide a template for representative high-density oligonucleotide microarray analysis". Nature Protocols . 2 (3): 739– 752. doi : 10.1038/nprot.2007.79 . PMID 17406636 . S2CID 7404545 . ↑ Yachida S, Jones S, Bozic I, Antal T, Leary R, Fu B, et al. (2010年10月). "膵臓癌の遺伝的進化の後半に遠隔転移が発生する" . Nature . 467 (7319): 1114– 1117. Bibcode : 2010Natur.467.1114Y . doi : 10.1038/nature09515 . PMC 3148940 . PMID 20981102 . ↑ Frumkin D、Wasserstrom A、Itzkovitz S 、Harmelin A、Rechavi G、Shapiro E (2008 年 2 月)。 「 レーザーマイクロダイセクション法で分離した単一細胞からの複数のゲノム遺伝子座の増幅」 。BMC Biotechnology。8 ( 17 ) : 17。doi : 10.1186 /1472-6750-8-17。PMC 2266725。PMID 18284708 。 ↑ Dalerba P、Kalisky T、Sahoo D、Rajendran PS、Rothenberg ME、Leyrat AA、et al. (2011年11月) 「ヒト結腸腫瘍における転写異質性の単一細胞解析」 Nature Biotechnology . 29 (12): 1120– 1127. doi : 10.1038/nbt.2038 . PMC 3237928 . PMID 22081019 . ↑ White AK、VanInsberghe M、Petriv OI、Hamidi M、Sikorski D、Marra MA、et al . (2011 年 8 月)。 「 ハイ スループット マイクロ 流体シングルセル RT-qPCR」 。 米国 科学アカデミー紀要 。108 (34) : 13999–14004。Bibcode : 2011PNAS..10813999W。doi : 10.1073 / pnas.1019446108。PMC 3161570。PMID 21808033 。 ↑ Ziegenhain, Christoph; Vieth, Beate; Parekh, Swati; Reinius, Björn; Guillaumet-Adkins, Amy; Smets, Martha; Leonhardt, Heinrich; Heyn, Holger; Hellmann, Ines; Enard, Wolfgang (2017年2月). "単一細胞RNAシーケンス法の比較分析". Molecular Cell . 65 (4): 631–643.e4. doi : 10.1016/j.molcel.2017.01.023 . hdl : 10230/34928 . PMID 28212749 .
外部リンク 「Seurat R シングルセルゲノミクス用ツールキット」
