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| コンテンツ | |
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| 説明 | ヒューマン セル アトラスは、健康と病気に対する理解を変革するために、人体の細胞の詳細な地図を作成している世界的なコンソーシアムです。 |
| 生物 | 人間 |
| 接触 | |
| 主な引用 | Regev, Aviv; et al. (ヒト細胞アトラス組織委員会) (2018). 「ヒト細胞アトラス白書」. arXiv : 1810.05192 [q-bio.TO]. |
| アクセス | |
| Webサイト | ヒューマンセルアトラス |
ヒト細胞アトラスは、人体内のすべての細胞タイプを記述する世界的なプロジェクトです。[1]この取り組みは、2016年10月にロンドンで開催された最初の会議の後、コンソーシアムによって発表され、プロジェクトの第1フェーズが確立されました。[2] [3]アビブ・レゲフとサラ・タイヒマンは、ブロード研究所、ウェルカムトラスト・サンガー研究所、ウェルカムトラストが招集したその会議でプロジェクトの目標を定義しました。 [ 4 ]レゲフとタイヒマンがプロジェクトを主導しています。[5] 2024年の時点で、このプロジェクトは約6200万個のヒト細胞を18の生物学的ネットワークにマッピングしており、神経系、肺、心臓、腸、免疫系などの重要なシステムの細胞が含まれています。[7]
説明
ヒト細胞アトラスは、細胞の種類、状態、体内の位置、細胞が受ける変化、細胞系統など、いくつかの基準に基づいて細胞をカタログ化します。[8]既存の研究からデータを収集し、将来の研究プロジェクトで収集されたデータと統合します。[3]収集されるデータには、 フラクソーム、ゲノム、メタボローム、プロテオーム、トランスクリプトームなどがあります。[3]
その目的は、人体のあらゆる部分から細胞を採取し、人体の37兆個の細胞を分類し、それぞれの細胞がどの遺伝子を発現しているかを判断することです。[9]
ソフトウェアや結果を含め、プロジェクトのあらゆる側面は「無料で一般に公開」される予定である。[10]
2018年4月までに、このプロジェクトには480人以上の研究者が参加し、185のプロジェクトを実施しました。[11]
資金調達
2017年10月、チャン・ザッカーバーグ・イニシアチブは、ヒト細胞アトラスに関連する38のプロジェクトへの資金提供を発表しました。[12]その中には、コロンビア大学メディカルセンターのザッカーマン研究所への非公開の助成金が含まれていました。[10]「単一細胞解像度でヒト脊髄をマッピングするための戦略」と題されたこの助成金は、すべての脊髄細胞における遺伝子活動を識別してカタログ化する研究に資金を提供します。[10]トランスレーショナル・ゲノミクス研究所は、複数の細胞を配列決定した平均に頼る一般的な方法と比較して、 「単一細胞RNA配列決定のための固形組織の処理と保管」の標準を開発するための助成金を受け取りました。 [12]プロジェクトのホームページは、チャン・ザッカーバーグ・イニシアチブのウェブサイトでご覧いただけます。[13]
このプログラムは欧州連合、米国国立衛生研究所、マントン財団からも支援を受けている。 [9]
データ
2018年4月、骨髄と臍帯血から採取された53万個の免疫系細胞を表すプロジェクトの最初のデータセットが公開されました。[11]
マックスプランク免疫生物学・エピジェネティクス研究所の研究プログラムは、9人のドナーから採取した10,000個の正常細胞を対象に単一細胞RNA配列解析を行い、肝臓の細胞アトラスを発表しました。[14]
Tabula Sapiensのデータは専用のウェブサイトで公開されました。[15]
参照
- 成人の体内の異なる細胞タイプのリスト
- ENCODE - DNA 要素百科事典 (ENCODE)
- ヒトゲノムプロジェクト
- ヒトタンパク質アトラス
- ヒト生体分子アトラスプログラム
注記
- ^ Regevら2018年。
- ^ プレイト 2016年。
- ^ abc うん2017。
- ^ 2016年のサンプル。
- ^ ウェルカムトラストサンガー研究所 2016年。
- ^ Nowogrodzki 2017年。
- ^ 「細胞版 ウィキペディア：研究者が最新のヒト細胞アトラスを観察、その驚くべき内容」Nature（論説）635（8039）：523–524。2024年11月20日。doi ：10.1038/d41586-024-03754-y。
- ^ Regev、4ページ。
- ^ Apple 2018より。
- ^ abc シルバ2017年。
- ^ デイリー 2018より。
- ^ AZ Big Media 2017より。
- ^ https://www.czbiohub.org/tabula-projects/ より
- ^ アイザラニら 2019年。
- ^ タブラ・サピエンス・コンソーシアム 2022.
参考文献
- Aizarani, Nadim; Saviano, Antonio; Sagar, Laurent Mailly; Durand, Sarah; Herman, Josip S.; Pessaux, Patrick; Baumert, Thomas F.; Grün, Dominic (2019 年 7 月 10 日)。「ヒト肝細胞アトラスが異質性と上皮前駆細胞を明らかにする」。Nature . 572 ( 7768): 199–204. doi :10.1038/s41586-019-1373-2. PMC 6687507 . PMID 31292543.
- Apple, Sam (2018 年 8 月 22 日)。「細胞の地図製作者」。MITテクノロジー レビュー(2018 年 9 月発行)。
- デイリー、ジェイソン（2018年4月19日）。「ヒト細胞アトラスが最初の主要データセットを公開」スミソニアンマガジン。 2019年12月26日閲覧。
- ファリヴァー、サイラス（2017年9月30日）。「37兆個のヒト細胞がどのように機能するかをよりよく理解するには、新しいツールが必要」。Ars Technica 。 2017年10月1日閲覧。
- Tabula Sapiensコンソーシアム; et al. (2022年5月). 「Tabula Sapiens：ヒトの多臓器、単細胞トランスクリプトームアトラス」. Science . 376 (6594): eabl4896. doi :10.1126/science.abl4896. PMC 9812260. PMID 35549404. S2CID 248748505 .
- Nowogrodzki, Anna (2017 年 7 月 5 日). 「ヒト細胞アトラスの構築方法」. Nature . 547 (7661): 24–26. Bibcode :2017Natur.547...24N. doi : 10.1038/547024a . PMID 28682347. S2CID 211067156.
- Preidt, Robert (2016 年 10 月 17 日)。「科学者が人体のすべての細胞をマッピングする計画」CBS ニュース。2017年10 月 1 日閲覧。
- Regev, Aviv. 「ヒト細胞アトラス」（PDF）。マサチューセッツ工科大学生物学部。2021年4月13日時点のオリジナル（PDF）からアーカイブ。 2017年10月1日閲覧。
- Regev, Aviv; et al. (ヒト細胞アトラス組織委員会) (2018). 「ヒト細胞アトラス白書」. arXiv : 1810.05192 [q-bio.TO].
- サンプル、イアン（2016年10月14日）。「ヒト細胞アトラスプロジェクトは、人体の35兆個の細胞の地図作成を目指す」。ガーディアン。 2017年10月1日閲覧。
- シルバ、カタリーナ（2017年10月20日）。「コロンビア大学の研究者がFacebook創設者から脊髄細胞アトラス作成の資金提供を受ける」ALS News Today 。 2017年10月20日閲覧。
- Yup, Sang (2017 年 6 月 26 日)。「ヒト細胞アトラスが健康と病気への新たな扉を開く」。Scientific American。2017年10 月 1 日閲覧。
- 「TGen が「単一細胞」シーケンシングの処理手順を開発」AZ Big Media、2017 年 10 月 19 日。2017年10 月 20 日に閲覧。
- 「国際ヒト細胞アトラス・イニシアチブ」（プレスリリース）。ウェルカム・トラスト・サンガー研究所。2016年10月14日。 2017年10月1日閲覧。
さらに読む
- ローゼンブラット・ローゼン、O. MJT、スタビントン。レゲブ、A.タイヒマン、SA (2017 年 10 月 18 日)。 「ヒト細胞アトラス：ビジョンから現実へ」。自然。550 (7677): 451–453。Bibcode :2017Natur.550..451R。土井：10.1038/550451a。PMID 29072289。S2CID 205095818 。
外部リンク
- 公式サイト
- Regev A、Teichmann SA、Lander ES、Amit I、Benoist C、Birney E、他 (ヒト細胞アトラス会議参加者) (2017 年 5 月 8 日)。「ヒト細胞アトラス」。bioRxiv 10.1101 /121202。
- Ledford, Heidi (2017 年 2月 23日)。「人体の地図作成競争 — 細胞 1 つずつ」。Nature . 542 ( 7642): 404–405。Bibcode :2017Natur.542..404L。doi : 10.1038/nature.2017.21508。PMID 28230136。
- Cepelewicz, Jordana (2017 年 7 月 12 日)。「細胞アトラスが生物学の最前線を明らかにする」Quanta Magazine。2017年10 月 1 日閲覧。
- 「ヒト細胞アトラスデータプラットフォームがCZIの支援を受けて始動」（プレスリリース）。Chan Zuckerberg Initiative。2017年6月1日。 2017年10月4日閲覧。
- Regev, Aviv (2017年6月). 「ヒト細胞の国勢調査の作成」. Nautilus . 2021年4月14日時点のオリジナルよりアーカイブ。2017年10月4日閲覧。
- エド・ヨン（2016年10月14日）「人体のためのGoogleマップ」アトランティック誌。 2017年10月4日閲覧。