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| コンテンツ | |
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| 説明 | MirGeneDB は、専門家によって検証および注釈が付けられた、手動でキュレーションされた microRNA 遺伝子のデータベースです。 |
| 接触 | |
| 研究センター | ノルウェー北極大学、サイエンス・フォー・ライフ研究所、オスロ大学病院、ダートマス大学 |
| 著者 | バスティアン・フロム & ケビン・J・ピーターソン |
| 主な引用 | バスティアン フロム、エイリク ホイエ、ダイアナ ドマンスカ、シャンフー ゾン、エルネスト アパリシオ プエルタ、ウラジミール オフチニコフ、シナン ウー ウム、ピーター J シャボー、ウェンジン カン、モルテザ アスランザデ、マルセル タルビエ、エミリオ マルモル サンチェス、ジャンヴィト ウルジェーゼ、モルテン ヨハンセン、エイヴィンドHovig、Michael Hackenberg、Marc R Friedländer、Kevin J Peterson、MirGeneDB 2.1: すべての主要な動物門の完全なサンプリングに向けて、核酸研究、2021 年、https://doi.org/10.1093/nar/gkab1101 |
| 発売日 | 2015年、2020年、2021年 |
| アクセス | |
| Webサイト | http://www.mirgenedb.org/ |
| その他 | |
| バージョン | 2.1 |
| キュレーションポリシー | マニュアル |
MirGeneDBは、Fromm et al. 2015 [1]およびFromm et al. 2020 [2]で最初に説明されたように、検証および注釈が付けられた手動でキュレーションされたマイクロRNA遺伝子のデータベースです。MirGeneDB 2.1 [3]には、75の後生動物種の1,500を超えるmiRNAファミリーを表す16,000を超えるマイクロRNA遺伝子エントリが含まれており、2022年のNARデータベース号で公開されています。すべてのマイクロRNAを閲覧、検索、ダウンロードできます。
- 真獣類（胎盤を持つ哺乳類）
- ヒト （ホモサピエンス） （567遺伝子、268ファミリー）
- アカゲザル (Macaca mulatta) (520 遺伝子、235 科)
- ハツカネズミ (Mus musculus) (452 遺伝子、224 科)
- ドブネズミ (Rattus norvegicus) (420 遺伝子、189 科)
- モルモット (Cavia porcellus) (402 遺伝子、184 ファミリー)
- ウサギ (Oryctolagus cuniculus) (391 遺伝子、185 科)
- イヌ (Canis Familyis) (455 遺伝子、211 科)
- 牛 (Bos taurus) (459 遺伝子、214 科)
- コオロギアルマジロ (Dasypus novemcinctus) (380 遺伝子、169 科)
- ヒメハリネズミテンレック (Echinops telfairi) (350 遺伝子、166 科)
- 有袋類（有袋類）
- タスマニアデビル (Sarcophilus harrisii) (465 遺伝子、161 科)
- 灰色の短い尾を持つオポッサム (Monodelphis domestica) (505 遺伝子、171 科)
- 単孔類
- カモノハシ (Ornithorhynchus anatinus) (402 遺伝子、149 科)
- 鳥類
- ワニ目（アリゲーターとクロコダイル）
- アメリカアリゲーター (Alligator mississippiensis) (283 遺伝子、113 科)
- カメ目（カメ）
- ニシキガメ (Chrysemys picta bellii) (301 遺伝子、124 科)
- 有鱗目（トカゲとヘビ）
- グリーンアノールトカゲ (Anolis carolinensis) (267 遺伝子、118 科)
- ビルマニシキヘビ (Python bivittatus) (248 遺伝子、96 科)
- シュレーゲルスニホンヤモリ (Gekko japonicus) (262 遺伝子、99 科)
- 嘴頭類（くちばし頭類）
- ムカデ （Sphenodon punctatus） （225 遺伝子、102 科）
- 無蛙（カエルとヒキガエル）
- ギムノフィオナ（アポダ）
- ミクロカエシリア (Microcaecilia unicolor) (245 遺伝子、97 科)
- アクティニスタ（シーラカンス）
- シーラカンス (Latimeria chalumnae) (232 遺伝子、91 科)
- 硬骨魚類
- ホロステイ（ガーとボウフィン）
- スポッテッドガー (Lepisosteus oculatus) (273 遺伝子、104 ファミリー)
- 軟骨魚類
- トラザメ (Scyliorhinus torazame) (248 遺伝子、91 科)
- オーストラリアオオサカタザメ (Callorhinchus milii) (271 遺伝子、110 科)
- 円口
- 尾索動物（ホヤ）
- ホヤ (Ciona intestinalis) (107 遺伝子、72 ファミリー)
- 頭索動物（ナメクジウオ）
- フロリダナメクジウオ (Branchiostoma floridae) (130 遺伝子、73 科)
- ヨーロッパナメクジウオ (Branchiostoma lanceolatum) (202 遺伝子、77 科)
- 半索動物
- サッコグロッサス (Saccoglossus kowalevskii) (78 遺伝子、50 科)
- Ptychodera (Ptychodera flava) (87 遺伝子、53 科)
- 棘皮動物
- ゼノターベラ
- ゼノターベラ （ゼノターベラ ボッキ） （46 遺伝子、31 ファミリー）
- 六脚類（昆虫）
- ショウジョウバエ （Drosophila melanogaster） （161 遺伝子、99 科）
- ショウジョウバエ (Drosophila simulans) (159 遺伝子、97 科)
- ショウジョウバエ （Drosophila yakuba） （148 遺伝子、88 科）
- ショウジョウバエ （Drosophila ananassae） （159 遺伝子、101 科）
- ショウジョウバエ （Drosophila mojavensis） （162 遺伝子、102 科）
- 黄熱蚊 （Aedes aegypti） （118 遺伝子、70 科）
- ナガバタフライ （Heliconius melpomene） （130 遺伝子、79 科）
- 赤いコクゾウ (Tribolium castaneum) (191 遺伝子、88 科)
- ゴキブリ (Blattella germanica) (144 遺伝子、86 科)
- 甲殻類
- 鋏角目
- 線虫
- 環形動物
- 多毛類 （Capitella teleta） （102 遺伝子、69 科）
- コモンブランドリングワーム （Eisenia fetida） （193 遺伝子、66 科）
- 軟体動物
- フクロウカサガイ （Lottia gigantea） （82 遺伝子、54 科）
- マガキ （Crassostrea gigas） （137 遺伝子、60 科）
- 室内オウムガイ (Nautilus pompilius) (78 遺伝子、60 ファミリー)
- ハワイアンダンゴイカ (Euprymna scolopes) (147 遺伝子、113 科)
- カリフォルニア ツースポット オクトパス (Octopus bimaculoides) (173 遺伝子、136 科)
- 一般的なダコ (Octopus vulgaris) (177 遺伝子、135 科)
- 腕足動物
- Lingula (Lingula anatina) (106 遺伝子、51 ファミリー)
- 扁形動物
- 淡水プラナリア (Schmidtea mediterranea) (107 遺伝子、45 科)
- ワムシ類
- ワムシ類 （Brachionus plicatilis） （47 遺伝子、35 科）
- 刺胞動物
- スターレットイソギンチャク (Nematostella vectensis) (30 遺伝子、24 科)
- 淡水ポリプ （Hydra vulgaris） （26 遺伝子、23 ファミリー）
- 海綿動物
参考文献
- ^ Fromm, Bastian; Billipp, Tyler; Peck, Liam E.; Johansen, Morten; Tarver, James E.; King, Benjamin L.; Newcomb, James M.; Sempere, Lorenzo F.; Flatmark, Kjersti; Hovig, Eivind; Peterson, Kevin J. (2015-11-23). 「脊椎動物のマイクロRNA遺伝子の注釈とヒトのマイクロRNAomeの進化のための統一システム」. Annual Review of Genetics . 49 (1): 213–242. doi :10.1146/annurev-genet-120213-092023. ISSN 0066-4197. PMC 4743252. PMID 26473382 .
- ^ フロム、バスティアン;ドマンスカ、ダイアナ。ホイエ、エイリク。オフチニコフ、ウラジミール。カン・ウェンジン。アパリシオ・プエルタ、エルネスト。ヨハンセン、モルテン。フラットマーク、ジェルスティ。マテリア、アンソニー。ホヴィグ、エイビンド。マイケル、ハッケンバーグ (2020-01-08)。 「MirGeneDB 2.0: 後生動物のマイクロRNA補体」。核酸研究。48 (D1): D132 – D141。土井：10.1093/nar/gkz885。ISSN 0305-1048。PMC 6943042。PMID 31598695。
- ^ フロム、バスティアン;ホイエ、エイリク。ドマンスカ、ダイアナ。鍾、祥福。アパリシオ・プエルタ、エルネスト。オフチニコフ、ウラジミール。うむ、シナン・ウー。シャボー、ピーター・J;カン・ウェンジン。アスランザデ、モルテザ。タルビエ、マルセル（2021-11-25）。 「MirGeneDB 2.1: すべての主要な動物門の完全なサンプリングに向けて」。核酸研究。50 (D1): D204 ～ D210。土井：10.1093/nar/gkab1101。ISSN 0305-1048。PMC 8728216。PMID 34850127。
外部リンク
- 公式サイト