命名コード

命名規則または命名規則は、生物の命名を規定するさまざまな規則集です。生物の学名を標準化することで、研究者は発見（新種の発見を含む）について議論できるようになります。

生物学の研究が専門化されるにつれて、さまざまな種類の生物に対して特定のコードが採用されるようになりました。

種の名前のみを扱い、種が属、科、その他の上位の分類群に割り当てられることをある程度認識しているエンドユーザーにとっては、複数のコードがあることに気付かないかもしれませんが、この基本レベルを超えると、これらの動作はかなり異なります。

分類学において、二名法（「2つの用語による命名システム」）は、バイナリ命名法とも呼ばれ、生物の種に2つの部分からなる名前を付ける正式なシステムです。どちらの部分もラテン語の文法形式を使用しますが、他の言語の単語に基づくこともあります。このような名前は、二名法名（単に「binomial」と短縮されることもあります）、ビノメン、二名法名、または学名と呼ばれます。より非公式には、歴史的にはラテン名とも呼ばれています。ICZNでは、このシステムは二名法とも呼ばれ、^[1]「binomi'N'al」と呼ばれ、「al」の前に「N」が付きますが、これは印刷上の誤りではなく、「2つの名前による命名システム」を意味します。^[2]

名前の最初の部分である属名は、種が属する属を特定し、2番目の部分である種名または種小名は、属内の種を区別します。たとえば、現代人はホモ属に属し、この属内のホモサピエンス種に属します。ティラノサウルス・レックスはおそらく最も広く知られている二名法です。^[3]

この種の命名システムの正式な導入は、カール・リンネによるものとされ、1753年の著書『植物の種^{』に始まる。 [4]}しかし、早くも1622年には、ガスパール・ボーアンが著書『植物図説』の中で、後にリンネが採用することになる属名を多数導入している。[ 5 ]^リンネによる 種の2部構成の名前（二名法）の導入は、生物多様性に関する知識が広がるにつれて、名前が長くなり、扱いにくくなったものが多かったため、歓迎すべき簡素化であった。^[6]

世界中の博物学者が二名法を採用するようになったため、詳細についていくつかの学派が生まれました。学名を管理するには詳細な規則が必要であることがますます明らかになりました。19 世紀半ば以降、世界中で受け入れられる規則セットを確立するためのいくつかの取り組みがありました。現在、命名規則コードは以下の命名を管理しています。

• 藻類、菌類及び植物-藻類、菌類及び植物の国際命名規約( ICN )。2011 年 7 月に国際植物命名規約( ICBN ) とそれ以前の国際植物命名規則に取って代わりました。
• 動物–国際動物命名規約（ICZN）。
• 細菌および古細菌-原核生物の国際命名規約( ICNP )。2008 年に細菌の国際命名規約( ICNB ) に取って代わりました。
• 配列データから記述された細菌と古細菌-配列データから記述された原核生物の命名法コード( SeqCode )。
• 栽培植物–栽培植物の国際命名規約（ICNCP）。
• 植物の関連–国際植物社会命名規約(ICPN)。
• ウイルス–国際ウイルス分類命名規約(ICVCN)。ウイルス分類も参照。

起点、つまりこれらのコードが効力を持つ時期（通常は遡及的）はグループによって異なり、階級によっても異なります。^[7]植物学と菌類学では、起点は1753年5月1日（リンネ、Species plantarum）であることが多いです。動物学では、1758年1月1日（リンネ、 Systema Naturae、第10版）です。一方、細菌学は、元の著者と出版日を維持しながら、1980年に一掃して新たにスタートしました（Skerman et al.、「Approved Lists of Bacterial Names」）。^[8]

植物学における例外: ^{[9] [10] [11]}

• 種子植物門およびシダ植物門、属名：1789年8月4日（Jussieu、Genera plantarum）；
• Musci（Sphagnaceae を除く）：1801年1月1日（Hedwig、種 muscorum）；
• ミズゴケ科および肝科（花椒科を含む）、超属名: 1789 年 8 月 4 日 (Jussieu、Genera plantarum )。
• （菌類：）微胞子虫はICZN （動物として扱われる）によって管理されており、化石菌類については以下を参照のこと。^[12]
• （藻類:)
  • Nostocaceae homocysteae: 1892 年 1 月 1 日 (Gomont、「Monographie des Oscilariées」)。
  • Nostocaceae heterocysteae: 1886 年 1 月 1 日 ( Bornet & Flahalt、「Révision des Nostocacées hétérocystées」)。
  • Desmidiaceae : 1848 年 1 月 1 日 ( Ralfs、英国 Desmidieae );
  • Oedogoniaceae : 1900 年 1 月 1 日 ( Hirn、「Monographie und Iconographie der Oedogoniaceen」)。
• 化石植物、藻類（珪藻類を除く）、菌類：1820 年 12 月 31 日（シュテルンベルク、『Flora der Vorwelt』）。

動物学における例外: ^[13]

• クモ: 1757 ^{[説明が必要]} ( Clerck、Aranei Svecici )。

コードの働きにも違いがあります。たとえば、ICN（藻類、菌類、植物のコード）では同義語が禁止されていますが、ICZN（動物のコード）では同義語が許可されています。

これらのコードは用語が異なり、これを「調和」させるための長期プロジェクトがあります。たとえば、ICN は「名前の有効な公表」(= 正式名を公表する行為) で「有効」を使用し、ICZN の同等語として「名前を確立する」を使用します。ICZNは「有効な名前」(=「正しい名前」) で「有効」を使用し、ICN の同等語として「正しい名前」を使用します。調和化の進捗は非常に限定的です。

どのような種類のタイプが使用されるかについては違いがあります。細菌学の規定では生きたタイプの培養が優先されますが、他の種類も認められています。シアノバクテリアのような場合にはどの種類のタイプがより有用であるかについては、議論が続いています。^[14]

1997年、IUBS / IUMS国際生物学命名法委員会（ICB）が、既存のコードすべてを調和したものに置き換えることを提案した、長い間議論されてきたバイオコード草案を提示し、より急進的なアプローチがとられました。 ^{[15] [16]}バイオコード草案の当初の予定実施日は2000年1月1日でしたが、既存のコードを置き換える合意には至りませんでした。

2011年に、既存のコードに代わるものではなく、必要に応じて参照できる統一された文脈を提供する改訂版バイオコードが提案されました。 ^{[17] [18] [19]}既存のコードの変更は、提案された方向でゆっくりと行われています。^{[20] [21]}しかし、バイオコード草案に関する最後の真剣な議論の参加者は、それが自分たちの生きている間に実施される可能性は低いと結論付けました。^[22]

多くの著者は、リンネのシステムを系統分類に使用する際に問題に遭遇しました。^[23]実際、アルフォンス・ド・カンドールや1886年版のアメリカ鳥類学連合命名法の著者など、ランクに基づく命名法の初期の提唱者は、将来的にはランクに基づく命名法を放棄しなければならないとすでに想定していました。^{[24] [6]} 1998年以降に開発された別のコードはPhyloCodeであり、これは現在、従来のリンネ命名法ではなく系統命名法で定義された名前を規制しています。この新しいアプローチでは、ランクに基づく命名法の「タイプ」に類似した「指定子」を参照する系統定義を使用する必要があります。このような定義は、特定の系統分類の下で分類群を制限しますが、この種の命名法では絶対的なランクを使用する必要はありません。この規約は、この規約に基づいて制定されたファーストネームのリストを含むモノグラフである「Phylonyms」の出版とともに、2020年に発効しました。

一部の原生生物は、時にはアンビレグナル原生生物とも呼ばれ、原生動物と藻類、または原生動物と菌類の両方であると考えられており、これらの名前はICZNとICNのいずれか、または両方で公表されています。^{[25] [26]}結果として、原生生物の分類体系全体で二重言語が使用され、混乱が生じました。^{[27] [28] [29]}

原生動物学者と藻類学者の両方が主張するグループには、ユーグレナ類、渦鞭毛藻類、クリプトモナス類、ハプト藻類、灰色藻類、多くの異藻類（例えば、黄金藻類、ラフィド藻類、珪質鞭毛藻類、一部の黄色藻類、プロテロモナス類）、一部のモナド様緑藻類（ボルボカリア類およびプラシノ藻類）、襟鞭毛藻類、ビコセキス類、エブリイ類およびクロララクニオ藻類が含まれます。

原生動物学者と菌類学者の両方が主張する粘菌、変形菌類、その他の「菌類のような」生物には、菌類動物、変形菌類、アクラシド類、ラビリンチュロ菌類が含まれます。原生動物学者と菌類学者の両方が主張する菌類には、ツボカビ類、胞子カビ類、腸内菌類が含まれます。

その他の問題となるグループは、シアノバクテリア(ICNP/ICN) と微胞子虫(ICZN/ICN) です。

動物学規約では亜種以下の分類群や上科以上の分類群の名前は規定されていない。これらの分類群の命名法に何らかの秩序を導入する試みは数多くあり、^{[30] [31]}系統分類、二重拡張命名法、^{[32] [33]}限界命名法などがある 。^{[34] [35]}

植物学のコードは、主に上科以下の階級に適用される。上科より上の階級の名前にはいくつかの規則があるが、優先権の原則は適用されず、類型化の原則は任意である。これらの名前は、自動的に類型化された名前か、または記述名のいずれかである。^{[36] [37]}状況によっては、分類群に 2 つの名前の可能性がある (例: Chrysophyceae Pascher, 1914, nom. descrip. ; Hibberd, 1976, nom. typificatum )。記述名は、分類群が分割された場合に、どの新しいグループが既存の名前を引き継ぐかが明らかではないという問題を抱えている。一方、類型化された名前の場合、既存の名前は、その名前のタイプをまだ保持している新しいグループによって引き継がれる。しかし、類型化された名前は微生物に対して特別な問題を引き起こす。^[29]

• 二名法
• 植物学上の命名法
• 化学命名法
• 通称
• 遺伝子命名法
• 科学的な命名の用語集
• アナグラムで命名された分類群のリスト
• 動物学上の命名法
• 生命の樹（生物学）

• Lahr, Daniel JG; Lara, Enrique; Mitchell, Edward AD (2012). 「微生物真核生物の命名法を規制する時期」リンネ協会生物学誌107 (3): 469–476. doi : 10.1111 /j.1095-8312.2012.01962.x .
• McNeill, J.; Barrie, FR; Buck, WR; Demoulin, V.; Greuter, W.; Hawksworth, DL; Herendeen, PS; Knapp, S.; Marhold, K.; Prado, J.; Prud'homme Van Reine, WF; Smith, GF; Wiersema, JH; Turland, NJ (2012)。藻類、菌類、植物の国際命名規約 (メルボルン規約) は、2011 年 7 月、オーストラリアのメルボルンで開催された第 18 回国際植物学会議で採択されました。Vol. Regnum Vegetabile 154。ARG Gantner Verlag KG。ISBN 978-3-87429-425-6。
• Turland, NJ; Wiersema, JH; Barry, FR; Greuter, W.; Hawksworth, DL; Herendeen, PS; Knapp, S.; Kusber, WH; Li, D.-Z.; Marhold, K.; May, TW; McNeill, J.; Monro, AM; Prado, J.; Price, MJ; Smith, GF (2018)。藻類、菌類、植物の国際命名規約（深セン規約）は、2017年7月、中国深センで開催された第19回国際植物学会議で採択されました。第159巻、Regnum Vegetabile。Koeltz Botanical Books。ISBN 978-3-946583-16-5。

ウィキメディア・コモンズには、命名法コードに関連するメディアがあります。

• スミソニアン海洋ポータルでのバイオコードの活用
• ICN: 深センコード (2018)
• ICZN：「グリーンブック」（1999）
• JP Euzéby 著「命名法における原核生物名一覧 (1997)」
• BioCode の紹介 (2011)
• フィロコード