分離（微生物学）

検査技師は、分離の目的に応じて、特定の固体寒天培地に画線法でサンプルを接種するか、液体培養培地に接種する。

• 咽頭スワブからA群レンサ球菌などの特定の細菌群のみを分離したい場合は、混合液中に存在すると予想される共存細菌の増殖を抑制する選択培地（寒天培地中に存在する抗生物質による）を使用することで、レンサ球菌のみが「選択」され、つまり目に見える形で際立つようになります。 ^{[ 4 ]}真菌を分離するには、サブロー寒天培地を使用できます。あるいは、マンニトール食塩寒天培地の高塩濃度など、レンサ球菌やグラム陰性菌にとって致死的な条件は、腸内細菌のサンプル中に存在するブドウ球菌の生存を促進し、寒天培地中のフェノールレッドはpH指示薬として機能し、細菌が培地中に酸を排出することでマンニトールを発酵できるかどうかを示します。他の寒天培地では、細菌コロニーの色を変える可視色素を生成する微生物の能力を利用するため（例えば、B群レンサ球菌用のグラナダ培地）、あるいは溶血によって血液寒天培地を溶解させ、細菌をより容易に観察できるようにするために、物質が添加されます。レジオネラ属菌などの一部の細菌は、成長するために特定の栄養素や、木炭などの毒素結合剤を必要とするため、緩衝木炭酵母エキス寒天培地などを使用する必要があります。
• 可能な限り多くの、あるいはすべての菌株を分離したい場合は、血液寒天培地やチョコレート寒天培地などの栄養培地や、チオグリコール酸ブロスなどの嫌気性培養培地など、さまざまな培地に接種する必要があります。増殖数を数えるには、細菌を固まる前の溶融寒天に懸濁し、ペトリ皿に注ぎます。これは、環境微生物学や食品微生物学（例えば乳製品の検査）で、いわゆる「好気性平板培養法」を用いて「好気性平板培養菌数」を測定するために用いられる「平板培養法」です。

サンプルを選択した培地に接種した後、好気性、嫌気性、微好気性条件、または二酸化炭素（5%）を添加した適切な雰囲気設定、例えばインキュベーター で37℃ 、または低温増菌のために冷蔵庫でといった異なる温度設定、例えば暗所発色性マイコバクテリアの場合は紙で包んで光を遮断するか、または遮光瓶に入れた適切な光、そして異なる細菌は異なる速度で増殖するため、異なる時間で培養されます。増殖速度は数時間（大腸菌）から数週間（マイコバクテリアなど）まで様々です。

定期的に、検査技師と微生物学者は培地を検査し、目に見える増殖の兆候がないか確認して記録します。この検査は、分離株の生存に適した条件下、例えば嫌気性細菌の場合は「嫌気性チャンバー」内、そして特に感染力の強い微生物による感染の危険がない条件下、例えばペスト菌（Yersinia pestis）や炭疽菌（ Bacillus anthracis ）の場合は生物学的安全キャビネット内で行う必要があります。

細菌が目に見えるほど増殖しても、多くの場合、まだ混ざり合っています。微生物の同定は個々のコロニーの分離に依存しており、微生物のさまざまな生理学的特徴を決定するための生化学的検査は純粋培養に依存しています。サブカルチャーを作成するには、微生物学の無菌操作法を再び用い、ループで寒天表面から単一のコロニーを持ち上げ、その材料を寒天プレートの4つの象限に塗抹するか、コロニーが単一で混ざり合っていないように見える場合は全体に塗抹します。

グラム染色では、一連の染色と脱色ステップの後、細菌が染色される色に基づいて細菌の細胞壁の構成を視覚化できます。^{[ 5 ]}この染色プロセスにより、グラム陰性菌とグラム陽性菌を識別できます。グラム陰性菌は、ペプチドグリカン層が薄いためピンク色に染色されます。細菌がペプチドグリカン層が厚いため紫色に染色される場合、その細菌はグラム陽性菌です。^{[ 5 ]}

臨床微生物学では、特定の微生物に対する様々な染色法が用いられています（抗酸菌染色など）。また、増殖が遅い（抗酸菌染色など）あるいは増殖が困難な（レジオネラ・ニューモフィラ属など）医学的に重要な病原体に対しては、直接免疫蛍光法などの免疫学的染色法が開発されており、検査結果によって標準的な管理や経験的治療が変わる可能性があります。

細菌の生化学的検査では、運動性のある細菌と運動性のない細菌を分離するために、バイアルに入った一連の寒天培地が用いられる。1970年には、分析プロファイルインデックスと呼ばれる小型版が開発された。

ゲノム配列決定やゲノミクスなどによる正確な同定は、純粋培養に依存する。