Loading article…
16 Sリボソーム RNA (または 16 S rRNA ) は、原核生物リボソーム( SSU rRNA )の30Sサブユニットの RNA 成分です。これは、シャイン・ダルガルノ配列に結合し、SSU 構造の大部分を構成します。
これをコードする遺伝子は16S rRNA遺伝子と呼ばれ、遺伝子のこの領域の進化速度が遅いため、系統樹の再構築に使用されます。 [2]カール・ウーゼとジョージ・E・フォックスは、 1977年に系統学で16S rRNAの使用を開拓した2人です。[3] 16S rRNA遺伝子の複数の配列が単一の細菌内に存在することがあります。[4]
機能
- 大きな（23S）リボソームRNAと同様に、リボソームタンパク質の位置を定義する足場として機能し、構造的な役割を果たします。
- 3 ′末端には抗シャイン・ダルガルノ配列が含まれており、 mRNAのAUG開始コドンの上流に結合します。16S RNAの3 ′末端は、タンパク質合成の開始に関与することが知られているタンパク質S1とS21に結合します[5]
- 23Sと相互作用し、2つのリボソームサブユニット（ 50Sと30S）の結合を助ける。
- アデニン残基 1492 および 1493の N1 原子とmRNA バックボーンの2 ′ OH 基の間に水素結合を形成することにより、 A サイトの正しいコドンとアンチコドンのペアリングを安定化します。
構造
ユニバーサルプライマー
16S rRNA遺伝子は、細菌や古細菌の異なる種間で高度に保存されているため、系統学研究に使用されています[7] 。 [8] カール・ウーゼは、1977年に16S rRNAのこの使用を開拓しました。[2]遠縁の細菌系統の16S rRNA配列が同様の機能を持つことが示されているため、 16S rRNA遺伝子は信頼性の高い分子時計として使用できることが示唆されています。 [9]一部の好熱性 古細菌（例えば、サーモプロテア目）には、高度に保存された領域に位置する16S rRNA遺伝子イントロンが含まれており、 「ユニバーサル」プライマーのアニーリングに影響を与える可能性があります。[10]ミトコンドリアと葉緑体のrRNAも増幅されます。[11]
最も一般的なプライマーペアはWeisburgら（1991）[7]によって考案され、現在は27Fと1492Rと呼ばれています。しかし、用途によってはより短いアンプリコンが必要になる場合があります。たとえば、チタン化学を用いた454シーケンシングでは、V1からV3をカバーするプライマーペア27F-534Rが必要です。[12] 27Fではなく8Fが使用されることがよくあります。2つのプライマーはほぼ同じですが、27FにはCの代わりにMがあります。8Fと比較すると、AGAGTTTGATC M TGGCTCAGです。[13]
PCRおよびNGSアプリケーション
16S rRNA遺伝子配列には、高度に保存されたプライマー結合部位に加えて、細菌の同定に有用な種特異的なシグネチャ配列を提供できる高可変領域が含まれています。 [21] [22] その結果、16S rRNA遺伝子配列決定は、細菌同定の表現型法の迅速かつ安価な代替手段として、医療微生物学で普及しました。[23]もともとは細菌の同定に使用されていましたが、その後、16S配列決定は細菌をまったく新しい種、[24]または属に再分類できることが分かりました。[7] [25] また、これまで培養に成功したことのない新しい種を記述するためにも使用されています。[26] [27]第三世代の配列決定 が多くの研究室に導入され、数時間以内に数千の16S rRNA配列を同時に特定できるようになり、腸内細菌叢などのメタゲノム研究が可能になりました。[28]感染が確認された患者から採取したサンプルでは、16S rRNA次世代シークエンシング（NGS）により、従来の培養法と比較して40％の症例で検出率が向上しました。さらに、サンプル採取前の抗生物質の摂取は16S NGSの感度に大きな影響を与えませんでした。[29]
超可変領域
細菌の16S遺伝子には、約30～100塩基対の長さの9つの超可変領域（V1～V9）が含まれており、小さなリボソームサブユニットの二次構造に関与しています。[30]超可変領域間の保存の程度は大きく異なり、より保存された領域はより高レベルの分類に相関し、より保存されていない領域は属や種などのより低レベルに相関しています。[31] 16S配列全体ではすべての超可変領域の比較が可能ですが、約1,500塩基対の長さであるため、多様な細菌群集を識別または特徴付けようとする研究では法外な費用がかかる可能性があります。[31]これらの研究では一般的にイルミナプラットフォームが利用されており、454パイロシーケンシングとサンガーシーケンシングよりもそれぞれ50倍と12,000倍安価な速度でリードを生成します。[32]イルミナのシーケンシングは安価でコミュニティのより深いカバレッジを可能にするが、75～250塩基対（イルミナMiSeqでは最大300塩基対）の読み取りしか生成せず、コミュニティサンプルで完全な遺伝子を確実に組み立てるための確立されたプロトコルはない。[33]しかし、完全な超可変領域は1回のイルミナの実行で組み立てることができるため、プラットフォームの理想的なターゲットになります。[33]
16S高頻度可変領域は細菌間で大幅に異なる可能性があるが、16S遺伝子全体としては、真核生物の対応する部分（18SリボソームRNA）よりも長さの均一性が高く、アラインメントが容易になる。[34]さらに、16S遺伝子には高頻度可変領域間の高度に保存された配列が含まれているため、異なる分類群にわたって16S配列の同じセクションを確実に生成できるユニバーサルプライマーの設計が可能になる。[35]ドメインから種まですべての細菌を正確に分類できる高頻度可変領域はないが、特定の分類レベルを確実に予測できる高頻度可変領域もある。[31]多くのコミュニティ研究では、この理由から、V4のような半保存的高頻度可変領域が選択されている。これは、門レベルで完全な16S遺伝子と同じくらい正確に解像度を提供できるためである。[31]高次の分類が不明な場合、保存性の低い領域は新しい種を分類するのに苦労するが、特定の病原体の存在を検出するためによく使用される。 2007年にChakravortyらが行った研究では、さまざまな病原体のV1～V8領域を特徴づけ、どの超可変領域が疾患特異的アッセイや広範囲アッセイに含めるのに最も有用であるかを判定した。[36]他の調査結果の中でも、V3領域は検査したすべての病原体の属を特定するのに最も優れており、V6は炭疽菌を含むCDC監視病原体すべての種を区別するのに最も正確であることが指摘された。[36]
16S超可変領域解析は細菌の分類研究にとって強力なツールであるが、近縁種を区別するのが難しい。[35]腸内細菌科、クロストリジウム科、ペプトストレプトコッカス科では、種は16S遺伝子全体で最大99%の配列類似性を共有できる。[37]結果として、V4配列はわずか数ヌクレオチドしか異ならない可能性があり、参照データベースはこれらの細菌をより低い分類レベルで確実に分類することができない。[37] 16S解析を選択した超可変領域に限定すると、これらの研究では近縁の分類群の違いを観察できず、それらを単一の分類単位にグループ化し、サンプル全体の多様性を過小評価する可能性がある。[35]さらに、細菌ゲノムには複数の16S遺伝子が含まれる場合があり、V1、V2、およびV6領域に最も大きな種内多様性が含まれる。[8]細菌種を分類する最も正確な方法ではないが、超可変領域の分析は細菌群集研究に利用できる最も有用なツールの一つである。[37]
16S rRNA遺伝子の乱交
進化は垂直伝播によって推進されるという仮定の下、16S rRNA遺伝子は種特異的であり、原核生物間の系統関係を推測する遺伝子マーカーとして絶対確実であると長い間信じられてきた。しかし、これらの遺伝子の水平伝播の発生を示唆する観察が増えている。自然発生の観察に加えて、これらの遺伝子の伝播可能性は、特殊な大腸菌遺伝子システムを使用して実験的にサポートされています。大腸菌のヌル変異体を宿主として使用した場合、変異株の増殖は、門レベルで大腸菌とは系統発生的に異なる外来の16S rRNA遺伝子によって補完されることが示されました。 [38] [39]このような機能適合性は、高度好熱菌でも見られました。[40]さらに、T. thermophilusでは、完全な遺伝子伝播と部分的な遺伝子伝播の両方が観察されました。部分的な伝播の結果、宿主と外来細菌遺伝子の間に一見ランダムなキメラが自然発生しました。したがって、16S rRNA遺伝子は垂直遺伝と水平遺伝子伝達を含む複数のメカニズムを通じて進化した可能性があり、後者の頻度はこれまで考えられていたよりもはるかに高い可能性があります。[41]
16Sリボソームデータベース
16S rRNA遺伝子はほとんどの微生物に存在し、適切な変化を示すため、微生物の分類と同定の標準として使用されています。[42]ほとんどの細菌と古細菌の16S rRNA遺伝子配列の基準株は、 NCBIなどの公共データベースで入手できます。ただし、これらのデータベースにある配列の品質は検証されていないことがよくあります。そのため、16S rRNA配列のみを収集する二次データベースが広く使用されています。
MIMt
MIMt は、迅速なメタゲノムサンプル識別のためのコンパクトな非冗長 16S データベースです。24,626 のよく分類された細菌および古細菌種に属する 48,749 の完全な 16S 配列で構成されています。すべての配列は NCBI に保管されている完全なゲノムから取得され、各配列には完全な分類階層が提供されています。冗長性は含まれていないため、異なる株、分離株、またはパトバーからの同じ配列を避けて、各種ごとに 1 つの代表のみが考慮され、結果として、あらゆる分類ソフトウェア (QIIME、Mothur、DADA など) と互換性のある、微生物識別のための非常に高速なツールとなっています。[43]
イージーバイオクラウド
EzBioCloudデータベース（旧称EzTaxon）は、2018年9月現在、15,290の有効な公開名を含む62,988の細菌および古細菌種/系統群を含む完全な階層的分類システムで構成されています。最大尤度やOrthoANIなどの系統関係に基づいて、すべての種/亜種は少なくとも1つの16S rRNA遺伝子配列によって表されます。EzBioCloudデータベースは体系的にキュレーションされ、定期的に更新されており、新しい候補種も含まれています。さらに、このウェブサイトでは、ANI計算機、ContEst16S、QIIMEおよびMothurパイプライン用の16S rRNA DBなどのバイオインフォマティクスツールを提供しています。[44] ^^
リボソームデータベースプロジェクト
リボソーム データベース プロジェクト (RDP) は、リボソーム データと関連プログラムおよびサービスを提供するキュレーション データベースです。提供されるサービスには、リボソーム RNA (rRNA) 配列の系統発生順に並べられたアラインメント、派生系統樹、rRNA 二次構造図、アラインメントとツリーの処理、分析、表示のためのさまざまなソフトウェア パッケージが含まれます。データは FTP および電子メールで入手できます。電子メール サーバーによって特定の分析サービスも提供されます。[45] RDP データベースはサイズが大きいため、バイオインフォマティクス ツールの開発や手動でキュレーションされたデータベースの作成の基盤としてよく使用されます。[46]
シルバ
SILVAは、生命の3つのドメインすべてについて、アラインメントされた小さなサブユニット（16S / 18S、SSU）と大きなサブユニット（23S / 28S、LSU）のリボソームRNA（rRNA）配列の包括的で品質チェックされ、定期的に更新されるデータセットと、一連の検索、プライマー設計、アラインメントツール（細菌、古細菌、真核生物）を提供します。[47]
グリーンジーン
GreenGenesは、品質管理された包括的な16S rRNA遺伝子参照データベースであり、標準的な運用上の分類単位セットを提供するde novo系統学に基づく分類学です。2012年から2013年の間に適用された系統学的手法から提案された分類用語を使用していることに注意してください。それ以来、古細菌と細菌に対してさまざまな新しい系統学的手法が提案されています。[48] [49]
参考文献
- ^ Schluenzen F, Tocilj A, Zarivach R, Harms J, Gluehmann M, Janell D, et al. (2000年9月). 「3.3オングストロームの解像度で機能的に活性化された小さなリボソームサブユニットの構造」. Cell . 102 (5): 615–623. doi : 10.1016/S0092-8674(00)00084-2 . PMID 11007480. S2CID 1024446.
- ^ ab Woese CR , Fox GE (1977年11月). 「原核生物ドメインの系統学的構造：主要な王国」.米国科学アカデミー紀要. 74 (11): 5088–5090. Bibcode :1977PNAS...74.5088W. doi : 10.1073/pnas.74.11.5088 . PMC 432104. PMID 270744 .
- ^ Woese CR 、Kandler O 、 Wheelis ML（1990年6月）。「生物の自然システムに向けて：古細菌、細菌、真核生物の領域に関する提案」。米国科学アカデミー紀要。87 （ 12）：4576–4579。Bibcode ： 1990PNAS ...87.4576W。doi ：10.1073 / pnas.87.12.4576。PMC 54159。PMID 2112744。
- ^ Case RJ、Boucher Y、 Dahllöf I、Holmström C、Doolittle WF、Kjelleberg S (2007 年 1 月)。「微生物生態学研究のための分子マーカーとしての 16S rRNA および rpoB 遺伝子の使用」。 応用環境微生物学。73 ( 1): 278–288。Bibcode :2007ApEnM..73..278C。doi :10.1128/AEM.01177-06。PMC 1797146。PMID 17071787。
- ^ Czernilofsky AP, Kurland CG , Stöffler G (1975年10月). 「16S RNAの3'末端に関連する30Sリボソームタンパク質」. FEBS Letters . 58 (1): 281–284. Bibcode :1975FEBSL..58..281C. doi : 10.1016/0014-5793(75)80279-1 . PMID 1225593. S2CID 22941368.
- ^ Woese CR (1987年6月). 「細菌の進化」. Microbiological Reviews . 51 (2): 221–271. doi : 10.1128 /MR.51.2.221-271.1987. PMC 373105. PMID 2439888.
- ^ abc Weisburg WG、 Barns SM、Pelletier DA 、 Lane DJ (1991 年 1 月)。「系統学的研究のための 16S リボソーム DNA 増幅」。Journal of Bacteriology。173 ( 2): 697–703。doi : 10.1128 / jb.173.2.697-703.1991。PMC 207061。PMID 1987160。
- ^ ab Coenye T、Vandamme P (2003年11月)。「配列決定された細菌ゲノムにおける複数の16SリボソームRNAオペロン間のゲノム内異質性」。FEMS Microbiology Letters。228 ( 1): 45–49。doi : 10.1016 /S0378-1097(03)00717-1。PMID 14612235。
- ^ Tsukuda M, Kitahara K, Miyagi K (2017年8月). 「比較RNA機能解析により、遠縁の細菌16S rRNA間に高い機能類似性が明らかになった」. Scientific Reports . 7 (1): 9993. Bibcode :2017NatSR...7.9993T. doi :10.1038/s41598-017-10214-3. PMC 5577257. PMID 28855596.
- ^ Jay ZJ、Inskeep WP（2015年7月）。 「 The distribution, variety, and importance of 16S rRNA gene in the order Thermoproteales」、Biology Direct。10（ 35 ）：35。doi：10.1186 / s13062-015-0065-6。PMC 4496867。PMID 26156036。
- ^ ウォーカー、シドニー P.;バレット、モーリス。ホーガン、グレン。フローレス・ブエソ、イェンシ。クレッソン、マーカス J.マーク・タングニー (2020-10-01)。 「ヒト DNA の非特異的増幅は、16S rRNA 遺伝子配列解析にとって大きな課題です。」科学的報告書。10 (1): 16356.土井:10.1038/s41598-020-73403-7。ISSN 2045-2322。PMC 7529756。PMID 33004967。
- ^ 「Human Microbiome Project DACC - Home」。www.hmpdacc.org。2010年10月30日時点のオリジナルよりアーカイブ。
- ^ ab 「プライマー、16SリボソームDNA - François Lutzoniの研究室」。lutzonilab.net。2012年12月27日時点のオリジナルよりアーカイブ。
- ^ ab Eden PA, Schmidt TM, Blakemore RP, Pace NR (1991 年 4 月). 「ポリメラーゼ連鎖反応増幅 16S rRNA 特異的 DNA を用いた Aquaspirillum magnetotacticum の系統学的解析」. International Journal of Systematic Bacteriology . 41 (2): 324–325. doi : 10.1099/00207713-41-2-324 . PMID 1854644.
- ^ abジェームス、グレッグ（2018年5月15日）。「PCRと16S rRNA遺伝子の DNAシーケンシングによる普遍的な細菌同定」。PCR for Clinical Microbiology。Springer 、ドルドレヒト。pp. 209–214。doi :10.1007/978-90-481-9039-3_28。ISBN 978-90-481-9038-6。
- ^ ab Weidner S, Arnold W, Puhler A (1996 年 3 月). 「PCR 増幅 16S rRNA 遺伝子の制限酵素断片長多型解析により推定した海草 Halophila stipulacea に関連する培養されていない微生物の多様性」(PDF) .応用環境微生物学. 62 (3): 766–771. Bibcode :1996ApEnM..62..766W. doi :10.1128/AEM.62.3.766-771.1996. PMC 167844 . PMID 8975607. 2011-07-15 にオリジナルからアーカイブ(PDF)されました。
- ^ Park, Changwoo; Kim, Seung Bum; Choi, Sang Ho; Kim, Seil (2021). 「 5つの次世代シーケンサーとさまざまなプライマーを使用した16S rRNA遺伝子ベースの微生物プロファイリングの比較 」。Frontiers in Microbiology。12。doi：10.3389 / fmicb.2021.715500。ISSN 1664-302X。PMC 8552068。PMID 34721319。
- ^ Eloe-Fadrosh EA、Ivanova NN、Woyke T、Kyrpides NC (2016 年 2 月)。「メタゲノミクスにより、アンプリコンベースの微生物多様性検出におけるギャップが明らかに」。Nature Microbiology。1 ( 4 ) : 15032。doi : 10.1038 / nmicrobiol.2015.32。OSTI 1379258。PMID 27572438。S2CID 27232975。
- ^ Bergmann GT、Bates ST、Eilers KG、Lauber CL、Caporaso JG、Walters WA、他 (2011 年 7 月)。「土壌細菌群集における Verrucomicrobia のあまり認識されていない優位性」。土壌生物学と生化学。43 ( 7 ): 1450–1455。Bibcode :2011SBiBi..43.1450B。doi : 10.1016/j.soilbio.2011.03.012。PMC 3260529。PMID 22267877。
- ^ Jiang H、Dong H、Zhang G、Yu B、Chapman LR、Fields MW (2006 年 6 月)。「中国北西部のアサラソハリン湖であるチャカ湖の水と堆積物における微生物の多様性」。応用環境 微生物学。72 ( 6 ): 3832–3845。Bibcode :2006ApEnM..72.3832J。doi :10.1128/AEM.02869-05。PMC 1489620。PMID 16751487。
- ^ ペレイラ F、カルネイロ J、マティーセン R、ファン アッシュ B、ピント N、グスマン L、アモリン A (2010 年 12 月)。 「可変長配列の多重解析による種の同定」。核酸研究。38 (22): e203。土井：10.1093/nar/gkq865。PMC 3001097。PMID 20923781。
- ^ Kolbert CP 、 Persing DH（1999年6月）。「細菌病原体の同定ツールとしてのリボソームDNA配列決定」Current Opinion in Microbiology。2（3）：299–305。doi ： 10.1016 /S1369-5274（99）80052-6。PMID 10383862 。
- ^ Clarridge JE (2004 年10 月)。「細菌同定のための 16S rRNA 遺伝子配列分析が臨床微生物学および感染症に与える影響」。 臨床微生物学レビュー。17 (4): 840–62、目次。doi :10.1128/ CMR.17.4.840-862.2004。PMC 523561。PMID 15489351。
- ^ Lu T、Stroot PG 、Oerther DB (2009年7 月)。「環境中のリボソーム合成細菌集団を監視するための 16S rRNA の逆転写」。応用環境 微生物学。75 (13): 4589–4598。Bibcode :2009ApEnM..75.4589L。doi :10.1128/AEM.02970-08。PMC 2704851。PMID 19395563。
- ^ Brett PJ、DeShazer D、Woods DE (1998 年 1 月)。「Burkholderia thailandensis sp. nov.、Burkholderia pseudomallei に似た種」。International Journal of Systematic Bacteriology。48 Pt 1 (1): 317–320。doi : 10.1099 /00207713-48-1-317。PMID 9542103。
- ^ Schmidt TM、Relman DA (1994)。「リボソームRNA配列を用いた培養されていない病原体の系統学的同定」。細菌病原性パートA：毒性因子の同定と制御。酵素学の方法。第235巻。pp . 205–222。doi :10.1016/0076-6879(94) 35142-2。ISBN 978-0-12-182136-4. PMID 7520119。
- ^ Gray JP、Herwig RP (1996 年 11 月)。「海洋堆積物中の細菌群集の系統発生分析」。応用環境微生物学。62 (11): 4049–4059。Bibcode :1996ApEnM..62.4049G。doi : 10.1128 / AEM.62.11.4049-4059.1996。PMC 168226。PMID 8899989。
- ^ Sanschagrin S、Yergeau E ( 2014年8月)。「16S リボソームRNA遺伝子アンプリコンの次世代シーケンシング」。Journal of Visualized Experiments (90) 。doi :10.3791/51709。PMC 4828026。PMID 25226019。
- ^ 牡丹、アレクサンドル;カンピシアーノ、ジュゼッピーナ。ゼルバト、ヴェレナ;ディ・ベラ、ステファノ。シモネッティ、オマール。ブセッティ、マリーナ。トック、ダン・アレクサンドル。ルッツァーティ、ロベルト。コマール、マノーラ (2024-06-21)。 「臨床検体中の細菌の検出における 16S rRNA 遺伝子の次世代シーケンスと培養法のパフォーマンス」。診断。14 (13): 1318.土井: 10.3390/diagnostics14131318。ISSN 2075-4418。PMC 11240331。PMID 39001210。
- ^ Gray MW、Sankoff D、Cedergren RJ (1984 年 7 月)。「生物と器官の進化的系統発生について: 小サブユニットリボソーム RNA の高度に保存された構造コアに基づくグローバル系統発生」。核酸研究。12 ( 14): 5837–5852。doi :10.1093 / nar /12.14.5837。PMC 320035。PMID 6462918。
- ^ abcd Yang B、Wang Y、Qian PY (2016年3月)。「系統解析における16S rRNA遺伝子の高頻度可変領域の感度と相関」。BMCバイオ インフォマティクス。17 ( 1 ):135。doi : 10.1186 /s12859-016-0992- y。PMC 4802574。PMID 27000765。
- ^ Bartram AK、Lynch MD、Stearns JC、Moreno-Hagelsieb G、Neufeld JD (2011 年 6 月)。「ペアエンド イルミナ リードのアセンブルによる複雑な微生物群集からのマルチミリオン シーケンス 16S rRNA 遺伝子ライブラリの生成」。 応用環境微生物学。77 ( 11): 3846–3852。Bibcode :2011ApEnM..77.3846B。doi : 10.1128 /AEM.02772-10。PMC 3127616。PMID 21460107。
- ^ ab Burke CM 、Darling AE ( 2016-09-20 )。「Illumina MiSeq でほぼ全長の 16S rRNA 遺伝子を高精度にシーケンスする方法」。PeerJ。4 : e2492。doi : 10.7717 / peerj.2492。PMC 5036073。PMID 27688981 。
- ^ Van de Peer Y、Chapelle S、De Wachter R (1996 年 9 月)。「細菌 rRNA のヌクレオチド置換率の定量マップ」。核酸研究。24 (17): 3381–3391。doi : 10.1093 / nar/24.17.3381。PMC 146102。PMID 8811093。
- ^ abc Větrovský T, Baldrian P (2013-02-27). 「細菌ゲノムにおける16S rRNA遺伝子の多様性と細菌コミュニティ解析への影響」. PLOS ONE . 8 (2): e57923. Bibcode :2013PLoSO...857923V. doi : 10.1371/journal.pone.0057923 . PMC 3583900. PMID 23460914 .
- ^ ab Chakravorty S、Helb D、Burday M、Connell N、Alland D (2007 年 5 月)。「病原細菌の診断のための 16S リボソーム RNA 遺伝子セグメントの詳細な分析」。Journal of Microbiological Methods。69 ( 2): 330–339。doi : 10.1016/ j.mimet.2007.02.005。PMC 2562909。PMID 17391789。
- ^ abc Jovel J、Patterson J、Wang W、Hotte N、O'Keefe S、Mitchel T、et al. (2016-01-01). 「16S またはショットガンメタゲノミクスを使用した腸内微生物叢の特性評価」。Frontiers in Microbiology . 7 : 459. doi : 10.3389/fmicb.2016.00459 . PMC 4837688. PMID 27148170.
- ^ 北原 功、安武 勇、宮崎 功 (2012 年 11 月)。「大腸菌での実験的水平遺伝子伝達によって示された 16S リボソーム RNA の変異耐性」。米国 科学アカデミー紀要。109 ( 47): 19220–19225。Bibcode :2012PNAS..10919220K。doi : 10.1073 / pnas.1213609109。PMC 3511107。PMID 23112186。
- ^ Tsukuda M, Kitahara K, Miyagi K (2017年8月). 「比較RNA機能解析により、遠縁の細菌16S rRNA間に高い機能類似性が明らかになった」. Scientific Reports . 7 (1): 9993. Bibcode :2017NatSR...7.9993T. doi :10.1038/s41598-017-10214-3. PMC 5577257. PMID 28855596.
- ^ 宮崎 K, 泊口 N (2019年8月). 「Thermus thermophilus におけるランダムに組み換えられた機能的 16S rRNA 遺伝子の発生は、細菌 16S rRNA の遺伝的相互運用性と乱交性を示唆している」. Scientific Reports . 9 (1): 11233. Bibcode :2019NatSR...911233M. doi :10.1038/s41598-019-47807-z. PMC 6677816. PMID 31375780 .
- ^ 宮崎健太郎; 泊口夏樹 (2019-08-02). 「Thermus thermophilus におけるランダムに組み換えられた機能的 16S rRNA 遺伝子の発生は、細菌 16S rRNA の遺伝的相互運用性と乱交性を示唆している」. Scientific Reports . 9 (1): 11233. Bibcode :2019NatSR...911233M. doi :10.1038/s41598-019-47807-z. ISSN 2045-2322. PMC 6677816. PMID 31375780 .
- ^ Yarza P、Yilmaz P、Pruesse E、Glöckner FO、Ludwig W、Schleifer KH、他 (2014 年 9 月)。「16S rRNA 遺伝子配列を使用した培養および非培養細菌と古細菌の分類の統合」。Nature Reviews 。微生物学。12 ( 9): 635–645。doi :10.1038/nrmicro3330。PMID 25118885。S2CID 21895693。
- ^ 「MIMt - (メタゲノミクス検査の大量識別)」mimt.bu.biopolis.pt . 2024年2月11日閲覧。
- ^ Yoon, SH, Ha, SM, Kwon, S., Lim, J., Kim, Y., Seo, H. and Chun, J. (2017). EzBioCloud の紹介: 16S rRNA と全ゲノムアセンブリの分類学的に統合されたデータベース。Int J Syst Evol Microbiol. 67:1613–1617
- ^ Larsen N, Olsen GJ, Maidak BL, McCaughey MJ, Overbeek R, Macke TJ, Marsh TL, Woese CR. (1993) リボソームデータベースプロジェクト。Nucleic Acids Res. 7月1日;21(13):3021-3.
- ^ Allard G、Ryan FJ、Jeffery IB、Claesson MJ (2015年10月) 。 「SPINGO: 微生物アンプリコン配列の迅速な種分類器」。BMC Bioinformatics。16 ( 1): 324。doi : 10.1186 / s12859-015-0747-1。PMC 4599320。PMID 26450747。
- ^ Elmar Pruesse、Christian Quast、Katrin Knittel、Bernhard M. Fuchs、Wolfgang Ludwig、Jörg Peplies、Frank Oliver Glöckner (2007) Nucleic Acids Res. SILVA: ARB と互換性のある、品質がチェックされアライメントされたリボソーム RNA 配列データの包括的なオンライン リソースです。 12月; 35(21): 7188–7196。
- ^ DeSantis TZ、Hugenholtz P、Larsen N、Rojas M、Brodie EL、Keller K、他 (2006 年 7 月)。「Greengenes、キメラチェック済み 16S rRNA 遺伝子データベースおよび ARB 対応ワークベンチ」。 応用環境微生物学。72 ( 7): 5069–5072。Bibcode :2006ApEnM..72.5069D。doi : 10.1128/aem.03006-05。PMC 1489311。PMID 16820507。
- ^ McDonald D, Price MN, Goodrich J, Nawrocki EP, DeSantis TZ, Probst A, et al. (2012年3月). 「細菌と古細菌の生態学的および進化学的分析のための明示的なランクを備えた改良されたGreengenes分類法」. The ISME Journal . 6 (3): 610–618. Bibcode :2012ISMEJ...6..610M. doi : 10.1038/ismej.2011.139. PMC 3280142. PMID 22134646.
外部リンク
- ワシントン大学臨床検査医学: 分子診断 | 細菌配列解析
- MIMt 16S データベース
- リボソームデータベースプロジェクトは、2020年8月19日にWayback Machineにアーカイブされました。
- リボソームとリボソーム RNA: (rRNA)
- SILVA rRNA データベース
- Greengenes: 16S rDNA データとツール
- イージーバイオクラウド