バイオグリッド

バイオグリッド

コンテンツ
説明	BioGRID は、包括的なキュレーション作業を通じて収集されたデータを含む生物医学的相互作用リポジトリです。
キャプチャされたデータの種類	タンパク質相互作用、遺伝子相互作用、化学相互作用、翻訳後修飾。
生物	80
接触
研究センター	モントリオール大学、プリンストン大学、マウント サイナイ病院 (トロント)
研究室	免疫学および癌研究研究所、ルイス・シグラー統合ゲノミクス研究所、ルーネンフェルド・タネンバウム研究所
著者	ロリー・ブーシェ、アシュトン・ブライトクロイツ、ボビー＝ジョー・ブライトクロイツ、クリスティ・チャン、アンドリュー・チャトル＝アリヤモントリ、カーラ・ドリンスキー、スヴェン・ハイニッケ、ナディーン・コラス、ララ・オドネル、サラ・オスター、ローズ・オウトレッド、ジェニファー・ラスト、アドナン・セラム、クリス・スターク、ジーン・タン、チャンドラ・シーズフェルド、マイク・タイアーズ。
主な引用	スタークら（2006）[1]
アクセス
データ形式	カスタムフラットファイル、PSI-MI、MITAB
Webサイト	出典:
ダウンロードURL	ダウンロード.thebiogrid.org/BioGRID
ウェブサービスURL	はい - wiki.thebiogrid.org/doku.php/biogridrest
ツール
ウェブ	高度な検索、統合ネットワークビューア、カスタムダウンロード、一括取得/ダウンロード
その他
バージョン管理	はい
データ公開 頻度	月次（4週間）
バージョン	4.2.193; 2021年1月1日; 3年前 ( 2021-01-01 )
キュレーションポリシー	はい - 手動。キュレーション作業にも重点を置いています。
ブックマーク可能な エンティティ	はい - 個々の結果と検索の両方、

生物学的相互作用データセット一般リポジトリ（BioGRID ）は、タンパク質間相互作用、遺伝子相互作用、化学相互作用、翻訳後修飾のキュレーションされた生物学的データベースであり、2003年にマウントサイナイ病院のルネンフェルド・タネンバウム研究所のマイク・タイアーズ、ボビー・ジョー・ブライトクロイツ、クリス・スタークによって作成されました（当初は単に相互作用データセット一般リポジトリ（GRID）^[2]と呼ばれていました）。これは、冗長性を排除して単一のデータマッピングを作成しながら、すべての主要なモデル生物種に対して包括的なキュレーションリソースを提供することを目指しています。BioGRIDのユーザーは、興味のあるタンパク質、化学物質、または出版物を検索し、注釈だけでなく、一次文献によって報告され、社内の大規模なキュレーション作業によってコンパイルされたキュレーションデータを取得できます。BioGRIDは、カナダのオンタリオ州トロントと米国テキサス州ダラスでホストされており、サッカロミセス・ケミカルズと提携しています。 Genome Database、FlyBase、WormBase、PomBase、Alliance of Genome Resources などです。BioGRID はNIHとCIHRの資金援助を受けています。BioGRID は International Molecular Exchange Consortium (IMEx) のオブザーバー メンバーです。

BioGRIDは当初、単にGeneral Repository for Interaction Datasets ^[2]として公開およびリリースされましたが、後にプロジェクトをより簡潔に説明し、同様の名前を持ついくつかのGRID Computingプロジェクトと区別するために、 BioGRID ^{[1]に名前が変更されました。当初は}生物固有のデータベースに分かれていましたが、最新バージョンでは、複数の生物に同時に検索できる統合フロントエンドが提供されています。BioGRIDは当初、マウントサイナイ病院のLunenfeld-Tanenbaum研究所のプロジェクトとして開発されましたが、その後、モントリオール大学の免疫学および癌学研究所とプリンストン大学のLewis-Sigler統合ゲノム科学研究所のチームが加わるように拡大しました。 BioGRIDはもともと、バイナリタンパク質間相互作用と遺伝子相互作用のキュレーションに重点を置いていましたが、数回の更新^{[1] [3] [4] [5] [6] [7] [8]を経て、キュレーションされ}た翻訳後修飾データ、^{[9] [10]}化学相互作用データ、複雑な多遺伝子/タンパク質相互作用を組み込むように拡張されました。さらに、BioGRIDは毎月、キュレーションされたデータを拡張し続け、新しいツール^{[9] [10] [11] [12]}の開発とリリース、包括的なターゲットキュレーションプロジェクトからのデータ^[13]、ターゲットを絞った科学的分析の実行も行っています。^[14]

BioGRID（生物学的相互作用データセット総合リポジトリ）は、すべての主要なモデル生物種とヒトに関する主要な生物医学文献から収集された遺伝子およびタンパク質の相互作用を収めたオープンアクセスデータベースです。2020年10月18日現在^{[アップデート]}、^[15] BioGRIDには、71のモデル生物を代表する63,083の出版物から抽出された19億2,800万の相互作用が含まれています。2021年の初めには、80種を超える75,988の出版物からまとめて収集された200万を超える生物学的相互作用、29,023の化学物質-タンパク質相互作用、および506,485の翻訳後修飾がすでに含まれていました。 ^[16] BioGRIDデータは、パートナーのモデル生物データベースとメタデータベースを通じて無料で配布されており、さまざまな形式で直接ダウンロードできます。 BioGRID のキュレーションは、構造化された証拠コード、表現型オントロジー、遺伝子注釈を通じて相互作用記録のコンパイルを容易にする相互作用管理システム (IMS) を通じて調整されます。BioGRID アーキテクチャは、より広範な相互作用と翻訳後修飾タイプをサポートし、より複雑な複数遺伝子/タンパク質相互作用の表現を可能にし、構造化されたオントロジーを通じて細胞表現型を考慮し、半自動テキスト マイニングアプローチを通じてキュレーションを迅速化し、キュレーションの品質管理を強化するために改良されました。包括的なキュレーションの取り組みにより、BioGRID には現在、出芽酵母 ( Saccharomyces cerevisiae )、シロイヌナズナ ( Arabidopsis thaliana )、分裂酵母 ( Schizosaccharomyces pombe )に関する一次文献でこれまでに報告された相互作用のほぼ完全なセットが含まれています。

ヒト（ホモサピエンス）の遺伝子、タンパク質、化学物質の相互作用を含む公開済みの科学文献の量が圧倒的に多いため、BioGRIDは、管理しやすい高影響力データのコレクションにヒト相互作用データをキュレーションするための、ターゲットを絞ったプロジェクトベースのアプローチを採用しています。これらのテーマ別キュレーションプロジェクトは、クロマチン修飾、オートファジー、ユビキチン-プロテアソームシステムなどの疾患関連性のある中心的な生物学的プロセス、または神経膠芽腫、ファンコニ貧血、COVID-19などの関心のある疾患を表しています。2020年10月18日現在^{[アップデート]}、^[15] BioGRIDのテーマ別キュレーションプロジェクトの取り組みにより、37,000件を超える科学論文から2,361個のタンパク質を含む424,631個の相互作用が抽出されました。

CRISPRベースの遺伝子スクリーニングは、現在、遺伝子機能と細胞生存率、化学物質およびストレス耐性、およびその他の表現型を関連付ける多数の出版物で報告されています。 CRISPR スクリーンデータへのアクセス性を高め、タンパク質機能の割り当てを容易にするために、BioGRID は、 Cas9およびその他のCRISPR ヌクレアーゼを使用した CRISPR スクリーンデータセットの手動でキュレーションされた包括的なコレクションを格納および配布するOpen Repository of CRISPR Screens (ORCS) ^{[7] [15]}と呼ばれる埋め込みリソースを開発しました。 2020 年 10 月 18 日現在、^{[15] BioGRID-ORCS には、670 を超える細胞株と 17 の表現型における、ヒト (} Homo sapiens )、ショウジョウバエ ( Drosophila melanogaster )、ハツカネズミ ( Mus musculus )の 3 種の 60,000 を超える固有遺伝子を表す114 の出版物からキュレーションされた 1,042 を超える CRISPRスクリーンが含まれています。 ^{[アップデート]}

BioGRIDでは現在、以下の生物がサポートされており、最新の統計に基づいて厳選された相互作用データがそれぞれ用意されています。

BioGRIDは、国立衛生研究所とカナダ保健研究機構からの助成金によって運営されています。