イネ（Oryza sativa）

Oryza sativa（アジア栽培米）^{[ 2 ]}は、穀物として栽培されている2つのイネ種のうち、はるかに一般的な種、もう1つの種はO. glaberrima（アフリカ米）です。中国の長江流域で13,500～8,200年前に初めて栽培化されました。 ^{[ 3 ] [ 4 ] [ 5 ] [ 6 ]}

イネ（Oryza sativa）はイネ科イネ属BOPクレードに属します。12本の染色体からなる430 Mbpのゲノムを持ち、遺伝子改変が容易であることで知られ、穀物や単子葉植物の生物学研究のモデル生物となっています。^{[ 7 ]} 

O. sativa は、表面が滑らかな直立した茎を持ち、高さは80～120 cm (30～45インチ)に成長します。葉は披針形で、長さは15～30 cm ( 5 + 7 ⁄ 8 – 11 + 3 ⁄ 4インチ)で、長さ10～20 mm ( 3 ⁄ 8 – 3 ⁄ 4インチ) の葉舌から生えます。^{[ 8 ]}      

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  ジャワ島で水田を耕す水牛
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  ジュムリ・マルシ、ネパール産の玄米
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  インド、ニヤムギリ丘陵の伝統的な米
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  チャッティースガル州出身
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  茎の断面を400倍に拡大した画像

イネ（Oryza sativa）には、粘り気のある短粒種のジャポニカ種またはシニカ種と、粘り気のない長粒種の2つの主要な亜種があります。インディカ米の品種。ジャポニカ米は6,000～9,000年前に長江流域で栽培化され^{[ 9 ]}、その品種は乾燥地（日本では主に水田で栽培されている）、温帯東アジア、東南アジアの高地、南アジアの高地で栽培されている。一方、インディカ米は4,500～8,500年前にガンジス川周辺で栽培化され[9]^{、その品種}は主に低地米で、熱帯アジア全域で主に水田で栽培されている。米粒は白、茶色、黒（炊くと紫色）、赤さまざまな色がある^{[ 10 ] [ 11 ]}。

3番目の亜種は、粒が広く、熱帯の環境でよく育ち、形態に基づいて識別され、当初はジャバニカと呼ばれていましたが、現在はトロピカルジャポニカとして知られています。この品種の例としては、中粒の「ティナウォン」と「ウノイ」の栽培品種があり、フィリピン北部ルソン島の中央山脈の高地にある棚田で栽培されています。^{[ 12 ]}

グラスマン（1987）はアイソザイムを用いて、イネ科植物O. sativaをジャポニカ、アロマティック、インディカ、アウス、ラヤダ、アシナの6つのグループに分類した。^{[ 13 ]}

Garrisら(2004)は、単純反復配列を使用してO. sativa を5 つのグループに分類しました。温帯ジャポニカ、熱帯ジャポニカ、芳香がジャポニカ品種を構成し、インディカとaus がインディカ品種を構成します。^{[ 14 ]} Garris の分類法は 2019 年現在、より新しい分析に対しても有効ですが、^{[ 15 ]} 2014 年の論文では、rayada はジャポニカの下にある独自のグループとして十分に区別できると主張しています。^{[ 16 ]}

SPL14 /LOC4345998は、植物の全体的な構造/成長習性を制御する遺伝子です。そのエピ対立遺伝子のいくつかは、イネの収量を増加させます。 ^{[ 20 ]}正確で使いやすい単純反復配列マーカーセットが開発され、高密度マップの作成に使用されました。 ^{[ 21 ]}マルチプレックス高スループットマーカー支援選抜システムが開発されましたが、他の作物 HTMAS システムと同様に、カスタマイズが難しく、コストがかかり (直接的にも機器に対しても)、柔軟性に欠けることがわかっています。 ^{[ 21 ]}他の分子育種ツールは、イネいもち病耐性品種を生み出しました。 ^{[ 22 ] [ 23 ] [ 21 ]} DNA マイクロアレイは、イネの雑種強勢の理解を深めるために使用され、 QTL シーケンスは、実生強勢を解明するために使用され、全ゲノムシーケンス(WGS)によるゲノムワイド関連研究(GWAS) は、さまざまな農業形質を調査するために使用されています。 ^{[ 21 ]}

合計で641のコピー数変異が知られています。^{[ 21 ]} イネはゲノムが大きく、DNAの反復度が高いため、エクソームキャプチャによって新しい一塩基多型が明らかになることがよくあります。 ^{[ 21 ]}

イネいもち病菌Magnaporthe griseaに対する抵抗性は、以下のような様々な抵抗性遺伝子によってもたらされる。Pi1、Pi54、そしてピタ。 ^{[ 24 ]}イネ科植物O. sativaは、植物ホルモンであるアブシジン酸とサリチル酸M. griseaに対する免疫を広く刺激し、アブシジン酸は抑制します。成功は、これらのレベルのバランスに依存します。 ^{[ 25 ] [ 26 ]}

イネ（O. sativa）は、特にトビイロウンカに対する多数の害虫抵抗性遺伝子を持っている。^{[ 27 ]} 2022年現在15個のR遺伝子がクローニングされ、特徴づけられている。^{[ 27 ]}

複数のイネ（O. sativa）系統には、洪水に対する遺伝的適応も含まれている。染色体9上のSubmergence 1（Sub1 ）遺伝子座には、エチレン応答因子様遺伝子であるSub1Aが含まれている。耐性特異的なSub1A-1対立遺伝子は、完全水没下での生存の主要な決定因子である。^{[ 28 ]}深水稲では、エチレン応答因子遺伝子SNORKEL1とSNORKEL2が節間伸長を促進し、植物が水位上昇による洪水に適応できるようにする。^{[ 29 ]}

• オーストロネシアの家畜化された植物と動物
• 栽培植物の国際命名規約
• 遺伝子組み換え生物のトレーサビリティ

• Wikispeciesにおけるイネ（Oryza sativa）に関するデータ
• ウィキメディア・コモンズにあるイネ（Oryza sativa）関連のメディア