ポムベース

ポムベース
コンテンツ
説明	シゾサッカロミセス・ポンベの科学的リソース
; キャプチャされたデータの種類	分子機能、生物学的プロセス、細胞成分、表現型、遺伝子型、対立遺伝子、タンパク質修飾、遺伝子発現、タンパク質発現、ヌクレオチド配列、RNA 配列、タンパク質配列、ゲノミクス、ヒトオルソログ、サッカロミセスセレビシエオルソログ、相補性、疾患関連性、タンパク質特性、物理的相互作用、遺伝的相互作用
生物	シゾサッカロミセス・ポンベ
接触
研究センター	ケンブリッジ大学およびロンドン大学ユニバーシティ・カレッジ
著者	アントニア・ロック、ミドリ・A・ハリス、マヌエル・レラ=ラミレス、パスカル・カルメ、キム・ラザフォード、フアン・マタ、ユルグ・ベーラー、スティーブ・オリバー、ヴァレリー・ウッド
主な引用	ラザフォードら（2024）
発売日	2011
アクセス
Webサイト	ポンベース
ダウンロードURL	ダウンロード
その他
ライセンス	Creative Commons Attribution 4.0 International ライセンス、GNU General Public License、MIT ライセンス
キュレーションポリシー	専門家とコミュニティがキュレーションした
ブックマーク可能な; エンティティ	はい

PomBaseは分裂酵母 Schizosaccharomyces pombeのゲノム配列と注釈付き特徴、および広範囲にわたる手動でキュレーションされた機能遺伝子固有のデータへのオンラインアクセスを提供するモデル生物データベースです。PomBaseウェブサイトは、より完全に統合された、より優れたパフォーマンスのサービスをユーザーに提供するために2016年に再開発されました（ ^[2]で説明）。

データキュレーションと品質管理

PomBaseのスタッフは、一次文献とバイオインフォマティクスの両方のソースを使用して、さまざまな種類のデータを手動でキュレートし、構文と生物学的コンテンツの妥当性を確保するためにさまざまなメカニズムを採用しています。^[3]

キュレーションされるデータの種類は次のとおりです。

ゲノム配列と特徴（例：ゲノム内の遺伝子の物理的位置）
タンパク質とncRNAの機能、それらが関与する細胞プロセス、そしてそれらが局在する場所
異なる対立遺伝子と遺伝子型に関連する表現型
特定のタンパク質修飾部位とその発生時期
S. pombe遺伝子のヒトおよび出芽酵母の相同遺伝子(手動でキュレーションされたデータセット)
ゲノムブラウザに読み込まれたデータセットのメタデータ
ヒトオルソログが疾患を引き起こすことが知られている場合の疾患関連
特定の遺伝子がいつ発現するかに関するデータ
分裂酵母遺伝子と他の生物の遺伝子の間に機能的な補完がある場合の補完データ
複合体のサブユニット構成

データの構成

遺伝子注釈は、遺伝子固有のレベル (遺伝子ページ) または用語固有のレベル (オントロジー用語ページ) のいずれかで表示できます。これにより、次のいずれかが可能になります。

遺伝子に対して作成されたすべての注釈を表示します（例：pat1）
用語が注釈されたすべての遺伝子を表示します（例：細胞質分裂）
特定の参照から作成されたすべての注釈を表示します。例: 26776736 Chica et al. 2016

ゲノム全体のデータセット (タンパク質データセット、すべての注釈、手動でキュレートされたオーソログリストなどを含む) には、データセットページからアクセスできます。ゲノムブラウザーでの表示に適しており、読み込まれたデータセットには、PomBase JBrowse インスタンスを介してアクセスできます。

PomBase は、次のようないくつかの生物学的オントロジーを使用して遺伝子固有の情報を取得します。

遺伝子オントロジー（GO） - 遺伝子産物の酵素機能、生物学的役割、細胞内の位置を記述するために使用される
分裂酵母表現型オントロジー（FYPO）^[4]参照株の表現型と比較して、遺伝子の対立遺伝子と表現型を関連付けるために使用される
シーケンスオントロジー- DNAまたはタンパク質の特徴を記述するために使用される
タンパク質の修飾 - PSI-MODの使用^[5]

遺伝子特性評価の状況

GO slim ページでは、すべての「既知の」分裂酵母遺伝子の「生物学的役割」の概要が説明されています。これらの遺伝子は、分裂酵母で実験的に特徴付けられているタンパク質、または別の種で相同遺伝子によって転移されたタンパク質です。

驚くべきことに、酵母からヒトまで、真核生物のプロテオームの約20％は、これらのタンパク質が関与する経路やプロセスの観点から特徴付けられておらず、^[6]これは生物学における大きな未解決問題の1つとなっています。これらのタンパク質が生物学で果たす役割は、どの種でもまだ発見されていません。これらの未知のタンパク質の研究を支援するために、PomBaseは、特徴付けられていない分裂酵母タンパク質の目録を維持しています。優先未研究遺伝子リストは、ヒトに保存されている特徴付けられていない分裂酵母遺伝子のサブセットを表しており、特に優先度の高い研究対象となっています。

コミュニティ共同キュレーション

プロのPomBaseキュレーターの小規模チームの作業を補うために、分裂酵母の研究者は革新的なコミュニティキュレーションスキームを介してPomBaseに直接注釈を投稿しており、そのためにオンラインキュレーションツールCanto [ ^7]が開発されています。コミュニティキュレーションはPomBaseスタッフによってレビューされ、その結果、非常に正確で効果的に共同キュレーションされた注釈が作成されます。^[8]

PomBase は注釈統計ページを管理しています。

ナレッジベースの更新

PomBaseホームページのニュース更新
研究コミュニティメーリングリストへの投稿
NAR（[核酸研究]）データベースの更新
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ドキュメント

Pombase はドキュメントと FAQ の両方を提供します。

PomBaseを研究ツールとして使用する方法は、「真核生物ゲノムデータベース」（方法とプロトコル）の章で詳しく説明されています。^[9]開発と更新については、NARデータベース発行論文で説明されています。^[10]^[11]^[2]S. pombeをモデル生物として使用する方法の詳細については、遺伝学入門書^{[12]を参照してください。}

参考文献

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外部リンク

ポムベース

[1] Rutherford, Kim M.; Lera-Ramírez, Manuel; Wood, Valerie (2024). 「PomBase: グローバルコアバイオデータリソース - 成長、コラボレーション、持続可能性」.遺伝学. doi : 10.1093/genetics/iyae007 . PMID 38376816.

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[9] Lock, A; Rutherford, K; Harris, MA; Wood, V (2018). 「PomBase: 分裂酵母の科学的リソース」.真核生物ゲノムデータベース. 分子生物学の方法. 第1757巻. pp. 49– 68. doi :10.1007/978-1-4939-7737-6_4. ISBN 978-1-4939-7736-9. PMC 6440643 . PMID 29761456 .

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[pmid26447128-12] Hoffman CS、Wood V、Fantes PA (2015年10月)。「若手遺伝学者のための古代酵母：Schizosaccharomyces pombeモデルシステムの入門書」。遺伝学。201 (2): 403– 23。doi : 10.1534 /genetics.115.181503。PMC 4596657。PMID 2644712 8。