BGIグループ

王建、于軍、楊煥明、劉思奇は、中国代表としてヒトゲノム計画に参加するため、1999年9月に北京に非政府独立研究機関として北京ゲノム​​研究所（BGI）を設立した。 ^{[ 16 ] [ 17 ] [ 18 ]}計画完了後、資金が枯渇したため、BGIは杭州市政府からの資金提供と引き換えに杭州に移転した。2002年、BGIはイネのゲノムを解読し、これは科学誌サイエンスの表紙記事となった。2003年、BGIはSARSウイルスのゲノムを解読し、ウイルス検出キットを作成した。^{[ 19 ]} 2003年、中国科学院はBGIと協力して北京ゲノム​​研究所を設立し、楊煥明が初代所長に就任した。 BGI杭州と浙江大学は、浙江大学ジェームズ・D・ワトソンゲノム科学研究所という新たな研究機関も設立した。^{[ 20 ]： 39}

2007年、BGIは中国科学院から独立し、民間企業となり、深圳に移転した。^{[ 21 ] [ 10 ]}于軍はこの時、名目上の金額で他の3人の創設者に持ち株を売却してBGIを去ったとされている。^{[ 5 ]} 2008年、BGIはアジア人の最初のヒトゲノムを発表した。^{[ 17 ] [ 22 ]}

2010年、BGIは128台のIllumina HiSeq 2000遺伝子シーケンシングマシンを購入し^{[ 3 ] [ 17 ]} 、これは中国開発銀行から今後10年間で15億米ドルの「共同資金」によって支えられた^{[ 5 ] [ 23 ] [ 24 ]}。年末までに、予算は3000万ドルに達したと報じられている^{[ 25 ]} 。2010年には、米国マサチューセッツ州ケンブリッジに本社を置くBGI Americasが設立され、デンマークのコペンハーゲンにBGI Europeが設立された。^{[ 26 ] [ 27 ]} 2018年までに、BGIは米国シアトルとサンノゼ^{[ 3 ]}、英国ロンドンにオフィスと研究所を開設し、香港、神戸（日本）、バンコク（タイ）、ラオス、シンガポール、ブリスベン（オーストラリア）などにオフィスを構えるBGIアジア太平洋を設立した。^{[ 28 ] [ 29 ]}

2011年、BGIは4,000人の科学者と技術者を雇用し^{[ 30 ]}、1億9,200万ドルの収益を上げたと報告した^{[ 5 ]} 。BGIは、2011年にドイツで発生した致死性のE. coli O104:H4のアウトブレイクのゲノム配列を3日間で作成し、オープンライセンスで公開した^{[ 31 ]} 。 2012年以降、同社はサービスを商業化し始め、中国生命保険、CITICグループのゴールドストーン投資、ジャック・マーの雲風資本、ソフトバンク中国資本から投資を受けている^{[ 32 ]} 。同年、同社は独自の科学誌GigaScience [ ^{33 ]も創刊し、} BioMed Centralと提携してデータ量の多い生命科学論文を掲載している。^{[ 34 ]}その後、 BGI のGigaScience Press部門とOxford University Pressとの間で新たなパートナーシップが結成され、2017 年以降、GigaScience はOxford University Pressと共同出版されています。^{[ 35 ] [ 36 ]} 2025 年 9 月、BGI は国際的な編集、ソフトウェア、およびGigaDBチームを解散し、BGI のチーフサイエンティストである Xu Xun が自らを出版者兼編集長に任命しました。^{[ 37 ]} 2025 年 11 月、編集委員会の大多数が、協議の欠如と、これらの変更が厳密なレビューを受けた再現可能な研究を出版するというジャーナルの長年の取り組みにどのような影響を与える可能性があるかについての懸念を理由に辞任しました。^{[ 38 ]}

2013年、BGIは米国外国投資委員会の承認を得て、DNAシーケンス技術の大手サプライヤーであるカリフォルニア州マウンテンビューのComplete Genomicsを1億1800万米ドルで買収した。^{[ 5 ] [ 31 ] [ 39 ]} Complete GenomicsはMGIの米国子会社であり、MGIは2022年に分離独立して上海証券取引所に上場する前はBGIの子会社だった。^{[ 40 ]}

2015年、BGIは上海の中山病院臨床精密医療センターと提携し、同センターは2015年5月に1億元の予算で開設された。報道によると、BGIは中国の92億ドルの医療研究プロジェクト（15年間続く予定）のシーケンス機関として関わっている。 ^{[ 3 ] [ 41 ]} 2017年5月、シアトルとサンノゼに共同拠点を置く西海岸イノベーションセンターの設立が発表された。最初の拠点では精密医療に取り組む予定で、ワシントン大学、アレン脳科学研究所、ビル＆メリンダ・ゲイツ財団、ワシントン州立大学とのコラボレーションが特徴となっている。2番目の拠点には、100人の従業員を擁する既存の研究所があり、次世代シーケンス技術の開発に取り組んでいる。^{[ 3 ]} 2018年5月、BGIは北米で初めてBGISEQプラットフォームを設置するため、カナダのマウントサイナイ病院（トロント）と契約を結んだ。 ^{[ 42 ]}

同グループの子会社であるBGI Genomics ^{[ 43 ]}は、 2017年7月に深セン証券取引所で新規株式公開を行った。^{[ 10 ]} 2018年には、BGIは王建氏が85.3%所有しており、同グループは主要子会社であるBGI Genomicsの42.4%を所有していると報じられている。^{[ 44 ]}

2019年には、BGIの子会社であるForensic Genomics Internationalが、全国の人々の遺伝子プロファイルのWeChat対応データベースを作成したと報じられた。 ^{[ 45 ] [ 46 ] [ 47 ] [ 48 ] [ 49 ]} 2020年7月には、BGIがメディアの精査を受けて給与保護プログラムの融資を返還したと報じられた。^{[ 50 ]}

2021年、国有企業の国家開発投資公司と招商局集団がBGI Genomicsの株式を取得した。^{[ 51 ]}

ギガサイエンス・プレス

GigaScience Pressは、香港を拠点とするBGIグループの出版部門であり、現在、オープンアクセスジャーナルGigaScience （オックスフォード大学出版局との共同出版）、GigaByte、およびGigaDBデータ公開プラットフォームを出版しています。^{[ 52 ]}オープンサイエンスに焦点を当て、そのジャーナルは、データ公開、透明性の高いオープンピアレビューを組み合わせ、より再現性の高い論文を公開するための他の実験も行っています。

彼らのジャーナルは、これらの取り組みにより、2018年に米国出版社協会のジャーナル出版における革新に対するPROSE賞^{[ 53 ]}、 2022年にALPSP出版における革新に対する賞を受賞しました^{[ 54 ]} 。2025年には、GigaScience Pressはメタデータの質に基づいて、最初のCrossref Excellence in Metadata賞の1つを受賞しました^{[ 55 ] 。 [ 55 ]}

2020年7月、米国商務省産業安全保障局は、新疆ウイグル自治区での遺伝子解析作業による人権侵害の疑いを理由に、BGIの子会社2社をエンティティリストに追加した。^{[ 56 ] [ 57 ]} 2023年3月、米国商務省は、少数民族の監視と弾圧の疑いを理由に、BGIリサーチとBGIテックソリューションズ（香港）をエンティティリストに追加した。^{[ 58 ]}

その後、BGIはSteptoe & Johnsonのロビイストを雇い、 2024会計年度国防権限法におけるBGIとその子会社への政府資金提供を禁止する条項を緩和させた。^{[ 59 ]}

2024年現在、BGIは米国国防総省のリストで米国で活動する中国の軍事企業として特定されている^{[ 60 ]。} 2024年4月、米国下院の米国と中国共産党間の戦略的競争に関する特別委員会は、 BGIの子会社であるInnomicsとSTOmicsが同じリストに含まれていない理由について国防総省に説明を求めた^{[ 61 ] 。}

2011年、BGIはヨーロッパで流行を引き起こした大腸菌のゲノムを解読し、抗生物質耐性につながる遺伝子を特定した。^{[ 62 ]}

2020年1月、BGI Genomicsは、COVID-19の原因となるSARS-CoV-2ウイルスの同定に役立つリアルタイム蛍光RT-PCRキットを発表しました。これはその後検証され、世界保健機関による緊急使用リストへの掲載を含め、14の国と地域での使用が承認されました。^{[ 63 ]} BGI Genomicsは、2021年4月までにRT-PCRキットが180以上の国と地域に配布されたと報告しました。BGIはまた、Huo-Yan研究所と名付けられたバイオセーフティレベル2のハイスループット核酸検出研究所を開発しました。^{[ 36 ] [ 64 ]}

2020年前半、BGIグループはカリフォルニア州がCOVID-19検査ラボを原価で設置するのを支援することを申し出た。カリフォルニア州政府は地政学的な懸念からこの申し出を拒否したが、サンタクララ郡はBGIからCOVID-19検査キットと機器を購入した。^{[ 65 ]}

2020年8月25日、ロイター通信は、スウェーデンで約3,700人がBGI GenomicsのCOVID-19検査キットの不具合により、誤ってコロナウイルスに感染していると告げられたと報じた。^{[ 66 ]}この検査キットはWHOの緊急使用リストに掲載された5番目の検査キットであり、^{[ 67 ]}市販の検査キットを独自に検証したオランダの研究で感度テストで最高評価を得ていたにもかかわらず。^{[ 68 ]} BGI Genomicsは、非常に低いレベルのウイルスを調べる検査機関間で閾値が異なることが原因だとし、製品を擁護した。^{[ 69 ]}

コンピュータセンターの年間予算は900万米ドルだった。^{[ 25 ]}同年、BGIの計算生物学者は、グラフ理論に基づいて、デノボシーケンス中に次世代シーケンサー、特にIlluminaのGenome Analyzerによって生成された数十億個の25～75塩基対の文字列を整列させるための最初の成功したアルゴリズムを開発した。^{[ 70 ]}

SOAPdenovoは、BGIが開発したツール群である「 Short Oligonucleotide Analysis Package」（SOAP）の一部であり、ヒトサイズのゲノムのde novoアセンブリ、アライメント、SNP検出、再シーケンス、インデル検出、構造変異解析に使用されます。Illuminaシーケンサーのショートリード用に構築されたSOAPdenovoは、複数のヒトゲノム^{[ 71 ] [ 72 ] [ 73 ]}（ヒト参照ゲノムへのマッピングでは検出されなかった8キロベースの挿入を特定^{[ 74 ]}）や、ジャイアントパンダなどの動物のゲノムのアセンブリに使用されています。^{[ 75 ]}

2015 年まで、BGI はThermo Fisher ScientificのIon Torrentデバイスをベースにした BGISEQ-100 と BGISEQ-1000 をリリースしており、どちらもCFDAからNIFTY (非侵襲的胎児トリソミー検査) 出生前検査の承認を受けていました。^{[ 76 ]} 2015 年 10 月、BGI はより大型のデスクトップ シーケンシング システムである BGISEQ-500 を発売しました。 ^{[ 77 ]} 2016 年後半までに、このシステムに対して 500 を超える注文を受け、112,000 を超える検査を実施したと報告されています。^{[ 76 ]} 2016 年 9 月に BGI と中国政府によって開設された中国国家遺伝子バンク^{[ 78 ]}には、このシステムの機器が 150 台あります。^{[ 76 ]} BGISEQ-500 は、Illumina のプラットフォームと競合できるシーケンシング プラットフォームとして開発されました。^{[ 79 ]} 2016 年 11 月、BGI はデスクトップ シーケンサーの小型版である BGISEQ-50 を発売しました。^{[ 80 ]} 2017 年、BGI は WGS を 600 ドルで提供し始めました。^{[ 3 ]} 2022 年 9 月、MGI は新しい超高速、中～低スループットのシーケンサーである DNBSeq-G99 を発売しました。^{[ 81 ]}

2021年、BGIはゲノムワイド空間トランスクリプトミクス技術であるStereo-seqを開発し、2022年に同技術の科学ユーザーコンソーシアムからの最初の研究成果を発表しました。^{[ 82 ] [ 83 ]} 2022年、BGI-Researchと中国科学院大学は、世界中の科学者とともに、シーケンス技術を使用してシングルセルシーケンスを実施し、ヒト初期胚発生の理解を深め、非ヒト霊長類の全身細胞アトラスを初めて完成させ、世界初のブタの全身シングルセルトランスクリプトームアトラスを完成させ、アリの脳を研究して、アリのコロニー内の社会的分業が細胞レベルでの脳の機能的特化によってどのように決定されるかを初めて説明しました。^{[ 84 ] [ 85 ]}

2002年、BGIはインディカ種のイネのゲノムを公開した。^{[ 86 ]}また、2014年には、BGIは89か国から3,000のイネのゲノムを再シーケンスするプロジェクトにも協力した。^{[ 87 ]}

BGIは、地球上の既知のすべての真核生物種のDNA配列を決定することを目的とした国際的な地球バイオゲノムプロジェクトのメンバーです。^{[ 88 ]} BGIは、10,000を超える植物ゲノムの配列を決定する関連プロジェクトである10KPゲノムシーケンスプロジェクトに貢献しています。^{[ 89 ]}

2004年、BGIはニワトリのゲノムを公開した国際ニワトリゲノムコンソーシアムのメンバーでした。^{[ 90 ]} 2009年、BGIはジャイアントパンダのゲノムを公開しました。^{[ 91 ]}

2014年、BGIと20か国の科学者が協力して、48種の鳥類のゲノム全体の配列決定を完了しました。^{[ 92 ]} 2020年には、BGIは鳥類の科の92.4%にあたる363のゲノムの全ゲノム配列決定の完了に貢献しました。^{[ 93 ]}

2022年、BGIは、メキシコサンショウウオの脳再生の時空間マップを世界初公開した研究を主導した。^{[ 94 ]}同年、BGI、東北林業大学、その他の機関が実施した研究では、南シナトラの染色体レベルのゲノムを調べ、アムールトラと比較することで、南シナトラの近親交配によるゲノム上の影響が明らかになった。^{[ 95 ]}

2023年、BGIと科学コンソーシアムは共同で霊長類の脳細胞アトラスを出版した。^{[ 96 ]}