短鎖オリゴヌクレオチド解析パッケージ

SOAPaligner (SOAP2) は、短いリードの高速アライメントのために特別に設計されており、 Bowtieや MAQなどの類似のアライメントツールと比較して優れたパフォーマンスを発揮します。^{[ 1 ]}

SOAPdenovoは、 De Bruijnグラフ構築を利用したショートリードde novoアセンブラです。Illuminaで生成されるようなショートリードに最適化されており、ヒトゲノムのような大きなゲノムをアセンブルすることができます。^{[ 2 ]} SOAPdenovoはジャイアントパンダのゲノムのアセンブルに使用されました。^{[ 3 ]}これはSOAPdenovo2にアップグレードされ、大きなゲノムに最適化され、広く使用されているGapCloserモジュールが含まれています。^{[ 4 ]}

SOAPdenovo-Transは、 1000 Plant Genomesプロジェクトのために作成された、RNA-Seq専用に設計されたde novoトランスクリプトームアセンブラーです。^{[ 5 ]}

SOAPindelは、次世代ペアエンドシーケンスデータから挿入と欠失を検出するツールであり、品質スコア付きの候補インデルのリストを提供します。 ^{[ 6 ]}

SOAPsnpはコンセンサス配列構築ツールです。このツールはSOAPalignerの出力を使用してコンセンサス配列を生成し、それによって新たに配列決定された個体におけるSNPの検出が可能になります。

SOAPsvは、全ゲノムアセンブリを使用して構造変異を検出するツールです。^{[ 7 ]}

SOAPnukeは、ゲノム、小RNA、デジタル遺伝子発現、メタゲノム実験のデータセットの統合的な品質管理と前処理のためのツールです。 ^{[ 8 ]}

SOAPの最初のリリースは、配列アライメントツールSOAPalignerのみで構成されていた。^{[ 9 ]}

SOAP v2 ^{[ 1 ]}は、 SOAPalignerツールのパフォーマンスを大幅に向上させることで、SOAP v1 を拡張および改良しました。アライメント時間は 20～30 分の 1 に短縮され、メモリ使用量は 3 分の 1 に削減されました。圧縮ファイル形式のサポートが追加されました。

その後、SOAPスイートは拡張され、SOAPdenovo 1&2、SOAPindel、SOAPsnp、SOAPsvといった新しいツールが追加されました。

SOAP v3 は、GPU プロセッサを利用する最初のショートリード アライメント ツールとして、アライメント ツールを拡張しました。^{[ 10 ]}これらの改善の結果、SOAPalign は速度の面で競合するアライナーBowtieおよびBWAを大幅に上回りました。