リーグ・オブ・エクストラオーディナリー・ジェントルメン、第1巻

1898年、ドラキュラとの遭遇から1年後、ミナ・マレーは夫と離婚し、イギリス政府で働いていた。彼女はMI5のエージェント、キャンピオン・ボンド（ジェームズ・ボンドの祖父）と会い、大英帝国を潜在的な脅威から守る秘密部隊「リーグ・オブ・エクストラオーディナリー・ジェントルメン」の選抜メンバーを集める任務を与えられる。ネモ船長はミナをエジプトに護送し、そこでミナはアヘン窟で泥酔したアラン・クォーターメインを見つける。2人のアラブ人が窟に入ってきてミナをレイプしようとするが、アランが介入して1人を殺害する。もう1人の男が当局に通報するために急いで逃げる間、ミナはアランを人通りの多い通りをドックまで引きずり、そこでネモの潜水艦ノーチラス号が海から現れる。ネモは銛銃でエジプト警察を撃退し、アランはアヘン中毒の治療のためノーチラス号に乗せられる。

次の任務で、リーグはパリへ向かい、 C・オーギュスト・デュパンと会って、最近発生した一連の凶悪殺人事件を捜査する。ミナは娼婦になりすまして犯人をおびき寄せようとするが、誘拐されてしまう。アランとデュパンは犯人のアパートを突き止め、ミナを発見するが、巨大な怪物に襲われる。

短い格闘の後、アランは怪物をアパートの窓から押し出し、落下によって怪物は意識を失う。ノーチラス号に着くと、怪物は最近の出来事の記憶を失った、弱々しく怯えた男に変身する。その男はヘンリー・ジキル博士であり、怪物は彼のもう一つの人格であるハイド氏である。ミナはデュパンに別れを告げ、ノーチラス号はパリを離れる。リーグがロンドンに戻ると、ボンドは彼らに次の任務を与える。それは、女子校に潜入し、3つの別々の無性妊娠の事例を調査することである。

ミナ、アラン、ネモは潜入捜査で学校を訪れ、女主人である校長のローザ・クートと出会う。少女たちは聖霊に妊娠させられたと信じており、リーグは調査のために一晩泊まる。深夜、ミナは目に見えない力が少女の一人、ポリアンナを性的暴行しているのを目撃し、ペンキの缶を投げつけてその存在を部分的に可視化する。リーグは「聖霊」の正体である透明人間ホーリー・グリフィンを逮捕し、大英博物館の秘密別館にある新しい本部へ連れて行く。ボンドはグリフィンに、彼らのために働くことに同意すれば、過去の犯罪を赦免し、MI5がグリフィンの透明化の治療法を研究すると約束する。

リーグのメンバーが全員揃ったところで、ボンドは彼らに「ドクター」（フー・マンチューの別名。商標権の問題でコミックではフー・マンチューという名前は使えなかった）と呼ばれる犯罪組織のボスから盗まれたカボライトを回収する任務を与える。ボンドは、イギリスがセルウィン・カヴォール教授の監督の下、20世紀初頭の祝典に合わせて月面着陸を密かに計画しており、カボライトを使って空気より重い機械の動力源と浮揚装置を作ろうとしていたと説明する。

リーグはドクターについてさらに詳しく知るため、ロンドンのライムハウス地区に派遣される。ミナとグリフィンはクォン・リー（トーマス・バークの著書に登場する語り部）に尋問し、ドクターが確かにその地域で活動していることを明かすが、謎めいたなぞなぞの形でしか情報を与えない。「天上の橋の下では水が波打っている。その下では竜が眠っている。私の忠告は、竜を目覚めさせないことだ」。グリフィンは懐疑的だが、ミナはドクターの活動はロザーハイズ橋の下で行われているに違いないと結論づける。

一方、アランとジキル博士はドクターの隠れ家に潜入し、ドクターが酸を使って男の肉体に中国語の文字を刻んでいるところをスパイする。リーグはノーチラス号で再集結し、証拠を整理する。ミナはドクターが何らかの邪悪な目的でカボライトを盗んだと考えており、未完成のロザーハイズ・トンネルで空中兵器を建造しているのではないかと疑っている。彼女とアランはライムハウス地区に戻り、放棄されたロザーハイズ・トンネル周辺の活動を調査する。そしてついに、ドクターの飛行船（クォン・リーの謎かけに出てくる「ドラゴン」）が建造されている大きな洞窟を発見する。

アランとミナはドクターの隠れ家に潜入するが、警備員に捕まってしまう。気づかれずにグリフィンが警備員を殺害し、アランは制服に変装して飛行船に乗り込み、カボライトを盗み出す計画を立てる。グリフィンはジキルと会い、陽動を行うよう指示する。ジキルはハイド氏に変身し、警備員を虐殺し始める。その間にアランとミナは飛行船に忍び込み、カボライトエンジンを見つけて盗み出す。彼らは水中のガラストンネルでハイドとグリフィンと再会するが、さらに多くの警備員に追い詰められる。脱出するため、アランはガラスに穴を開け、ミナはカボライトを起動させ、滝のように流れ落ちる水の中を上昇する。ドクターの隠れ家は浸水し、飛行船は破壊され、リーグはテムズ川に落下するが、ノーチラス号に救出される。

ボンドはリーグの成功を祝福し、カボライトをノーチラス号に残して、上司のMに届けると告げる。不審に思ったグリフィンはボンドを追って軍事情報本部へ行き、Mが実は犯罪の首謀者であるジェームズ・モリアーティ教授であることを発見する。

回想シーンでは、アーサー・コナン・ドイルの短編小説「最後の事件」のクライマックスが描かれる。シャーロック・ホームズとモリアーティ教授がスイスのライヘンバッハの滝の上で最後の対決をする場面だ。しかし、モリアーティは滝壺に落ちても生き延び（背骨と右腕を骨折し、変形した状態で治癒するものの）、キャンピオン・ボンドとセバスチャン・モラン大佐に救出される。彼の犯罪帝国は実は英国諜報機関が作った偽装組織であり、モリアーティはロンドンのウエストエンドの犯罪組織と共にそれを支配している。一方、ドクターはイーストエンドを支配している。

モリアーティは独自の空中戦艦を建造し、カヴォライトを動力源として使用できるようになった。グリフィンはノーチラス号に戻り、発見した事実をリーグに報告する。モリアーティはロンドンのイーストエンドを爆撃し、ドクターの犯罪帝国の残骸を破壊しようと計画しているというのだ。

モリアーティは飛行船を発進させ、ロンドンの東端を爆撃し始める。ドクターが武装した乗組員をグライダーで飛行船に送り込む一方、リーグはネモがノーチラス号に保管していた熱気球「ヴィクトリア号」に乗り込み、飛行船に係留する。ハイド氏とネモが乗組員を攻撃する中、ミナとアランはモリアーティが待ち構える最上階のデッキに上がる。アランは警備員を撃ち倒すが、モリアーティはアランの肩を撃ち、殺そうとする。ミナはモンキーレンチでカヴォライトエンジンの容器を叩き壊し、モリアーティはその装置に向かって突進し、掴み、夜空へと飛び立つ。リーグはヴィクトリア号で飛行船を離れ、今度はネモの副官イシュマエル（ 『白鯨』のナレーター）が操縦するノーチラス号に再び救助される。

物語は、シャーロック・ホームズの兄であるマイクロフト・ホームズが英国情報局の新長官に就任し、リーグの功績を称え、今後必要があればロンドンに留まるよう指示するところで幕を閉じる。一方、火星の宇宙船が空から落下し、ウォーキングに降り立つことで、第二巻の物語が始まる。