リーグ・オブ・エクストラオーディナリー・ジェントルメン、第2巻

火星では、ジョン・カーターとガリバー・ジョーンズが、火星の異星人種族の同盟を結成し、「軟体動物」（H・G・ウェルズの『宇宙戦争』に登場する異星人）と呼ばれる火星以外の異星人の侵略に対抗していた。激しい戦闘の後、火星同盟は軟体動物を火星から追い出すことに成功するが、カーターは彼らが地球にやってくるのではないかと心配していた。

地球では、1898年、リーグ・オブ・エクストラオーディナリー・ジェントルメン（アラン・クォーターメイン、ヘンリー・ジキル博士、ミナ・マレー、ネモ船長、ホーリー・グリフィンで構成）がホーセル・コモンに到着する。そこでは、衝突クレーターの中心に軟体動物の宇宙船が横たわっていた。

リーグはMI5のエージェント、キャンピオン・ボンドと会合し、謎の宇宙船の正体と出所について議論する。宇宙船から触手を持つエイリアンが現れ、白旗を掲げた男たちが和平を結ぼうとクレーターに降りていくが、宇宙船から放たれた強力な熱線によって焼き尽くされてしまう。熱線がクレーターの縁に集まっていた見物人を殺害する中、ジキル博士はハイド氏に変身し、エイリアンを暴力的な死で脅迫する。ミナはなんとかハイド氏を落ち着かせ、リーグは近くのブリーク・ハウス・インに退却する。

その日の午後、イギリス軍がこの地域に到着し、グリフィンはウォーキングに向かって空から落ちてくる別の宇宙船を目撃する。ミナはハイドの様子を見に行き、二人は友情について思いやりのある会話を交わす。ハイドは他のリーグのメンバーとはそのような友情を共有していないと感じているが、些細な挑発でもミナを殺してしまうだろうと考え、丁寧にミナに立ち去るよう頼む。一方、グリフィンは一人でクレーターに戻り、エイリアンと遭遇する。地面に絵を描いて彼らと意思疎通を図り、グリフィンは彼らの味方になりたいと伝える。

翌朝、リーグは宿を出て、サリーに着陸した別の宇宙船を軍が砲撃する音を聞く。軍部隊の大部分はエイリアンの熱線で焼き尽くされ、宿も破壊される。リーグをロンドンへ連れ戻すために馬車が到着するが、道中、ミナはリーグのメンバー全員がこの任務を生き延びられるとは限らないと不安になり始める。大英博物館の本部で、マイクロフト・ホームズはリーグに火星を調査し、ホーセルに戻ってエイリアンの行動を観察するよう命じる。ボンドはミナに秘密の軍事計画を渡し、それを研究し、火星についてできる限りの情報を集めるように言う。アラン、ハイド、ネモはホーセルへ戻り、ミナを本部に一人残して無防備な状態にする。グリフィンは残って透明化の力で身を隠し、ミナが一人になると激しく彼女を襲い、軍事計画を持って逃走する。

偵察中、アラン、ハイド、ネモは巨大な三本足の戦闘兵器「トライポッド」に遭遇し、イギリス情報部に警告するためロンドンへ戻る。博物館に戻ったハイドは、床に倒れて意識を失っているミナを発見し、何が起こったのかを悟る。ミナが攻撃から回復した後、マイクロフトは彼女とアランに新たな任務を与える。二人は侵略を阻止するのに役立つかもしれない科学者を探すため、サウスダウンズへと向かう。

ミナとアランが不在の間、ネモ船長とハイド氏はノーチラス号でテムズ川をパトロールし、迫りくるトライポッドを撃退する。ノーチラス号に搭載された高度な技術はトライポッドと互角に渡り合い、ネモ船長は乗組員に破壊されたトライポッドの残骸を船内に運び込み、異星人の技術を研究するよう命じる。

サウスダウンズの田園地帯を調査している最中、ミナとアランはテディ・プレンドリックという男（H・G・ウェルズの『モロー博士の島』の主人公）に出会う。彼は正気を失っており、ほとんど情報を提供しないが、「悪魔の医者」について言及し、二人はそれが自分たちが探している科学者ではないかと疑う。プレンドリックの警告にもかかわらず、ミナとアランは田園地帯の捜索を続け、その日の終わりに田舎の宿屋に戻り、そこでセックスをする。その後目を覚ましたアランは、ミナの首に恐ろしい傷跡（ドラキュラ伯爵がつけたもの）があることに気づき、その光景にショックを受ける。ロンドンに戻ると、グリフィンは再びエイリアンに近づき、ノーチラス号を止めるために「川に何かをしなければならない」と告げる。

翌日、エイリアンはテムズ川を赤い藻で満たし、水をすべて抜き、ノーチラス号を動けなくする。ハイドはネモのクルーが赤い藻を取り除くのを待つことを拒否し、本部に戻る。サウスダウンズでは、ミナとアランが森で科学者を探している。ミナはアランの傷跡に対する反応に腹を立てるが、アランは、傷跡に嫌悪感を抱いたのではなく、火事で同様の傷を負った2番目の妻ステラを思い出させただけだと説明する。彼らは再び木の下でセックスをするが、言葉を話せる、ぼろぼろの人間の服を着た熊のような生き物に遭遇する。他のしゃべる動物たちも加わり、クマは彼らをモロー博士の隠れ家へと連れて行く。モロー博士は田舎に移り住み、人間と動物のハイブリッドを作り続けている（面白いことに、モロー博士のハイブリッドはどれも、長靴をはいた猫、マザーグース、たのしい川べのモグラ、ネズミ、アナグマ、ヒキガエルなど、児童文学に登場する擬人化された動物キャラクターに似ている）。ミナはMI5が「H-142」と呼ばれるものを要求していると説明し、モロー博士はこの要求に動揺しているように見えるが、それでも応じる。

ロンドンでは、ハイドは本部でグリフィンが再び現れるのを待っていた。グリフィンが姿を現すと、まだ透明化で隠れようとしていたが、ハイドは赤外線視力を持っているため、常にグリフィンを見ることができたと明かす。彼はグリフィンを激しく殴打し、レイプし、「透明人間」を苦しみながら死なせてしまう。その夜遅く、ハイドは本部でネモとリーグの御者サムソンと夕食をとるが、彼の服とテーブルクロスに血痕が徐々に現れ、ネモは再び見えるようになったグリフィンの死体を発見する。ネモは恐怖に震え、ハイドを殺そうとするが、サムソンはハイドの強大な力が異星人に対して役立つかもしれないとして、ネモに思いとどまるよう促し、ネモは渋々同意する。

ミナとアランは駅でモロー博士に別れを告げ、H-142（彼らは別のハイブリッド動物だと推測している）を積んだ貨物箱を持って列車でロンドンに戻る。そこでボンドとガスマスクをつけたエージェントたちに出迎えられ、ロンドン橋へと向かう。そこではネモとハイドが彼らを待ち構えていた。ボンドは、エイリアンの進軍を遅らせるため、ロンドン橋以外の市内の橋はすべて通行不能にされていると説明し、H-142の入った箱を持って立ち去る。その直後、エイリアンたちはロンドンの最後の防衛線を破壊し、全軍を集結させて都市への最終攻勢を開始する。

ハイドはH-142が届けられる間、トライポッドの注意をそらすことに同意するが、出発前にミナに愛を込めて別れを告げ、キスを求める。ミナは快くそれに応じる。ハイドは「See Me Dance the Polka」 （スペンサー・トレイシー版『ジキルとハイド』で使用された曲）を歌いながら、向かってくるトライポッドに向かって橋の上を喜び勇んで踊り出す。熱線で皮膚が焼け焦げるが、生き延び、トライポッドの1体を倒し、中にいるエイリアンを食べ始める。他のトライポッドは熱線を合わせてハイドを殺すが、倒れたトライポッドが橋を塞ぎ、南岸に取り残される。軍情報部が大砲を発射し、H-142をエイリアンに届ける。ボンドは英国政府の戦略を明らかにする。H-142はモローのハイブリッド生物の一つだが、実際には炭疽菌と連鎖球菌を混合して作られたハイブリッド細菌であり、病原体を用いた戦争で火星人を攻撃し、滅ぼすことを目的としていたのだ。ネモはこの無謀な生物兵器の使用に激怒し、国際連盟を辞任してノーチラス号で去っていく。

1か月後、ミナとアランはサーペンタイン・パークを歩いていた（アランは、ハイドの犠牲を称えて「ハイド・パーク」に改名される予定だと話す）。ミナは、最近の出来事でひどく動揺しているため、スコットランドにある女性だけの共同体、コラディンに滞在することにしたと言う。彼女が去ると、物語はアランが公園のベンチに一人座っている場面で終わる。