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命名規約、または命名規則とは、生物の命名を規定する様々な規則集のことである。生物の学名を標準化することで、研究者は研究結果（新種の発見を含む）について議論することができる。
生物学の研究がますます専門化するにつれて、さまざまな種類の生物に対して特定のコードが採用されるようになった。
種名のみを扱い、種が属、科、その他の上位分類群に割り当てられることをある程度認識しているエンドユーザーにとっては、コードが複数あることに気づかないかもしれないが、この基本的なレベルを超えると、これらのコードは動作方法がかなり異なっている。
分類学において、二名法（「2項命名法」）は、生物の種に2つの部分からなる名前を付ける正式な命名法であり、どちらの部分もラテン語の文法形式を使用するが、他の言語の単語に基づいている場合もある。このような名前は、二名法名（単に「binomial」と略されることもある）、binomen、binominal name、または学名と呼ばれ、より非公式には、歴史的にはラテン語名とも呼ばれる。動物学規約ICZNでは、このシステムは二名法（接尾辞-ialの代わりに-inalを使用）とも呼ばれ、「2つの名前による命名法」を意味する[ 1 ] 。 [ 2 ]
名前の最初の部分（属名）は、その種が属する属を示し、2番目の部分（種名または種小名）は、その属内の種を区別します。たとえば、現代人はHomo属に属し、この属内にはHomo sapiensという種があります。Tyrannosaurus rex はおそらく最も広く知られている非ヒトの二名法でしょう。[ 3 ]
この種の命名法の正式な導入はカール・リンネによるものとされており、1753年に彼の著書『植物種誌』で事実上始まった。[ 4 ]しかし、1622年にはすでにガスパール・ボーアンが著書『植物図鑑』 （英語）の中で、後にリンネが採用した多くの属名を紹介していた。[ 5 ]リンネ による種の二部構成名（二名法）の導入は歓迎すべき簡略化であった。なぜなら、生物多様性に関する知識が拡大するにつれて、名前の長さも長くなり、その多くが扱いにくくなっていたからである。[ 6 ]
世界中の博物学者が二名法を採用するにつれ、その詳細について様々な学派が生まれました。学名を規定する詳細な規則体系が必要であることは、ますます明らかになっていきました。19世紀半ば以降、世界的に受け入れられる規則体系を確立するための取り組みがいくつか行われました。現在、命名規約は以下のものの命名を規定しています。
これらのコードが有効となる開始時点（通常は遡及的に適用される）は、グループごとに、また時にはランクごとに異なります。[ 7 ]植物学と菌類学では、開始時点はしばしば1753年5月1日（リンネ、『植物種』）です。動物学では、1758年1月1日（リンネ、『自然の体系』第10版）です。一方、細菌学は1980年に一新され（スカーマン他、「細菌名の承認リスト」）、元の著者と出版日は維持されています。[ 8 ]
植物学における例外: [ 9 ] [ 10 ] [ 11 ]
動物学における例外: [ 13 ]
規約の運用方法にも違いがある。例えば、ICN（藻類、菌類、植物の規約）は同名異義語を禁じているのに対し、ICZN（動物の規約）は同名異義語を認めている。
これらの規約は用語が異なっており、これを「調和」させるための長期プロジェクトが進行中です。例えば、ICNでは「有効な名称の公表」（＝正式名称を公表する行為）に「有効な」という語句を用いますが、ICZNでは「名称の確立」がそれに相当する表現です。一方、 ICZNでは「有効な名称」（＝正しい名称）に「有効な」という語句を用いますが、 ICNでは「正しい名称」がそれに相当する表現です。調和に向けた進展は非常に限定的です。
使用されるタイプの種類に関して違いがある。細菌学規約では生きたタイプ培養が好まれるが、他の種類も認められている。シアノバクテリアの場合、どのタイプのタイプがより有用かについては、継続的に議論が行われている。[ 14 ]
1997年には、IUBS / IUMS国際生物命名法委員会（ICB）が、既存のすべてのコードを調和させることで置き換えることを提案した、長らく議論されてきたバイオコード草案を発表し、より抜本的なアプローチが取られた。[ 15 ] [ 16 ]バイオコード草案の当初の実施予定日は2000年1月1日であったが、既存のコードを置き換えることについての合意には至らなかった。
2011年に、既存の規約を置き換えるのではなく、必要に応じて参照しながら統一的な文脈を提供する改訂版バイオコードが提案された。 [ 17 ] [ 18 ] [ 19 ]既存の規約の変更は、提案された方向で徐々に行われている。[ 20 ] [ 21 ]しかし、バイオコード草案に関する最後の真剣な議論の参加者は、自分たちの生きている間にそれが実施される可能性は低いと結論付けた。[ 22 ]
多くの著者が、系統分類にリンネ式体系を使用する際に問題に直面した。[ 23 ]実際、アルフォンス・ド・カンドルやアメリカ鳥類学会の命名規約の1886年版の著者など、ランクに基づく命名法の初期の提唱者たちは、将来的にランクに基づく命名法を放棄しなければならないことをすでに想定していた。[ 24 ] [ 6 ] 1998年以降に開発された別の規約はPhyloCodeであり、これは現在、従来のリンネ式命名法ではなく、系統命名法に基づいて定義された名前を規制している。この新しいアプローチでは、ランクに基づく命名法における「タイプ」に類似した「指定子」を参照する系統定義を使用する必要がある。このような定義は、特定の系統樹の下で分類群を区切るものであり、この種の命名法では絶対ランクの使用は必要ない。この規約は2020年に発効し、同規約に基づいて制定されたファーストネームのリストを掲載したモノグラフ『Phylonyms』が刊行された。
原生生物の中には、原生動物と藻類、あるいは原生動物と菌類の両方であると考えられているものがあり、それらの名称はICZNとICNのいずれか、または両方で発表されている。[ 25 ] [ 26 ]その結果、原生生物の分類体系全体で二重の用語が使われ、混乱が生じた。[ 27 ] [ 28 ] [ 29 ]
原生動物学者と藻類学者の両方が主張するグループには、ユーグレナ類、渦鞭毛藻類、クリプト藻類、ハプト藻類、グロコ藻類、多くのヘテロコント類（例：クリソ藻類、ラフィド藻類、珪質鞭毛藻類、一部のキサント藻類、プロテロモナス類）、一部のモナドイド緑藻類（ボルボックス類とプラシノ藻類）、襟鞭毛藻類、ビコソエシド類、エブリイド類、クロララクニオ藻類が含まれます。
原生動物学者と菌類学者の両方が主張する粘菌、変形菌類、その他の「菌類様」生物には、菌類、変形菌類、アクラスト類、ラビリンチュロミセス類が含まれる。原生動物学者と菌類学者の両方が主張する菌類には、ツボカビ類、ブラストクラド類、腸内菌類が含まれる。
その他問題のあるグループとしては、シアノバクテリア（ICNP/ICN）、ロゼリダ類、微胞子虫類（ICZN/ICN）などが挙げられる。
動物学規約は亜種より下位または上科より上位の分類群の名称を規定していません。これらの分類群の命名法に何らかの秩序を導入しようとする試みは数多くあり、[ 30 ] [ 31 ] PhyloCode、Duplostensional Nomenclatural System、[ 32 ] [ 33 ]およびcircumscriptional nomenclature [ 34 ] [ 35 ]などが含まれます 。
植物学の命名規則は、主に上科以下の階級に適用されます。上科より上の階級の名称にはいくつかの規則がありますが、優先権の原則は適用されず、タイプ指定の原則は任意です。これらの名称は、自動的にタイプ指定される名称か、記述的な名称のいずれかになります。[ 36 ] [ 37 ]場合によっては、分類群に2つの名称が存在することがあります（例：Chrysophyceae Pascher, 1914, nom. descrip. ; Hibberd, 1976, nom. typificatum）。記述的な名称は、分類群が分割された場合、どの新しいグループが既存の名称を引き継ぐかが明確ではないため、問題があります。一方、タイプ指定された名称では、既存の名称は、その名称のタイプを保持する新しいグループによって引き継がれます。ただし、タイプ指定された名称は、微生物に対して特別な問題を引き起こします。[ 29 ]