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生物地理学や古生物学において、遺存生物とは、過去にはより広範囲に分布していた、あるいはより多様であった生物の個体群または分類群のことである。遺存個体群とは、以前の地質時代には分布域がはるかに広かったが、現在は限られた地域に生息している個体群のことである。同様に、遺存分類群とは、かつて多様であったグループの唯一の現存個体である分類群（例えば種やその他の系統）のことである。[ 1 ]
遺存種（または遺存動物）とは、かつて多様で広範囲に分布していた個体群の名残として存続している分類群のことです。遺存現象は、広範囲に分布していた生息地や分布域が変化し、小さな地域が全体から切り離された場合に発生します。個体群の一部は、利用可能な生息可能な地域に限定され、そこで生き残りますが、より広い個体群は縮小するか、あるいは異なる進化を遂げます。この現象は、個体群の分布域が必ずしも局所的な地域に限定されていたわけではないという点で、固有種とは異なります。つまり、その種やグループは必ずしもその小さな地域で発生したわけではなく、むしろ時間の経過に伴う変化によって孤立したり、孤立化したりしたのです。変化の要因としては、他の生物との競争、大陸移動、氷河期などの気候変動などが考えられます。
化石記録に見られる分類群を代表する遺存生物が、現在も生存している場合、そのような生物は「生きた化石」と呼ばれることがあります。しかし、遺存生物は必ずしも現在生存している必要はありません。進化上の遺存生物とは、ある時代の動植物相の特徴であり、後の時代まで存続した生物のことで、後の時代は、それ以前の時代とは大きく異なる、新たに進化を遂げた動植物相によって特徴づけられます。
注目すべき例としては、タスマニア島のフクロオオカミが挙げられる。この動物は、オーストラリア本土の他のフクロオオカミが3000年前から2000年前に絶滅したのに対し、島では現代まで生き残った遺存有袋類の肉食動物である。[ 3 ]
別の例としては、後期三畳紀まで遡る化石記録を持つ甲虫の属であるOmmaがあり、ジュラ紀と白亜紀には世界中で見られましたが、現在はオーストラリアに生息する単一の種に限られています。 [ 4 ]三畳紀からのもう一つの遺存種は、中生代には一般的な二枚貝の属であるPholadomyaで、現在はカリブ海に生息する単一の希少種に限られています。[ 5 ]
ニュージーランド固有のムカシトカゲは、かつては多様であった爬虫類のムカシトカゲ目の中で唯一現存する種であり、ムカシトカゲ目は2億4千万年前まで遡る化石記録があり、中生代には世界中に分布し、生態学的にも多様であった。[ 6 ]
化石記録の例としては、哺乳類の進化系統樹における絶滅した肉食動物の系統であるニムラヴィ科の標本が、中新世にヨーロッパで発見された場合が挙げられる。その場合、標本は主要な個体群ではなく、ニムラヴィ科系統の最後の生き残りを表していることになる。これらの肉食動物は、前の時代である漸新世には一般的で広く分布していたが、気候が変化して森林がサバンナに置き換わると姿を消した。ヨーロッパでは、漸新世の遺存種として、最後に残った森林に生き残った。つまり、遺存生息地における遺存種である。[ 7 ]
分岐進化によって遺存種が生まれた例として、アラスカ沖の島々に生息するトガリネズミ、具体的にはプリビロフ島トガリネズミとセントローレンス島トガリネズミが挙げられる。これらの種は、島々が本土と繋がっていた時代の遺存種であり、かつてはより広範囲に分布していた種（現在のトガリネズミの一種であるシネレウストガリネズミ）と同種であったが、3つの個体群は種分化によって分岐したと考えられる。[ 8 ]
植物学では、氷河期の遺存植物の例として、ウェールズで絶滅の危機に瀕していることで知られるスノードンリリーが挙げられる。ウェールズの個体群はスノードニアの北向き斜面に限られており、そこの気候条件は氷河期のヨーロッパと似ているようだ。温暖化する気候によってこのユリがイギリスで絶滅するのではないかと懸念する声もある。[ 9 ]同じ植物の他の個体群は北極圏やヨーロッパと北アメリカの山岳地帯にも見られ、そこでは一般的なアルプリリーとして知られている。
地理的に隔離された遺存種の個体群の絶滅は地域的な保全上の懸念事項となる可能性があるが、遺存種の生息域がすでに狭小化して固有種となっている場合、急速な気候変動が進む今世紀には、種レベルでの完全な絶滅が起こる可能性がある。このため、従来からの保全ツールである移送は、すでに（または間もなく）耐性レベルを超える気候変動を経験すると予想される、狭小固有で絶滅の危機に瀕している種の移動支援として、最近再定義されている。[ 10 ]移動支援プロジェクトがすでに進行中の絶滅の危機に瀕している遺存種の2つの例として、オーストラリアの西部湿地リクガメと、米国に生息するフロリダ・トレヤと呼ばれる亜高木針葉樹が挙げられる。[ 11 ]極めて狭い自生地を持つ遺存樹の植樹に世界中の市民が積極的に参加している例として、1994 年に発見されたオーストラリアのWollemia nobilisが挙げられる。 [ 12 ]世界中の植物園で挿し木の保護が始まってから 10 年後、商業栽培業者は余剰の挿し木を受け取り、自社の顧客に販売するために増殖することが許可された。絶滅危惧植物に対するこの異例の管理決定は、「この希少な樹木に対する一般の関心の高さ」と、商業的な入手可能性が「野生個体群を違法な採取から保護する」のに役立つかどうかをテストする実験によるものであった。[ 12 ]
1世紀以上前、アジア原産の遺存樹木が米国やヨーロッパで園芸愛好家に人気になっただけでなく、都市の街路樹としても適していることがわかった。それはイチョウ（Ginkgo biloba）で、大気汚染に対する耐性が非常に高い。[ 13 ]イチョウはイチョウ目（Ginkgoales）の最後の現存種である。祖先のイチョウは中生代に北方に広く分布していた。[ 14 ] [ 15 ]
サイマーワモンアザラシ（Phoca saimensis ）は、フィンランドの内陸にある分断されたサイマー淡水湖群にのみ生息する、最後の氷河期の遺存種である固有種である。 [ 16 ]現在、個体数は400頭未満であり、生存が脅かされている。[ 17 ]
もう一つの例は、かつてネバダ州、アリゾナ州、ユタ州、コロラド州全域に生息していたヒョウガエルの遺存種で、現在ではネバダ州とアリゾナ州にまたがるミード湖国立レクリエーションエリアでのみ見られる。
遺存主義の概念は、孤立した個体群の生態と保全状況を理解する上で有用である。孤立した個体群とは、1 つの小さな地域または複数の小さな地域に限定され、個体群間の移動の機会がない状態を指す。孤立化は、病気、近親交配、生息地の破壊、外来種との競争、地球温暖化など、絶滅につながる可能性のある要因に対して個体群を脆弱にする。東南アジアにのみ生息し、すでに絶滅していないとしても極めて稀な鳥であるシロメジロカワツバメの場合を考えてみよう。その最も近縁で唯一現存する近縁種は、中央アフリカに非常に限られた地域に生息するアフリカカワツバメである。これら 2 種は、Pseudochelidoninae 亜科の既知の唯一のメンバーであり、それらの広範囲に隔離された個体群は、より一般的で広範囲に分布していた祖先の遺存個体群であることを示唆している。1968 年以降に科学的に知られるようになったこの祖先は、すでに姿を消したようだ。[ 18 ]
研究は、北米西部の孤立した山地や谷の生息地に生息する遺存個体群について行われてきた。これらの地域では、盆地と山脈の地形によって、森林に覆われた山々が不毛な砂漠に囲まれているような、いわゆる「スカイアイランド」と呼ばれる孤立した地域が形成されている。このような状況は、タウンゼンドポケットゴファーなどの特定の更新世遺存種の避難所として機能する一方で、生物の分散に対する障壁にもなっている。 [ 8 ]研究によると、このような孤立した生息地では種の多様性が減少する傾向があることが示されている。この観察結果は、生息地の分断化が孤立した個体群の孤立化にもつながる可能性があるため、保全生物学にとって重要な意味を持つ。[ 3 ] [ 19 ]
いわゆる「栽培の遺物」[ 20 ]は、過去にさまざまな目的（薬用、食用、染料など）で栽培されていたが、現在は利用されていない植物種である。これらは帰化しており、考古学的遺跡で見られることがある。