KIXドメイン

KIX（MED15）
KIX（MED15）
識別子
シンボル	KIX_2
Pfam	PF16987
インタープロ	IPR036546
PDB
利用可能なタンパク質構造：
PDB	IPR036546 PF16987 ( ECOD ; PDBsum )
アルファフォールド	IPR036546; PF16987;

利用可能なタンパク質構造：
PDB	IPR003101 PF02172 ( ECOD ; PDBsum )
アルファフォールド	IPR003101; PF02172;

KIX（CBP）
KIX（CBP）
	CBPのKIXドメイン（黄色、緑、シアン）とp65/RELAのC末端転写活性化ドメイン（赤）の複合体
識別子
シンボル	KIX
Pfam	PF02172
Pfam一族	CL0589
インタープロ	IPR003101
キャス	1sb0
SCOP2	1sb0 / SCOPe / SUPFAM
PDB
利用可能なタンパク質構造：
PDB	IPR003101 PF02172 ( ECOD ; PDBsum )
アルファフォールド	IPR003101; PF02172;

生化学において、KIXドメイン（キナーゼ誘導性ドメイン（KID）相互作用ドメイン）またはCREB結合ドメインは、真核生物の転写共活性化因子 CBPおよびP300のタンパク質ドメインである。これは、共活性化因子と特定の転写因子とのヘテロ二量体形成のためのドッキング部位として機能する。構造的には、KIXドメインは3つのαヘリックスと2つの短い310_{ヘリックス}からなる球状ドメインである。

KIXドメインは、1996年にCBPの特異的かつ最小の領域として発見され、リン酸化CREBと結合して相互作用し、転写を活性化します。^{[ 2 ]}そのため、最初はCREB結合ドメインと呼ばれていました。しかし、後に他の多くのタンパク質にも結合することが発見されたため、より一般的なKIXドメインという名称が好まれるようになりました。KIXドメインには、2つの異なる結合部位があります。1つは癌タンパク質c-Mybにちなんで名付けられた「c-Myb部位」、もう1つは原癌遺伝子MLL（混合系統白血病、 KMT2A ）にちなんで名付けられた「MLL部位」です。^{[ 3 ]}

パラログの共活性化因子であるCBP（CREBBP）とP300（EP300）は、DNAに結合した転写因子にリクルートされて転写を活性化します。共活性化因子は、転写因子とのタンパク質間接触を介してのみ、DNAのプロモーターやエンハンサーと間接的に結合することができます。CBPとP300は、2つの方法で相乗的に転写を活性化します。1つ目は、固有のヒストンアセチルトランスフェラーゼ活性によってクロマチンを再構築および緩和すること、2つ目は、 RNAポリメラーゼIIなどの基本転写機構をリクルートすることです。^[⁴^]

KIXドメインは、提案されているGACKIXドメインスーパーファミリーに属します。GACKIXは、関連タンパク質における構造的および機能的に高度に相同なドメインから構成されます。これは、タンパク質GAL11 / ARC105（MED15）、植物タンパク質CBP様、およびCBPとP300のKIXドメインにちなんで名付けられました。^{[ 5 ]}その他の例としては、RECQL5および関連する植物タンパク質があります。^{[ 6 ]}^{[ 7 ]}これらはすべて、多くの異なる転写因子の転写活性化ドメインと相互作用するKIXドメインまたはKIX関連ドメインを含んでいます。KIXドメイン、KIX関連ドメイン、およびGACKIXドメインの区別は、現在も議論が続いており、明確に定義されていません。

完全なCBP/P300タンパク質

CBPの構造ドメインの概要

KIXドメイン以外にも、CBPとP300には混同してはならない多くのタンパク質結合ドメインが含まれています（数字はアミノ酸番号です）。

CH1/TAZ1ドメイン、CBP[347–433]、P300[323-423] ^{[ 8 ]}
KIXドメイン、CBP[587–666]、P300[566–645] ^{[ 8 ]}
ブロモドメイン、CBP[1103–1175]、P300[1067–1139] ^{[ 8 ]}
CH2ドメイン（IPR010303）、CBP[1191–1317]、P300[1155-1280]。^{[ 9 ]}
HATドメイン、CBP[1323–1700]、P300[1287–1663] ^{[ 8 ]}
CH3/ZZドメイン、CBP[1701-1744]、P300[1664-1707] ^{[ 8 ]}
CH3/TAZ2ドメイン、CBP[1765–1846]、P300[1728-1809] ^{[ 8 ]}
IRF-3結合（i-BiD）^{[ 10 ]} 、核内受容体コアクチベーター結合（NCBD）^{[ 11 ]} 、またはSRC1相互作用ドメイン（SID; IPR014744）^{[ 12 ]} 、 CBP[2020-2113]、P300[1992-2098]。

3つのCH（システイン/ヒスチジンリッチ）ドメインはすべてジンクフィンガーである。^{[ 9 ]}

相互作用

ヒトおよび動物由来のタンパク質：

ARNTL (BMAL1) ^{[ 13 ]}^{[ 14 ]}
ATF1 ^{[ 15 ]}
ATF4 (CREB2) ^{[ 15 ]}
BRCA1 ^{[ 4 ]}^{[ 15 ]}
CREB ^{[ 10 ]}
Cubitus Interrutus (キイロショウジョウバエの場合) ^{[ 4 ]}^{[ 15 ]}
ELK4 (SAP1) ^{[ 15 ]}
FOXO3 (FOXO3a) ^{[ 16 ]}
GLI3 ^{[ 15 ]}^{[ 17 ]}
JUN (c-Jun) ^{[ 4 ]}^{[ 15 ]}
KMT2A (MLL) ^{[ 18 ]}^{[ 4 ]}
MYB (c-Myb) ^{[ 4 ]}^{[ 15 ]}
NFE2 (NF-E2 p45) ^{[ 15 ]}
RELA（NF-κB p65）^{[ 1 ]}^{[ 19 ]}
SREBP ^{[ 4 ]}^{[ 15 ]}
STAT1 ^{[ 4 ]}
TCF3 (E2A) ^{[ 20 ]}
TP53 (p53) ^{[ 4 ]}
YY1 ^{[ 15 ]}

酵母タンパク質：

ウイルス性タンパク質：

調節タンパク質E2 （ヒトパピローマウイルス由来）^{[ 4 ]}^{[ 15 ]}
タット（ HIV -1由来）^{[ 4 ]}
税金(デルタレトロウイルス由来) ^{[ 4 ]}^{[ 15 ]}

参考文献

1 2 Lecoq L、Raiola L、Chabot PR、Cyr N、Arseneault G、Legault P、Omichinski JG (2017 年 5 月)。「 NF -κB の p65 サブユニットの転写活性化ドメイン 1 と転写調節因子との相互作用の構造的特徴付け」。Nucleic Acids Research。45 ( 9): 5564–5576。doi : 10.1093 /nar/ gkx146。PMC 5435986。PMID 28334776。
↑ Parker D、Ferreri K、Nakajima T、LaMorte VJ、Evans R、Koerber SC、et al. (1996 年 2 月)。「 CREBのSer-133 におけるリン酸化は、直接的なメカニズムを介して CREB 結合タンパク質との複合体形成を誘導する」。Molecular and Cellular Biology。16 ( 2): 694–703。doi : 10.1128 / MCB.16.2.694。PMC 231049。PMID 8552098。
↑ Goto NK, Zor T, Martinez-Yamout M, Dyson HJ, Wright PE (2002年11月). "転写因子がコアクチベーターCREB結合タンパク質（CBP）に結合する際の協調性。混合系統白血病タンパク質（MLL）活性化ドメインはKIXドメイン上のアロステリック部位に結合する" . The Journal of Biological Chemistry . 277 (45): 43168–74 . CiteSeerX 10.1.1.615.9401 . doi : 10.1074/jbc.M207660200 . PMID 12205094 .
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 Thakur JK、Yadav A、Yadav G (2014 年 2 月)。「KIX ドメインによる分子認識と遺伝子制御におけるその役割」。Nucleic Acids Research。42 ( 4 ) : 2112–25。doi : 10.1093 / nar / gkt1147。PMC 3936767。PMID 24253305。
↑ Novatchkova M、Eisenhaber F (2004 年 1月)。「GACKIX ドメインスーパーファミリーを介した転写メディエーターの連結」。Current Biology。14 ( 2 ) : R54-5。Bibcode : 2004CBio...14..R54N。doi : 10.1016 / j.cub.2003.12.042。PMID 14738747。
↑ Popuri V、Ramamoorthy M 、Tadokoro T、Singh DK、Karmakar P、Croteau DL、Bohr VA (2012年7月)。「 DNA二本鎖切断部位におけるRECQL5のリクルートメントと保持の動態」。DNA Repair。11 ( 7): 624–35。doi : 10.1016 /j.dnarep.2012.05.001。PMC 3374033。PMID 22633600。
↑ Yadav A、Thakur JK、Yadav G (2017年11月)。「KIXBASE：KIXドメインの識別と探索のための包括的なWebリソース」。Scientific Reports。7 ( 1 ) 14924。Bibcode ：2017NatSR ... 714924Y。doi ：10.1038 / s41598-017-14617-0。PMC 5668377。PMID 29097748。
1 2 3 4 5 6 CBP ( Q92793 ) および P300 ( Q09472 )のUniProtおよびInterProエントリ
1 2 Park S 、 Martinez-Yamout MA、Dyson HJ、Wright PE (2013 年 8 月)。「CBP / p300のCH2 ドメインは新規の亜鉛フィンガーである」。FEBS Letters。587 ( 16 ): 2506–11。Bibcode : 2013FEBSL.587.2506P。doi : 10.1016 / j.febslet.2013.06.051。PMC 3765250。PMID 23831576。
1 2 Lin CH、Hare BJ、Wagner G、Harrison SC、Maniatis T、Fraenkel E (2001 年 9 月)。「CBP/p300 の小さなドメインは多様なタンパク質に結合する: 溶液構造と機能の研究」。Molecular Cell。8 ( 3): 581–90。doi : 10.1016 / S1097-2765(01 ) 00333-1。PMID 11583620。
↑ Demarest SJ、Deechongkit S、Dyson HJ、Evans RM、Wright PE (2004 年 1 月)。「p160 コアクチベーターと CREB 結合タンパク質の結合界面におけるパッキング、特異性、および変異性」。Protein Science。13 ( 1 ) : 203–10。doi : 10.1110 / ps.03366504。PMC 2286511。PMID 14691235 。
↑ Sheppard HM、Harries JC、Hussain S、Bevan C、Heery DM (2001 年 1 月)。「ステロイド受容体コアクチベーター 1 (SRC1)-CREB 結合タンパク質相互作用界面の解析と SRC1 の機能におけるその重要性」。Molecular and Cellular Biology。21 ( 1 ) : 39–50。doi : 10.1128 / MCB.21.1.39-50.2001。PMC 86566。PMID 11113179。
↑ Takahata S, Ozaki T, Mimura J, Kikuchi Y, Sogawa K, Fujii-Kuriyama Y (2000年9月). "マウス時計転写因子mClockおよびmArnt3の転写活性化機構". Genes to Cells . 5 (9): 739–47 . doi : 10.1046/j.1365-2443.2000.00363.x . PMID 10971655 . S2CID 41625860 .
↑ Xu H、Gustafson CL、Sammons PJ、Khan SK、Parsley NC、Ramanathan C、et al. (2015 年 6 月)。「クリプトクロム1はBMAL1 C 末端との動的な相互作用を介して概日時計を調節する」。Nature Structural & Molecular Biology。22 ( 6 ): 476–484。doi : 10.1038/ nsmb.3018。PMC 4456216。PMID 25961797。
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 Vo N、Goodman RH (2001 年 4 月)。「転写調節におけるCREB 結合タンパク質と p300」。The Journal of Biological Chemistry。276 ( 17): 13505–8。doi : 10.1074 / jbc.R000025200。PMID 11279224。
↑ Wang F, Marshall CB, Li GY, Yamamoto K, Mak TW, Ikura M (2009年12月). "FOXO3aによるプロモーター認識とCBP/p300コアクチベーターのリクルートメントの相乗的相互作用". ACS Chemical Biology . 4 (12): 1017–27 . doi : 10.1021/cb900190u . PMID 19821614 .
↑大 P、秋丸 H、田中 Y、前川 T、中福 M、石井 S (1999 年 3 月)。「ソニックヘッジホッグによって誘導される Gli1 プロモーターの活性化は、GLI3 によって媒介されます。」生物化学ジャーナル。274 (12): 8143–52 .土井: 10.1074/jbc.274.12.8143。PMID 10075717。
↑ Ernst P、Wang J、Huang M、Goodman RH、Korsmeyer SJ (2001 年 4 月)。「MLL と CREBは核内共活性化因子CREB 結合タンパク質に協調的に結合する」。Molecular and Cellular Biology。21 ( 7): 2249–58。doi : 10.1128 / MCB.21.7.2249-2258.2001。PMC 86859。PMID 11259575。
↑ Gerritsen ME、Williams AJ、Neish AS、Moore S、Shi Y、Collins T (1997年4月)。「CREB結合タンパク質/p300はp65の転写共活性化因子である」。米国科学アカデミー紀要。94 ( 7 ) : 2927–32。Bibcode : 1997PNAS... 94.2927G。doi : 10.1073 / pnas.94.7.2927。PMC 20299。PMID 9096323。
↑ Bradney C、Hjelmeland M 、Komatsu Y、Yoshida M、Yao TP、Zhuang Y (2003 年 1 月)。「 B リンパ球の発達におけるヒストンアセチルトランスフェラーゼによる E2A 活性の調節」。The Journal of Biological Chemistry。278 (4): 2370–6。doi : 10.1074 / jbc.M211464200。PMID 12435739。

外部リンク

KIXBASEは、KIXスーパーファミリードメインとPDB構造のデータベース（HMMトレーニングデータセット）です。

[Lecoq2017-1] 1 2 Lecoq L、Raiola L、Chabot PR、Cyr N、Arseneault G、Legault P、Omichinski JG (2017 年 5 月)。「 NF -κB の p65 サブユニットの転写活性化ドメイン 1 と転写調節因子との相互作用の構造的特徴付け」。Nucleic Acids Research。45 ( 9): 5564–5576。doi : 10.1093 /nar/ gkx146。PMC 5435986。PMID 28334776。

[Parker1996-2] Parker D、Ferreri K、Nakajima T、LaMorte VJ、Evans R、Koerber SC、et al. (1996 年 2 月)。「 CREBのSer-133 におけるリン酸化は、直接的なメカニズムを介して CREB 結合タンパク質との複合体形成を誘導する」。Molecular and Cellular Biology。16 ( 2): 694–703。doi : 10.1128 / MCB.16.2.694。PMC 231049。PMID 8552098。

[Goto2002-3] Goto NK, Zor T, Martinez-Yamout M, Dyson HJ, Wright PE (2002年11月). "転写因子がコアクチベーターCREB結合タンパク質（CBP）に結合する際の協調性。混合系統白血病タンパク質（MLL）活性化ドメインはKIXドメイン上のアロステリック部位に結合する" . The Journal of Biological Chemistry . 277 (45): 43168–74 . CiteSeerX 10.1.1.615.9401 . doi : 10.1074/jbc.M207660200 . PMID 12205094 .

[Thakur2013-4] 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 Thakur JK、Yadav A、Yadav G (2014 年 2 月)。「KIX ドメインによる分子認識と遺伝子制御におけるその役割」。Nucleic Acids Research。42 ( 4 ) : 2112–25。doi : 10.1093 / nar / gkt1147。PMC 3936767。PMID 24253305。

[Novatchkova2004-5] Novatchkova M、Eisenhaber F (2004 年 1月)。「GACKIX ドメインスーパーファミリーを介した転写メディエーターの連結」。Current Biology。14 ( 2 ) : R54-5。Bibcode : 2004CBio...14..R54N。doi : 10.1016 / j.cub.2003.12.042。PMID 14738747。

[6] Popuri V、Ramamoorthy M 、Tadokoro T、Singh DK、Karmakar P、Croteau DL、Bohr VA (2012年7月)。「 DNA二本鎖切断部位におけるRECQL5のリクルートメントと保持の動態」。DNA Repair。11 ( 7): 624–35。doi : 10.1016 /j.dnarep.2012.05.001。PMC 3374033。PMID 22633600。

[7] Yadav A、Thakur JK、Yadav G (2017年11月)。「KIXBASE：KIXドメインの識別と探索のための包括的なWebリソース」。Scientific Reports。7 ( 1 ) 14924。Bibcode ：2017NatSR ... 714924Y。doi ：10.1038 / s41598-017-14617-0。PMC 5668377。PMID 29097748。

[Both_UniProt-8] 1 2 3 4 5 6 CBP ( Q92793 ) および P300 ( Q09472 )のUniProtおよびInterProエントリ

[Park2013-9] 1 2 Park S 、 Martinez-Yamout MA、Dyson HJ、Wright PE (2013 年 8 月)。「CBP / p300のCH2 ドメインは新規の亜鉛フィンガーである」。FEBS Letters。587 ( 16 ): 2506–11。Bibcode : 2013FEBSL.587.2506P。doi : 10.1016 / j.febslet.2013.06.051。PMC 3765250。PMID 23831576。

[Lin2001-10] 1 2 Lin CH、Hare BJ、Wagner G、Harrison SC、Maniatis T、Fraenkel E (2001 年 9 月)。「CBP/p300 の小さなドメインは多様なタンパク質に結合する: 溶液構造と機能の研究」。Molecular Cell。8 ( 3): 581–90。doi : 10.1016 / S1097-2765(01 ) 00333-1。PMID 11583620。

[Demarest2004-11] Demarest SJ、Deechongkit S、Dyson HJ、Evans RM、Wright PE (2004 年 1 月)。「p160 コアクチベーターと CREB 結合タンパク質の結合界面におけるパッキング、特異性、および変異性」。Protein Science。13 ( 1 ) : 203–10。doi : 10.1110 / ps.03366504。PMC 2286511。PMID 14691235 。

[Sheppard2001-12] Sheppard HM、Harries JC、Hussain S、Bevan C、Heery DM (2001 年 1 月)。「ステロイド受容体コアクチベーター 1 (SRC1)-CREB 結合タンパク質相互作用界面の解析と SRC1 の機能におけるその重要性」。Molecular and Cellular Biology。21 ( 1 ) : 39–50。doi : 10.1128 / MCB.21.1.39-50.2001。PMC 86566。PMID 11113179。

[Takahata2000-13] Takahata S, Ozaki T, Mimura J, Kikuchi Y, Sogawa K, Fujii-Kuriyama Y (2000年9月). "マウス時計転写因子mClockおよびmArnt3の転写活性化機構". Genes to Cells . 5 (9): 739–47 . doi : 10.1046/j.1365-2443.2000.00363.x . PMID 10971655 . S2CID 41625860 .

[Xu2015-14] Xu H、Gustafson CL、Sammons PJ、Khan SK、Parsley NC、Ramanathan C、et al. (2015 年 6 月)。「クリプトクロム1はBMAL1 C 末端との動的な相互作用を介して概日時計を調節する」。Nature Structural & Molecular Biology。22 ( 6 ): 476–484。doi : 10.1038/ nsmb.3018。PMC 4456216。PMID 25961797。

[Vo2001-15] 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 Vo N、Goodman RH (2001 年 4 月)。「転写調節におけるCREB 結合タンパク質と p300」。The Journal of Biological Chemistry。276 ( 17): 13505–8。doi : 10.1074 / jbc.R000025200。PMID 11279224。

[Wang2009-16] Wang F, Marshall CB, Li GY, Yamamoto K, Mak TW, Ikura M (2009年12月). "FOXO3aによるプロモーター認識とCBP/p300コアクチベーターのリクルートメントの相乗的相互作用". ACS Chemical Biology . 4 (12): 1017–27 . doi : 10.1021/cb900190u . PMID 19821614 .

[Dai1999-17] 大 P、秋丸 H、田中 Y、前川 T、中福 M、石井 S (1999 年 3 月)。「ソニックヘッジホッグによって誘導される Gli1 プロモーターの活性化は、GLI3 によって媒介されます。」生物化学ジャーナル。274 (12): 8143–52 .土井: 10.1074/jbc.274.12.8143。PMID 10075717。

[pmid11259575-18] Ernst P、Wang J、Huang M、Goodman RH、Korsmeyer SJ (2001 年 4 月)。「MLL と CREBは核内共活性化因子CREB 結合タンパク質に協調的に結合する」。Molecular and Cellular Biology。21 ( 7): 2249–58。doi : 10.1128 / MCB.21.7.2249-2258.2001。PMC 86859。PMID 11259575。

[Gerritsen1997-19] Gerritsen ME、Williams AJ、Neish AS、Moore S、Shi Y、Collins T (1997年4月)。「CREB結合タンパク質/p300はp65の転写共活性化因子である」。米国科学アカデミー紀要。94 ( 7 ) : 2927–32。Bibcode : 1997PNAS... 94.2927G。doi : 10.1073 / pnas.94.7.2927。PMC 20299。PMID 9096323。

[pmid12435739-20] Bradney C、Hjelmeland M 、Komatsu Y、Yoshida M、Yao TP、Zhuang Y (2003 年 1 月)。「 B リンパ球の発達におけるヒストンアセチルトランスフェラーゼによる E2A 活性の調節」。The Journal of Biological Chemistry。278 (4): 2370–6。doi : 10.1074 / jbc.M211464200。PMID 12435739。

[ 1 ]

[ 2 ]

[ 3 ]

[

[ 5 ]

[ 6 ]

[ 7 ]

[ 8 ]

[ 9 ]

[ 10 ]

[ 11 ]

[ 12 ]

[ 13 ]

[ 14 ]

[ 15 ]

[ 16 ]

[ 17 ]

[ 18 ]

[ 19 ]

[ 20 ]