トランス活性化ドメイン

トランス活性化ドメインまたはトランス活性化ドメイン（TAD）は、転写因子の足場ドメインであり、転写コレギュレーターなどの他のタンパク質の結合部位が含まれています。これらの結合部位は、活性化機能（AF）と呼ばれることがよくあります。 ^[1] TADは、アミノ酸組成にちなんで名付けられています。これらのアミノ酸は、活性に必須であるか、単にTADで最も豊富であるかのいずれかです。Gal4転写因子によるトランス活性化は酸性アミノ酸によって媒介されますが、Gcn4の疎水性残基も同様の役割を果たします。したがって、Gal4とGcn4のTADは、それぞれ酸性または疎水性と呼ばれます。^{[2] [3] [4] [5] [6] [7] [8] [9]}

一般的にTADは4つのクラスに分けられます。^[10]

• 酸性ドメイン（「酸性ブロブ」または「ネガティブヌードル」とも呼ばれ、DおよびEアミノ酸が豊富で、Gal4、Gcn4、VP16に存在します）。^[11]
• グルタミンに富むドメイン（「QQQXXXQQQ」のような複数の繰り返しを含み、SP1に存在する）^[12]
• プロリンリッチドメイン（c-jun、AP2、Oct-2に存在する「PPPXXXPPP」のような繰り返しを含む）^[13]
• イソロイシンに富むドメイン（繰り返し「IIXXII」、NTF-1に存在する）^[14]

あるいは、類似したアミノ酸組成が必ずしも類似した活性化経路を意味するわけではないため、TADは刺激するプロセス（開始または伸長）によってグループ化することができます。^[15]

9アミノ酸トランス活性化ドメイン（9aaTAD）は、酵母ではGal4、Oaf1、Leu3、Rtg3、 Pho4、Gln3、Gcn4 、哺乳類ではp53、NFAT、NF-κB、VP16に代表される真核生物転写因子の大規模なスーパーファミリーに共通するドメインを定義します。この定義は「酸性」ファミリーの定義とほぼ重複しています。9aaTAD予測ツールが利用可能です。^[16] 9aaTADは、N末端のすぐ近くに3アミノ酸の疎水性（通常はLeuに富む）領域を持つ傾向があります。^[17]

9aaTAD転写因子p53、VP16、MLL、E2A、HSF1、NF-IL6、NFAT1、NF-κBは、一般的なコアクチベーターTAF9およびCBP/p300と直接相互作用する。^{[16] [18] [ 19 ] [20] [21] [22] [23] [24] [25] [ 26] [27] [28] [29]} p53 9aaTADは、TAF9、GCN5、およびCBP/p300の複数のドメイン（KIX、TAZ1、TAZ2、IBiD）と相互作用する。^{[30] [31] [32] [33] [34]}

一般的なコアクチベーターMed15(Gal11)のKIXドメインは、9aaTAD転写因子Gal4、Pdr1、Oaf1、Gcn4、VP16、Pho4、Msn2、Ino2、およびP201と相互作用する。9aaTADの位置1、3-4、および7は、KIXと相互作用する主要な残基である。^{[35] [36] [37] [38 ] [39] [40] [41] [42] [43] [44] [45] [46] [47] [48] [49] [50]} Gal4、Pdr1、およびGcn4とTaf9の相互作用が観察されている。^{[8] [51] [52] 9aaTADは、複数の一般的なコアクチベーター}TAF9、MED15、CBP/p300、GCN5をリクルートする共通のトランス活性化ドメインである。^[16]

グルタミン（Q）に富むTADは、POU2F1（Oct1）、POU2F2（Oct2）、およびSp1（Sp/KLFファミリーも参照）に見られます。^[12]すべてのQに富むTADに当てはまるわけではありませんが、Sp1はTFIIDアセンブリの一部であるTAF4 （TAFII 130）と相互作用することが示されている。^{[15] [53]}

• DNA結合タンパク質
• 転写因子

• 9aaTAD予測ツール