グループIIIイントロン

グループ III イントロンは、ユーグレナ科原生生物の葉緑体の mRNA 遺伝子に見られるイントロンの一種です。グループ III イントロンは、膨らんだアデノシン、流線型の dI、dII-dV がなく、スプライス部位のコンセンサスが緩やかな、従来のグループ II 型dVI を持っています。 ^[1]^{: 図 2}スプライシングは、dVI 膨らんだアデノシンを開始核剤として2 回のエステル交換反応で行われ、イントロンは投げ縄のように切り出されます。^[2]葉緑体から単離した形質転換システムが構築されていますが、その仕組みについてはあまりわかっていません。^[1]^[3]

発見と識別

1984年、モンタンドンとスタッツは、ミドリムシの葉緑体における新しいタイプのイントロンの例を報告した。^[4] 1989年、デイビッド・A・クリストファーとリチャード・B・ハリックはさらにいくつかの例を発見し、以下の特徴を持つこの新しいクラスを識別するために「グループIIIイントロン」という名前を提案した。^[5]

グループ III イントロンは、クリストファーとハリックが知っている、葉緑体で特定されたグループ III イントロンの他の自己スプライシングイントロンクラスよりもはるかに短く、95 から 110 ヌクレオチドの範囲です。一方、クリストファーとハリックは次のように述べています。「対照的に、最も小さいミドリムシの葉緑体グループII イントロンは 277 ヌクレオチドです。」^[5]
スプライシング部位に近い保存された配列はグループ II イントロンの配列と類似していますが、保存された位置は少なくなっています。
それらは、グループ II イントロンの保存された二次構造にマッピングされません。(実際、クリストファーとハリックは、グループ III イントロンの中に保存された二次構造要素を特定できませんでした。)
これらは通常、翻訳と転写に関与する遺伝子と関連しています。
彼らはA+Tが非常に豊富です。

1994年に、長さが1桁長いグループIIIイントロンが発見され、長さだけではグループIIIイントロンのスプライシングの決定要因ではないことが示されました。^[2]

グループIIIイントロンのスプライシングは、ラリアットと環状RNAの形成によって起こります。^[2]グループIIIと核イントロンの類似点には、保存された5'境界配列、ラリアット形成、内部構造の欠如、代替スプライス境界を使用する能力などがあります。^[1]

参照

ツイントロン

参考文献

^ abc Copertino DW、 Hallick RB（1993年12月）。「ツイントロンのグループIIおよびグループIIIイントロン：核プレmRNAイントロンとの潜在的な関係」。Trends Biochem. Sci . 18（12）：467–71。doi ：10.1016/0968-0004（93）90008-b。PMID 8108859 。
^ abc Donald W. Copertino DW; Hall ET; Van Hook FW; Jenkins KP; Hallick RB (1994). 「成熟酵素様遺伝子をコードするグループ III ツイントロンはラリアット中間体を介して切除する」。Nucleic Acids Res . 22 (6): 1029–36. doi :10.1093/nar/22.6.1029. PMC 307926 . PMID 7512259.
^ Doetsch, NA; Favreau, MR; Kuscuoglu , N; Thompson, MD; Hallick, RB (2001 年 2 月)。「Euglena gracilis の葉緑体変換: トランスジェニック psbK オペロンから転写されたグループ III ツイントロンのスプライシング」。Current Genetics。39 ( 1 ) : 49–60。doi : 10.1007 /s002940000174。PMID 11318107。S2CID 6413004。
^ Montandon PE、Stutz E (1983 年 9 月)。「Euglena gracilis 葉緑体ゲノム領域の伸長因子 Tu をコードするヌクレオチド配列、スプライスされた mRNA の証拠」。Nucleic Acids Res . 11 (17): 5877–92. doi :10.1093/nar/11.17.5877. PMC 326324 . PMID 6310519。
^ ab Christopher DA、Hallick RB (1989 年 10 月)。「Euglena gracilis 葉緑体リボソームタンパク質オペロン: リボソームタンパク質 L5 の新しい葉緑体遺伝子とグループ III と指定された新しい細胞小器官イントロンカテゴリの説明」。Nucleic Acids Res . 17 (19): 7591–608. doi :10.1093/nar/17.19.7591. PMC 334869 . PMID 2477800。

外部リンク

GO:0000374 -グループ III イントロンスプライシングの遺伝子オントロジーエントリ

[pmid8108859-1] Copertino DW、 Hallick RB（1993年12月）。「ツイントロンのグループIIおよびグループIIIイントロン：核プレmRNAイントロンとの潜在的な関係」。Trends Biochem. Sci . 18（12）：467–71。doi ：10.1016/0968-0004（93）90008-b。PMID 8108859 。

[pmid7512259-2] Donald W. Copertino DW; Hall ET; Van Hook FW; Jenkins KP; Hallick RB (1994). 「成熟酵素様遺伝子をコードするグループ III ツイントロンはラリアット中間体を介して切除する」。Nucleic Acids Res . 22 (6): 1029–36. doi :10.1093/nar/22.6.1029. PMC 307926 . PMID 7512259.

[3] ^ Doetsch, NA; Favreau, MR; Kuscuoglu , N; Thompson, MD; Hallick, RB (2001 年 2 月)。「Euglena gracilis の葉緑体変換: トランスジェニック psbK オペロンから転写されたグループ III ツイントロンのスプライシング」。Current Genetics。39 ( 1 ) : 49–60。doi : 10.1007 /s002940000174。PMID 11318107。S2CID 6413004。

[pmid6310519-4] Montandon PE、Stutz E (1983 年 9 月)。「Euglena gracilis 葉緑体ゲノム領域の伸長因子 Tu をコードするヌクレオチド配列、スプライスされた mRNA の証拠」。Nucleic Acids Res . 11 (17): 5877–92. doi :10.1093/nar/11.17.5877. PMC 326324 . PMID 6310519。

[pmid2477800-5] Christopher DA、Hallick RB (1989 年 10 月)。「Euglena gracilis 葉緑体リボソームタンパク質オペロン: リボソームタンパク質 L5 の新しい葉緑体遺伝子とグループ III と指定された新しい細胞小器官イントロンカテゴリの説明」。Nucleic Acids Res . 17 (19): 7591–608. doi :10.1093/nar/17.19.7591. PMC 334869 . PMID 2477800。