1846年6月14日から16日にかけて、6月1日に死去したグレゴリウス16世の後継者となる新教皇を選出するためのコンクラーベが開催された。枢機卿団62名のうち、12名を除く全員が出席した。[ a ] 4回目の投票で、イモラ大司教のジョヴァンニ・マスタイ=フェレッティ枢機卿が選出された。彼は選出を受け入れた後、ピウス9世という名を名乗った。このコンクラーベは、ローマ周辺とイタリア中部の広大な領地であり、カトリック教会が1870年まで統治していた教皇領の統治者を選出する最後のコンクラーベとなった。


1846年のコンクラーベの中心となったのは、教皇領の統治の問題であった。枢機卿団は2つの派閥に分裂した。[ 1 ]保守派は教皇領の統治において教皇の絶対主義が継続されること、すなわちグレゴリウス16世と右派の国務長官ルイージ・ランブルスキーニの強硬な政策が継続されることを望んでいたのに対し、自由派はある程度の穏健な改革を望み、トマソ・パスクアーレ・ジッツィとジョヴァンニ・マスタイ=フェレッティの2人の候補者を支持した。[ 1 ] [ 2 ] 4人目の教皇候補は枢機卿団長のルドヴィコ・ミカラ枢機卿で、ローマ市民からは支持されていたが、枢機卿の間では支持を得られなかった。[ 3 ]ランブルスキーニ自身は保守派のリーダーであり、レオ12世教皇とグレゴリウス16世教皇の治世初期に国務長官を務めたトマソ・ベルネッティは自由主義派のリーダーであった。 [ 3 ]
ランブルスキーニは初期の投票で大多数の票を獲得したが、必要な3分の2の多数派には達しなかった。マスタイ=フェレッティ枢機卿は15票を獲得し、残りはランブルスキーニとギッツィに渡ったと伝えられている。ギッツィ枢機卿はフランス政府に支持されていたが、枢機卿たちからの追加支持を得られず、コンクラーベは最終的にランブルスキーニ枢機卿とマスタイ=フェレッティ枢機卿の間の争いとなった。[ 3 ]その一方で、ベルネッティ枢機卿は、オーストリアのミラノ大司教カール・カエタン・フォン・ガイスルックがマスタイ=フェレッティの選出に拒否権を行使するためにコンクラーベに向かっているという情報を入手し、マスタイ=フェレッティが選出されるためには、数時間以内に枢機卿たちを説得するか、ランブルスキーニの選出を受け入れるしかないと悟ったと伝えられている。[ 3 ]ベルネッティはその後、自らのイニシアチブで、選挙人の大多数を説得してマスタイ=フェレッティへの支持に切り替えさせた。[ 3 ]しかし、マスタイ=フェレッティ枢機卿自身は、教皇の座を巡る運動には一切参加せず、約束もせず、プロセス全体を通して距離を置いた。[ 3 ]教皇の座を巡る運動はしなかったものの、マスタイ=フェレッティ枢機卿は「魅力的な候補者であり、情熱的で感情豊かで、友情に恵まれ、反聖職者派やカルボナリ派に対しても寛大な実績がある。彼は愛国者であり、グレゴリウス16世を批判することで知られていた」と認識されていた。[ 2 ]行き詰まりに直面し、ベルネッティに説得されてランブルスキーニが教皇に選出されるのを阻止した自由主義者と穏健派は、ヨーロッパ全体の一般的な気分に反して、マスタイ=フェレッティに投票することを決めた。

コンクラーベの2日目、1846年6月16日の夕方の投票、つまり4回目の投票で、自由主義派の候補者であるイモラ大司教(個人称号)のマスタイ=フェレッティがその要件を満たし、必要な3分の2の多数を4票上回る票を得て選出された。[ 1 ]教皇史家のヴァレリー・ピリーによると、マスタイ=フェレッティは選出された同じ投票で正式に投票を集計する立会人の1人であり、自分が選出されることが明らかになると感情的になったという。[ 3 ]マスタイ=フェレッティはある時点で立会人の役割を免除してほしいと懇願したが、投票が無効になるため許可されなかった。[ 3 ]その結果、マスタイ=フェレッティはコンクラーベ内で枢機卿選挙人に対して自分の選出を正式に宣言するという稀な経験をした。[ 3 ]彼はピウス 9 世(ピオ ノーノとしても知られる)という名を名乗った。
夜だったため、正式な発表はなく、白い煙が合図として出されただけだった。多くのカトリック教徒は、ギッツィが聖ペテロの後継者に選ばれたと思い込んでいた。実際、彼の故郷では祝賀行事が始まり、長年の伝統に従って、彼の側近たちは枢機卿の祭服を燃やした。翌朝、上級枢機卿助祭のトマソ・リアリオ・スフォルツァが、大勢の敬虔なカトリック教徒の前でマスタイ=フェレッティの選出を発表した。新教皇がバルコニーに姿を現すと、歓喜の雰囲気に包まれた。選出後、ピウス9世はギッツィ枢機卿を国務長官に任命した。ピウス9世は1846年6月21日に戴冠した。
1903年のコンクラーベを含む他のコンクラーベと同様に、様々なカトリック君主が選出される可能性のある枢機卿に拒否権を主張し、枢機卿たちに別の人物を選ばせることを強要した。オーストリア皇帝フェルディナントは、ミラノ大司教(当時は帝国領)のカール・カエタン・ガイスリュック枢機卿に、自由主義派のマスタイ=フェレッティに拒否権を行使するよう命じた。しかし、ガイスリュックはコンクラーベに遅れて到着した。 [ 1 ]彼が到着した時には、マスタイ=フェレッティは選出され、教皇職を受け入れ、公に宣言されていた。[ b ]
ピウス9世は1846年6月21日に教皇冠を戴冠した。彼は聖ペテロ以来最長の在位期間を誇る教皇となり、約32年間教皇の座に就いた。当初は自由主義者であったが、短期間の廃位とローマ共和国の宣言の後、フランス第二共和政の軍隊によって権力に復帰し、保守的な反動主義者となった。
1870年、教皇領の残りの領土はイタリア国王ヴィットーリオ・エマヌエーレ2世によって併合された。ローマはイタリア王国の首都となり、かつての教皇宮殿であるクイリナーレ宮殿は国王宮殿となった。ピウス9世は抗議のためにバチカンに引きこもり、「バチカンの囚人」を自称してそこで暮らした。彼は1878年に死去した。