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小児外科は、先天性疾患の外科的治療に新たな技術と手法が求められた1879年半ばに誕生し、小児病院で行われることが一般的になった。この革新の拠点の一つがフィラデルフィア小児病院であった。1940年代、C・エベレット・クープの外科的指導の下、乳児への気管内麻酔に関する新たな技術が開発され、それまで治療不可能であった先天性疾患の外科的修復が可能になった。1970年代後半には、いくつかの主要な先天性奇形症候群による乳児死亡率はほぼゼロにまで減少した。
他の外科分野にも、レジデンシー期間中およびフェローシップ期間中にさらなる研修を必要とする小児科専門分野があります。小児心臓胸部外科（小児の心臓および／または肺の手術、心臓および／または肺移植を含む）、小児腎臓外科（小児の腎臓および尿管の手術、腎臓移植を含む）、小児脳神経外科（小児の脳、中枢神経系、脊髄、末梢神経の手術）、小児泌尿器外科（小児の膀胱および射精に必要な腎臓より下のその他の構造の手術）、小児救急外科、胎児または胚に関わる手術（産科／婦人科手術、新生児学、母体胎児医学と重複）、青年または若年成人に関わる手術、小児肝臓（肝臓）および消化器（胃および腸）外科（小児における肝臓および腸の移植を含む）、小児整形外科手術（小児における筋肉および骨の手術）、小児形成外科および再建外科（火傷、または主要臓器に関係しない口蓋裂などの先天性欠損症など）、および小児腫瘍外科（小児がん）手術。
小児外科手術が必要となる可能性のある一般的な小児疾患には、以下のようなものがあります。